18世紀のフランス。ある夜明け、リア・ド・ボーモンという女性の亡骸がセーヌ河を流れ着く。棺桶の蓋には謎のアルファベット《PSALMS》（＝詩篇）が刻まれていた。 その弟、デオンは、淑女連続失踪事件の謎を追っている。姉はその犠牲者の一人だった。やがて、捜査を続けるデオンの前で禁忌の歴史が幕を開ける。

ガーゴイルを前に、デオンは窮地に立たされる。そんな時、彼の身に舞い降りた姉＝リアの魂を受け入れ、リアの姿に変身したデオンは圧倒的な剣術でガーゴイルを斬り倒す。だが、元の状態に戻ったデオンは、その時の記憶を失っていた。戸惑いつつも捜査を再開するデオンに、王妃マリーは自らの従者・ロビンを付き従わせる。

デオンたちにガーゴイルが襲い掛かってきた。だが、四銃士はその大群を退け、ガーゴイルを創造し使役する力を持つ《詩人》カロンを捕らえた。しかし、デオンは生来の心の優しさからカロンの尋問に徹しきれず、拷問を行うデュランに上信が募っていく。その夜、デュランは仲間たちの目を盗み、カロンを逃がしてしまう。

サン・ジェルマン、カロン、謎のロシア人・ボロンゾフといった《革命教団》のメンバーと共に、オルレアン公が動き出した。同じ頃、デオン一行も事件の背後にフランスの革命を狙う革新派の存在があることを突き止める。デオン一行は事件の鍵を握るボロンゾフの追跡を開始するが、彼らの前には再び《詩人》が立ちはだかる！

年に一度の復活祭が訪れた。デオンは許婚であり、リアの良き理解者でもあったアンナと共に、思い出の地・ロンシャン村を訪れる。束の間の休息を楽しむ二人だったが、その帰り道にデオンは偶然ボロンゾフの姿を発見し、アンナを残し彼の後を追う。人ごみの中でボロンゾフと対峙したデオンは、彼の言葉に衝撃を受ける。

国王ルイ十五世は、さらなる王命に従う覚悟がある者にだけ任務を与えていた。その任務を受けた彼らは、約束の期限まで思い思いの時間を過ごす。デオンはリアの魂が彷徨っている理由を知り、犯人を見つける手がかりを掴むため、王妃マリーの元を訪れた。デオンはマリーに命じられるまま、リアの形見のドレスに身を包む。

ルイ十五世の命を受けたデオンたちは、フランスの未来に関わる秘事が記されている《王家の詩》を取り戻そうとロシアへ向かう。ドイツの西部、ケルンにたどり着いた四人は、宝石商を装い宿に泊まる。そこにサン・ジェルマン伯爵の刺客《錬金術師》カリオストロ伯と、彼に仕える凄腕の美少女《詩人》ロレンツィアが現れる。

ボロンゾフを追うデオンたちは、ロシアのサンクトペテルブルクにたどり着いた。デオンは女帝エリザヴェータに謁見し、ロシア国内での活動許可を得るために仮装舞踏会に潜入する。一方、デオンたちを追うカリオストロとロレンツィアは、大宰相ベストゥージェフに取り入ろうとする。そこに謎の男マクシミリアンが現れる。

仮装舞踏会へ侵入し、エリザヴェータの信頼を勝ち取ることに成功したデオンとロビン。姉・リアと旧知の仲だったエリザヴェータに、自分の想いを理解してもらったデオンは、彼女からボロンゾフを捕らえることの許可を得る。一方、エリザヴェータ暗殺を企てるベストゥージェフとボロンゾフは、計画を実行に移しつつあった。

デオンたちの活躍により、ロシアは束の間の平穏を取り戻した。そしてデオンたちは、《詩篇の力》を獲得したボロンゾフの捜査を再開する。これでエリザヴェータの帝位が安泰するかに見えた時、いまだに王の座を諦め切れずにいた彼女の甥・ピョートル三世の元へ、《王家の詩》の獲得を目指すマクシミリアンが近づいて…。

ボロンゾフから決闘の申し込みを受け戦っていたデオンは、ボロンゾフから《革命教団》の理想、《リア殺害》の秘密、そして《王家の詩》の謎を聞かされた。その後、デオンたちは、ロシア国内で自らの野望へと邁進するピョートル三世に対抗すべく、その妻・エカテリーナから国の未来を賭けた秘策への協力を求められる。

再び剣を交えるデオンとボロンゾフ。詩篇の力に蝕まれ正気を失いつつあるボロンゾフは、リアを殺した犯人が自分ではないことを告白する。一方で、暗躍を続けてきたマクシミリアンがついに《王家の詩》を手に入れ、《革命教団》の本拠地であるイギリスに渡った。そしてデオンたちは、全ての鍵を握るマクシミリアンを追う。

