【前編】プリンセスクレールとの決戦から、1週間程過ぎ、ふぁきあ、みゅうと、あひるの平和な日々が続いている。決戦以降にあった変化と言えば、学園にるうの姿がないことだ。あひるはるうの心配をしつつも、相変わらずおっちょこちょい。そんなあひるに親しみを込めて話しかけてくるみゅうと。あひるはそんなみゅうとを見て、これからもっと頑張って全部の心のかけらを取り戻そうと決意する。【後編】平穏な学園生活の中で、事件が起った。猫先生の美しい思い出のバレエシューズがものかにずたずたに引き裂かれてしまったのだ。猫先生が思い出話をしている時、何みゅうとが顔をしかめたのを見ていたあひるは何やら不安なものを感じて、学園内をみゅうとを探し回る。一方ふぁきあは自室にてみゅうとになぜあんなことをしたと詰め寄る。そんなふぁきあに挑戦的な口調で答えるみゅうと。口論となった時、みゅうとが自ら取った行動は…。

【前編】学園ではふぁきあがみゅうとを窓から突き落としたという話でもちきりだった。本当はみゅうとが自ら男子寮の外へ飛び降りたのに、彼はその経緯を猫先生に聞かれた際に「これはただの事故」とまるでふぁきあをかばうような発言をするのだった。しかも邪悪な笑みを浮かべながら……。これではまるでふぁきあに濡れ衣を着せているようなものだ。その一部始終をみていたあひるは、明らかにみゅうとが普通の状態でないことを確信し、ふぁきあもまた、彼に同様の疑いを抱くのだった。【後編】みゅうととふぁきあの騒動を受けて、ふぁきあは謹慎処分に。一方あひるはりりえからぴけとみゅうとが人気のないところで2人きりで会っていると聞かされる。みゅうとの様子に異変を感じて気がかりなあひるは2人のところへ。元のみゅうとに戻ってと呼びかけるあひる。私とみゅうと様が付き合ってもいいでしょ、とあひるに突っかかるぴけ。あひるとぴけの関係は縺れてしまう。その日の夜中、あひるはぴけが1人寮を抜け出す姿を目撃、ぴけの様子に異変を感じたあひるはその後を追うのだった。

【前編】一夜明けて、ぴけはみゅうとにのぼせていた事などどこ吹く風。そんなあひる達を尻目に学園ではバレエコンクールの話題で持ち切り。足に怪我をしたるうの代わりにコンクール優勝者はみゅうとと踊れるというのだ。盛り上がる学園の女の子達だが、あひるはみゅうとが何かするのではないかと心配気味。そんなあひるは花を愛でる美しい少女ふれいあと出会う。そのふれいあに近づくみゅうと。もしかして生贄として狙っているのではと、あひるは心配する。【後編】みゅうととふれいあのことを相談しようと謹慎中のふぁきあを訪ねたあひる。2人はみゅうとを止めようと学園へと急ぐ。その学園ではバレエコンクールが始まっていた。美しい踊りを披露したふれいあは大喝采を浴びて優勝し、みゅうとと一緒に踊ることに。2人をみつけたあひるたちは、みゅうとを説得しようと試みるが、みゅうとはふれいあの心臓を手に入れることを止めようとしない。あひるはプリンセスチュチュへと姿を変え、ふれいあの心へ本当の自分を取り戻してと呼びかけるのだった。

【前編】一夜明けて、ぴけはみゅうとにのぼせていた事などどこ吹く風。そんなあひる達を尻目に学園ではバレエコンクールの話題で持ち切り。足に怪我をしたるうの代わりにコンクール優勝者はみゅうとと踊れるというのだ。盛り上がる学園の女の子達だが、あひるはみゅうとが何かするのではないかと心配気味。そんなあひるは花を愛でる美しい少女ふれいあと出会う。そのふれいあに近づくみゅうと。もしかして生贄として狙っているのではと、あひるは心配する。【後編】みゅうととふれいあのことを相談しようと謹慎中のふぁきあを訪ねたあひる。2人はみゅうとを止めようと学園へと急ぐ。その学園ではバレエコンクールが始まっていた。美しい踊りを披露したふれいあは大喝采を浴びて優勝し、みゅうとと一緒に踊ることに。2人をみつけたあひるたちは、みゅうとを説得しようと試みるが、みゅうとはふれいあの心臓を手に入れることを止めようとしない。あひるはプリンセスチュチュへと姿を変え、ふれいあの心へ本当の自分を取り戻してと呼びかけるのだった。

