人類解放戦線を名乗るテロリストの乗ったランドメイトが暴走事故を起こす。出撃命令が出される行政院直属の特殊部隊ES.W.A.T（エスワット）。その女性隊員であるデュナンとサイボーグのブリアレオスは、無事、事件を解決することに成功する。しかしその後、作戦行動中のデュナンの自分勝手な行動にブリアレオスは苦言を呈する。ふてくされたデュナンは家出をしてしまう。奇しくもそのとき再び出される出撃命令。そしてデュナンの前に、所属不明の真紅のランドメイトが立ちはだかるのだった！

休暇に出かけようとしていた矢先に、デュナンとブリアレオスは緊急連絡を受け、ES.W.A.Tに呼び戻される。3000人もの乗客を乗せた超大型旅客機のハイジャック事件が起きたのだ。しかもあろうことか、その機体はまっすぐに、彼らの住むオリュンポスの街に向かっているというではないか！犯人の監視の目をかいくぐり、飛行中の旅客機に乗りこむ二人。しかしなんと中はまったくの無人…。人質はどこへ消えたのか？犯人の目的は何なのか？そして何より、旅客機の墜落を阻止することはできるのだろうか？

デュナンの様子がおかしい。いつもそわそわし、父親の形見としていつも大切に所持していた拳銃も持ち歩いていない様子だ。その変化を不審に思ったブリアレオスは、こっそりデュナンの行動を監視することに。すると、デュナンが密かにラークなる男性と会っていることが判明する。さらに実際にラークを見て驚愕するブリアレオス。なんと彼は、デュナンの亡くなった父親にそっくりだったのだ！奇しくもバイオロイド自殺事件が多発している中、謎の男ラークと一連の事件との意外な接点が浮かび上がる。

ロボット警察官のコットスは、駐車違反を取り締まっている最中に、カプセル型の車椅子に乗った一人の少女に出会う。その少女にはどうしても行ってみたい場所があるという。仕方なく同行することにするコットス。一方で、少女を誘拐しようと狙っていた犯人二人組が彼らを追跡する。時間を共有し、少女の事情を知るうちに、コットスには不思議な感情が芽生えていた。誘拐犯から身をていして少女を守ろうとするコットス。犯人の銃口の前に、敢然と立ちはだかるのだったが…。

群がる吸血鬼の群れ。そして人を食らう怪物ミノタウルス。夢とも現実ともつかぬ、幻想の迷宮をデュナンがさまよい始めたのは、エリス国の要人を警護する任務がきっかけだった。政府と反政府ゲリラとの抗争で、政情不安定なエリス国。その内戦の裏では、歴史の闇に葬られた事件があった。幻想に支配され、デュナンは味方をも攻撃してしまう。異常なまでの喉の渇きを覚え、自分が犯してしまうかもしれない行為におびえながらも、真相に迫ろうとするデュナンの前に、エリヌースという謎めいた女性が現れる。

かつて、アルゴノーツなる新国家の建設を夢見た男がいた。男の名はアルケイデス。しかし多国籍企業国家ポセイドンは自国の利益を守るため、徹底的にその芽を摘んだ。アルケイデスの死後20年がたった今、廃墟と化し、難民の巣窟となったアルゴノーツから、再び独立宣言が出される。超巨大ランドメイトの存在を嗅ぎつけ、武力行使をちらつかせるポセイドンに先んじて、デュナンが内偵捜査に向かう。残るES.W.A.Tメンバーは、外部より見守るしかない。しかしながら唐突に、心音センサーの停止が確認される。それは内部状況を把握するためにデュナンに設置されたものだった…

想像を絶するほどに巨大ランドメイト、ステュムパリデスがついに大空に飛び立った！しかも機体には核爆弾が仕掛けられているというのだ。アルゴノーツの要求を飲まなければ、この機体がオリュンポスに墜落することは必至だ。大惨事は免れるため、迎撃に向かうES.W.A.T。しかし、ステュムパリデスは、デュナンの心音を暗号コードに変換して操作されていることが判明する。オリュンポス全体の住民の命と引き換えに、デュナン本人を殺さなければならない。苦悶を抱えたまま、ブリアレオスは狙撃銃を構えるのだった…。

多国籍企業国家ポセイドンからの政府高官を潜水艦で護衛する任務に、ES.W.A.Tのなかからただひとり同行することになるデュナン。しかし、高官の警備のために艦内にいるボディガードは、ひとりまたひとりと謎の死を遂げていく。深海の密閉空間である潜水艦の中で、いったい何が起きているのか。行き先を偽装・変更し、あらゆる組織の監視網から姿をくらませた潜水艦のなかで、デュナンの生死を賭けた戦いが始まる！

ディアが生きていた！しかも、あろうことかポセイドンの大使として帰ってきたのである。ポセイドンは愛する夫アルケイデスを殺した憎き相手ではなかったのか。彼女の目的はいったい何なのか。ゼロ処理バイオロイドにして親ポセイドン派の議員テセウスと会談をおこなうディア。そしてテセウス警備のために会談会場に駆り出されるデュナン。ディアの真意を聞き出したいながらも、なかなかその機会が巡ってこない。しかし、ついにそのチャンスが訪れたとき、大きな悲劇が起きてしまう。

アルケイデス遺伝子の継承者は、残り二人となってしまった。ひとりは人類を宇宙に向かわせる通称「方舟計画」を提唱する政治家エウリス。そしてもうひとりは彫刻家のポイアスである。警備につくES.W.A.T。ポイアス担当となったデュナンはそこで、ポイアスの作品制作の姿勢を聞き、それをヒントにディアの心中を推察する。そのときマグスから緊急連絡が入る。エウリス邸に真紅のランドメイトが現れたと。挟み撃ちにしようと準備を整えるデュナンたちの背後に、別のランドメイトの機影が伸びるのだった…。

ヘカトンケイルとして最大のパフォーマンスを発揮するべく、リスクを犯してまでも脳容量を増設するディア。真紅のランドメイトを駆り、残された最後のアルケイデス遺伝子の継承者、エウリスの命を狙う。しかしデュナンとブリアレオスが1機のランドメイトの足止めに躍起になっている間に、もう1機はまったく違う場所で、狙撃モードに変形していた。そして静かにエウリスの搭乗した専用機を超長距離射撃する体勢に入っていた…。

明かされるディアの過去。アルケイデスの理想。そしてアルゴノーツに託された希望。しかし、ディアの脳は既に限界に達し、暴走を開始していた。アルゴノーツの行く末を深く憂うがゆえの行動。しかしその想いは思わぬ形で幕切れを迎える。一連の事件の後に残されたのは、未来を託されたひとつの命。人類の新たな章を刻むがごとく、宇宙へと飛び立っていくスペースプレーン。その光景を目の当たりにしつつ、デュナンとブリアレオスも、長らく追い求めてきた「楽園」の形を見るのだった。

多脚砲台が暴走事故を起こして以来、街全体を統治するガイア・コンピュータには、再三のチェックがかけられていた。しかしさらにES.W.A.T監視下での定期健診が要求される。気の長い作業の連続に飽き飽きするデュナン。しかし、不意にガイアは施設全体を支配下に置き、新配備された巨大オートインセクタを起動させる。先の暴走事故の再来を怖れるデュナンとブリアレオスは、ガイアの機能を停止させるべく、必死に施設の中央に向かう。ガイアにはガイアなりのまったく別の思惑があるとも知らず…。