アリカ・ユメミヤは14年前に生き別れとなった母を捜して、そして母と同じオトメになることを目指しヴィントブルームへとやって来た。到着後、オトメ養成学校ガルデローベのコーラルオトメのニナとヴィントブルーム王国の王位継承者マシロ姫と偶然出会い行動をともにする。だが、知らず知らずの内に事件に巻き込まれ、ついにはマシロを狙って現れた怪物・スレイブに襲われてしまう。スレイブの圧倒的な力の前に成す術のないアリカ。そこでニナは、オトメの力、コーラルローブへマテリアライズして戦うがそれでも歯が立たない。そんな絶体絶命のピンチに、ガルデローベからマイスターオトメのシズルが助けに現れる。スレイブをあっという間に一刀両断するシズル。その美しくも華麗なる戦いの舞いを見たアリカは、自分もシズルのようなオトメになると決意する。

学園長のナツキに、ガルデローベの入学をお願いしたアリカだったが、入学には審議会での審査が必要とされていた。何としても憧れのオトメになりたいアリカは、いてもたってもいられず審議会に直接掛け合おうと思い立つ。いざ行動を開始したものの、目の前にはパールオトメのシホが……。ガルデローベの制服を着ていないため、シホに不審者と勘違いされてしまったアリカは、シホだけでなくなぜかガルデローベの生徒たちに追い回されるはめとなってしまう。訳もわからず必死で逃げるアリカだが、運良く審議の行われていた議事堂の一室に逃げ込むことに成功する。部屋ではアリカ入学に反対の声も上がるまさに審議の真っ最中。だが、突然現れたアリカを目にしたアルタイ公国のナギ殿下から救いの手が差し伸べられる。それはニナと舞闘を行い、勝てば入学させるという提案だった。

アリカは、マシロの即位式の余興としてニナと舞闘をすることになった。はじめて経験する舞闘を目前に控えながらも、アリカは自分がローブを纏えるようになることに嬉しさを隠せない。そして即位式当日、ついに舞闘の時間がやって来た。自分のローブ姿に感激するアリカだったが、感傷に浸る余裕もなく、ニナの激しい攻撃がはじまる。なかなかエレメントが使いこなせず、苦戦するアリカ。ニナの本気の攻撃にじわじわと追いつめられるが、オトメになるために負けられないという強い想いが、なんとかアリカを耐えさせていた。だが、ふたりが舞闘を繰り広げる最中、闘技場に危険が迫る。やがて闘技場に向かって倒れはじめる飛行機を目にするアリカ。止めなければ観客が大惨事に巻き込まれてしまう。そんな危険を感じたアリカは、ニナとの戦いを中断し、飛行機の元へと走る……。

ガルデローベの入学を賭けたニナとの舞闘は、闘技場内に飛行機が倒れるという思わぬ事態によって中断してしまった。不本意な形で勝負がつかなかったことに、アリカは入学できるかどうか不安で一杯。ところが自分の危険を顧みず、飛行機による被害を防ごうと頑張ったアリカは、その功績が評価され特例入学が認められるのだった。大喜びのアリカは、早速真新しい制服に身を包む。そしてコーラル星組に編入されたアリカは、ともにオトメを目指す仲間たちに挨拶。ガルデローベでの新しい生活がいよいよはじまったのだ。だが、そんな意気揚揚のアリカに、入学早々いきなり試練が待ちうける。特例で入学したことを不快に思う生徒からの嫌がらせだった。そんなアリカはやがて待ち構える事態を知らずに、入学できた喜びを胸に眠りについてしまう。

コーラルオトメとしての初登校日、アリカは突然上級生のトリアスと呼ばれる三人に呼び出されてしまった。ガルデローベの制服を売ったという疑いをかけられたのだ。身に覚えのないアリカは必死になって反論するが、結局謹慎処分を言い渡されてしまう。何とか疑いを晴らしたいアリカは、制服を売った犯人を探すためエルスとイリーナの協力を得る。ところが、手掛かりを求めて町を出歩くも、いっこうに犯人に結びつかない。やがてアリカたちに諦めムードが漂うが、その時トモエのハンカチをくわえたミコトが偶然三人の前を通りかかる。ガルデローベによく忍び込むミコトがアリカの制服を持ち去り、それを拾った人物が制服を売った犯人と断定したイリーナ。彼女の名推理によって、無事アリカの疑いは晴れるのだった。だが、アリカに内緒で行動していたニナがたどり着いた真の犯人はミーヤ。いつもの明るさを取り戻したアリカだったが、いまだその真相を知らずいる……。

