恐竜帝国が壊滅して一ヶ月、新ゲッターロボが完成した。ドラゴン号に搭乗するリョウとライガー号のハヤトは、シミュレーター訓練を開始。旧ゲッターの十倍のパワーに音を上げる。早乙女博士はポセイドン号のパイロットを、元気が知り合ったタフで豪胆な男ベンケイに依頼するが、争いを好まぬベンケイはそれを断る。

ブライ大帝率いる百鬼帝国は、メカ角を移植して人間を奴隷化し、兵士としていた。奴隷兵士には月に一度のエネルギーの補充が不可欠。その問題を解決するとともに、より強力なロボットを建造するため、百鬼帝国は早乙女研究所のゲッター線増幅装置を狙っているのだ。ブライ大帝の命を受け、メカ独眼鬼が姿を現す！

百鬼帝国の牛面鬼はタンカー四隻を奪取、飛行可能に改造し、グラー博士立案のスカイタンカー作戦を決行する。早乙女研究所の周囲は、特殊添加物を加えたオイルを散布されて火の海と化し、その煙でゲッター線が遮断されてしまう。リョウとハヤトは残り少ないエネルギーで出撃するが、ベンケイは動物たちの救助を優先する。

ベンケイはボールを探しに入った花畑で、花の精のような少女と出会う。彼女から、リョウとハヤトの二人が「ベンケイは生意気だ。痛い目に合わせてやる」と話していたと聞かされて間もなく、身の回りで不可解な嫌がらせが起こり始める。ベンケイはリョウとハヤトを疑うが、実は少女の正体は百鬼一族の白髪鬼だった。

百鬼帝国のヒドラー元帥指揮のもと、暗黒鬼が濃縮ウランを強奪した。彼らは水爆地雷を製造して早乙女研究所近くに埋め、ゲッター線増幅装置を渡さなければ爆発させると脅迫してくる。早乙女博士は脅迫に屈すると見せかけ、リョウとハヤトをメカ暗黒鬼に潜入させ、操縦席の起爆スイッチを破壊する作戦に打って出る。

ハヤトの姉アスカと婚約者の坂崎が、早乙女研究所を訪れた。ハヤトは二人を祝福するが、幸せも束の間、山岳写真家である坂崎は崖から落ちて重傷を負ってしまう。その深夜、坂崎は密かにゲッター線増幅装置に近付く。百鬼帝国の小竜鬼が彼を奴隷に変え、増幅装置強奪のためのポイントゲージを仕掛けさせたのだ。

東京国際空港に着陸態勢に入った旅客機と、謎の黒いジェット機がニアミスを起こした。操縦ミスを疑われた旅客機の機長は、ベンケイの父・車大介だった。大介は一人でセスナを飛ばして調査に向かい、それを知ったベンケイもポセイドン号で後を追う。二人は秘密基地を発見するが、百鬼一族兵士に捕まってしまう。

メカ白骨鬼が出現し、ゲッターポセイドンを圧倒して去ってゆく。その様子は、百鬼一族の訓練生の講習のためにモニターされていた。訓練生の一人・リサは白骨鬼の娘。彼女は優しさのゆえに教師の怒りを買い、裏切り者として追われることになる。逃亡の末に崖から落ち、ミチルに救われた時には記憶を失っていた…。

嵐の夜、石油コンビナートが百鬼帝国戦闘機部隊の空襲を受けた。出動したゲッターロボは戦闘機部隊との交戦後、妨害電波によってレーダーや通信装置を使用不能にされてしまう。何とか研究所に帰還するが、その研究所自体が飛竜鬼の用意した偽物だった。ゲッターチームを閉じこめ、本物の研究所を襲う作戦だったのだ！

嵐に遭遇した貨物船が、必ず船が遭難するという魔の海域で謎の要塞島を発見した。貨物船は攻撃を受けて沈没。最後の通信を受け取ったゲッターチームは、その島こそ百鬼帝国の基地であると確信して出動。問題の海域で漂流していた遭難者を救助する。だが、遭難者は百鬼一族で、リョウが右腕を傷付けられてしまう。

