「オコジョさんが来た！」怪しげなペットショップの魔の手を逃れた希少動物・オコジョさん。彼がようやくたどり着いた安住の地--そこは＂しあわせ荘＂、槌谷揺（つちやはるか）の部屋だった……！／「オコジョさん病院へ行く」しあわせ荘の外は危険がいっぱい。庭にいた犬とのファイトでボロボロになってしまったオコジョさん。担ぎ込まれたペットクリニックには、オコジョ大好き医師・塚原映日（つかはらあきひ）がいて……！？
「コジョピーのしあわせ荘探検」コジョピーは、子分のねずみ＂ちょろり＂のために新しい住居を探しはじめる。しかし、その行く手には、しあわせ荘の奇妙な住人たちが待ち受けていた。コジョピー、危うし！？／「笑うサエキ」かつてコジョピーと闘い、引き分けた青年・サエキが槌谷の部屋にやってきた。ふたたびよみがえる、怒濤の「チュ～ちゅん♡」コーゲキの悪夢……。どうする、コジョピー！？
「オコジョの墓」サエキ兄妹のペースに巻き込まれて、コジョピーはすっかりヘロヘロ。こうなったらあの作戦を実行するしか！／「敵は掃除機」オコジョさんを愛する獣医・塚原が散々悩んでいる頃、コジョピーは謎の怪物（注：掃除機）に闘いを挑んでいた！
「コジョピー、パラダイスへ」槌谷が毎日でかける場所。そこは、夢のようにうまい食べ物とギャルが待っているに違いない……！？／「コジョピーのキャンパスライフ」野生のカンが告げている。酒池肉林のパラダイスはもうすぐそこだ！ 走れ、コジョピー＆ちょろり！！
「コジョピーの秘密」コジョピーは強い。しかし、その最強伝説の裏には、コジョピーしか知らない、悲しい涙の物語があった……。／「コジョピーｖｓタッチン」コジョピーにライバル出現！ サエキのペット＂タッチン＂が槌谷の部屋（なわばり）にやってきた！！
「タッチンの涙」コジョピーとタッチンが、ふたたび火花を散らす！ 今度は槌谷の部屋（なわばり）を賭けて勝負だ！！／「コジョピーの悪夢」目覚めるとそこは、暗くてジメジメした知らない場所だった……。コジョピー＆ちょろり、異世界にトリップ！？
「コジョピー大変身！」コジョピーに大異変！すっかり変わり果てた体型を元に戻すため、スペシャルダイエット作戦開始された！／「恋するコジョピー」動物園で娘オコジョと出会ってから、コジョピーの胸のドキドキが止まらない。こ、これが恋ってヤツなのか！？
「すてきなハイキング」コスモス畑が広がる高原へ楽しいハイキング♪ ……のはずが、獣医・塚原はドン底気分。彼を襲った悲劇とは？／「コスモス畑のツカハラ」コジョピーに嫌われ、コスモス畑をさまよう傷心の塚原。しかしその行く手には、新たな災難が待ち受けていた！
「コジョピーのいる生活」コジョピーが槌谷の部屋から消えた。小雨の降りしきる中、コジョピーは一体どこへ行ってしまったのか……？／「コタツの中はパラダイス」槌谷の部屋に突如現れた四角い物体。そのコタツと呼ばれるものの中は、ぬくぬくと暖かいパラダイスだった！
「雪とゆうたとカラアゲと」初雪が降ったある日、コジョピーは思い出していた。故郷の森で子供に捕まってしまった日のことを……。／「オコジョ番長！登場編」突然届いた番長襲来の知らせに、小さな村の学校は大騒ぎ。みんなを恐怖のドン底に陥れた番長の正体とは……？
「ちょろりとネズミどの」ある寒い冬の日。傷つき倒れている美少女ネズミを見つけたちょろりの心に、やがて淡い恋の予感が訪れる……。／「好きすきコジョピー」長い間コジョピーに会えなかった塚原は、禁断症状が出まくり。見かねた都は、塚原を連れて槌谷の部屋へ……。
「決戦！クリスマスツリー」槌谷の部屋で踊る巨大リスマスツリー。サエキが独断で強行したクリスマスパーティーの顛末は……？／「コジョピーのメリークリスマス」宴もたけなわ。はじめてのワインに酔っぱらったコジョピーは、突然、ちょろりを「親分」と呼び始めて……。
「オコジョ番長！試験編」期末テストを間近にひかえて、予想問題を解くオコジョ番長。しかし結果は最悪、このままじゃ落第必至だ！／「槌谷、故郷へ帰る」年末、コジョピーが槌谷の実家で遭遇したもの--それは、槌谷とまったく同じ顔をした父・母・姉の３人だった！