ニナがくすぐられることに弱いのを知ったアリカ。だが、調子にのってくすぐり攻撃を繰り返すうちすっかり険悪ムード。それを耳にしたシホは、このチャンスに乗じてアリカとニナを追い落とそうと策を企てる。プールの授業を控えたふたりに対してシホが仕掛けたのは謎のおまじない。偶然かシホの策はまんまと成功し、謎の透明な生物に体を絡めとられたニナは溺れてしまったのだ。生徒たちの前で恥をかいたことにショックを受けるニナは、激しい復讐の炎を燃やす。やがて生物の正体がゼリーアンギルだとわかるとアリカたちを伴い大捕獲作戦を開始する。証拠隠滅に失敗したシホが、歯噛みをしながら見つめるなか、水中では目視不可能なゼリーアンギルを捕らえようとプールに大量の塩をばらまくアリカたち。しかし、間違って砂糖をばらまいたアリカのおかげで、ゼリーアンギルは一転巨大化。ニナ、そしてシホまでもがゼリーアンギルの触手に絡めとられ大ピンチとなってしまう。そんなピンチを救ったのはパールローブを纏い現れたナオ。ナオの活躍で何とかことなきを得たアリカたちであったが、バラバラになったゼリーアンギルの残骸のなか、ひとり取り残されたシホの叫び声が虚しくプールにコダマするのだった。

謎の後見人からの援助金を少しずつでも返済しようと思ったアリカは、風華宮の修理作業員としてアルバイトを始めた。そこへ視察に訪れたのはマシロ。天敵の出現に苦々しい顔を浮かべるアリカだったが、その際「マシロが偽者のお姫さま」と不用意な発言をしたことで、マシロを傷つけてしまった。謝ろうと追いかけたアリカは、ようやく宮殿内でマシロを見つける。だが、彼女の手をとった瞬間、突如壁のなかへと飲み込まれ、風華宮の地下に転落してしまう。当てもなく地下をうろつくふたり。しばらくして巨大なオルガンが置かれた部屋へとたどり着くが、何気無くマシロが鍵盤を触れると、地を揺るがず巨大な音が鳴り響き、ふたりの貴石が砕け散ってしまった。慌てふためくふたりの前に現れたのは謎の影とスレイブ。マシロを守ろうにも逃げるすべしかないアリカ。そんなピンチに、アリカのペンダントが急に発光をはじめ、そこから貴石がふたつ飛び出す。アリカはそれが自分のGEMとマシロの指輪にはまることを察知。そしてこのピンチを逃れるため、マシロに契約を迫る。マシロは躊躇するも渋々契約を決意。やがてマテリアライズしたアリカは、見事スレイブを退治し、ふたりは何とか地下からの脱出に成功するのだった。突然の事態とは言え、契約をしてしまったアリカとマシロ。解除する方法を見つけるまで、このことは、しばらくふたりだけの秘密にすることになった。

舞闘の授業をさぼったアリカは、霊廟で罰当番の掃除をさせられていた。だが、アリカは、マシロとの契約解除の方法を見つけることで頭がいっぱい。その上、GEMにはまったままの青い貴石。それがばれぬよう絆創膏で隠し続けなくてはならないことも悩みの種だった。そして、悩むアリカの前に現れたのは旅人のミユ。かつての知り合いとの突然の再開を喜ぶアリカは、早速ミユに契約解除の方法を相談する。ミユによって簡単に貴石が外されたものの、契約解除の方法まではわからないと言う。途方に暮れるアリカだったが、霊廟内の禁書庫からオトメの記録を探ればわかるかもしれないと言われ、すぐに実行に移すことにする。禁書庫に忍び込む理由もうやむやに、忍び込むことに興味深々のナオやニナたちの協力が得られ、アリカは禁書庫への入室に成功。何とか契約解除の方法を探そうとするが、やがてマリアに見つかってしまう。その場所は、マイスターオトメたちが祀られた神聖な場所であり、立ち並ぶモニュメントは昔の戦いで散ったマイスターオトメのお姉様たちの聖なる墓所だった。そこで、GEMに絆創膏を付けていることを咎められるアリカ。ついに絆創膏を取られて、マリアに貴石がないことがばれてしまうのだった。翌日、霊廟には再び罰当番をさせられるアリカたちの姿があった。

ガルデローベは定期試験の真っ最中。悪戦苦闘の連続にアリカはヘトヘトの状態。そして試験は終盤戦となり、もっとも過酷な試験がアリカを待ち受けていた。不安がるクラスメイトをよそに、その試験が遠足と聞かされていたアリカはすっかりご機嫌。試験会場の海へ到着すると、大喜びで砂浜へと駆け出して行った。……しかし遠足の実態は、100キロに及ぶ長距離踏破試験。それを知ったアリカは、途端に意気消沈してしまう。海に後ろ髪を惹かれながらも、すぐに気持ちを切り替えたアリカは、パートナーのエルスとともに試験の行われる密林を進む。元気一杯のアリカとは対照的に、体力に自信のないエルスは足取りがもたつき気味。その矢先、エルスは蛇に噛まれ、一旦ふたりは休むことを余儀なくされる。一晩休んでも体力の回復しないエルスはフラフラ。ついに力尽きたエルスは、アリカの目の前でばったりと倒れてしまうのだった。アリカは、急いで救難信号を送るものの、なぜか機械が壊れ、まったく反応しない。困り果てたアリカは、エルスを残し、ひとり救援を呼びに行くことを決断する。やがて、人の気配のする場所へ到達するが、そこに現れたのは得体の知れないサイボーグ。突如襲われたアリカは、足を踏み外し、海の下へ落ちて行く……。

