春風小学校新６年生の峯崎拳一、立花浩美、朝岡しのぶは登校途中、機械人・歯車王と部下のギーグに遭遇。壊れた鉛筆削りから作り出された機械化獣が、いきなり三人に襲いかかってくる。その時、三人の前に突然恐竜のロボットが現れた。そのまま六千四百万年前の恐竜時代にタイムスリップした三人は、地球が「機械化帝国」の侵略を受けていたことを知る。そして古代の地球を守って戦う光の戦士・エルドランから、現代の地球を守るようにとマッハプテラ、ランドステゴ、サンダーブラキオの三体の恐竜ロボットを託される。 こうして、６年２組１８人の冒険と戦い、そして小学校生活最後の一年が始まったのだった。

ゴウザウラーで機械化獣を倒した拳一たち。しかし大人たちには、褒められるどころか、学校を壊したことを責められるばかり。その上、ロボットに乗れなくて悔しい防衛隊の武田長官に、ゴウザウラーに乗ることを禁止されてしまう。納得いかない拳一たちはゴウザウラーを元の校舎に戻そうと夜の学校に忍び込み、秘密の校舎修理作戦を決行する。 だがそれを見つけた武田長官は、勝手にゴウザウラーを元に戻すなんてと大激怒。先生たちも集まって、夜の学校は大騒ぎになってしまった。 その時、機械化獣出現の報が入った！

ある日の放課後、６年２組では「誰がパイロットになるか」について議論していた。そんな中、一人浮かない顔をしている浩美。彼は争いごとが嫌いで、できれば機械化帝国とも戦いたくないのだ。一人教室を出た浩美は帰り道に機械化獣と鉢合わせてしまうが、一人では太刀打ちできる訳がない。 一方、機械化獣出現の報を聞いたザウラーズはさっそく出動。しかし、浩美を欠くランドステゴは本来の力を出せずピンチに陥ってしまう。

朝寝坊した拳一は、スケボーで登校した。バレないよう廊下にスケボーを隠し、チャイムと同時に教室に駆け込むが、なんとそこは高木先生の６年１組。２組の生徒はだらしがないとこっぴどく怒られてしまう。 給食の時間、いきなり機械化獣出現の報が入って出動するザウラーズに、高木先生は「１０分で戻ってこなければ給食を片付ける」と言い放つ。売り言葉に買い言葉で、受けて立つ拳一。 一分たりとも時間を無駄にはできないと、ザウラーズは即出動する。

明日は日曜日、６年２組も休みに何をして遊ぶかで盛り上がっている。そんな中、クーコと、ユカ、はるえの弱虫３人組は暗い顔。日曜日に機械化獣が現れて、ザウラーズの出動が遅れたらと不安なのだ。しかしみんなには取り合ってもらえず、拳一には「弱虫はザウラーズにいらない」とまで言われてしまう。 翌日、３人は気晴らしにショッピングに出かけることに。ところが乗っていたバスが故障し、ギーグに機械化獣にされてしまう。

ゲームセンターに噂の「ゲームの達人」が現れた。対戦した拳一たちは、ものの見事に負けてしまう。それを聞いたしのぶは拳一たちのリベンジをすることに。だが達人に会ってみてびっくり。なんとゲームの達人はしのぶのお婆ちゃんだったのだ。驚いたしのぶは恥ずかしさのあまり、二度とゲームをしないで、とキツく当たってしまう。 しかしお婆ちゃんは拳一たちに誘われて再びゲームセンターへ。それを止めようと駆けつけたしのぶは、楽しそうな姿を見て、お婆ちゃんは寂しかったのだと知る。キツくあたったことを謝ろうとしたその時、クレーンゲームの機械化獣・デビルキャッチャーが現れた！

