都会から弟・星野歩の療養のために、自然に囲まれ空気の綺麗な山比古町に引っ越してきた星野一馬。父親の馴染みの旅館である『よろづよ』に間借りすることになっていたのだが、よろづよに向かう途中、慣れない田舎の道を間違えてしまう一馬たち。しかも、ちょっとしたトラブルで一人で山に入っていく一馬…。見知らぬ山の奥、不安な一馬の前に一人の少女が現れる

山比古南学園に転校した星野一馬。登校初日、クラスに入って目の前にいたのは…、一馬を変態呼ばわりする喧嘩キックの女の子・日向伊吹と、山の中で出会った天然少女の中津川初だった。伊吹に変態と罵られつつも、すぐに仲良くなった大吾や、明るく接してくれる初のおかげですんなりクラスに馴染むことができた一馬であった。

学校であらぬ噂が飛び交っている一馬。初との出来事にいろいろな尾ひれがついてだいぶ大げさになっているようで…。そんな時、ふと監視されている様な視線に気づいた一馬。視線を送る正体を突き止めようと、物陰に隠れている誰かを追いかけるのだが、そこには…。

学校で長身で美人な女の子とちょっとした拍子にぶつかって転んでしまう一馬。さらに、彼女の持っていた携帯のにゃんぼぼを褒めたつもりがなにやら勘違いされてしまったようで…。そして、山比古南学園の体育祭にヒコナンレースというものがある事を知った一馬。よろづよに帰るとそこには千歌が待ち構えていて…。

山比古南学園体育祭開幕！！紅組・白組火花を散らし様々な競技が行われていく。お昼休憩も終わり、最後に体育祭の目玉「ヒコナンレース」が始まる。ヒコナンレースの参加者は山比古町のお店を代表して出場し、優勝すればTVのインタビューを受けられるという。長く過酷なレースがはじまる！！

期末試験を前にみんなでよろづよに泊まり込みで勉強会をすることに。マジメに勉強する一同。風呂で妄想を爆発させる大吾。そして、大吾の前に立ちはだかる千歌…。それぞれの思いが交錯する中、初は蛍を前にし一人もの思いにふけるのだった…。

期末試験が終わり一息ついている一馬たち。そして、大吾の提案で本町にみんなで遊びに行く事になるが、伊吹は弓道部の大会が近いため練習に専念するという。ゲームセンターにカラオケと期末試験の憂さをはらす一馬たち。そして、伊吹の弓道部の大会になり、みんなで応援に行くのだが…。

夏休みにみんなで海に遊びに行くことになった一馬たち。水着ではしゃぐ初たち。そ して、泳げないという伊吹に泳ぎを教える一馬。そんな一馬と伊吹を見た初は子供の 頃の自分を思いだす。一方、円佳は気になっていたことを初に質問するのだが…。

公園で一人たたずむ陽菜を見つけた一馬。どうしたのかと声をかけると急に倒れてしまった陽菜。どうしてこうなったのかと訳を聞いてみると、父親とケンカをして何も持たずに家を飛び出してきたのだという…。そして、一人でとぼとぼと歩く陽菜を見た一馬は…。

一馬と陽菜の父親との綱引きの事を聞いた円佳。一緒に話をしていた大人たちの勝手な解釈で、綱引きの目的が一馬と陽菜が結婚する事だと聞いてしまいショックで寝込んでしまう。だが、こよりから陽菜との結婚が誤解だと知る円佳。そして、大吾が考えたある作戦に巻き込まれる事になるのだが…。

いつもの様に日曜に千歌から追い出される一馬。当ても無く街を歩いていると、一人橋の上でたたずむ伊吹を見つける。伊吹は前に部活でみんなと遊べなかった埋め合わせに二人で遊びに行こうと言う。

祭りの男神役に選ばれた一馬。山比古町の男子代表として祭りに参加する事に。一方、一馬の相手となる女神役にはつむぎが選ばれていた。祭りの準備で神本家を訪れていた一馬たち。衣装合わせをしている時に、つむぎは一馬と初のよそよそしさに何か思うところがあったようで…。