アリカが行方不明となり、心配するナツキたち。やがてエルスは発見されるものの、アリカの捜索は難航していた。そんななか、捜索活動を装い、エアリーズの遺跡を調査していたセルゲイが、海へ転落するアリカを偶然目撃する。アリカを襲ったアスワドのサイボーグ・ルーメンの攻撃を受け、ボートを失いはしたが、何とかアリカを岸まで助け上げることに成功した。怪我を負ったセルゲイは、気絶したアリカを海岸沿いの小屋へと運ぶ。海水でずぶ濡れになったアリカは、急激に体温が下がり危険な状態。彼女の体を温めるため、セルゲイは、仕方なく服を脱がしアリカを抱きしめてやるのだった。だが、しばらくして目覚めたアリカは、なぜか自分が裸なのにびっくり。隣にいるセルゲイを見て、いったい自分の身に何が起きたのかと、すっかり混乱してしまう。アリカは、セルゲイを激しく責めるが、ここまでの経緯と彼に自分が助けられたのだと聞かされ、ようやく我に返るのだった。やがて小屋を後にし、ガルデローベのキャンプへと戻るふたり。しかし、その途中、アスワドのサイボーグたちに見つかり、再び襲われてしまう。ピンチに陥るふたりを救ったのは、アリカの捜索にやって来たナツキたち。さらに、アスワドの頭領ミドリがその前に立ち塞がる。マイスターオトメのハルカ、シズルとミドリの間で激しい戦いが展開されるが、両者の決着は付かず、アスワドたちは、その場を立ち去っていくのだった。

突然おじ様から届けられたプレゼントの山に、アリカは、今日が誕生日であることを思い出した。その日はニナとマシロも誕生日。それを聞いたエルスとイリーナは、偶然の一致に驚きの声をあげる。だが、ニナだけはアリカの誕生日が、セルゲイが憧れた蒼天の青玉のレナの娘の誕生日と同じであることに気づき、アリカに対して複雑な感情が芽生えてしまった。その誕生日当日、アリカとニナは、マシロの元へ来訪するジパングの王子を出迎える仕事を仰せつかる。しかし風華宮へ行く途中、ニナは街で出会った少女に、セルゲイからもらった大事な時計を盗まれてしまう。時計を取り戻そうと必死になって少女を追うふたり。少女を追いつめるが、時計は川へと放り投げられる。運良くボート上に落下するも、やがて視界から消え去るボートの姿を、ニナは涙目で見つめることしかできなかった。アリカは、ニナの気持ちを察し、一生懸命時計を探そうとするが、次第にニナには諦めムードが漂う。手掛かりもなく途方に暮れるアリカとニナ。そのふたりの元へ現われたのは、なぜか行方知れずになったはずの時計を手にしたセルゲイだった。ニナは、誕生日プレゼントにもらった鎖が付けられた時計をあらためてセルゲイから渡される。アリカに対する複雑な想いと大事な時計をなくした恥ずかしさから、うまく喜びを現せないニナ。そんなニナに対して、セルゲイはふたりがはじめて出会った日をニナの誕生日と決めたのだと教えた。セルゲイの言葉を聞いた瞬間、ニナは、自分が勘違いしていたことを知り、思わず感嘆の涙を流すが、そのふたりの姿を見ていたアリカは、心にちくっと何かがささる思いを感じるのだった。

ジパングの王子・巧海頭の来訪が、サコミズたちに仕組まれたお見合い外交であることを知ったマシロは、迎えへ行く車中から逃げ出してしまった。逃げる途中、外国からやって来た晶と名乗る少年と出会い、すぐに意気投合したマシロは、その日は晶といっしょに過ごすことに決める。だが、マシロは自分の名前を「ニナ」と名乗ってしまうのだった。一方、マシロのオトメとして風華宮にやって来たアリカは、逃げ出したマシロのせいで困っていたサコミズたちの頼みで、マシロの代役をすることになった。アリカはマシロに、ニナはそのマシロのオトメとしてアリカと名乗るのだった。その、アリカと言う名のニナの監視の元、何とかばれぬようジパングからの来訪者・巧海頭に対応するアリカ。だが、アリカの目の前に現われたのは、やはり巧海頭の代役として王子の格好させられていた側近・晶だったのだ。お互いの立場を隠したまま、巧海頭の来訪の目的地・ガルデローベへと向かう一行。しかし、ガルデローベへ着いた晶は、自分が本物の王子でないことが、シズルに見抜かれてしまう。ガルデローベを逃げ出す晶。それを追うシズルとアリカ。やがて、晶はヴィントブルームに到着してから行方を追っていた巧海が、マシロとともにいるところを発見する。そして、追って来たアリカたちの前で、ようやく巧海頭と自らの存在を明らかにするのだった。よもや王子とは知らず、巧海頭との楽しい時間を満喫していたマシロ。後日、巧海頭から正式に面会の申し出を受けたものの、巧海頭といる間に指摘された姫としての自分への批判と、そんな巧海頭を好きになっていた複雑な想いから、面会をする気分になれず、ひとり塞ぎこんでしまうのだった。

