クェイサー。それは、女性から聖乳＜ソーマ＞と呼ばれる生体エネルギーを得ることで、特定元素を自在に操る特殊能力者。聖ミハイロフ学園に通う織部まふゆと山辺燈は、いじめに遭っていた。そんな彼女たちの前にサーシャという謎の少年が現れる。その夜、まふゆはマグネシウムを操る敵のクェイサーに襲われてしまい…!?

伝説の聖像（イコン）「サルイ・スーの生神女」を巡るクェイサーたちの闘い。その中、クラスメイトの文奈が燈の見舞いにやってきた。彼女は燈たちを気遣ってくれる数少ない友人の一人であり、学園の異変に気づき始めていた。そこへ再びマグネシウムが襲いかかり、文奈が連れ去られてしまう。敵の意外な正体が明らかに…！

黄金のクェイサー。彼はオーリャに手をかけ、サーシャに復讐心を植えつけた最強の敵。彼との邂逅を果たしたサーシャは、幼い頃の夢にうなされる。そんなサーシャを癒す燈。オーリャに似た燈に雰囲気にサーシャは心を許す。一方、美由梨と華は留学生のカーチャを迎え入れる。その妖精のような容貌に華の心はかき乱され…。

カーチャに弱味を握られてしまった華。彼女は必死に自分の本性を否定しようとするが、カーチャの言葉にどうしても抗えない。まふゆたちは、街で買い物をする。燈の護衛のため、サーシャやテレサも一緒だ。女性の失踪事件を耳にするが、まふゆの関心はバーゲンセール。下着の試着などではしゃぐ一同だったが…。

サーシャのマリアとして戦闘時は常に付き従っているテレサだが、普段の生活や生い立ちは謎に包まれていた。そんな中、アデプトから敵のクェイサーが送り込まれる。アデプト12使徒であり、塩素を操る浄化者クロアだ。その排除を命じられたサーシャたちだったが、因縁の相手を前にテレサが立ちすくんでしまい…。

差し押さえられた山辺の別荘を調べるために辻堂家主催ロシア秘宝展の間、コンパニオンガールとして働くことになったまふゆたち。美由梨は、燈やサーシャまでもを従わせることが出来てご満悦。そんな彼女を、おバカさんねと笑うカーチャ。そこへ、幻の美術品アナスタシア・エッグを狙い、ゲリラたちが襲いかかってきた…！

サルイ・スーの生神女の手がかりをつかむため、まふゆは美由梨と山辺の別荘を訪れた。そんな中、列車の旅にはしゃぐ美由梨に呆れつつも、緊張は解けないまふゆ。それは燈を守るため、自分が頑張らなければいけないからだ。だが別荘への道すがら、二人はアデプトのクェイサーに襲われ、離ればなれになってしまい…。

聖ミハイロフ学園に、鳳が臨時講師として赴任してきた。恩人との思わぬ再会に、喜びが隠せないまふゆ。学園に転入したリジーと歓迎会へ招待したところ、なぜかサーシャの機嫌がすこぶる悪い。ボルシチVSビーフシチュー論争は、一体どちらに軍パイが!? 一方、新たな敵のクェイサーが、華の前に現れて…。

アトミスという大気を操るクェイサーの称号を持つ朽葉悠は、鉄や銅を操る金属使いにとっては最悪の天敵だ。彼を兄に持つ葵が、サーシャを頼って山辺邸に身を寄せる。まふゆは、葵とサーシャの間にあるただならぬ雰囲気にやきもき。葵は、まふゆと燈に身の上を語り出すが、その時、彼女の身体に異変が起きて…!?

クラスメイトの史伽が、学園のそばで痴漢に襲われた。「乳を出せぇええ!!」と襲いかかってきたという話を聞き、サーシャはアデプトの関与を疑う。夜回りに出かけたまふゆたちは、強いクェイサー能力を持つ何者かに遭遇してしまう。一方、家で留守番の燈は、自分がまふゆたちのお荷物なのではないかと思い悩んで…。

聖ミハイロフ学園では、ちょっかいを出したり言いがかりをつけてくる華や美由梨たちに、まふゆは一人辟易。史伽は止めようとするが、逆に言い込められてしまう。一触即発の場を救ったのは、サーシャだった。恋心を胸に秘め、彼への憧れを強くする史伽。そんな彼女の前に「Q」と「R」と名乗る双子の少女が現れるが…。

エヴァ・シルバーとの戦いを目の当たりにしたクラスメイトたちは、サーシャに対し戸惑いを隠せない。だが、史伽の一言がきっかけとなり、和解。サーシャはたちまち人気者となる。人に囲まれ、温かく迎えられることに慣れておらず、困惑するサーシャ。彼の人間らしい一面を見たまふゆと燈はホッと安心し、笑顔になるが…。