「チチの思い出」槌谷の父かやってきた。その突然の訪問につられてたコジョピーは、父と過ごした子供時代に思いをはせる。／「ジョピー、ＴＶデビュー」ペット自慢の番組で大賞を取れば即大金Ｇｅｔだ！ サエキ兄妹の熱い期待に応えて、コジョピーがとった行動とは！？
「うばわれたコジョピー 前編」生まれた時からペットを飼い続けて１８年。人呼んで小動物博士の仙堂一朗が槌谷に仕掛けたワナとは！？／「うばわれたコジョピー 後編」立ち上がれ、獣医・塚原映日（＋槌谷＋ゆうた＋都）！ 仙道に連れ去られたコジョピーを救い、平和を取り戻せ！！
「消えたエサの謎」高級ペットフードが消えた。犯人は槌谷？ それとも……！？ コジョピー＆ちょろり、「密室うまいエサ消失事件」の謎を追え！／「ちょろりの幸せ」ちょろりが生まれたのは＂ねずみ屋敷＂と呼ばれる古い洋館だった。いま明かされる、少年ちょろりの旅立ちの時！
「ちょろりＶＳワタボコリ」槌谷に保護されたアナホリフクロウのヒナ＂ワタボコリ＂が、コジョピーの一の子分に。それじゃあ、ちょろりの立場は！？／「オコジョ番長！決闘編」俺とおまえ、どっちがコワイ？ 真の番長の座を賭けて、オコジョ番長・フェレット番長・槌谷がカツアゲ対決に挑む！
「ハリネズミはお上品？」コジョピーとちょろりが出会ったハリネズミのピョンキー。彼女はお嬢さま？ それとも凶暴なヤンキー？／「繭美のラブレター大作戦」槌谷とコジョピーに熱視線を注ぐ少女・森下繭美。憧れの彼の♯を射止めるため、繭美のラブラブ大作戦が始まった！
「繭美のバレンタイン大作戦」槌谷に恋する中学生・繭美。彼女は、バレンタインに手作りオコジョ型チョコを送って、槌谷に告白することを決意するが……。／「イタチ一家を救え！」我が家を追われたイタチ一家の悲劇。彼らのシアワセを取り戻すため、理想のマイホームを探せ！ コジョピー＆ちょろり！！
「ツカハラ、夢の日々」ついに塚原の夢が叶う日がやってきた。愛するコジョピーと暮らせるなんて、シアワセ過ぎてど～にかなりソウ！？／「オコジョ番長！日直編」今度の日直当番は、トモコとオコジョ番長。しかし「日直」が何かしらなかった番長は、初めての体験にコーフン気味！？
「耳長フェレットの謎」友人のみずほから耳長胴太フェレットを託されたトモコ。しかも、ひとりでコジョピー＆タッチンの世話もすることになって！？／「コジョピー、パパになる」耳長胴太フェレットが赤ちゃんを生んだ！ トモコに疑いの目を向けられるコジョピー＆タッチン。一体どっちが本当のパパ！？
「育て！夢のタネ」槌谷が花壇に何かを埋めている！ コジョピー＆ちょろりが土を掘り返してみると、そこにはたくさんのタネが埋まっていた！／「コジョピー空を飛ぶ」繭美のペットのモモンガは空を飛ぶのが大好き。飼い主のスキをついて大脱走、今度はしあわせ荘まで飛んでっちゃった……！
「オコジョにワナワナ」ペットショップ・ラブリーは赤字続き。偶然コジョピーを見つけた店長は、手っ取り早く資金を調達しようと、捕獲に執念を燃やす……！／「モテモテの条件」僕も女の子にモテたい！モテる秘訣を探るため、槌谷の一挙一動に目を光らせるサエキ兄妹。果たしてサエキ兄はバッリバリのモッテモテになることができるか…！？
「コジョピー、野生に還る 前編」槌谷は夢を見た。雪原を駆けるコジョピーの姿を。そして、槌谷は決断する。コジョピーと槌谷の別れる日が、ついにやってきた……！？／「コジョピー、野生に還る 後編」野生に返ったコジョピーは、生まれ故郷の森で娘オコジョとの新しい生活をはじめる。しかし、帰りたかったはずの森での日々には、何か大切なモノが欠けていた……。
「オコジョ番長！逆襲編」みんなオレたちを怖がってくれない……。誰もが恐れおののく＂真の番長＂になるため、オコジョ番長とフェレット番長が考え出した作戦とは？／「桜の木の下で」春の陽気に誘われて、旅に出ることにしたコジョピーたちは、太郎丸の背に揺られて満開の桜咲く公園へ……。