自雷鬼の父である自雷将軍は、かつてヒドラーの奸計にかかって裏切り者として処刑されていた。汚名のもとに生きてきた自雷鬼は、一族の再興を期してゲッターロボ打倒に名乗りを上げる。彼は要塞島で東京を攻撃、ゲッターロボをおびきよせる。だが、自分の地位をおびやかされることを危惧したヒドラー元帥が…。

アメリカ西部でダイヤモンドだけを狙う宝石店強盗が多発、百鬼帝国が関係しているとみた連邦捜査局から、ゲッターチームに出動要請が届いた。調査におもむいた一同が荒野で野宿をしていると、ギャング団が襲いかかってきて、ゲットマシンの燃料タンクが破壊されてしまう。ギャング団は予想通り、百鬼一族だった。

紫電鬼の部隊が林を伐採したため、すみかをなくしたこうもりの大群が早乙女研究所に押し寄せた。追い払っても舞い戻り、ゲットマシン発射場に巣を作る。しかもこうもりの一匹ずつに、小型爆弾が仕掛けられていた。これでは発進した途端、ゲットマシンは爆発によって破壊されてしまう。出撃不能に陥ってしまったのだ。

元気は見知らぬ少年と友達になる。スイカや風鈴さえ見たことがないという、不思議な子供だった。その頃、早乙女研究所の地下では異常震動が感知され、出動したゲッターロボが地下に大空洞を掘りつつあるメカ地虫鬼を発見していた。元気と友達になった地虫鬼が、“つるべ落とし作戦”を進行させていたのだ。

女子水泳大会に飛び入り参加し、ミチルに勝利した美少女・胡蝶。彼女に一目惚れしたゲッターチームの三人は、誘われるままホタル狩りに出かけた。彼らが不在になった隙をつき、ヒドラー元帥率いる戦闘機部隊が早乙女研究所を急襲する。ところが、現れたメカ胡蝶鬼が行く手をはばみ、ゲッターロボは一人で倒すと宣言する。

サッカーの試合相手の応援団に逆恨みされ、腕を折られそうになったリョウを助けてくれた男は、いずれ正々堂々と戦おうと言って去る。その男こそ、百鬼一族の科学者・鉄甲鬼だった。彼は自ら開発したメカ鉄甲鬼でリョウに挑戦してくる。メカ鉄甲鬼は、ゲッターロボのあらゆる武器に対抗できるよう設計されていた。

元気はケガをした小犬を見つけて連れ帰り、コロと名づけて可愛がる。翌日、ゲッター線増幅炉分解点検のため、早乙女研究所は厳戒体制に入っていた。ところが、コロの開けた隙間から六匹の犬が研究所に入り込んでしまう。犬たちは百鬼一族の闇竜鬼に操られていたのだ。動物を手先に使う作戦に、ベンケイの怒りが爆発する。

伊豆半島沖に火山島が出現した。噴煙に有毒ガスが含まれているため、島に近付くのは容易ではない。実はこの火山島、百鬼帝国の科学要塞島がカモフラージュしたものだった。百鬼軍は日没とともに、火山島からの早乙女研究所への奇襲作戦を決行。メカ妖剣鬼が率いる大編隊の空爆を浴び、研究所は危機に陥ってしまう。

南国の火山島・竜王島で、秘密の国防会議が開かれることになった。早乙女博士は会議に出席するため、バカンスを装って島へ赴く。しかし、国防会議開催の情報はヒドラー元帥に察知されていた。指令を受けた金剛鬼が竜王島を占拠、博士たちを人質にゲッターロボを呼び寄せ、竜王島火山の噴火口に突き落とす。

