幼い弓子は特徴的な容姿のせいで小学校のクラスメイトや担任とうまく行っておらず、 クリスマスの日小学校を飛び出す。 そして曽祖父の残した手記と魔法の杖を持って魔法使いになるという、以前から立てていた計画を実行にうつす。 計画のため家を飛び出した弓子だったが、突然「杖を渡せ」と魔法使いに襲われる。 魔法の使い方がわからない弓子はそれを教えてもらうため、手記に挟まっていた魔法学校を訪ねることに。 ところが魔法学校の門前で再び魔法使いに襲われ、絶対絶命の大ピンチに！ それを救ってくれたのは、初対面のはずに弓子を「友達」だといい、 魔法使いの攻撃に金たらいを召喚して防ぐ「姉原美鎖」だった！？
何もない所で転ぶほどドジな高校生・森下こよみは、不甲斐ない自分自身を変えるため、 偶然手に入れたあやしげなチラシを手に、魔法使いの魔法技術を現代に蘇らせた 現代魔法の第一人者・姉原美鎖とその弟・聡史郎の屋敷を訪れる。 美鎖のアトリエで現代魔法を体験するこよみだが、魔法は発動せず、ショックを受けて姉崎邸を後にする。 その後秋葉原で偶然美鎖の仕事現場に居合わせ、トラブルに巻き込まれたこよみは 美鎖の仕事を手伝うことになり...。
こよみは現代魔法の第一人者・姉原美鎖の許に弟子入りをし、魔法使いになるべく修行をすることに。 ところがどんなコードもたらい召喚のコードに変換されてしまい、なかなかうまくいかない様子。 そんな中、何者かが呼び出したデーモンに襲われるこよみ。 助けてくれたのは古典魔法を使う謎の美少女、一ノ瀬弓子クリスティーナ。 彼女と共にデーモンを追いかけることになったこよみだが......。
弓子と美鎖は以前からの知り合いだった。 だが、弓子はでーもんを呼び出したのは美鎖だと攻撃を仕掛ける。 そんな弓子を落ち着かせてでーもんを呼び出しているコードの分析をしてみると、 美鎖が以前作ったコードに何者かが手を加えたものだとわかった。 手がかりを探すため、美鎖たちが訪れたのはなぜかとしまえん。 プールでこよみたちが遊んでいる間に美鎖は遊園地でフリーの凄腕プログラマー、 ゲイリー・ホアンにコードを作り変えた者が誰か調べてもらう。 犯人は神西九十九だとわかるが、彼はすでに死亡しているらしい。 一方、人口波のプールで遊んでいたこよみはビックウェーブに飲み込まれてしまい......
姉原邸の前で魔術師・ギバルテスに襲われている弓子を助けたこよみ。 こよみは美鎖に頼まれて、彼女が作ったワーム型ウィルス・クリスマスショッパーの パスワードを調べに6年前に来ていたのだった。 6年前の美鎖に会い、力を貸してもらえることになったこよみだが、弓子を放って置けず、探しに出かける。 一方、美鎖が仕掛けようとしている大規模魔法に気づいた謎の魔法使いは 美鎖に取引を持ちかけに姉原邸へやって――。
再び弓子とこよみの前に姿を現す魔術師・ギバルテス。 弓子はこよみを元の世界に帰すため、一人でギバルテスに立ち向かおうとする。 しかし、こよみも弓子を見捨てて元の世界に帰ることができず、戦いの場に戻ってくる。 しかし、ギバルテスに杖を奪われてしまう弓子。 杖に封印された"魔女のライブラリ"を手に入れたギバルテスに苦戦を強いられる弓子とこよみ。 そこへコードを組み終えた美鎖が駆けつけ――。
一向に魔法が上達しないこよみ。 美鎖のアミュレットや、弓子の杖のように魔法のアイテムがあれば自分も上達できるのではと考えたこよみは、 嘉穂と偶然会った弓子と共にアイテム探しの買い物へ出かける。 そこで見つけたカメのぬいぐるみに基盤を入れてもらい、再び練習に励むこよみ。 だがやはり金だらいになってしまうが、その直後に猫たちが集まり始め――。
美鎖は嫌な予感を抱えつつ、飛行機に乗っていた。 そこへ、美鎖のPCに差出人不明のメールが届く。 メールには飛行機に爆弾が仕掛けられていることを告げる内容だった。 嫌な予感が的中した美鎖は仕方なく、電子機器の精霊jiniに協力をしてもらいつつ爆弾を探すことに。 機内をくまなく探すうち、美鎖は犯人の本当の目的に気づく。犯人の目的とは一体――？
新しく建てられた超高層ビル内のとある会社から仕事の依頼を受けた美鎖は、 わざわざ美鎖の目を盗んで何者かが姉原邸に泥棒に入ったこともあり、 犯人の罠ではないかと思いつつ、こよみを連れて依頼主の元を訪れる。 案の定、依頼主は存在せず、美鎖は相手が仕掛けてくるのを待つために、ビル内にとどまることに。 そこへ、いつものように美鎖の犯罪すれすれの仕事を止めるべく弓子が乗り込んでくる。 が、犯人の目的は美鎖ではなく弓子だった。 弓子を救うため、弓子と対峙する美鎖。本気でぶつかり合う二人の勝負の行方は――？
弓子との戦いで深手を負った美鎖は瞬間移動のコードで弓子の前から消えてしまった。 美鎖を助けるため、必死で美鎖を探す弓子。 一方、嘉穂の家のポストに血がついた美鎖のアミュレットが投函されていた。 嘉穂は自分にできることを察し、行動を起こす。 こよみも昨日の出来事の真相を確かめるため、姉原邸を訪れるが、美鎖の姿はなく、 さらに「美鎖は死んだ」と弓子が言っていたことを聡史郎から聞かされる。 そこで弓子と合流して美鎖を探すことにしたこよみはゲーリーホアンとゴーストスクリプト化したギバルテスと再会する。
ゴーストスクリプト化した美鎖と再会した弓子。 美鎖からゲーリー・ホアンとギバルテスが伝説の魔女「ジギタリス・フランマキア」を 甦らそうとしていることを知らされる。そしてそこに現れる、ゲーリー・ホアンとギバルテス。 一方こよみと嘉穂は秋葉原のとある路地裏に人払いのコードがめぐらされている一角を発見し、 そこで美鎖本体と再会する。こよみは弓子に早く知らせようと携帯を操作する。 弓子はギバルテスとの戦いに決着をつけ、さらにこよみからの美鎖発見の朗報にほっとしたところを、 突然倒したはずのギバルテスの光の剣に貫かれてしまう。
弓子の中から覚醒したジギタリスが秋葉原を焼きつくそうとする中、 美鎖はジギタリスに対向するためのコードをすでに用意していた。 それはジギタリスを弓子ごと異世界に飛ばしてしまうものだった。 弓子一人が犠牲になることが納得に行かないこよみは、一人、再び弓子に会いに秋葉原へ戻る。 こよみは伝説の魔女ジギタリスを止め、弓子を救うことができるのか――？
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