６年２組では五郎こと石田五郎の司会でホームルームが開かれていた。しかしあまりのまとまりの悪さに五郎はキレてしまう。自分に委員長の資格がないのではないかと悩んだ彼は、みんなが引き止めてくれることを願って「委員長を辞める」と宣言するが、それを聞いた生徒たちは、引き止めるどころか次の委員長選びに盛り上がってしまう。ガックリ落ち込む五郎。 そんな時、機械化獣が現れた。早速出動するゴウザウラーだが、高速で動き回る機械化獣に大苦戦。反撃する術もなやられて、司令室はパニックに陥ってしまう。

洋二がどうも恋の病にかかっているらしい。その相手はなんと弥生由里先生だった。それを知り面白がって二人をくっつける会を作る男子と、より良い男になってもらういい機会と傍観する女子。 そんなことも知らず、洋二は弥生先生を追ってデパートへ。いざ告白しようとしたその時、機械化獣があらわれ、たちまちデパートは火の海になってしまう。洋二はゴウザウラーに回収されたが、弥生先生が取り残されてしまった。 今こそ男の見せ所！洋二は消火器を抱え、決死の覚悟で火の海に飛び込んだ！

下校途中しのぶはいつものように拳一を追いかけ回していたところを、お母さんにバッタリ出くわした。 日頃のお転婆ぶりをお説教された挙句、おしとやかにするようにと無理やり着物を着せられてしまう。拳一にからかわれても、反撃しないで堪えるしのぶ。一日着物を乱さずに帰ってきたら、明日からは着なくていいという母との約束なのだ。 そんな時に機械化獣が現れた。苦戦するザウラーズはやっとの思いで合体するが、着物姿のしのぶは戦いに集中できず、とうとう追い詰められてしまう。

早朝、ユカは金太が秘密特訓をしている所を目撃する。 小学生柔道大会の決勝戦で毎年同じ相手に負け続けてきた金太にとって、６年生の今年は最後のチャンス。悲願の優勝をかけた金太の試合を応援しようと、ユカと拳一は二人だけで会場に駆けつける。 順調に勝ち進んでいく金太だが、試合最中に機械化獣出現の報が入る。ユカと拳一は、金太に内緒で出撃するが、ザウラーズは大苦戦してしまう。 試合直前にそれを知った金太。しかし自分には決勝戦がある。どうする！？

教授と秀三は、ゴウザウラーのディフェンスアップの為に超電磁バリア装置を開発した。磁力によって敵の攻撃を跳ね飛ばすのだという。しかしうまくいったのは模型実験だけ。威力を実証するために防衛隊管理下の機械化された町へ向かった先で、二人は武田長官に見つかってしまう。 武田長官を説得し何とか協力してもらった最終実験だが、教授の予想に反してゴウザウラーはただの電磁石と化し、身体中に防衛隊の戦車をくっつけてしまう。 そこへ機械化獣が出現した！

拳一、ボン、チョビが体育館でバスケットサッカーをしていたところ、ボールが大ジャンプして校長先生の大事な額を壊してしまった！弱った３人は額を持ち出し、ボンの家で直して翌朝早く元に戻すことにする。 ところが翌朝、拳一の寝坊で遅刻し、体育館では朝礼が始まってしまった。仕方なく額を教室に隠して朝礼に参加するが、額がなくなったことは全校中に知られてしまう。大ショックの校長先生。 その時、機械化が出現。早速出動したザウラーズだが、隠した額が気になる３人は戦いに集中できない。

本物のゴウザウラー出演によるドラマを作りたいと、春風小学校にテレビ局がやってきた。題名は「ゴウザウラー対大怪獣グチャゲラン」。スターを目指すエリーは断然やる気、他のザウラーズのメンバーも満更ではない。早速ザウラージェットを撮影現場に向かわせて本番が始まるが、全員が大根役者で芝居はモタモタ。ホンモノの迫力などカケラもない。 そこへ、機械化獣が出現した！本物の戦闘に色めき立つワンマン監督は台本通り芝居しろと言い放つ。本物の迫力で視聴率100％をとるというのだ。