【前編】今日はふぁきあが謹慎処分が解けて、学園に戻ってくる日。学園中がふぁきあに不信感を持っている中で学校に戻ってくるふぁきあを心配するあひる。そんなあひるは演劇サークルの人々と知り合う。サークルではバレエの踊れる男子を捜していると知ったあひるは、ふぁきあこそ適任だとサークルのメンバーにふぁきあを紹介することに。乗り気ではないふぁきあだったが、あひるに押し付けられた台本を読んでみると、そこには今朝夢を見た幽霊騎士の物語が綴られていたのだった。【後編】恐ろしい幽霊騎士が町を彷徨っているという噂が学園内には広まっていた。その噂を聞いたるうは、王子を守る騎士として幽霊騎士を味方につけようとみゅうとに提案する。一方演劇サークルの買出しに町に出たあひるは、幽霊騎士と遭遇。あひるの胸のペンダントが光り、みゅうとの心のかけらと幽霊騎士に何か関係があると知ったあひるとふぁきあは幽霊騎士を追う。2人は幽霊騎士を味方につけようと待ち受けていたみゅうとに相対するのだった。

【前編】深夜、アヒルの前に突然出現して、謎の言葉を残して去っていったドロッセルマイヤー。あひるはふぁきあにその話をするが、なんとなく気まずい雰囲気になってしまう。悩むあひるはレッスンにも気が入らず、恋煩いだと勝手に盛り上がるぴけとりりえは、ふぁきあ宛のラブレターを作成。学園に出没して恋の橋渡しをしてくれるボトムさんに渡すようにあひるにそのラブレターを押し付ける。戸惑うあひるの前にボトムさんが現れるが、その姿は大きなロバだった!?【後編】あひるはボトムさんの事件で知り合ったハーミアにみゅうとが接近していることが心配で仕方がない。背の高さが災いし、バレエでもバックで踊るコールドばかりのハーミアにはライサンダーという片想いの相手がいるのだが、その思いは伝えられないでいる。バレエも恋も引っ込み思案なハーミアに、僕なら君をプリマにしてあげられるとみゅうとがハーミアに近づく。あひるはプリンセスチュチュとなり、ハーミアを救い出そうとする。チュチュの声はハーミアの心に届くのだろうか。

【前編】騎士としての自分の存在の無力さに悩んでいるふぁきあ。そんなふぁきあは幼い頃母親のように面倒をみてくれた女性・レーツェルと再会する。あひるはそのレーツェルからふぁきあが幼い頃に物語を創作し、それが現実になったことがあるという話を聞く。あひるは、もし現在もふぁきあにそんな力があるならば、みゅうとの物語をハッピーエンドで創作すればみゅうとは救われるのではないかとふぁきあに提案するが拒絶される。【後編】ふぁきあの頑なな態度の理由をレーツェルに相談しに行ったあひる。レーツェルはふぁきあの不思議な力が原因で過去に事件が起ったこと、そしてその記憶のあまりの辛さにふぁきあは心を閉ざしてしまったと言う。激しく後悔するあひる。そんな折、みゅうとがレーツェルの元に現れた。レーツェルの心臓を生贄にしようとするみゅうとを追ってやってきたふぁきあ。果たしてふぁきあはみゅうとを剣の力で打ち負かせるのでしょうか?それとも物語を紡ぐものとしての道を選ぶのでしょうか?

【前編】みゅうとの物語を書こうと決意したふぁきあ。あひるはそんなふぁきあを見守ることしかできず、バレエのレッスンも一人取り残されて自分の無力さに悩む。図書室で本を調べるふぁきあは、あおとあと言う生徒からことづかったと、図書委員に一冊の本を渡される。あおとあと言う生徒は、物語に関する何かを知っているようだ。不審に思いあおとあを探すふぁきあだが、その動向を探っている怪しい人影が居た・・・。【後編】書いた物語が現実となる力。その秘密をあおとあから聞かされるふぁきあ。あおとあは、その力を手に入れるためには儀式が必要だと言うが、それはともすれば命を落とす危険なものだった。一方、学園ではみゅうとはますます変貌し、るうはそんなみゅうとを恐れ始めていた。みゅうとを救う力を手に入れるために儀式に赴くふぁきあだが、見守るあひるの目の前でふぁきあはその儀式に飲み込まれて行ってしまう・・・。