「オコジョｖｓオコジョ」ゆうたの友だち・みゆは、ご機嫌斜め。引っ越して来て早々、オコジョが部屋に現れて何度も悪さをしたというのだ。え？それってコジョピーのこと！？／「その名はコジョルー」みゆが越してきた部屋に潜んでいたモノ、それは１匹の幼い娘オコジョだった。大変な苦労をしてきたらしい彼女の身の上話を聞いたコジョピーは……。
「コジョルー、しあわせ荘をいく」コジョピーとちょろりは、コジョルーを連れて、タッチンのところへ遊びに行く……。コジョルーのしあわせ荘めぐりが始まった！／「オコジョ番長！新学期編」新学期のクラス替えで、オコジョ番長は槌谷と離ればなれになってしまった。しかも隣りの席になったライオンくんには、ある恐ろしい噂が……。
「ツバメをねらえ！」部屋のバルコニーにツバメが巣を作り、和む槌谷たち。しかしコジョピーは新鮮な卵が食べられると大興奮！この野望は実現するのか！？／「コジョルーの大好物は？」コジョルーの大好物もなんと鳥のカラアゲだった！それを知ったしあわせ荘の住人たちは、こぞってカラアゲを片手にやって来る。
「オジョコとおばあちゃん」槌谷とゆうたは、病弱な孫のために５０年も＂オジョコ＂を探し続けているというおばあちゃんに出会い、コジョピーを貸してしまう……。／「オコジョ番長！入院編」番長の座を賭けて、健康診断を受けることになったオコジョ番長とフェレット番長。しかしオコジョ番長には緊急入院の診断が！どうなる番長！？
「死闘！鯉のぼり」かつてチビマモが見たという空飛ぶ魚がやって来た！意外に強敵そうなこの相手に、コジョピーは勝つことができるか？／「アイドルに会いたい！」人気アイドル・石楠花由美子のサイン＆握手会へちょ～ルンルンで向うサエキ。しかしその背中にはなんとコジョピーが……！
「科学君の恐るべき実験」発明マニア・仁科学こと通称「科学君」。彼が創りだしたコギャル絶滅メカの恐るべき能力とは？／「オコジョ番長！授業料編」オコジョ番長は転入以来一度も授業料を払っていなかった。このまま退学になってしまうのか、オコジョ番長！？
「マンガ家はつらいよ」深夜のしあわせ荘に響き渡る謎の呻き声。それは、槌谷の隣に住むマンガ家のものだった。／「かくれんぼ大決戦！」しあわせ荘ナンバー１は誰だッ！？ しあわせ荘の動物たちが「かくれんぼ」でいざ勝負！
「みゆは名トリマー？」日本一の名トリマーを目指す西塔みゆは、さっそくコジョピーを使ってトリミングの練習に励む！／「オコジョ番長！繁盛編」長ラン＋ハチマキで番長っぽくイメージチェンジしたオコジョ番長。それを見つけた科学先生は！？
「失われた野生」槌谷の部屋に棲みついて早半年。オコジョさんの野生の力は、すう～っかり失われていた……。／「あこがれのニンゲン」失われた野生を取り戻したいコジョピーは、街で出会ったすごいニンゲンに大興奮！
「ありがとう、と言えなくて」長谷川雅至１８歳。槌谷に傷の手当てをしてもらった彼の、「お礼参り」は成功するのだろうか？／「オコジョ番長！家庭訪問編」今月も金欠のサエキ先生は「家庭訪問先でご馳走になろう！」と、ルンルン気分で生徒たちの家に向かうが……。
「科学君、第２の挑戦」槌谷の同級生・仁科が科学に魂を売り渡して、ついに完成させた究極の発明、その正体とは？／「オコジョＶＳメカオコジョ」槌谷の部屋（ナワバリ）でにらみ合う２匹のオコジョ。一体どっちが本物のコジョピーなのか！？
「コジョルーとちょろり」コジョピー不在のしあわせ荘で、突然２匹きりになってしまったコジョルーとちょろり。……で、何して遊ぶでやんす？／「オコジョ番長！購買部編」とある小さな村の人間・動物共学の学校。その購買部を切り盛りするおばあさんの、今日の犠牲者は……。
「繭美のデート大作戦」親友・井澄の提案で、槌谷をデートに誘うことになった繭美。しかし、相変わらず槌谷の前ではうまく話せない。／「塚原のオコジョ断ち」いつもコジョピーのことで頭がい～っぱいの塚原を見かねた都は、「オコジョ断ち」をお願いするが……。
