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男子高校へ転入してきた河野亨は男ばかりの校内にむさ苦しさを感じるが、なぜかクラスメイトから歓迎ムードを受ける。 クラス委員の坂本の案内で校内を見回る亨だが、生徒の坂本に対する態度や校内の雰囲気にさらに戸惑ってしまう。 困惑したまま寮に戻った亨は、同じクラスの裕史郎からこの学校の『姫制度』について知らされる。

裕史郎、実琴とともに生徒会室に呼ばれた亨は、姫制度について説明を受け、会長の有定から正式に姫の要請を受ける。 断るつもりでいた亨だが、姫になると様々な特典があるときき、姫を引き受けることに。 こうして３人になった姫のお披露目会が開かれることになった。

間近に迫った地区予選大会にむけ、毎日各部を応援することになった姫達。亨にとっては姫初仕事。だが、予選を突破されてしまうと校外でも姫姿で応援をしなくてはならず、張り切る生徒達を前に複雑な気持ちになる。 そんな中、１０年間勝ち知らずの野球部が予選を突破してしまい、校外での応援を嫌がる実琴は裕史郎と言い合いをしてしまう。

一学期終業式。彼女がいる実琴は亨と裕史郎に散々いじられながらも、終業式当日に実家へと帰っていった。寮に残った亨と裕史郎は勉強をしようとするが、寮 では昼間冷房が止められてしまい勉強どころではない。そんな中、裕史郎のもとに実家から電話が入る。

夏休みのある日。 各部を応援していた姫３人は化粧を直すため家庭科室にむかう。 すると家庭科室の床に散らばる無数の薔薇。 気味の悪い光景に、単なるプレゼントではない何かを感じる３人だったが…

夏の大会の応援が終わり、亨たち姫にもようやく自由な夏休みが訪れることになった。実琴は有定会長への終了報告もそこそこに彼女のもとへ。 残された亨と裕史郎は生徒会の仕事で学校によばれていた秋良に会う。 そこへやってきた有定会長は、自分の後任は先代坂本様の弟である秋良だけだと話し、自分は先代坂本様にはかなわないと話す。 それを聞いた亨と裕史郎はあの会長がかなわないという先代坂本様に会いに、秋良の家に遊びに行くことにする。

夏休みが終わり、２学期が始まった。徹夜で宿題をしていた実琴はいつにもまして生徒達にいじられ、亨と裕史郎は新学期早々、救いを求める生徒達に姫スマイルでこたえていた。 放課後、行事が多い２学期のスケジュール打ち合わせのため、生徒会に呼び出された姫３人。そこで亨たちは、合唱コンクールでの前座を命じられる。 それを聞かされた実琴は…

さやかとの一件が頭から離れない亨。 亨が心配な裕史郎と実琴は秋良に相談をする。 そんな中、藤森学園に一人の男がやってくる。 それは父親のあとを引き継いで藤森学園の新しい理事となった、竜崎だった。有定会長に迎えられた竜崎は、校内で姫姿の亨たちをみて唖然とする。

学園祭が近づき、自分達のステージの稽古に励む姫３人。 稽古を見守る秋良は有定会長から自分の兄が学園祭に参加することを知らされる。一方彼女が遊びにくる予定の実琴は、その時間だけ姫の格好をしなくてもいいと許可をもらう。 いよいよ学園祭初日。開会式終了とともに、秋良の兄・春海も参加の学園祭名物オリエンテーリングがはじまり、準備をしていた亨たち。 そこへ裕史郎の家族があらわれる。

学園祭２日目。 一般開放日であるこの日も、亨たち姫は仕事に追われていた。 そんな中、彼女が来る予定の実琴は一人そわそわと落ち着きがない。 早く姫の衣装を脱ぎたい実琴だったが、姫はあちらこちらでひっぱりだこ。 やっと仕事を抜けて彼女との待ち合わせ場所へ。 そこへ実琴の姉・麻琴と共に、彼女の恵がやってくる。 幸せいっぱいで恵と二人で校内を見てまわる実琴。 そのころ亨と裕史郎は実琴たちを見つけようと校内を歩き回っていると、実琴そっくりの麻琴に出逢う。

学園祭も終わったある日、裕史郎のもとに差出人のない一通の手紙が届く。 何気なく手紙をあける裕史郎。 すると手紙の中に光るカミソリ。 さらに寮にイタズラ電話や、身に覚えのない大量の荷物が届く。 その様子を見ていた実琴はみんなに相談したほうがいいと心配するが、裕史郎はこのことは亨に言うなとだけ答える。 不安に思った実琴は秋良に相談をする。

逃げ出したさやかを追いかける亨達。 必死で逃げるさやかはどんどん山の中へ入っていく。 視界が開け、目の前に崖が見える。 逃げ場のなくなったさやかだが、亨たちが近づこうとするとここから飛び降りると叫ぶ。 亨への思いをぶつけるさやかに裕史郎は・・・