金冠学園でバレエを学んでいた女の子・あひるは、ある日、憧れの先輩・みゅうとに怪我をさせてしまう。あひるは何とかみゅうとに謝ろうと思うのだが、彼の友人・ふぁきあに阻まれてなかなかみゅうとに近付けずにいた。そんな時、あひるの目の前で、小鳥を助けようとしたみゅうとが寮の窓から転落してしまい…。

プリンセスチュチュに変身してみゅうとを助けたあひる。だが、目を覚ました彼女は自分が鳥のあひるである事に気付く。そこにドロッセルマイヤーが現れ、心臓を失くした王子様の話を語り始める。そして、プリンセスチュチュとして王子を救う決意があるならという条件で、あひるは女の子に戻してもらい…。

プリンセスチュチュとしてアリクイ美に宿っていたみゅうとの心を戻して、有頂天なあひる。だが、みゅうとと恋人のるうがデートに出かけるところを目撃したあひるは、落ち込んでしまう。そのデート中の2人の様子が変な事に気付くあひる。そんなみゅうととうっかり鉢合わせしたあひるは、2人で道に迷ってしまうが…。

あひるは、王子様とは決して結ばれないというプリンセスチュチュの哀しい運命を知ってしまった。それでもみゅうとを助けたいという思いが募るあひる。そんな折、みゅうとが行方不明になってしまう。ひょんな事から共にみゅうとを探す事になったあひるとるうは、彼が幻のような古い屋敷の中へ入っていくのを見付けて…。

今日は火祭りの日。一番上手に踊った恋人たちが結ばれるという言い伝えのあるお祭りだ。その中で、あひるはるうと待ち合わせをするみゅうとを見かける。だが、そこにふぁきあが現れ、みゅうとを図書館に幽閉してしまう。るうの為にもみゅうとを助け出そうとするあひるだが、みゅうとの姿は図書館から消えていて…。

段々と心を取り戻していくみゅうと。それを喜び、頑張って心を取り戻そうと張り切るあひる。だが、彼女とは対照的に、ふぁきあとるうは不安を感じていた。そんなある日、町の劇場に巡業のバレエ団がやってきた。その見学にいったあひるは、何故かそこの看板女優に見込まれてオーロラ姫を演ずる羽目になってしまい…。

みゅうとがチュチュに心を戻してもらう事に不安と恐怖を抱いている事を知ったあひるは、チュチュとなる事を止める決心をし、ペンダントを投げ捨てた。一方、みゅうととふぁきあは人目を避け、川沿いの水車小屋に身を隠していた。そして、みゅうとが川岸で不安を持て余していると、川から不思議な声が聞こえて…。

プリンセスクレールに心のかけらを奪われてしまったあひるだが、みゅうとの為に心を取り戻す思いに迷いはなくなった。一方、クレールに変身したるうは、奪った心のかけらにより心を惑わされていた。そして、みゅうとを巡って再び対峙するチュチュとクレール。だが、そこに仮面とマントを身に付けた男が現れて…。

みゅうとに拒絶され、町をさまようふぁきあ。一方、るうは自分の力を恐れ、自分が何者なのかを悩んでいた。そんなるうを陰から見つめる少女・まれんに気付き、接触するあひる。まれんもまたみゅうとの心のかけらにより、心を惑わされていた者の1人だったのだ。心を返そうとするチュチュとみゅうとを見たるうは…。

ふぁきあから剣を向けられ、その場から逃げ出したチュチュ。彼女が残したペンダントを拾ったふぁきあは、その正体を疑う。一方、ペンダントを落とし、人間の姿でいられなくなったあひるは、ふぁきあがペンダントを持っている事を知る。そして、鳥のままふぁきあの後をつけたあひるは、そこで彼の哀しい運命を知り…。

3度も危機を救ってくれたチュチュへの想いが募るみゅうとは、美しいペンダントを彼女に贈ろうとしていた。それを知ったあひるとるうは、それぞれの思いを抱えて悩む。ひたすらチュチュを待ち続けるみゅうとを見て、チュチュに姿を変えて現れるあひる。チュチュに会えた事を喜び、みゅうとは彼女にペンダントを贈るが…。

クレールにチュチュとふぁきあが敗れ、みゅうとは再び心を失ってしまった。そこへるうが現れ、あひるたちの目の前でクレールへと変身する。それを見て、戸惑い悲しむあひると、敵意を燃やすふぁきあ。そして、クレールは湖にこいと言い残し、みゅうとを連れ去ってしまう。そんな2人はクレールを追って、湖へと向かい…。

みゅうとを巡って対決するチュチュとクレール。王子に告白すると光の粒になって消えてしまうというチュチュの運命を知りながらも、クレールは王子に愛を伝えて取り戻してみろとチュチュに言う。そんな時、クレールに戦いを挑み、傷付き湖に沈んでしまうふぁきあ。それを見たチュチュは、王子に愛を伝える決心をして…。