DC戦争、L５戦役が終結して半年後。地球連邦軍特殊作戦PT部隊「ATXチーム」は、秘密結社DCの残党討伐を遂行するため、極東地区へ赴く。そこで彼らが見たものとは…？

DC残党との戦闘中、アンジュルグという特機に乗って現れた謎の美女、ラミア。敬語がうまく使えないという妙な癖を持ち、素性が定かでない彼女にキョウスケは疑念を抱く。

新型機アルブレードとビルトファルケンの模擬戦を行うリュウセイ、ラトゥーニ。DC残党部隊は新型機を奪取するため、戦力を差し向ける。その中には若き戦士、アラドとゼオラの姿があった。

ラトゥーニにとって、アラドとゼオラはかつて特殊訓練機関スクールで同じ時を過ごした仲間。リュウセイたちはATXチームと合流し、DC残党を追跡。そこにビルトファルケンを駆るゼオラが現れ…!?

キョウスケたちは敵側の潤沢な戦力に疑いを持ち、黒幕の存在を感じる。一方、DC残党の本拠地であるアフリカ地区の巨大地下人工冬眠施設アースクレイドルには、次々と戦力が集結しつつあった。

ハガネに乗り、DC残党を追撃するキョウスケたち。そんな中、ラミアは独自の任務を遂行するため、密かに動き出す。一方、アギラはラトゥーニを連邦軍から連れ戻すため、オウカに出撃命令を下す。

キョウスケ、エクセレン、ライ、ラトゥーニに特別自治区であるリクセント公国で開かれる地球環境サミットの警護任務が与えられる。キョウスケとエクセレンは任務の合間に久しぶりのデートを楽しむが…

かつて地球圏を襲撃した異星人エアロゲイターの本拠地であった宇宙要塞ホワイトスター。そこでは、内部調査が進められていた。そんなとき、正体不明の機動兵器群が現れ、攻撃を開始する。

謎の機動兵器群に襲撃される北米地区のテスラ・ライヒ研究所。クスハやアイビス、スレイたちは脱出を試みるが、異形のマシンに阻まれる。そして、その搭乗者は自らを「インスペクター」と名乗る。

インスペクターによって混乱する地球圏。その最中、ノイエDCのアーチボルドは、軍資金を調達するためにリクセント公国を占拠。一方、ヒリュウ改は地球へ降下し、ハガネと合流する。

北米の主要拠点を占拠したインスペクターに対し、連邦軍は反攻作戦「オペレーション・プランタジネット」の準備を進める。その裏では、連邦政府高官のグライエンがある陰謀を進めていた。

ノイエDCと休戦中なのに、連邦軍伊豆基地は彼らの奇襲を受ける。陰謀を予感しつつ迎撃するキョウスケやエクセレンたち。アラドは敵の中にゼオラがいることを知り、彼女を取り戻すべく出撃する。

ノイエDCに協力していたヴィンデルやレモンたちの部隊、その名はシャドウミラー。彼らは独自の目的を持ち、ノイエDCから離反して戦闘母艦ハガネやヒリュウ改に戦いを挑む。

リュウセイが所属するSRXチームにマイという少女が加わる。彼女はチームリーダーであるアヤの妹で、その過去には秘密が隠されていた。そして、オペレーション・プランタジネットが発動され…!?

インスペクターに占拠されたテスラ・ライヒ研究所。そこへゼンガーのグルンガスト参式とレーツェルのガーバインMk-IIIトロンベが現れる。彼らに対し、インスペクターのヴィガジは猛攻撃を行う。

過去の記憶を失ったSRXチームのマイは、自分がかつて地球圏を襲撃した異星人エアロゲイターの首魁、レビであったことを知る。いたたまれなくなった彼女は、戦闘母艦ハガネから飛び出してしまう。

連邦軍戦闘母艦ハガネとヒリュウ改は、バン・バ・チュン大佐率いるノイエDC部隊と協力してインスペクターが占拠するラングレー基地を急襲する。そして、そんな彼らの前に意外な伏兵が現れる。

ラングレー基地奪還作戦でハガネやヒリュウ改と合流したノイエDCの兵士、ユウキとカーラ。彼らはキョウスケたちと共に戦うことを決意する。一方、エクセレンはアルフィミィと遭遇し…!?

アインストの集団がカナダ地区のウィニペグに現れ、攻撃を仕掛ける。街を救うべく現地に急行するヒリュウ改。グルンガスト参式で出撃したブリットとクスハたちは街に渦巻く邪悪な念を感じる。

ノイエDC拠点のアースクレイドルにはバンの遺志に反するアーチボルドやアギラたちが潜んでいた。インスペクターの新たな地上拠点候補として狙われる可能性があると判断したレフィーナは…!?

アースクレイドルで激戦を繰り広げるヒリュウ改とノイエDC部隊。ダイゼンガーを駆るゼンガーは、メイガスの門を守るウォーダンのスレードゲルミルと雌雄を決するべく戦う。

地上ではアインストと地球連邦軍の戦闘が展開され、L５宙域のホワイトスターではインスペクターと、彼らと結託するシャドウミラーがアインストの攻撃を受け、身動きが取れなくなりつつあった。

連邦軍の戦闘母艦クロガネとヒリュウ改は、L5宙域に存在し、インスペクターの拠点となっているホワイトスターを目指す。アルトアイゼンの強化改造が進められる中、アインストの集団が出現し…!?

ホワイトスターへの奇襲作戦の準備を進めるキョウスケたち。ホワイトスターはアインストの襲撃を受け、インスペクターのヴィガジやメキボス、シャドウミラーのアクセルたちはそれに対応していた。

ホワイトスターでクロガネとヒリュウ改、シャドウミラー、インスペクターが三つ巴戦！ 対峙するキョウスケのアルトアイゼン・リーゼとアクセルのソウルゲイン。彼らの思惑が激戦の中で交錯する。

インスペクターやシャドウミラーとの激戦を続けるキョウスケたち。その最中、ホワイトスターは不気味に胎動する。生き残るのは誰か？ 人類の存亡と世界の行く末を賭けた最後の決戦が始まる。