日本近海に科学要塞島が現れたとの連絡を受け、ゲッターチームが出動する。彼らが到着した時には要塞島は既に北極海へ移動し、早乙女研究所総攻撃のためにメカ要塞鬼の最終調整をしていた。ところが百鬼帝国一の怪力の持ち主・大輪鬼が、仲間の復讐に燃えるあまり、一人でゲッターロボに戦いを挑んでしまう。

メカ要塞鬼率いる爆撃部隊の空爆を受け、早乙女研究所は崩壊。ゲットマシンも、合体途中をメカ半月鬼に狙われて墜落してしまった。リョウとベンケイは無事だったが、ハヤトは足に大ケガを負っていた。ゲッターロボは早乙女博士の開発した新しい武器・シャインスパークを身につけてメカ要塞鬼を追うが…。

ベンケイの当てた香港旅行券を譲り受け、ミチルと元気はジャンボ機で飛び立った。しかし百機帝国が、二人の行く手に罠を仕掛けていた。ジャンボ機はハイジャックされて行方不明になり、捜索のため出動したゲッターチームの前にメカ獣王鬼が現れ、ゲッターポセイドンが海溝の底に生き埋めにされてしまう。

アクロバットサーカスを見物に出かけた元気たちが山火事に巻き込まれ、危ういところをピエロに救われた。焼け出された観客やピエロたちを早乙女研究所に避難させ、ゲットマシンが出動して消火に向かう。ところがそのピエロたち、騒ぎにまぎれて研究所に忍び込むため変装した、命知らずの百鬼兵士たちだった！

哨戒中のジェット戦闘機が、無人島上空で巨大な触手に襲われて墜落した。漁師のカツヤとその父親は、瀕死のパイロットからボイスコーダーを託される。だが、二人も襲われ、父親が犠牲になってしまう。カツヤから情報を得たリョウたちは、百鬼帝国の水爆ロケットを発見。ミチルがゲットマシンを島に運ぼうとするが…。

中部山岳地帯に調査に向かった東山教授ら科学者の一団が行方不明となり、ミチルが捜索に出動した。ダム湖に漂う霧の中に入ったレディコマンドは、電撃を受けて不時着、ミチルが百鬼兵士に捕まってしまう。百鬼一族の大角鬼はミチルを人質に、東山教授たちに攻撃用の金属溶解液をあと１時間で完成させろと要求する。

新宿で車にはねられて死んだ紳士に、角がはえて消えるという事件が起こった。百鬼帝国のアジトがあるはずだと調査に出向いたハヤトは、幼なじみのイサムと再会する。住むところもないイサムだが、夢は大きかった。ケンカが強く度胸のある彼に目をつけたヒドラー元帥は、新宿支部長の二代目としてスカウトする。

寒さで弱ったツバメを小笠原へ運んだ元気とベンケイは、漂着した亀吉少年に出会う。カヌーを漕いでいて遭難した彼は、巨大な渦が大型運搬船を呑み込むのを目撃したという。ベンケイは単身ポセイドン号で調査に向かい、海底に百鬼帝国の工場を発見。そこでは鋼頭鬼が、件の運搬船の鉄鉱石から百鬼特殊鋼を製造していた。

偵察飛行をしていたミチルは、黄色く濁った川を発見する。地上に降りてみると、川の周囲の草木は枯れ、土地は荒れ果てていた。上流を調べたミチルは廃坑を発見するが、殴られて気を失ってしまう。気がついたミチルが見たのは、鉱山が流した黄色い毒で家族を殺した人間への復讐を誓い、百鬼一族となった旧友の姿だった。

ハヤトの父親は、ゲッター線を平和利用するための研究所を、極秘で富士山麓に作っていた。パリから帰国した姉アスカを喜んで迎えに行ったハヤトは、父の研究所を訪れるのには同行しなかった。仕事人間で家庭のことを省みなかった父親に反発していたのだ。だが研究所は百鬼帝国に襲われ、アスカが重傷を負ってしまう！

