古き貴族連合艦隊とヴェッティ率いる新貴族連合艦隊との大決戦。 新貴族艦隊の勝利、その後ヴェッティは神聖帝国を樹立。 だが、それは圧政 の始まりにすぎなかった。 そしてそのヴェッティ政権打倒の為に立ち上がった のが、ミシェル率いる人民軍である。 彼らはある日、領土艦の合併が行われる 貴族同士の結婚式に潜入し、 領土艦の争奪に成功するが、神聖帝国軍の追撃に あってしまう。 ミシェルが絶対絶命に陥ったその時、そこに一筋の光が…！？

宇宙の闇を切り裂く光が、敵の巨大戦艦を貫く。 その光、クレオが駆るガラスの戦艦 の圧倒的強さ。 そこにミシェルは新たな救世主の姿を見るのだった。 一方、神聖帝国 の中枢である「コート・ドール」では、 皇帝ヴェッティの下を十字星教法王ゴルナが 訪れていた。 提案された法王の娘との婚姻を時期尚早とはねつけるヴェッティ。 だが、 その夜の仮面舞踏会でヴェッティはある女性と接触する。 それぞれの出会いが導く、 彼らの運命とは…！？

クレオ一行は掃き溜めの星・オルレアンに降り立つ。 十字星教の禁忌の触れると上陸を恐れるジャン等を後目に、 クレオは一人雪山へと向かう。後を追うミシェル。 氷の城で二人を待っていたのは、謎の預言者ギルティだった。 彼女は一つの予言を クレオに告げる。 間もなく二人と入れ違いに、現れたのはなんとヴェッティであった。 そうとは知らずクレオと全く同じ予言を受けるヴェッティ。 彼らに告げられた予言の 意味するものとは・・・！？

街の片隅のバーで偶然にも出会ったクレオとヴェッティ。 視線が重なり、 本能的に抜刀する二人。 相手がヴェッティだと分かり剣を抜くミシェル だったが、 二人の間に入ることはできない。 互いに一歩もひかぬ攻防戦 が繰り広げられる中、 騒ぎをききつけた各々の戦艦が彼らを助けにやって くる。 そして戦いは戦艦同士の一騎打ちへ。 互いの船体に大きな疵を付け るも、未だ決着はつかない。 そしてヴェッティ配下　のジョンフォール 艦隊が来援し…！

ヴェッティ救援に来襲したジョンフォール艦隊は、 まんまとヴェッティを 離脱させる。 だが、凄まじい機動力を誇るガラスの戦艦の敵ではなかった。 その頃、自領に着いたヴェッティは、 レイチェルが自らとの結婚を拒んだことを知ると、 彼女に手紙を綴る。 愛の歌を、愛無き心で。 全ては十字星 教の力を欲するがために。 一方、カベル領へと急ぐガラスの艦隊は、難破 した貨物船を発見、救助する。 ガラスの戦艦に移乗する船員の中に、思わぬ人物が…！？

救出した難破船の船員の中にミシェルは戦死した兄そっくりの人物、ジルを見つける。 予期せぬ出会いに心乱れるミシェル。 一方、ヴェッティの下に、 レイチェルより偽りの愛を語るヴェッティを道化になぞらえた手紙が届く。 思わぬ返事に愉悦を覚えるヴ ェッティ。 が、突如右目の激痛に襲われてしまう。 その様に不安を覚えるラルフ。 その頃、真実を確かめようとジルを再び訪ねるミシェルだったが…！？

カベル領に辿り着くクレオたち。 迎える民衆は英雄ミシェルの帰還に湧いた。 ミシェルは、クレオを救世主として人民軍の中心メンバーに紹介するも、 クレオ達の非協力的な態度から、テオドリック等メンバーも彼らに不信感を募らせる。 一通りの歓迎が済み、屋敷で一人思いに沈むミシェルに仕掛けたアイメルの悪戯が発端で、 ヴォルバン家に関する衝撃の真実が明らかになる。 そしてミシェルの口から語られる、真実とは…？

ジョンフォール艦隊の強襲に苦戦する人民軍艦隊。 クレオ達も出撃するが、 烏合の衆である人民軍に辟易する。 業を煮やしたクレオはガラスの戦艦単独での戦闘により、戦局を覆す。 その頃、バロディカではレイチェルの仮面 外しの儀式が行われていた。 貴族達の注視の下、外されていくレイチェル の鉄仮面。 仮面の下から顕れた姿とは？ 式後、挨拶に訪れたヴェッティの 言葉にレイチェルは、ある事に気付く…。