「星に願いを」七夕にお願い事をすると、その願いが叶うらしい。コジョピー、ちょろり、タッチン、コジョルーの４匹は＂お星さま＂にお願いする／「オコジョ番長！プール編」校長先生の鶴の一声で、プールを作ることになったオコジョ番長たちは、ついウッカリおそろしいげなモノを掘り当ててしまった！
「コジョピーの恩返し」いつもメシを捕ってくる槌谷を、ひとつねぎらってやろう！ コジョピーが思いついた、すご～い名案とは……？／「繭美のペアルック大作戦」槌谷さんとペアルックをそんな恋する女子中学生・森下繭美の前に現れたのは、憧れの槌谷と同じ服を着た謎の女性。もしかして、恋敵（ライバル）出現！？
「オコジョ番長！臨海学校編」とある無人島へ臨海学校にやって来たオコジョ番長たちを恐怖のズンドコに陥れる食糧難の恐怖。番長たちは無事生還できるのか！？／「アルバイトパニック」夏休みを利用して、槌谷は近所のファミレスでアルバイトをすることに。しかし、槌谷のリュックの中には、コジョピーたちが隠れていて……。
「プールサイド危機一髪！」ゆうたとみゆを連れて、プールに向かう槌谷。槌谷のリュックに隠れていたコジョピーたちもプールで涼むことにするが……。／「妄想に踊る槌谷」ハードなアルバイトで毎日ヘトヘトの槌谷は、もうろうとした意識の中で思う。ああ、このタダ飯食らい（コジョピー）が役に立てばいいのに、と。
「カラフルコジョピー」コジョピーの毛の色が全身真っ白から、いつの間にか白地に茶色のブチ模様に変わっていた。いくら洗っても落ちないブチ、これって何？／「オコジョ番長！生活指導編」生徒が非行化したらボーナス全額カット！ オコジョ番長を更正し、クマ校長の厳しいお達しを帳消しにするため、サエキ先生の長く苦闘いの日々が始まった！！
「タッチン、恋のはじまり」槌谷の部屋に現れた茶色い毛並みのメスイタチ。彼女のハートをめぐり、いまタッチンとコジョピーの愛と憎しみの物語が幕を開ける……！？／「コジョルーは、なぜ白い？」コジョピーはすっかり夏毛に生えかわったのに、コジョルーの毛色は真っ白のまま。もしかしてコジョルーはオコジョじゃないの……！？
「私はコジョピー？」夏毛の自分を見て「なんとなく自分じゃないみたいだ…」とコジョピーは落ち着かない。体の毛の色が変わったら、他の何か別のものに変わってしまうかも！？／「長谷川、ときめきの午後」槌谷の女装姿が理想の女性像に近かったことで、長谷川は内心かな～り複雑。そんな折、上京し＂マイ ハニー＂の面影を忘れられずにいた。
「愛と憎しみのタッチン」タッチンが、ひとめぼれしたまぼろしのメスのオコジョをさがして槌谷の部屋にやって来た。そこでタッチンは、まぼろしのメスのオコジョがコジョピーといちゃついている場面を見てしまい・・・。／「どきどきクリニック」今日も昨日も一昨日も、コジョピーはエサを食べずにゴロゴロしていた。コジョピーは夏バテなのだろうか？ もしかしたら……！？
「あこがれのオコジョ」最強のオコジョ伝説を越えるべく、幼いオコジョの兄弟は猛特訓を始めた！／「オコジョ番長！夏休み編」夏休みの宿題は期日までに出来なければマタサキ…どうするオコジョ番長…！？
「ちょろりの結婚」ボロボロになってきたちょろりの家の前に、お嫁さん付の金ピカの御殿（カゴ）出現！？／「メカオコジョの逆襲」池に沈んでいたメカオコジョを引き上げた仁科。しかし思いがけない誤算が！
「好きだッ！ツチヤ」閑を槌谷の女装と思い込んでいる長谷川はドキドキしてしまう自分に悩んで…。／「オコジョ番長！運動会編」運動会、最下位はマタサキの刑！二人三脚に出場のオコジョ番長・槌谷組は！？
「ぽかぽかコジョルー」サエキ達と共に尾古条高原を訪れた槌谷。そこはコジョルーの故郷に似ていて…／「オコジョ番長！完結編」ハブ番長の襲撃を制止したのはマングース番長だった！オコジョ＆フェレット番長の立場は？
「しあわせ荘のオコジョさん前編」久々に安らかな休日を過ごす槌谷。コジョピーが姿を消していたのだ。何処へ？／「しあわせ荘のオコジョさん後編」コジョピー行方不明に人間・動物集結！その光景に槌谷が胸を熱くした時…！？
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