自分のなかに湧き出した、胸のもやもやの原因がわからず悩むアリカ。やがて、毎日それを考えることで頭がいっぱいになり、ついにニナの目の前で倒れてしまう。アリカは、保健室でヨウコに介抱されながら、胸のもやもやの原因を教えて欲しいと彼女に相談する。だが、逆に、恋とマイスターのどちらを選択するかで悩み、行方知れずとなった伝説のオトメ「炎綬の紅玉」の話を聞かされ、アリカの悩みは益々混迷を深めてしまった。そんななかアリカは、マイスター「清恋の孔雀石」としてフロリンスへ仕えることが決まったアカネが、恋人のカズヤに別れを告げるところを目撃する。アリカは、カズヤになぜマイスターになることを止めないのかと、カズヤに迫るが、オトメとしての定めがある以上どうしようもないと言われ、複雑な想いにさせられるのだった。そして、アカネの契約の儀当日。胸のもやもやの原因と、カズヤとの恋をあきらめマイスターになるアカネへの感情からどこか浮かない顔のアリカ。しかし契約寸前のその時、カズヤが現われ、突然アカネに愛の告白をする。マイスターと恋との間で揺れ動いていたアカネは、カズヤのこの言葉で、カズヤとの恋の道を決断。カズヤとともに外へと駆け出して行くのだった。夢だったマイスターをあきらめてまで、恋を選択したアカネ。それでも嬉しさいっぱいのアカネの様子を羨ましそうに眺めていたアリカだったが、そんなアカネとカズヤの姿に、突如自分の胸のもやもやの原因が、セルゲイに対する「恋」であることに気づいてしまう。

ガルデローベでは、ルーテシア・ロムルスとレムスのオトメ同士が戦闘を行ったという噂が、生徒たちの間で広まりはじめていた。この戦闘が自分たちの出身国に波及しないかと心配する生徒が増えるなか、なぜかアリカだけはひとり上の空でいる。ここ数日悩んでいた胸のもやもやの原因が、セルゲイに対する想いだと気づき、今度は恋という新たな悩みを抱え込んでいたからだった。ニナたちの心配をよそに、益々授業中にボーッとする機会が増えたアリカは、ついには何をやっても身が入らない状態になってしまう。だが、今までアリカが経験したことのないこの想いは、徐々に不安という言葉に飲み込まれつつもあった。そんな矢先、アリカがセルゲイに恋をしていることに気づいたエルスが、そのことを指摘すると、アリカの不安は頂点に達する。セルゲイへの想いが日ごとに大きくなり、そのせいで、段々と自分が自分でいられなくなっていることが怖いと、エルスの前で泣き崩れるのだった。やがてエルスから、この恋が本当かどうか直接会って確かめるべきと、アドバイスされたアリカは、セルゲイの元へと走る。しかしその途中、何者かの陰謀により、暴漢たちに捕らわれてしまう……。

暴漢に襲われたアリカは、偶然悲鳴を聞きつけたセルゲイに助けられ、事なきを得た。だが、セルゲイの元へと向かっていたアリカは、助けられたことよりも、彼に会えたことに嬉しさを隠せないでいた。そしてしばらくすると、アリカはセルゲイへの想いを伝えようと、その恋心を打ち明け、キスを迫る。しかしアリカの想いは、キスを拒絶したセルゲイによって一瞬にして打ち砕かれてしまった。マイスターへの夢を追い入学したガルデローベ、それを恋のためだけに簡単に諦めるのかと、問われ戸惑うアリカ。さらに、そんな夢を持った人を追い落とすためにいた自分に、アリカはまんまと騙されたと、セルゲイが去り際に放った言葉に、アリカは怒り、思わず彼に手を挙げてしまうのだった。失恋を経験した翌朝、マイスターになる目的を危うく忘れそうになった自分を戒めるかのように、明るく振舞うアリカ。前日とは一変した様子に、ニナたちは不思議がるが、そんな折アリカは、マシロが部屋に閉じこもったきり出てこないので、助けて欲しいと、アオイから頼まれる。アリカのように巧海への恋心と、彼に会えない寂しさから、何にも身が入らないことを告白するマシロ。アリカはマシロを励まそうとするが、セルゲイに失恋したことを思い出してしまい、ふいに頬を涙が伝う。それを見たマシロもアリカに誘われるように泣き崩れるのだった。やがて、恋の痛みを共有したふたりは、すっきりした表情で、いつもの笑顔を取り戻す。みんなを幸せにする女王になりたいマシロ、少しの間忘れかけていたマイスターへの夢を再び追い続けたいアリカ。未来への希望を語り合うふたりだった。

