日本の東北に住むミュータントの中学生・市来久子が行方不明となり、ニューヨークにいるX-MENの創始者・プロフェッサーXのもとへ久子の両親から助けを求める連絡が入った。久子失踪の裏にミュータントに関る大きな事件の予兆を感じ取ったXは、1年前の「インナーサークル」との激しい戦いの後、活動休止していたX-MENのメンバーを再び結集させる。だが、1年前の戦いで、恋人・ジーンを失ったリーダー・サイクロプスは復帰を拒む…….。

復帰したサイクロプスをリーダーとするX-MEN一行は、ブラックバードで東北へと飛ぶ。 久子の行方を追ううちに、失踪したミュータントは久子だけではない事が分かってくる。さらに調査を進める中で、人間である地元住民のミュータントへの差別意識を感じ、憤慨するウルヴァリン。やがて「ミュータント狩り」を行う狂信的な科学集団「U-MEN」が、彼らの行く手を阻む。 U-MENのアジトへ乗り込んだX-MENたちは、そこで恐るべき事態と直面する。

U-MENのアジトで久子と共に囚われの身となっていたテレパスのミュータント・エマ。 彼女こそ、１年前にジーンを死に追いやった元凶であるというサイクロプス。それを否定するエマ。 久子の教師として、彼女を救うためにここにやってきたというエマに不信感を募らすX-MEN。 そこに、U-MENきってのマッド・サイエンティスト、トッドが襲撃してくる。 激しい戦いの中で、久子のミュータントとしての能力が目覚める……！

U-MENのアジトを壊滅させたX-MEN。瀕死のトッドが放ったレーザーから久子を庇ったエマの体が、ダイヤモンドへと変化する。それは、ミュータントにみられる「二次変質」。 検査の為、エグゼビアー機関へエマを連れて行くX-MENと、同行を願い出た久子を伴ってニューヨークへと引き上げるX-MEN。 その帰路、コウモリの姿をした怪物がブラックバードに襲撃を仕掛けてくる。 それは二次変質の末、「デイモン・ホール症候群」を発症し、暴走したミュータントの変わり果てた姿だった……！

プロフェッサーＸは、久子をX-MENの準メンバーに、そしてエマを正式なメンバーとして迎えることを決定する。 エマの加入に異議を唱えるサイクロプス。 XMENとしての訓練を受け始めた久子。しかし彼女は、ミュータントとしての自分の力の大きさに戸惑っていた。 一方、エマは自分に対し不審を募らせるサイクロプスの誤解を解くため、ミュータントして悩む教え子・久子に全てをさらけ出すため、Xが自分に精神ダイブすることを決意する。

エマへの誤解も解け、結束したX-MEN。プロフェッサーＸは、日本の東北には、まだ自分達に解明できていない「何か大きな力」の存在を感じる。「デイモン・ホール症候群」のワクチンを携え、再び東北へと飛ぶX-MEN。 しかし、調査途中の東北上空で、未知なる巨大な力によってブラックバードは操縦不能となり、不時着。さらに、U-MENの残党が現れ、激しい戦いが始まる。 しかし、その科学力で、X-MEN達の能力を分析しつくし、対抗手段を駆使するU-MENに大苦戦を強いられてしまう……！

U-MENを退けたX-MENたちが山中でたどり着いた施設。そこには、かつて久子も通っていたミュータントの子供達の施設を運営していた女性・佐々木結衣がいた。 今は3人の助手と共にここでミュータントと医療の研究をしているという結衣。エマやウルヴァリン、ビーストは結衣の言葉や態度の中に「隠し事」の匂いを感じ取る。 NYのXは結衣から連絡を受け、そこで「自分に息子がいた」という衝撃の事実を結衣から知らされる。そして結衣の口から「もう息子はこの世にはいない」という言葉が……。

突如施設内に現れた怪物。その正体は、デイモン・ホール症候群を発症した助手の理子だった。さらに、もう1人の助手加賀までも発症し、暴走する。 ビーストの作ったワクチンを接種される2人。エマは、ダイヤモンド化している時に見慣れない男性の姿があるのに気づく。他のミュータントの力を遮断するダイヤモンド化を解くと、それは残った助手・純だった。「あの純の姿は幻覚による仮の姿なのでは？」と純に不審を抱くエマ。 一方、ブラックバードで東北へと向かったXは、途中、謎の「時空のねじれ」へと飛ばされてしまう……。

結衣が、理子や加賀に「ミュータントの暴走を抑制する薬品」を投与していた事が判明。 この一帯には、大きな力が働いていることがわかるが、その核心について、頑なに口を閉ざす結衣。 一方、地下の施設に降りた純の前にエマが現れ、彼が「インナーサークル」のリーダー・マスターマインドであることを見破る。 駆け付けたX-MENたち。しかし、マスターマインドの幻覚に惑われたウルヴァリンが、サイクロプスに襲いかかってくる！

地下施設の奥、そこに「大きな力の根源」がある、マスターマインドの狙いはその力を利用して世界を意のままに動かすこと。 マスターマインドが呼び寄せたインナーサークル四天王との激しい戦いの末、これを撃退したX-MEN。そして、結衣の口から衝撃の真実が告げられる。 その頃、死力を尽くして時空から脱出したX。だが、意識を失い、コントロール不能となったブラックバードは地上へと落下してゆく……！

東北のミュータントを暴走へと導いていた「力の根源」。それは、プロフェッサーXと結衣の間に生まれた息子・健夫だった。必死に健夫の存在を隠し、力を抑制させてきた結衣。 しかし、マスターマインドにより、再び健夫の力は解放されはじめる。その絶大な力とは、「全ての現実をねじ曲げてしまう」というもの。 結衣の施設を破壊し、外へと出た健夫。その力が広がり、世界の全てがねじ曲がり始める。 終末へのカウントダウンが始まった……。

健夫の力により、世界各国に異変が起こり、人類は最大の危機を迎える。 健夫に一斉攻撃を仕掛けるX-MEN。しかし、健夫のけた外れの力の前に、彼らの能力はいっさい通用しなかった。 駆け付けたプロフェッサーXは、初めて、自分の息子と「哀しき対面」を果たす。健夫の精神にダイブしたXを激しく拒み、攻撃する健夫。もはや、そこに人としての理性はない。幼い頃は仲良しだった健夫の身を案じる久子。だが、健夫の放った攻撃の前ににX-MEN達は次々と倒れてゆく……！