宇宙最大の中立勢力バルドー領。 その領主B．Bこそが宇宙有数の権勢家 であり、今後の戦いの趨勢を握る女性であった。 そして今、まさにクレオ 達が彼女との交渉に向かわんとしているとの情報が、 レイチェルよりヴェッティにもたらされる。 レイチェルが去った後、再びヴェッティを右目の激痛が襲う。 だが、以前と同様に間もなくして落ち着くと、彼はラルフに彼の野望を話し出す。 ヴェッティから語られる、彼の野望の真意とは？

バルドー領のB.Bの居城に、人民軍と神聖皇帝軍が、 同時に彼女との交渉に訪れていた。 だが、全く気付かない両者。 彼らはこの強かな女公爵に向けて事態の重要性を鳴らし、説く。 しかし、のらりくらりと話をはぐらかすB.B。 交渉が平行線を辿る 中、クレオの思いがけない一言にB.Bがとった行動とは？ その頃、ラルフがバロティカのレイチェルの下を訪れていた…。

バルドー領に倣い、いくつかの諸候達も人民軍への参加を表明し、 一大勢力にのし上がる人民軍。またたく間に銀河の戦局バランスは一転していく。 その頃、コート・ドー ルでは、 レイチェルがヴェッティとラルフの抱擁を目撃してしまう。 悔蔑の言葉を浴 びせるレイチェルに対し、 ヴェッティから語られる自らの隠された過去とは…？ そし て、今まさに神聖皇帝軍と人民軍との戦いが始まろうとしていた。

神聖皇帝軍と人民軍の戦いは、その当初より苛烈を極めた。 戦いが混戦の度合を 深める中、ガラスの戦艦単独でコート・ドールのブリッジへしかける。罠を張り 待ち受けるヴェッティ。 そして二人の剣は再び激しい火花を散らす。 激しい戦闘 が続く中、カベル領に突如、和平交渉の席が設けられる。 果たしてこの和平交渉 に隠された陰謀とは？ クレオ、人民軍達の運命とは？

深遠なる宇宙の闇ときらめく星々に目を凝らしながら、 物思いにふけていたミシェル。 クレオたちと共に、希望を抱き絶望を乗り越えながら歩んできた、 これまでの軌跡を振り返って。

監獄施設の医務室で目を覚ますクレオ。 クレオ達を乗せた脱出艇はコート・ドールから無事脱出したものの、 辿り着いた砂漠で捕らえられていたのだった。 監獄の女医ミュスカは、驚異的な回復を見せるクレオの身体に歪んだ興味を抱くが、 監獄への移送によりクレオは事無きを得る。 今や全領土艦の７割を掌握している神聖帝国。 しかしヴ ェッティはバルドーを始め、残りの領土艦の獲得を側近らに急がせる。 ヴェッティの 目的とは？ そして、幽閉されたままのミシェルは、 人民軍への不当な扱いを訴えるため、ヴェッティに詰め寄るが…。

囚人達をすっかり配下に収め、脱走を画策するクレオ。 いよいよ作戦決行の日、自分の身体を調べてくれとミュスカに持ちかけ、 医務室に移送「された」クレオは、そこで、彼の身体のある秘密を知る事となる。 自分も知らぬ事実ではあったが、驚くのも束の間、 医務室を制圧したクレオは計画通りに脱走を計る。 看守長シークによる罠を切り抜け、 辛うじて監獄敷地内の坑道に辿り着いたクレオは、 その最深にある牢獄で 一人の老人と出会う。

クレオが刑務所の最深部で出会ったのは伝説の武人ガウェイン提督であった。 王皇軍の壊滅後、処刑されることなく、 30年近くこの地に捕らえられていたのだった。 クレオは、ガウェインの口からこの銀河に関する重要な事実を聞かされる。 衝撃の真 実を前に新たな思いを決意するクレオ。 一方、愛を求めるレイチェルを辛辣に拒絶し、 床を離れたヴェッティは一人稽古場でクレオへの思いに剣を振るっていた。 だが、そこにミュスカが突然訪れ、 ヴェッティの右目の秘密と共通の秘密を持つ者がもう一人いる事を告げるのだった。

今から20数年前、銀河が若き良王マグヌス・コルベイユの統治下にあった時代。 王の 傍らには親友で忠臣でもある若き日のエッカルドがいた。 ある日、彼は武勲を称えら れ、王家秘伝のガラスの戦艦を賜るという最高の名誉に浴する。 だが、これを苦々し く思う若きゴルナ司教の姿もそこにあった。 やがて、マグヌスとエッカルドはある一 人の美しい娘と出会う…。 クレオに初めて語られる、二人の父と母の物語。 クレオの 心に芽生える思いとは？

