無敵のケンカ王と呼ばれ恐れられていた浅葱留美奈（あさぎるみな）。高校生活も初日早々に番長グループを叩きのめすというイヤな始まり。しかも家に帰ってみると庭に大きな穴が開き、地下世界からやってきたという二人のナゾの少女を匿うハメに…。ルリ・サラサとチェルシー・ローレック。彼女たちとの出会いが、留美奈の運命を変える!

東京の地下に広がる世界・アンダーグラウンドから逃げてきたというルリに一目惚れする留美奈。ルリは地下世界の巫女であり、チェルシーはルリの護衛官なのだという。しかし一息つく間もなく、地下世界からの追手が忍び寄っていた。その者の名は赤（セキ）。チェルシーさえねじ伏せられる強大な赤に、留美奈が戦いを挑むが…。

風の能力に目覚めた留美奈。しかし、今の留美奈には自分の秘めた能力を使いこなすことが出来ない。一方、留美奈を助けるために『反魂の能力』を使ったルリは深い眠りについていた。こんな時に追手がやってきたら…不安のよぎるチェルシー。彼女の予感は的中する。第２の刺客・雷使いのシエルが留美奈を待ち受けていた。

初めてみる地上の世界に心躍るルリ。ルリは、一度でいいから学校に行ってみたいと留美奈に頼む。そこで留美奈は夜、人気のない学校へとルリを連れて行くことにした。月明かりに照らされた校舎で、ルリは地上の人間たちの生活の息吹を少しだけ感じた。だが穏やかな時間は終わろうとしていた。最強の敵、白龍とテイルが留美奈たちに襲い掛かる。

水の能力を使う公司No.2の白龍、そしてもう一人の水使い・テイル。未熟な留美奈はテイルの技に幻惑され、チェルシーもまた白龍の圧倒的な力に成す術がなかった。『二人を助けたい!』…追い詰められた二人を目の当たりにしたルリは、自らアンダーグラウンドに戻る決意を固めた。白龍たちの目的はルリを連れ戻す…ただそれだけなのだから。

目の前でルリを失った留美奈。いまのままでは白龍たちに勝つことは不可能だ。そこに留美奈の祖父が帰ってきた。強くなりたいと願う留美奈は、古武術を体得している祖父の特訓を願い出る。チェルシーと一緒に激しい特訓を積み重ねる留美奈は、急激に力をつけていく。ついに最後の難関に挑むが、そこには恐るべきカラクリが待ち受けていた。

いよいよ地下世界へと乗り込んでいく留美奈、チェルシー、そして銀之助の三人。だがアンダーグラウンドへ繋がる道は白龍が既にワナを仕掛けて待ち受けていた。留美奈たちの目の前に立ちふさがる異形の怪物。留美奈はこの怪物と戦い、遂に地下世界への扉を開ける。そこには、知られていなかった地下に住む人々の生活があった…。

留美奈とチェルシーの前に立ちはだかる能力者・羅。巨大な鉄柱を軽々と振り回す羅に苦戦するチェルシーだったが、羅の能力が『磁力』であることを見抜くと形勢は逆転、一気に羅を追い詰める。だが、羅たちが村人を人質にとったことでチェルシーは再びピンチに立たされる。留美奈も駆けつけるが人質がとられていて手が出せない。絶体絶命の危機に、はたして留美奈は…。

留美奈たちとはぐれた銀之助は羅の残党らに狙われる。このピンチを救ったのが翠だった。彼は能力を持たぬ身でありながら、練氣銃という武器を作り公司と戦っていたのだ。留美奈のように能力を持たない銀之助は、みんなの足手まといになるまいと、翠に練氣銃の作り方を教わろうと必死に食い下がる。しかし練氣銃の悪用を恐れた翠は、銀之助を容易に信用しようとはしなかった。

一路、公司へと向う留美奈たち。しかし彼らの行く手には、テイルとシャルマの二人が待ち構えていた。留美奈との再戦を誓うテイルの猛攻。そしてチェルシーに私怨を抱くシャルマの襲撃。巨大な謎の空洞を舞台に四人の能力者が激突する。本気で襲い掛かかるテイルに追い詰められる留美奈。だがこの戦いの中で留美奈は己の真の能力に目覚めていった。

テイルとの死闘が留美奈の目覚めを呼んだ! 風を操る能力に開眼した留美奈にとって、テイルはもはや敵ではなかった。一方、シャルマもまたチェルシーとの戦いに敗れさる。決着がついてもなお負けを認めないテイルに、手を差し伸べる留美奈。心の蟠りが解けたテイルは、自らの出自について語り始めた。その悲しき思い出とは…。