拳一、しのぶ、浩美、エリーの４人は下校途中で浩美の母、小夜子に会い、お昼をご馳走してもらうことになった。ハツラツとしたキャリアウーマン姿の小夜子が医者であることを知ったエリーは、仕事と家事を両立するなんてカッコイイと、たちまち一目惚れしてしまう。ところが小夜子は家ではドジばかり。がっかりのエリーと、ため息の浩美。 そんな時、拳一が急にお腹を押さえて倒れてしまった。急性盲腸炎と診断した小夜子は、緊急手術が必要だという。 だが、機械化の出現で町は氷付けにされていた。このままでは拳一の命が危ない！

今日は緊急特番！６年２組のメンバーが２等身キャラで登場。エリー、五郎、しのぶの司会で、ザウラーズの活躍を振り返る特別放送番組が始まった。 「拳一たちとゴウザウラーの出会い」「ザウラージェット発進システム」などのコーナー、そして教授の解説による「教授のザウラー講座」などのコーナーで盛り上がる。校長先生や高木先生、中島先生までもがやってきて、スタジオ内は大騒ぎ！ そこへ同じく２頭身の歯車王とギーグが乱入。番組を乗っ取って機械化帝国の解説を始めてしまう。

機械神から与えられた最後のチャンスを逃した歯車王。もはや処刑は確実、死ぬならばゴウザウラーを道連れにと地球へ最後の出撃をする。主人に後がないことを知ったギーグも自力攻撃を決意。マッハプテラの操縦席を乗っ取ってザウラーズを混乱に陥れる。 拳一たちはギーグを何とか撃退しゴウザウラーに合体するが、歯車王は今までに倒された機械化獣達の残骸を取り込み、機械化獣・キングギアとなって襲いかかってきた。必殺技を受けてもすぐ再生する恐るべき相手に、ゴウザウラーは窮地に追い込まれる。

恐るべき力を持つ電気王は、ついに金星や水星まで機械化を進めた。そして用済みと判断したギーグを処断してしまうのだった。 地球に迫る危機を感じる６年２組。そんな時、防衛隊から北極への出動要請がはいった。氷山の中から、６４００万年前の時代のメカが発見されたというのだ。早速現場へ急行した一同が見たものは、巨大ロボットのコクピットユニット『ザウラージャイロ』だった。みんなのブレスがはげしく反応する。きっとこの近くに新たなロボットが隠されているに違いない。 そこに機械神の命を受けた電気王が現れた。

金太が飛び込んだ時空の裂け目の向こうは、６４００万年前の恐竜時代だった。機械化帝国の侵略の魔の手が伸びるその時代、金太は機械達の攻撃をかわしながら必死にロボットを探した。そしてついに、火山の火口でロボットを発見！だが金太が現代に戻ろうとしたその時、時空の裂け目は閉じてしまう。約束を果たせず、仲間を救えなかったことに泣き叫ぶ金太。 北極でも、残されたザウラーズがその瞬間を絶望的な気持ちで見つめていた。だが新しいロボットをみつけて必ず戻ってくると言った金太の約束を信じ、デスボルトとバロンガーノン相手に必死に戦い続ける。

北極から帰還した６年２組はテレビのニュースに取り上げられる。しかし中島先生に勉強をきちんとしなさいと言われて反発。地球を守る使命があるから勉強なんて二の次だという生徒たちと、戦いを勉強しない理由にするなと怒る先生は真っ向から対立。ちょうどその時、武田長官がザウラーズを防衛隊の特別隊員に迎えたいとやって来ると、全員はさっさと防衛隊基地に行ってしまう。 しかし、そこで待っていたのは厳しい訓練。次第にみんなは隊員になったことを後悔しはじめる。地球を守ることは大事だけど、それだけでいいのかと迷う生徒たち。