卒業記念舞闘の代表に選ばれたアリカは、自分の成長した姿を見てもらおうと、おじ様を招待することを決める。代表に選ばれたその日からハンカチづくりに一生懸命になるアリカは、そのハンカチを目印に未だ顔を知らぬおじ様と対面し、ひと言お礼を言おうと思っていたのだ。そして卒業記念舞闘を目前に、同じく代表に選ばれたニナと訓練をはじめるアリカ。ニナの厳しい特訓に息も絶え絶えだったが、エルスの作ってくれる差し入れを励みに、なんとか訓練をこなしていく。だが、そんなアリカに、代表選考争いに敗れたことを恨みに思うトモエの毒牙が忍びよる。ニナとの訓練中、浴びれば命の危険すらある液体を掛けられそうになったアリカは、ちょうど差し入れにやって来たエルスに間一髪で助けられ、事なきを得る。しかし、代わりに液体を浴びたエルスに怪我をさせたことで、アリカは逆に落ち込んでしまうのだった。しばらくして落ち込む自分を元気づけようとするエルスから散歩へと誘われたアリカは、同じく散歩中のニナと出会う。3人でこれまでの思い出を語り合ううちに徐々に元気づけられたアリカは、満天の星空の下、3人でいっしょに進級して、絶対にマイスターになろうと、約束をかわし、卒業舞闘への気合いを入れ直すのだった。卒業記念舞闘当日、舞闘よりもおじ様探しに没頭するアリカの前で、修理を終えたマシロの城のお披露目が行われる。だが、完成予想図とは違う姿を現す風華宮。やがて天守部分から突然放たれたビームがヴィント市街を襲い、闘技場の上には、スレイブの大群が空を覆い尽くしはじめる。マシロを捕らえ、ガルデローベの技術を奪おうとするシュヴァルツの作戦が開始されたのだ。

シュヴァルツによる突然の攻撃に混乱する闘技場。マシロを捕らえようとするスミスたちから逃れるため、アリカはマシロを伴って脱出する。途中で合流したエルスとなんとか市街を離れたアリカだが、そこに待っていたのはナギとスミス、そしてニナだった。風華宮やガルデローベを襲う計画がナギの作戦によるものと察知したマシロは、計画を阻止しようと、アリカとともにナギと戦う決意をする。しかし、ナギたちがアリカの前に差し向けた刺客は、なぜかいっしょに同行していたエルスだった。ショックを受け戦いに集中できないアリカをよそに、命令に逆らえないエルスはスレイブを使って攻撃を繰り返す。そしてエルスがとどめをさそうとした瞬間、アリカはナギの側近であるはずのセルゲイにピンチを救われる。救ったセルゲイの胸元から飛び出した、おじ様のために作ったハンカチに動揺しながらも、自分が救われた意味を理解するアリカ。だが、動揺していたのはこの様子を見ていたニナも同じだった。やがてセルゲイがおじ様としてアリカに援助していたことが、アリカを好きだからという理由に気づき、怒りに打ち震えるニナ。そんなニナの想いに、ナギの貴石が反応し、漆黒のローブを纏ったニナは、アリカ目掛けて襲い掛かる。ニナの攻撃に、友達同士の争いを止めようと思ったエルスは、命令に背きスレイブをふたりの間に割って入らせる。ニナのエレメントで大きなダメージを受けたスレイブは間もなく動きを止め、エルスの体は徐々に光の塵となって消えてしまうのだった。しかし、エルスを失った悲しみに暮れる間もなく、今度はアリカの怒りがニナへと向かう。アリカとニナ、互いに対する怒りを込めた一撃は、やがて周囲を大きな衝撃破で包み込んだ。

ヴィント市内で勃発したシュヴァルツによる騒乱は収まり、市内は徐々に平穏を取り戻しつつあった。騒乱の元々の首謀者・ナギは、シュヴァルツから市民を解放したヒーローとしてあがめられ、軍部と風華宮、ガルデローベの掌握にまんまと成功する。そして治安維持の名目で、貧民街に住む者たちがヴィントから追い出されると、アリカとはぐれたマシロは、彼らに紛れ、ヴィントから脱出するのだった。しかし、自らの正体を隠し、一行と砂漠を進むマシロは、終始耳にする自分の評判の悪さに、いかに自分が女王として恨まれていたかを気づかされることになってしまう。いつ自分の正体がばれるかと不安に苛まれながらも、難民たちと行動をともし続けるマシロだったが、しばらくして難民一行のなかから、マシロの女官・アオイが発見される。女王への怒りをあらわにする難民たちは、すぐにアオイを引っ立て、ヴィントから追い出されたのはすべての女王のせいだと非難し、どこかに隠れている女王を差し出すよう命令する。マシロは、アオイを助けようと近づくが、難民たちのあげる怒りの声に脚がすくみ、声も出せない。そんなマシロの姿に気づいたアオイは、自らの口を封じるかのように、崖の下へと身を投げてしまうのだった。難民たちが歓喜の声をあげるなか、マシロは、自分のせいで命を断つ決意をしたアオイに、たまらず砂漠へと飛び出す。アオイと過ごした日々、難民たちに非難された自分の女王としての行動が走馬灯のように頭を駆け巡る。だが、どこへ行くあてもなく走り続けたマシロは、やがて力尽き、砂の海へと埋もれていくのだった。