ロンドンにやって来たデオンたち。全権大使のゲルシイ伯爵に接した彼らは、ゲルシイの提案でロバート・ウッド英国外交補佐官の持つ機密文書を奪う作戦を練る。機密文書が手に入れば、イギリスに蔓延る《詩人》の動きを掴めるからだ。そしてロバートに会うため、宮廷に赴いたデオンは王妃メアリー＝シャロットと出会う。

デオンの脳裏をフラッシュバックするリアの記憶。その多くがマクシミリアンとの思い出だった。リアの望みは、願いは何なのか。苦悩するデオンをよそに、フランス大使館では機密書類を奪うための夜会が行われる。夜会は滞りなく進み、デュランとロビンは機密書類を手に入れるが、その書類には驚愕の秘密が記されていた。

デオンの元に届いたアンナの手紙には、フランス国内での革新派の動きなどが書かれていた。そして、デュランはルイ十五世から届いた書簡を見て、そこに記された密命により苦悩と葛藤の底へと叩き落とされる。さらにロバートの機密書類を見たデオンたちは、《革命教団》の《詩人》ホワイトヘッドたちから追われることに…。

デオンは王妃メアリーに謁見した。メアリーはデオンたちへの嫌疑を取り下げる交換条件として、《革命教団》暗躍の証拠を得ることを提示する。そしてメアリーはデオンに、自らの驚くべき秘密を明らかにする。一方、マクシミリアンはイギリスとフランスの開戦をしかけるため、国王ジョージ三世やゲルシイ伯爵と接していた。

フランスの《革新派》が計画する陰謀の重大な証拠を手に入れたデオンたち。だが、追われる立場ではそれをルイ十五世に伝えることはできない。そこで四人は《王家の詩》を奪い返すために、マクシミリアンの待つメドメナムを目指す。そのテムズ湖畔の聖地では、マクシミリアンを教団の首魁ダッシュウッド卿が出迎えていた。

メドメナムに向かうデオンたちを、チャールズ牧師の一団が襲う。その最中、デオンにリアが降臨。暴走して周囲のもの全てを破壊するデオン＝リア。その後、正気を取り戻したデオンは、マクシミリアンがリアを呼んでいると呟く。その言葉を裏づけるように、聖地メドメナムの信徒たちはデオン＝リアだけを最奥部へと招く。

ついに書類と《王家の詩》を手に入れたデオンたちは、フランスへの帰還準備を始める。書類には王の権威を守るためにイギリスが計画した戦争の詳細が書かれていた。それは、デオンたちが書類窃盗の罪を免れる良い材料だった。しかし、デュランがロビンに壊れた懐中時計を託し、書類と《王家の詩》を持って消えてしまう。

イギリスではゲルシイとサンドイッチ、ジョージ三世が失脚し、フランスではポンパドール夫人を中心とする革新派が窮地に立たされていた。まるで仕組まれていたかのように世界の勢力図が塗り換わっていく。そんな中、幾人もの犠牲を払いながらも任務を果たさなければならない「騎士」の生き方に、ロビンは反発し…。

フランスとイギリスは平和条約を結んだ。そして、アンナの元にはデオンからの手紙が届く。デオンがフランスに帰ってきて、傍にいてくれると。だが、フランスへとたどり着いたデオンは、オルレアン公に拘束されてしまう。その頃、パレ・ロワイヤルでは演説家たちが民衆を扇動し、国王軍と戦闘を始めようとしていた。

ポンパドールの革新は潰えようとしていた。追い詰められたサン・ジェルマンは、次期国王のオーギュストを狙う。一方、デオンとロビンは王妃マリーへ《王家の詩》を届ける。そこに描かれたリア殺害に端を為すドラマの背景は、悲劇に彩られていた。そして、フランス宮廷で《守旧派》と《革新派》、最後の戦いが始まる。

デオンのプロポーズを受け入れたアンナは返事を書く。デオンの存在全てを受け入れると。一方、ロビンは現在のフランスと「騎士」への疑問を抱き始め、マクシミリアンの思想に傾倒していく。変革の波が押し寄せる中、ルイ十五世は玉座の前で孤独を噛み締めていた。そして、デオンは自らの意思で《王家の詩》を開く。

長き旅を終え、リアとデオンの魂は完全なる融合へと導かれてゆく。《王家の詩》が歴史に秘められた真実を明かす中、デオン＝リアとマクシミリアンはヴェルサイユの庭園で再会を果たす。リアの魂に冥福は訪れるのか？ デオンとロビンの運命は？ 様々な人々の思惑と歴史の運命に翻弄され、フランスの一つの時代が終わる。