ある日の放課後、子猫が学校の鳥小屋に入って大暴れ。飼育委員の育代は鶏を守るためにすごい迫力で猫を追い払う。 学校からの帰り道、バッタリ出会ったその猫に、人一倍動物好きの育代は優しく微笑みかける。子猫もそれが分かるのか、つかず離れずの距離で彼女の周りをウロウロ。 そんな時、防衛隊の新型戦車“タケダ１号”が機械化獣にされてしまった。出動するザウラーズだが、ザウラージェット内に妙な音が････。なんと、例の子猫が乗り込んでしまったのだ！

今日は春風小学校の終業式。拳一たち６年２組のみんなは、夏休みをどんな風に過ごすかで盛り上がっている。 その頃、電気王は軍事衛星を機械化獣にして、宇宙から地球を機械化する作戦を実行していた。防衛隊の武田長官からその報せを受けたザウラーズ。宇宙へいける！と期待に胸を躍らせたのだが、初めての無重力空間での戦闘は甘くなかった。手間取っているうちにザウラーズのロボットたちは、機械化獣が作り出したエネルギーリングに閉じ込められてしまう。

せっかくの夏休みだというのに、洋二の家族は勉強勉強とうるさい。冒険に憧れ男のロマンを目指す洋二は、愛読書まで取り上げられてついに家出を決意する。拳一たち男子はそんな洋二に共感し、大いに盛り上がる。 ノリノリな男子たちの助けでタンカーに密航させられてしまった洋二。 しかし大海原で、潜水艦の機械化獣に襲われてしまった。ザウラーズが駆けつけるも、慣れない水中戦に苦戦。しかもタンカーには原油が満載されていることが発覚する。このままタンカーが沈めば海に原油が流出してしまうと、洋二は必死に操舵輪を操る。

機械神に度重なる失態を叱責された電気王は、ゴウザウラーの戦闘パターンを徹底的に分析しはじめた。力こそ全てだと考える彼は、策略を用いることに反感を抱きながらもデスボルトで地球へ向かう。 一方ザウラーズの面々は、今年の夏休みに何となく寂しさを覚えていた。普段は感傷とは無縁の拳一も、用も無く学校に忍び込んでしまう。 その時、デスボルトが襲来。防衛隊のミサイルを機械化獣に変え、まっすぐザウラーズの元へやってきた。応戦するゴウザウラーはしかし、動きを先読みされてなかなか反撃できない。

ザウラージェット発進！しかし今日は戦闘のためではない。夏休みの思い出にみんなで温泉旅行に行くのだ。 宿に着き、早速露天風呂を目指すザウラーズ。ところがそこは混浴だった！ 脱衣所に残っていたブラジャーに、拳一たち男子は大興奮、持ち主を探せと盛り上がる。しかしそれを目の前で見せられた持ち主のしのぶは、恥ずかしさと怒りで爆発寸前。ブラジャーを身につけてからかう拳一と大喧嘩になってしまった。女子が取り成そうとするのだが、意地っ張りな二人だけにこじれるばかりだ。 そこへ、電気王が戦艦の機械化獣を引き連れてやってきた。早速出動するザウラーズだが、拳一としのぶが喧嘩を根に持ち、チームワークは最悪。

機械神に与えられた最後のチャンスをも逃してしまった電気王に、もはや生き延びる術はなかった。ゴウザウラーに復讐するためデスボルトと融合し、ハイパーデスボルトとなって地球へ向かう。 一方、防衛隊では新しい戦闘ロボット「ボウエイガー」の完成が目前となっていた。工場見学したザウラーズは、武田長官をなだめすかして開発に参加。ついにボウエイガーを完成させる。 お次はパイロットの選定。武田長官と、ザウラーズの代表として洋二が操縦勝負することになった。勝ったほうが新型ロボットを手に入れられるということで、洋二はみんなの期待を背負って試合に臨む。