【前編】ふぁきあを見書いた物語を現実とする力があるふぁきあは、自分の力でみゅうとを救おうと、確実に自分の物語を現実にすることができるように修行に励むことに。そのふぁきあの姿をみつめるあひるは自分にはみゅうとの為に何ができるのかを悩む。一方、あおとあはふぁきあが物語を現実にする力のあるものとして選ばれたことにショックを受ける。るうもまた、自分が何者かわからず、街をさまよっていた。【後編】自分の力を高めようとするふぁきあ。そのふぁきあの元に覆面をした怪しい人物たちが集まってきた。彼らはふぁきあの力のことを知っており、その力を使うことを阻止しようとやってきたのだ。彼らはふぁきあをドロッセルマイヤーの墓地へと誘う。あひるは心のかけらを探し出そうと街中を歩きまわる。街の行き止まりとなる大きな門の前にあひるが立ったとき、ペンダントが赤く光るのだった。

【前編】ドロッセルマイヤーの墓へ吸い込まれていったチュチュ、そのチュチュを助けようとするふぁきあだが、墓地の入り口はビクともしない。チュチュを救い出すには物語の力を借りるしかないと、ふぁきあは物語を書く決心をする。一方チュチュは自分が迷い込んだ世界が物語の外、ドロッセルマイヤーのいる世界だとわかる。チュチュと一緒に迷い込んだうずらは、その中におかしなハンドルのついた歯車を見つけ、回し始める・・・。【後編】物語を紡ぐ歯車に囲まれたドロッセルマイヤーの世界、その世界でチュチュはドロッセルマイヤーと対面する。お前が活躍しないから物語が止まってしまったと伝えられるチュチュ。しかし、その時、歯車が逆回転を始め、時間が逆行していく。その中でるうは自らの秘密を知り、一方ふぁきあは、チュチュを――あひるを現実の世界へ戻そうと物語を書き続ける。果たしてチュチュは現実へ戻れるのか?!

【前編】ドロッセルマイヤーの世界から戻ったあひる、ふぁきあがみゅうとの物語を書こうとする前向きな姿勢を見て、自分にできること=みゅうとの心のかけらを戻すことに全力を注ぐ。そんなあひるは暗い顔をしたるうが町外れの廃屋に入っていく姿をみつける。窓から中を覗いてみると、そこには鴉と化したみゅうとの姿が。自らの愛がみゅうとの姿を変えてしまった事にいたたまれず飛び出したるうをあひるは追うが・・・。【後編】残りのみゅうとの心のかけらの在り処に気付いたあひるだが、その心のかけらは大鴉を封印しているもので、心を戻すことは即ち大鴉の復活を意味する。更に今の王子は心のかけらを取り戻しても心臓を封印の解かれた大鴉に捧げてしまうというとるうに言われ、動揺するあひる。そんなあひるに最後の心の在り処を告げにうずらがやってきた・・・。

【前編】 純粋な愛の力でみゅうとを王子に戻したるう、しかしるうは大鴉の餌食となってしまう。あひるはチュチュとなり、最後の心のかけらであるペンダントを王子に返しそうとするが、どうしてもペンダントが外れず、心を返すことができない。大鴉は最後の心のかけらを夜明けまでに戻せ。もし夜明けまでに姿を現さなければ王子の心臓を裂くと、チュチュに告げる。街では大鴉の復活が原因で人々がカラスの姿になっていく。ペンダントが外れないのは自分が人間の姿やチュチュという存在であることを捨てられないからだ気付く。【後編】ドロッセルマイヤーに操られるまま、書きたくもない物語を描かされるふぁきあ。その物語はあひるの絶望を語っていた。あひるはチュチュの姿を捨てられない自分の思いが心を返すことが出来ない原因であることを思い悩み、絶望の淵を彷徨っていた。ドロッセルマイヤーの呪縛を断ち切り、そんなあひるの元へ駆けつけるふぁきあ。前向きな気持ちを取り戻したあひるはふぁきあと二人で運命に立ち向かう決意を新たにするのだった。

復活を果たし、とうとう大鴉との対決をむかえた王子・みゅうと。だが、大鴉を倒そうにもるうを人質に取られている為、手が出ない。もとの鳥の姿に戻ったアヒルはみゅうとを助けたい気持ちでいっぱいだが、所詮は鳥。しかし、そんな鳥のアヒルにもできることがあった、それは踊りで人々に気持ちを伝えること。アヒルが伝える気持ちは―――?