含鉄泉。温泉水1kg中に総鉄イオンを含有する赤褐色の湯には、飲用すれば胃酸の分泌が高められて鉄を吸収しやすくなるため、貧血患者への効果が期待されていた。まふゆたち女子御一行は、山奥のとある温泉旅館にやってきた。クェイサー同士の激しい戦いから一時離れ、今日は一日大いに羽を伸ばす予定だったが…。

自らの強大な力と戦う運命に翻弄され、苦悩するヒーローがまた一人この街に誕生した。その名もリリー仮面。百合の紋章を授けられし正義の美少女。彼女はチンピラに絡まれるサーシャを救ったり、不時着しかけた飛行機を救ったり、華麗な活躍を見せる。リリー仮面に憧れるあまり、サーシャはヒーローに志願してしまい…。

自分とは違う、何者かになりたい。コスプレ喫茶「れいや〜ずへぶん」には、今日も悩める少年少女たちが集う。先の戦いで大きな傷を負ったサーシャは、未だその後遺症から回復出来ずにいた。一方、リジーは、鳳に子供扱いされたことを悩んでいた。リジーとサーシャは街で出会い、そしてコスプレメイドさんに誘われて…。

鳳榊一郎。彼はまふゆの恩人であり、リジーのマスターであり、そして、サーシャの宿敵である黄金のクェイサーの腹心、ナトリウム遣い。復讐心に駆られ、焦燥するサーシャ。しかし、アトスから下ったのは待機命令だった。それにも構わず、鳳のもとへと向かおうとするサーシャ。その前に、まふゆが立ちはだかり…。

アナスタシア・エッグに眠る、剣の生神女（マリア）。それは、最強のクェイサーを葬り去るほどの力を持つハイエンシェント・サーキット。ついに黄金のクェイサーが復活を遂げた。「サルイ・スーの生神女」を求めた先に待つ未来を警告する鳳。一方、復讐に燃えるサーシャの鎌が、テレサの身体を切り裂き…。

黄金のクェイサーの復活、剣の生神女の目覚め。そして、世界は動き出す。聖ミハイロフ学園に転入生がやってきた。藤臣弼と仙道六実。六実は、サーシャの初めてのマリアだという。二人は何の目的できたのか？　学園に何かが起ころうとしているのか？ その時、生徒会長の弓枝が壁から現れた謎の手に襲われて…!?

「サルイ・スーの生神女」へと導く、剣の生神女。それは、まふゆの身に宿っていた。正体を明かした六実は、サーシャに助言する。今後、自分たちの他にもまふゆを狙う者が現れるだろう、と。一方、フールにさらわれた燈はアデプトの本拠地で目を覚ます。囚われ、一人ぼっちの燈。その時、部屋に一人の少女が迷い込んで…。

燈がさらわれ、二週間が経った。サーシャとまふゆは「サルイ・スーの生神女」を求め、鳳の残した研究資料の調査を始める。全ては燈を救うため。サーシャは手紙で呼び出され、ある人物を訪ねる。辻堂邸では、カーチャの誕生日パーティーが開かれる。楽しく幸せなひと時は、しかし、突如現れた野生児にぶち壊されて…!?

水の聖堂。「サルイ・スーの生神女」が眠るとされる伝説の神殿。サーシャとまふゆは、学園の湖へ調査に出かける。まふゆは悪夢にうなされ、心を蝕むその声に身体をのけぞらせる。その胸元には、剣の生神女のサーキットが妖しく浮かび上がる。一方、フリードリヒ・タナー率いるアンシャン・レジームが本格的に動き出し…。

水の聖堂が出現した。剣の生神女がそれに反応し、まふゆの身体に急激な変化が起きる。世界中の女性からごく微量ずつ吸収されたソーマが、まふゆに集められているのだ。その尋常ではない光景に、サーシャは憤る。タナーたちは「サルイ・スーの生神女」を手に入れるため、まふゆを連れて水の聖堂へと姿を消して…。

剣の生神女、鮮血の剣が揃う時、サルイ・スーの生神女は現れる。ある人物との再会に驚愕するサーシャ。黄金のクェイサーは、ともに神になろうと、サーシャを仲間に引き入れようと手を差し伸べる。激高し、力を暴走させたサーシャをも凌駕する力を持つ黄金のクェイサー。両者の戦いの命運を分けるのは、果たして…!?

古来より続いたクェイサーたちの戦いは、一時的な終結を迎え、学園も、まふゆの胸も、すっかり元通りだ。まふゆは、自分の胸が小さくなってしまったことで、サーシャががっかりするのではないかと思い悩む。そんなまふゆのもとへ、サーシャがやってくる。一日だけ休暇を与えられたサーシャは、まふゆをデートに誘い…!?