ピンチのザウラーズの元に駆けつけた洋二。ゴウザウラーとマグナザウラーを救うためには、機械化獣にされたボウエイガーを取り戻すしかない。洋二は決死の覚悟でボウエイガーに乗り込み、ハイパーデスボルトに立ち向かう。 だがボウエイガーは敵の圧倒的な力の前に倒されてしまい、地割れの中へと落下して行く。ザウラーブレスの電波も届かない地中深く、そこにはたくさんの恐竜の化石が眠っていた。混乱し、怯える洋二。その前にエルドランが現れる。エルドランは洋二に勇気をあたえ、壊れたボウエイガーに力を注いで、新しいロボットに甦らせてくれるのだった。

月に謎の流星が飛来した。新しい機械王、エンジン王と、巨大ロボット・ギルターボだ。エンジン王たちは月の残り半分を機械化し、地球へと向かう。 春風小学校では二学期が始まり、ザウラーズの面々も塾にスポーツにと、それぞれの目指す道へ向かい忙しくなっていた。面白くないのは拳一。誰も一緒に遊んでくれないことに腹を立て、一人で遊びに出かけたそこは、“秘密基地”と名付けて遊んだ思い出の場所だった。久しく訪れていなかったその場所で「ジュニアザウラーズ」を名乗る３人の少年たちに出会い、拳一は３人の隊長となって一緒に遊び始める。

テレビの報道番組にザウラーズが出演。それをきっかけに、洋二が一躍アイドルになってしまった！　女の子たちからプレゼントやファンレターをもらったり、サインをねだられたりと大変な人気ぶりだ。エリーに「シンデレラボーイ」などと言われて最初はとまどっていた洋二だったが、次第に調子に乗りはじめ、ついには、ボク一人で敵を倒す！などと宣言してしまう。 そんな洋二に反感を抱く拳一たち。エリーは洋二をそっと諌めるが、一度持ち上げられた洋二は聞く耳を持たない。 そこへ機械化獣出現の報が！早速出動するザウラーズだが、スター気取りの洋二はスタンドプレーでチームワークを乱すばかり。

機械化帝国の新たな敵エンジン王が繰り出す合体機械化獣への対抗手段として、ゴウザウラー、マグナザウラー、グランザウラー３体の合体プログラムを教授が開発した。ところが全校生徒の前で行った合体テストは大失敗。拳一やエリーをはじめとした一同は、恥をかかされたと教授を責めたてる。くじけない教授だったが、拳一に愛用のパソコンを壊されついにキレてしまう。怒った教授は教室を出て行き、グレて不良少女になってしまった。 その頃、町にデスボルトが飛来、合体機械化獣となって暴れていた。

「双子に超能力がある」というテレビ番組の言葉を試すため、一卵性双生児のワンとツーはテレパシー実験をさせられることに。しかし、もちろん成功するハズがなく、失敗をなすりあった末に兄弟ゲンカに発展してしまう。 そこへ合体機械化獣出現の報が入る。高性能ミサイルを取り込んだ危険な敵だ。出動したザウラーズだが、ワンとツーは勝手に席を移ってしまっていた。モタついている間に武田長官から危機を知らされたゴウザウラーは敵からミサイルを切り離すのだが、そのショックで自爆装置が作動。あと５分で爆発する事態に！

応募した漫画が落選して落ち込んだ浩美は、母の助言を受けてザウラーズを次の題材にしようと決める。それを聞きつけた仲間たちは、ぜひ自分をヒーローにと大盛り上がり。だが浩美はヒロインを誰にするかで悩んでいた。そんな時、怪我をしたユカに優しくするクーコを見て、ヒロインにすることを思いつき、取材しようとこっそり後をつけるのだが、誤解され嫌われてしまう。 その頃、町では合体機械化が大暴れ。キングゴウザウラーで立ち向かうが、絡み付いてくる機械化獣に身動きが取れなくなり、浩美も負傷してしまう。