ニナとの戦闘による衝撃破でアスワドの村近くまで吹き飛ばされたアリカは、ミドリたちに拾われ、村でお世話になっていた。そんななか、やはり村近くの砂漠で倒れ、今にもジャバルに食べられそうになっていたマシロもまた、アスワドのサイボーグたちにその命を救われ、村でアリカと再会する。やがてマシロが落ち着きを取り戻すと、アリカは、母・レナに手をかけたのが、ミドリたちアスワドだったということを聞かされ、その亡骸がシュヴァルツのスミスの手に落ちたことが、今回ヴィントを襲った騒動と関係があると教えられる。そしてミドリは、シュヴァルツの真の目的が、ガルデローベが秘匿する科学技術を強奪にあると言い、アスワドもまた、村のなかに広がる不治の病を治すため、ガルデローベのナノマシン技術が必要なのだと、その襲撃の目的を語る。ミドリから、アスワドの宿願のため、オトメの力を貸せと言われ、困惑するアリカ。オトメの力が必ずしも正義のために使われず、その結果エルスを失ったことに、オトメの存在への不信感を募らせたアリカは、泣きながら外へと飛び出していく。だが、砂漠へと飛び出したところ、突如出現したジャバルと遭遇。アリカを追い駆けて来たマシロとともにジャバルの腹へと飲み込まれてしまうのだった。

ジャバルの腹のなかに飲み込まれたアリカとマシロ。アリカはそんなピンチにも関わらずマシロからの認証を拒否し、一向にマテリアライズしようとしない。自分の思い描いていたオトメの姿と現実とのギャップに苦悩するアリカは、マシロの再三の願いにも激しく抵抗するのだった。だが、事態は急変し、胃のなかへふたりを吸収しようと、ジャバルの胃液がジワジワと迫る。アリカは、マシロと脱出するために、ようやくマシロの認証を受け入れ、マテリアライズするのだった。しかし助かったのも束の間、アリカたちは炎に包まれたアスワドの村を目撃する。急ぎ戻るアリカたちの前に現れたのは、カルデアのマイスターオトメ・フィア。フィアは、アスワドに僅かに残された科学技術を奪おうと、ミドリたちがいない隙を狙い襲ってきたのだ。帰還しようとするフィアを食い止めようとしたアリカだが、止めることができず、マシロとともに村の消火と人命救助に全力を注ぐ。やがて、火は消し止められたが、アリカは、自分たちの目的のためなら、他人の死をもいとわないフィアの行動に怒り、再びオトメの存在意義に対して苦悩するのだった。村に戻ったミドリから、オトメの存在が何かと問うアリカ。何かを成すために必要な力と言うミドリの答えに、アリカはおぼろげながもオトメとして自分がどう行動すべきかを考えるキッカケを掴むが、そのミドリの答えに釈然としない想いも残った。一方、風華宮ではナギが、風華宮地下のハルモニウムへ足を踏み入れる。ナギの野望を叶えるための計画が、アリカの知らぬ間に着々と進行しつつあったのだ。

アリカとマシロは、アスワドの村を襲ったカルデアに攻め入るため、オトメの力を貸して欲しいと、ミドリから頼まれる。アスワドの民が被害を受け、科学技術が盗まれたことに理解をみせるアリカだが、報復行為を繰り返していては、いつまでたっても戦いは終わらないと、ミドリの頼みを拒否するのだった。その時、村の近くにヴィントの難民が現れたとの一報が、アリカたちの元へもたらされる。「村に近づくものには死を」というアスワドの掟に従い、難民たちを始末しようとするミドリ。アリカは、ミドリを止めようとするが、ミドリたちが行動をはじめるより先に、砂漠からジャバルが現れ、難民たちを強襲する。マシロは、アオイに手をかけた難民たちを救うかどうか悩むが、ジャバルに襲われるミミを目の当たりにし、アリカに彼らを救いにいくよう命令するのだった。アリカの活躍で難民たちは救われたが、ミドリはマシロを恨んでいた難民らを、マシロ自らが助けようとしたことに疑問を投げかける。しかしマシロは、今まで自分が民のことを考えない身勝手な女王だったことを認め、それを反省するが故の行動だと、ミドリに告げるのだった。そして自らの頭を下げ、しばらく難民たちを村にかくまって欲しいと、ミドリに懇願する。ミドリは、マシロの王としての決意に、その願いをこころよく聞き入れるのだった。そして、そのやり取りを見ていた難民たちも、マシロを自分たちの女王だと認め始めるのだった。やがてアリカとともにジャバルに襲われ命を落としたミミの墓へとやって来たマシロ。ミミを不幸にしてしまったことに後悔の涙を流すが、ナギに奪われたヴィントを取り戻し、必ず民が笑って暮らせる国をつくると墓前に誓う。そんなマシロの想いに応えるように、アリカはオトメとして、マシロに協力することを約束するのだった。