シエルは、護衛役としてルリに接しているうちに、ルリの純粋さに共感を覚えるようになっていた。だがその矢先、シエルは白龍の密談を耳にする。それはルリの命と引き換えに『龍』を復活させるというものだった。ルリへの想いに心揺れるシエル。シエルはルリのために命を賭けて脱走を試みる。

ルリとシエルの行く手を阻む白龍。ルリは自分のためにシエルが傷つくことを恐れ、自ら白龍の元へ戻ろうとするが、シエルがそれを阻んだ。戦うのは自分の意志であってルリには関係なく、なによりもルリにも自分の意志を持って欲しいと諭すシエルは、ルリを逃がすために自らの命を賭けて白龍に挑む。

あとから必ずシエルがやってくると信じ、一人逃走を続けるルリ。だがルリにも刺客の手が忍び寄っていた…。一方、留美奈たちは目の前のタワーで突如起こった爆発に気づく。タワーを昇り、その場所へと向う留美奈。そこで留美奈はルリの姿を見つける。しかし留美奈の行く手を能力者が阻んだ!

白龍の放った刺客たちとの乱戦に巻き込まれる留美奈たち。留美奈を圧倒する『煙』、チェルシーに迫る『熱』。そして刺客の魔の手は銀之助にも襲い掛かる。能力を持たない銀之助に、幻惑を武器とする『影』が忍び寄る。絶体絶命の危機に陥った銀之助。だが間一髪で翠が現れる!

翠の前に立ちはだかり、襲い掛かる少女・ヘキサ。その事実に衝撃を受ける翠。かつて翠と恋人同士だった少女。誰に対しても優しく、純粋な少女だったヘキサ。しかし今やその頃の面影はなかった。音の『操り人形』と化してしまったヘキサ。翠は彼女の心を取り戻すことができるのか?

戦いは終局を迎えつつあった。チェルシーは熱を仕留め、音も捕らえた。銀之助は新たに手に入れた練気銃により影を撃退する。そして留美奈もまた煙との戦いに勝利した。タワーゲートにいるルリの元へと駆け寄る留美奈。しかし、そこで待っていた相手とは…

タワーゲートの頂上でルリと再会する留美奈。込み上げる想いとは裏腹に、気持ちを上手く伝えられない。ようやく叶った二人だけの静かな時間。しかしその静寂を白龍が引き裂いた。ルリを連れ戻しにやってきた白龍と留美奈は再び激突する！

白龍との死闘空しく、再びルリが連れ去られてしまう。『ルリは留美奈の助けを求めていた』……ルリの本当の気持ちを知るチェルシーは、不甲斐ない留美奈に怒りをぶつける。そのころ、白龍もまた新たな刺客を送り込もうとしていた。

公司へ乗り込もうとする留美奈たちの前に、ヨーヨー使いの高麗（コウリン）が立ちはたがった。留美奈たちを倒せばA級師兵になれる、という約束を信じて戦う高麗。思わぬ強敵に苦戦する留美奈。一方、高麗を送り込んだ白龍は更なる一手を準備する。

高麗の戦いを見ていた白龍は切り札を発動する。アンダーグラウンドに仕掛けられた爆破装置がすべてを揺るがし最下層へと落とされる留美奈とチェルシー。銀之助たちとはぐれてしまった2人の目の前に高麗が現れ行動を共にすることになるが…

最下層に落とされてしまった留美奈の前に現れた04（レイヨン）。地下闘技大会に参加メンバーを探しているというが、留美奈たちは大会の優勝者は何でも望みをかなえてもらえるという情報を得る。最下層からの脱出を図る留美奈たちは04と大会の参加を決める。

予選を順当に勝ち進んでいく留美奈たち。一方、はぐれた翠と銀之助たちも闘技大会に参加。決勝進出を目指し勝ち進んでいた。しかし、その裏では陰謀が渦巻いていた。

予選最終戦まで勝ち残ったチェルシーの対戦相手は練照であった。練照はかつて同じレジスタンスの一員としてチェルシーと戦った男。ルリをめぐり壮絶な死闘が繰り広げられる。そしてそれはルリとチェルシーの絆を確かめる試練ともなった

反逆者にされてしまった留美奈たちに観客たちが襲いかかる。なんとかその場を逃れた留美奈とチェルシーは華泰たちを追走。そして華泰に戦いを挑むが、圧倒的な能力の差に苦戦を強いられる二人。一方、ルリを連れ出した白龍はある場所へと向かっていた…

赤の協力を得て、間一髪のところで白龍とルリに追いついた留美奈。ルリを取り戻すため白龍との最後の戦いに挑む。しかし、華泰が最下層の天井を爆破し地下世界全体が崩壊の危機にさらされていた。果たして留美奈はルリを救い出せるのか？そして地下世界の運命は？