もうすぐ春風小学校の運動会。６年生たちは最後の運動会を成功させるため、準備に練習に大忙しだ。そんな中、６年２組だけは出動中で不在。戻ってきたと思ったら、せっかくの飾り付けをザウラージェットの爆風で壊してしまう始末。いつも２組だけが注目を浴びることを快く思っていない６年１組の北島博子は対抗心を燃やし、運動会は絶対に負けないと２組に宣戦布告した。受けてたつ拳一たち。 そして運動会当日。６年生が異様に熱く燃える中、競技は次々と進み１組と２組は同点に。勝敗は決勝の綱引きに持ち越された。 その時、合体機械化獣出現の報が入った。

勉強に興味のない拳一は、今日のテストも零点。「やればできるのに」とため息混じりの中島先生の言葉もどこ吹く風だ。ところが、母親からお小遣い停止宣言された事には困り果て、百点を取ろうと決意する。さっそく猛勉強を開始するが、慣れないことをしたせいで頭はフラフラ、事故に遭いそうになったり、教授の新発明の実験台にされたり、ついには保健室で寝込むハメになってしまった。 テストは明日だというのに、これでは間に合わない。そこで、拳一は最終手段のカンニング計画を実行してしまう。

何者かに招待され、遊園地「ザウラーパーク」にやって来たザウラーズ。そこには先生たちや武田長官、ジュニアザウラーズたちも招かれていた。 しかしこの招待は、密かに復活していたギーグの罠だったのだ。そうとは知らず、数々のアトラクションで楽しむザウラーズ一同。しかし、「絶叫コースター」や「ダイノパーク」で本物の機械化獣に襲われ、ゲームセンターでは時限爆弾式ゲームで危険にさらされる。さらに「ゴウザウラー迷路」では水攻めに遭ってしまう。 命からがら逃げ出したザウラーズは、首謀者のギーグを発見する。

ボンが赤いレインコートの美少女に一目ぼれした。話を聞いて盛り上がった拳一たちは、さっそく少女を探し始める。しかし、その少女の落とし物だというハンカチを見て、はるえはびっくり。何と自分のものだったのだ。そんなことは露知らず、美少女探しに燃えるボン。 はるえはこれ以上事態が大きくならないようにと、レインコートを着てボンに真実を話しに行くが、結婚してくれと叫びながら走ってくるボンの姿に、つい逃げてしまう。 そんな時、合体機械化獣が現れた。

誰が一番優秀なパイロットかで言い争う拳一、洋二、金太。仲裁しようと間に入った五郎は、三人の態度にプッツン。ブチ切れて暴れまわった挙げ句、教室を滅茶苦茶にしてしまう。 そんな時、合体機械化獣がコンビナートに出現。さっそく出動したザウラーズだが、パイロットがいつもと違う。誰が優れたパイロットかをはっきりさせるため、拳一たちが勝手に操縦を交代していたのだ！そのため、どのロボットも動きが支離滅裂、しかもパイロットが所定の位置にいないため合体することもできない。ザウラーズはじまって以来の大ピンチだ！

エンジン王はゴウザウラーが土壇場で出す予想外の力の源を探るべく、データを解析していた。 ちょうどそのころ、春風小学校では風邪が大流行。６年２組も学級閉鎖寸前という時に、大量の機械化獣が現れた。いつもの半分も力が出ないゴウザウラーは大苦戦。ピンチを知り、休んでいた生徒たちも病気をおして駆けつける。やっとの思いで全部の機械化獣を倒すのだが、敵は飛来したギルターボと巨大結合し、究極の合体機械化獣になってしまった。強敵に打ちのめされ、風邪で無理をしていたザウラーズの面々は次々と意識を失ってゆく……。

一刻も早く中島先生を救出にいきたいザウラーズは、６年1組の協力を得て宇宙へ飛び立つ。 一方、月ではエンジン王が機械神に反旗を翻した。機械化帝国では禁断の「心の力」を手に入れて、宇宙の支配者になろうというのだ。主人を心配するギルターボは、解析できない力を使おうと逸るエンジン王を説得するが聞き入れられない。 一方、機械化城に到着したキングゴウザウラーは苦戦の末に中島先生の救出に成功する。だがエンジン王は城を機械化獣メガキャッスルに変え、ついに「心の力」を吸い取ってしまう。