復讐のためカルデアへと旅立ったミドリたちがいない隙を狙って、アスワドの村に現われたセルゲイ率いるワルキューレ部隊。セルゲイは、村を攻撃しない条件にアリカとマシロの引渡しを要求してきた。アリカは村の人たちを守るため、罠とは知りつつもセルゲイの指定した場所へと向かう。セルゲイは、おじ様として援助し、自分が惹かれたアリカを救いたい一心で、降伏を迫るが、みんな笑顔で暮らせる国をつくろうと、マシロと約束したアリカは、セルゲイの要求を拒否するのだった。そして、複雑な想いのセルゲイから放たれた銃声を合図に、戦いの火蓋は切られる。黒いローブを纏うワルキューレが登場し、アリカに襲い掛かる。それがトモエたちクラスメイトと知り、戸惑うアリカだったが、徐々に劣勢をしいられ、ついにはアリカの様子を隠れて見ていたマシロが、セルゲイに捕らえられ、万事休すとなってしまう。しかし、夢の実現のために諦めずに戦えというマシロの言葉に再び奮起するアリカ。それでもトモエたちの圧倒的な力の前に、防戦一方となるが、そこへ突如ミユが現われ、アリカのピンチを救う。一瞬で、トモエを退けたミユの矛先は、やがてセルゲイへと向かい、アリカの静止する言葉もむなしく、その刃はセルゲイの腹を深く貫くのだった。セルゲイの負傷によって、戦いは一段落するが、それも束の間、空が怪しく色を変える。その狭間から現われたのは、ハルモニウムの力で、空間転移をして来たニナだった。セルゲイに会いたいというニナの気持ちが、なぜかアスワドの村近くへと空間転移させたが、ニナは、負傷したセルゲイと、その側にいたアリカの姿に、その表情を一変させる。ハルモニウムの強大な力を得たニナとミユとかぶつかり合い、その衝撃でアリカとマシロはその場から吹き飛ばされてしまうのだった。

アリカは、ニナの攻撃で、今度は黒い谷へと吹き飛ばされてしまった。かつてテクノロジーの聖地と呼ばれ、オトメやハルモニウムを生み出したこの場所で、アリカは伝説のオトメ、舞衣と猫神様のミコトに出会った。ここでアリカは、自分がレナ・セイヤーズの娘であり、蒼天の青玉とともに生後間もなく祖母に預けられたことを教えられるが、ハルモニウムを起動させたニナが、実際はヴィントブルーム王家の正統な血を引く者という衝撃の事実を知る。しかしアリカは、ハルモニウムを使えるようになったニナが、戦いのためだけに利用されていることを懸念し、ミドリに聞いた時と同じように、オトメの存在理由を舞衣に問う。自分がそう思った道を進めばいいと言う舞衣の返答に、なお悩みは晴れないアリカだったが、それでも自身の答えを導き出すための一筋の光が見えたような気分にもさせられるのだった。そんなアリカたちの元に、ミコトが仕掛けた罠にかかったナツキとナオが連れられてくる。ナツキは行方知れずとなっていた舞衣との久々の再会、そしてアリカとマシロが舞衣といたことに驚きの表情を見せる。だが、久々の再会を喜ぶ余裕もなく、ハルモニウムによって、周辺国を屈服させようと、ナギが行動を開始したことをミコトが察知する。ナツキは、ナギの行動を食い止めるべく、急ぎガルデローベへ戻ることを決意。アリカもまたナツキたちとともに戻ろうとするが、蒼天の青玉の本来の力を引き出せていない今のアリカでは、ニナには敵わないと止められてしまう。ナツキの言葉に納得できないアリカは、自分の力を試すため、ミコトと勝負することになる。だが、勝敗はあっという間に決し、ミコトにまったく歯が立たなかったアリカは、しばらくミコトから戦いの訓練を受ける決断をし、黒い谷を後にするナツキたちをマシロとともに見送るのだった。

エアリーズの軍港を強襲したハルモニウムの攻撃。そのハルモニウムの脅威を目の当たりにした各国は、アルタイと同盟を結ぶべく次々とヴィントへと入国していた。だが、攻撃を受け、ナギから恭順を迫られたエアリーズは、ナツキたちと協力し、反撃の決断を下す。早速行動を開始したナツキは密かにヴィントへと戻り、ガルデローベを奪還しようと秘密裏に計画を練るのだった。その頃ニナは、エルスの遺品のなかから発見されたニナとアリカ宛の手紙をマリアから受け取る。ガルデローベでニナやアリカと出会えたことや、シュヴァルツの命令さえなければ、ずっとふたりと居たかったと書かれた手紙に、自分の手でエルスを葬ってしまったことに涙するニナ。自分がエルスだけでなく、これまでにたくさんの人たちを犠牲にしてきた行動に、ニナは後悔の念を浮かべるのだった。そしてニナはこれ以上悲劇を繰り返したくないと、セルゲイに訴え、オトメの資格を奪うように迫る。父としてニナを支え続けてきたセルゲイは、ニナの突然の行動に戸惑いを隠せなかったが、やがてニナの想いを受け入れるかのように、口づけをかわすのであった。ナギの野望を叶えるためとはいえ、ニナに苦しみを与えていたと感じたセルゲイは、ナギを止めようと決意する。自分の憧れたレナ。その亡骸が使われたレナサーバーへの元へと向かうセルゲイ。しかし、サーバー破壊を阻止しようとしたスミスを撃ち殺した瞬間、ナギに撃たれ、その場に倒れてしまうのだった。セルゲイ瀕死の報告を受けたニナは、セルゲイの姿に狂乱し、泣き崩れる。だが、自分がセルゲイを撃ったことを隠し、ニナの側へとやって来たナギは、ハルモニウムがセルゲイを救ってくれるだろうとそそのかす。ハルモニウムを使うことを後悔しはじめていたニナだったが、皮肉にもセルゲイによって、戦いへの気持ちが彼女の心を揺り動かす。セルゲイのためなら世界を敵に回すこともいとわないと、ニナは再びハルモニウムを起動することを決断するのだった。