未だ散り散りのガラスの戦艦のクルー達。 しかし遂に、主無きコート・ドール内で、シルアがミシェルの救出を、 そしてノヴィ達がガラスの戦艦の争奪を開始した。 その頃、ヴェッティ延命の鍵を探るべく、ギルティの下を訪れ訪れたラルフは、 新しいお 告げをきかされ、その“ある物”の発見を心に誓う。 一方、クレオ達はガウェインから、ここが掃き溜めの星であり、 目指すギルティの城の伏せられた秘密を教えられる。

再び合い交えるクレオとヴェッティ。 ヴェッティが放った巨大砲弾は、ガウェインの巨大戦艦に回避される。 浮上し応戦する巨大戦艦だが、慣れない船足の遅い巨艦での戦闘に苦戦するクレオ。 そこでガウェインは指揮を引き継ぎ、巧みな戦術により敵艦を撃破、 そのままヴェッティ艦へ強制接舷を果たす。 そして、敵艦隊に乗り込んだガウェインは、迫る敵兵をクレオに任せ動力部内に辿り着く。だが、そこで待ち受けていたものは…。

「黒十字に至り、新たな銀河を手にする」という十字星教の教義の為に、 バロディカの地下で秘密裏に細工を施す法王ゴルナは、 そのブリッジでレイチェルに一振りの宝剣を託す。 一方、神聖皇帝軍の追撃に晒されていたガラスの戦艦は、 突如現れた巨大 戦艦の敵艦隊への撃破により、窮地を救われる・・・。 そして、その艦からガラスの戦艦へとある人物が降り立つ…。

B.Bの居城でクレオは、銀河の未来の為に、 今後は私情を捨ててヴェッティと手を組 む選択もある事をミシェルに提案する。 ヴェッティの名に過剰に反応するミシェル。 すると現れたB.Bは、そんなミシェルの「性」を見抜き、 性別ではなく彼女の偶像性の重要さ、そして新たな選択技の有用性を指示する。 その頃、バルドー領地に密かに不穏な人影が降り立っていた。。。

ミシェルと見つめ合うクレオの姿に複雑な想いのアイメル。 その胸に蘇るクレオとの出会い。 それはまだアイメルがスラムでくすぶっていた頃、 彼女が貴族相手のひったくりのついでに狙った相手、それがクレオだった。 一方その頃、彼女が住むスラムの 住人達には、領主より立ち退きが勧告されていた。 この場所を守るのは自分だと吼え るアイメルだったが、 住人達との温度差は激しく一人孤立してしまう。 それでもある晩、領主の屋敷に単独で乗り込むが・・・。

十字星教の教義の為に、陰謀を企てていた法王ゴルナだったが、 突如作戦は暗礁に乗り上げる。 焦るゴルナの前に現れるヴェッティ。 実は、全ての目論みは看破されてい たのだった。 一方、強力を仰ぐべき貴族諸候との会見に、疲弊したミシェルは、 全て から逃れようと森へと向かう。 だが、森で彼女を待っていたのは、深い霧と自らの心に潜む恐怖心だった。 染み出す幻想に追われ、崖に足を滑らせてしまったミシェルの手を掴む者が・・・？

瞳の疼きに耐えながら、予言の差す銀河の覇者が自分かクレオか、煩悶するヴェッティ 。 そこにラルフから新たな予言についての報告を受ける。 一方、地下牢に入れられて いたゴルナは、子飼いの兵を使い、 再びコート・ドールの操作を行う。 さらに、ヴェッティの行動を捕捉したクレオ達もヴェッティの元へ向かう。 ついに、クレオ、ヴェッティの命運を決する時が来た！

コート・ドールに、強制的に併合されていた領土戦艦などを救い、 人民軍の戦力を増すことに成功したミシェル。 遂に、最後の決戦が幕を開ける。 人民軍に向けて神聖皇帝軍の全艦隊を出撃させたヴェッティと それを 迎えるミシェル・クレオ達。 一方、十字星教のゴルナ法王は、戦いを間近に控えたコート・ドール内で、 娘レイチェルに自分の真の目的を打ち明けるが…。

ゴルナ法王亡き後、第247代十字星教法王となったレイチェルは、 十字星教の教えに 従い、信者達と共に黒十字へと旅立つ。 一方、クレオ・ミシェル達人民軍とヴェッティ率いる神聖皇帝軍の 戦いは熾烈を極めていた。そんな彼らの行為を嘲笑うかの様に、 黒十字は全銀河を飲み込む勢いで肥大化し続ける。 クレオは、この銀河を黒十字から 救う事が出来るのか？ クレオとヴェッティの戦いの行く末は？