浅間山麓に大雪が降り、喜んだ元気はベンケイとスキーに出かけた。だが、リフトとジャンプ台の新設工事で立入禁止。実は百鬼一族の鉄丸鬼が、ドライスノー作戦の準備をしていたのだ。熱湯でも溶かすことの出来ないドライスノーＸ-82によって、早乙女研究所は氷漬けにされ、ゲットマシンは発進不能になってしまう。

居合い抜きの達人・流竜作の最後の模範試合が、東京で行われることになった。敬愛する父の最後の剣を見届けようと、会場に出向いたリョウ。彼の眼前で、父は飛び入り参加した大剣流を名乗る男に敗れてしまう。相手の動きを封じる特殊電波を放つ男の正体を、リョウは百鬼一族の大剣鬼と見抜いて追跡する。

海洋開発計画基地と潜水艦が、攻撃を受けて爆発した。百鬼帝国の仕業らしいが、攻撃方法が全くわからない。その頃、元気は静養に来ている少女・マリアと知り合っていた。彼女はどういうわけか、青いビー玉が光るのを見て急に怖がりだす。早乙女博士のアドバイスを受け、元気はマリアに恐怖を克服させようとするが…。

青い光線を浴びた人々が、突然常軌を逸した行動を取り始める事件が続発した。メカ恐角鬼がクレイジー・ビームの実験を行っているのだ。早乙女博士はゲッターチームの出動を禁止し、東京へ調査に向かう。しかしリョウはメカ恐角鬼の本格的無差別攻撃に激怒し、禁を破って出動。ベンケイとハヤトも後に続く。

浅間学園の野球部に、清水一角と名乗る学生が一人で挑戦してきた。他の部員が倒された後に１対１の勝負をしたベンケイは、強さに惚れ込んで意気投合、早乙女研究所に連れてくる。だが、一角の正体は角面鬼三兄弟の長男だった。二男の盗んだゲッターロボの内部構造情報を参考に、正体を現して攻撃を仕掛けてくる。

新造戦艦シーフォース号の進水式に、百鬼帝国の爆撃機部隊が奇襲攻撃をかけてきた。初陣の牛餓鬼はヒドラー元帥とのコンビ攻撃に成功、シーフォース号のバリヤーを破る。さらに、ゲッタードラゴンに単独で攻撃をかける牛餓鬼。無鉄砲な若いパイロットを脅かすだけのリョウだったが、シーフォース号が撃墜してしまう。

早乙女研究所をメカ電光鬼が急襲。出撃したゲッターポセイドンとの戦いの中、メカ電光鬼が放った流れ弾で、少女チコの愛犬が死んでしまう。悲しむチコにワラビ採りの老人が声をかけ、子ウサギを抱かせて一緒にベンケイに文句を言いに行くことに。だがその老人こそ電光鬼で、チコに持たせた子ウサギは爆弾ロボットだった！

世界の六大都市が、突如百鬼ロボットに襲われた。街を破壊した後、六機のメカロボットは忽然と姿を消し行方不明となる。しかし雷雲にまぎれて伊豆大島地下に潜るメカロボットが目撃された。ブライ大帝は一大決戦を決断、残った六機の性能を確認し、合体メカロボットに改造するため、大島地下の秘密基地に集結させたのだ。

大島島民の避難作戦は成功し、ゲッターロボはメカ雷電鬼を倒した。だが合体メカロボットは、シャイン・スパークを受ける直前に分離して逃れていた。そのことに気づかなかったリョウたちは、東京湾から上陸した合体メカロボットを見て驚愕する。分離したメカ甲角鬼を戦わせている隙に、メカ闇虫鬼は研究所を急襲する。

早乙女研究所を襲ったメカ闇虫鬼に、ハヤトは単身乗りこみ内部から破壊、ヒドラー元帥とともに爆発の中に消えた。東京を占拠した百鬼帝国に対し、日本政府は徹底抗戦を決断。陸海空の国防軍が同時攻撃をかけ、合体メカロボットを三体に分離させる。そこを、ミチルが乗りこんだゲッターロボが攻撃するが…。