エアリーズを中心とするナギ対抗勢力の奇襲作戦を機に、アルタイ同盟軍との全面戦争がはじまった。ナツキもまた奇襲にタイミングを合わせるようにガルデローベへの潜入を開始する。ガルデローベ内に幽閉されているシズルたちと協力し、マテリアライズを阻止する霊廟の封印解除へと向かうのだった。門衛部隊を倒し、霊廟へと到達したナツキはマテリアライズに成功する。そしてワルキューレ、スレイブを生み出したレナサーバーへ向けてビームを放ち、敵の動きを止めようと試みる。だがこの動きを察知したナギは、逆にナツキたちに向けてビームを放つ。ナツキのビームははじかれ、ナギのビームが迫る。一転ピンチを迎えるナツキたちだったが、そこへ黒い谷から舞い戻ったアリカが現われ、ビームをはじき返すのだった。しかしナギは、ワルキューレシステムを起動させ、アリカのマテリアライズを解除する。ナギは、戦争を理由にオトメたちをすべてヴィントに集結させ、マテリアライズできない手負いのオトメたちを一気に殲滅しようと計画していたのだ。システムの干渉を受けないトモエたちワルキューレ部隊の攻撃がアリカたちオトメに襲い掛かる。だがアリカたちのピンチは、アスワドからやって来たミドリとヨウコによって救われる。ヨウコは、マテリアライズできない原因は、戦闘領域一帯を覆う干渉波のせいだと告げ、アリカとマシロに手をつなぐように促す。そのおかげで再びマテリアライズに成功したアリカは、一瞬でトモエたちを退け、ワルキューレシステムの破壊へと向かうのだった。システム内に潜入したアリカは、システムのコアとして作動していたレナサーバーで、母との再会を果たす。応えることのないレナの前で、涙ながらに自分の成長した姿を語るアリカだったが、やがてサーバーの破壊を決断する。その破壊の瞬間、アリカのローブに軌跡が起き、アリカのローブは蒼い姿へと変貌する。それは蒼天のローブに真の力が目覚めた瞬間でもあった。去り行く母からの最後の想いを受け取ったアリカは、その想いを胸に、ニナを止めるため、ハルモニウムへ向けての進撃を開始するのだった。

アリカによってワルキューレシステムを破壊されたナギは、ハルモニウムを使ってすべてを消し去ろうと、最後の手段を講じる。ハルモニウムから生み出された巨大な竜巻がヴィント市内に姿を現すと、オトメたちはその侵攻を食い止めようと次々と竜巻へと取り付く。そしてアリカは、ナツキの命を受け、ハルモニウムを動かすニナ阻止へと向かうのだった。ナギが放つオリジナルスレイブを撃滅しながら、ニナの元を目指すアリカ。ようやくニナの元へとたどり着いたアリカは、ハルモニウムを止めるようにニナを説得する。しかし、瀕死のセルゲイの命をつなぎ止めるため、それはできないと言うニナ。やがてセルゲイのためならすべてを犠牲にしてでも戦うと宣言したニナと、アリカの一騎打ちがはじまった。ニナの執拗な攻撃にも、まったく引き下がらないアリカ。そんな諦めないアリカの姿に、なぜそうまでして戦う必要があるのかと問うニナ。アリカはみんなが笑顔でいられる国をつくる夢を叶えるため、楽しかったガルデローベでのニナとの時間を取り戻したいからとその想いを語る。そのアリカの想いに反応したニナは、自分が犯した過ちに再び気づき、戦いを止めようとアリカに手を差し伸べるのだった。だが、そんなニナを突如、黒いオーラが包む。ハルモニウムの起動を繰り返したため、ニナはハルモニウムに宿る恐怖と憎悪、絶望の記憶に取り込まれはじめていたのだ。徐々に変貌をはじめるニナのローブ。ニナは自分の変わりゆく姿に、自我が無くなる前に、自分を倒して欲しいとアリカに懇願する。自分を倒さなければ世界そのものが消滅してしまうと言われたアリカは、ニナへの想いを振り切り、彼女へと立ち向かう。そしてアリカの渾身の一撃は、ニナを貫き、その瞬間ふたりの戦いは終わりを迎えるのだった。 ――数日後。ひまわりのオブジェがあしらわれた新たな風華宮の前に立つアリカは、みんなが笑顔で暮らせる国の実現への夢をマシロとともに追いはじめた。一方ニナは、命は救われたものの、記憶をなくしたセルゲイとともに新たな生活をスタートさせていた。それぞれ別の道を歩み続ける決断をしたふたりの夢は、まだはじまりを告げたばかりだった。