とある夏の日。中学一年生の八坂一は、弾けるキャンディーに一味唐辛子や山椒などを詰め合わせたイチゴ爆弾を作った。そして一はこのイチゴ爆弾をイチゴショートケーキに仕掛け、日頃から彼がいけすかないと思っている山代という男に食べさせようとする。だが、イチゴ爆弾を仕掛けたケーキが誰かに持ち去られてしまい…。

夏休みを祖父の家で過ごすために田舎へとやってきた中学一年の八坂一は、喫茶店でウェイトレスとして働いている"あらし"という年上の女の子に一目惚れする。たまたま隣の席に座っていた地元の中学生である上賀茂潤に、彼女の素晴らしさについて熱弁を振るっていると、店にサングラスを掛けた強面の男がやってきて…。

あらしに連れられ過去の世界を目の当たりにした一だが、時を超えたという実感がなく、また彼女の自分は幽霊だという言葉にも半信半疑。ひょんなことから潤とともに方舟でアルバイトすることになるが、仕事中もあらしのことが気になる一。そんな中、彼女のことを怪しいと潤から忠告され、さらに気になってしまい…。

あらしの秘密を知り、彼女の力になることを誓った一だが、彼女が幽霊だということがいまだ信じられずにいた。そんなある日、黒髪の女の子を主役にした自主映画を撮影したいという学生たちに協力することになる一たち。あらしと撮影場所の大倉山高等女子校に行った一と潤は、戦時中に写された一枚の写真を見せられる。

カヤは60年前のあらしの友人だった。彼女もあらしと同じくタイムトリップの能力を身につけ、現在にきていたのだ。再会した彼女は、あらしと同じく方舟でウェイトレスとして働くことになる。 そんな折、潤は仕事中に頭からミルクを被ってしまい、着替えることに。マスターが用意した服に着替えた潤。その衣装とは…!?

女性を冷めた目で見つめ、常に距離を置いて接している潤。そんな潤の態度を見て、カヤは潤の手を握り自分の方へ引き寄せた。次の瞬間、二人は昭和20年の方舟へとタイムトリップしてしまう。自分と"通じて"時を越えるためには、ある条件を満たさなければならないことから、カヤはこれまで潤が隠していた秘密に気づき…。

潤は男装した女の子だった。カヤから「皆には女だってこと、隠したままでいるつもり?」と問われ、言葉に詰まってしまう潤。その頃、あらしと一は雑巾をボールに、ひしゃくをバットにして野球をしていた。あらしは一が投げた渾身の球を見事打ち返すが、打球は勢い余って方舟の屋根にある風見鶏を壊してしまい…。

スイカの買い出しに出かけた一と潤。神社で休憩し1本のジュースを分け合って飲もうとする一。だが、間接キスとなることを気にした潤は飲もうとしない。そして揉み合いになった末、一緒に階段から転げ落ちてしまった二人。幸い怪我はなかったもののなんとお互いの身体が入れ替わってしまっていて…。

マスターから、賞味期限が切れたサバの刺身をタイムトリップで過去に戻って食べられるようにしてくれと頼みごとをされた一たち。カヤに無理だと断られるが、マスターはなかなか諦めようとしない。過去に行けるからといって何でも出来るわけではないとマスターを説得する潤。そんな中、一はふとある疑問を抱くが…。

バイトを終え帰路につくあらしと一の前に、山崎加奈子という女が現れた。加奈子は、あらしの胸に手を刺すと、体からエネルギーを吸い取りはじめた。そんなあらしを助けようとする一だが、ボウガンを突きつけられ身動きが取れない。どんどん弱っていくあらしを見て我慢できず、一は身の危険も省みず加奈子に飛びかかるが…。

あらしを助けるため、加奈子の住む屋敷に忍び込んだ一とグラサン。しかし加奈子に見つかってしまい攻撃を受ける。加奈子のナイフをよけようとしたはずみで、加奈子と同居していたやよゐに触れた一は、彼女と通じて、戦時中にタイムトリップしてしまう。町外れの丘にたどり着いた一とやよゐは、当時の加奈子と出会い…。

加奈子とやよゐから存在を維持するためのエネルギーを戻してもらい、目を覚ましたあらし。一方であらしにエネルギーを返した二人の姿は急速に薄れていき、今にも消えようとしていた。あらしの力を奪ったことを謝罪した加奈子とやよゐは、消えてしまうのはあらしの力を奪った罰だと、自らの運命を受け入れようとするが…。

方舟へ行く途中、あらしからサクランボ爆弾の名前を"キューティーチェリーちゃん"に変えようと提案された一。抵抗する一だが、あらしに押し切られて名前を変更することに。方舟に着くと一は、"キューティーチェリーちゃん"の完璧な出来栄えに満足していた。するとどこからか「赤木圭一郎よ!」という女の声が…。