ギルターボの仇討ちに燃えるエンジン王は、巨大化してキングゴウザウラーに襲いかかってきた。 その時、機械化城が移動をはじめる。教授の解析により、機械化城が自爆することが判明。その影響を受ければ地球に住む生き物は滅亡するという。 爆発を阻止しようとするキングゴウザウラーだが、その行く手をエンジン王が阻む。だが子供たちのために死をも厭わぬ中島先生の必死の説得に、エンジン王はやっと「心の力」の正体を知った。「大切な者を守ろうとする時、心は限りなく強くなる」という言葉に、自分のしてきたことの虚しさと、自分を庇って倒れたギルターボへの悲しさにくずおれる。

機械化された地球・・・そこには生き物の影も形もない。ついさっきまでは自分たちの住む星だったのにと、呆然と立ち尽くすザウラーズ。 その時、エルドランから恐竜時代で苦戦しているという通信が入る。どうやら機械化城の爆発の影響で現れた時空の穴が恐竜時代に影響を及ぼし、その結果歴史が変わり、異なった現在として機械化された地球が現れたらしい。 さっそくザウラーズは、時空の穴を抜けて恐竜時代へ行くことを決意する。そこでエルドランを救い、機械化帝国を倒せば、地球は元に戻るはずだ！

謎の恐竜ロボットと戦うザウラーズは辛うじて戦線を離脱し、まず情報を集めることにする。すると話し合いの最中、マーボーがお腹が空いたと訴えだした。食べることが何より大好きな彼の提案に従って、一同は食料調達をすることに。大変な苦労の末恐竜の卵を手に入れるのだが、卵焼きにしようとする直前に赤ちゃんが誕生、そのかわいらしさにザウラーズで保護することになる。 その時、恐竜が集団移動をはじめた。後を追った一同は、機械化帝国のロボットと戦う恐竜たちを目撃する。

強敵ダークゴウザウラー相手に大苦戦するキングゴウザウラーは、ついに拳一の操作にも反応しなくなってしまう。おしまいだと思った瞬間、まばゆい光がキングゴウザウラーを救った。エルドランだ！ 瀕死のエルドランはキングゴウザウラーを安全な場所へテレポートさせると、これまでの経緯を語り始める。機械化城の爆発で生じた時空の穴を通って、ギルターボの頭が恐竜時代へ転送されてきたこと、そのデータを元にダークゴウザウラーが作られたこと。そして最後のエネルギーをキングゴウザウラーに注ぎ、消え去ってしまった。 ザウラーズは地球の歴史を元に戻すため、決戦の準備をする。

恐竜時代での生活が続くザウラーズ。拳一たちは先手必勝で敵に攻撃を仕掛けることを決意するが、ほとんどの生徒はそれに反対。拳一やしのぶのほか数名だけがゴウザウラーとマグナザウラーの２体で出撃してしまう。だが、強敵ダーグゴウザウラーにかなうはずがなく、戦いの様子を受信していた残りの仲間たちはいてもたってもいられず拳一たちの元へ。全員集合で体勢を整えほっとしたのも束の間、原子王が「地球壊滅装置」を作動させてしまった！

ザウラーズの活躍を記録した映画が完成した。その名も「ザウラーズ熱血大進撃」。今日はその完成を祝ってのパーティーと試写会だ。 各パイロットの紹介や、ザウラーズの恋模様を描いた「ワンとツーのラブラブレポート」「教授のハチャメチャ大発明」などが上映され、試写会は大いに盛り上がる。そして、「六年生の思い出」シーンで夏休みや運動会の思い出に全員が浸っていたその時、突如スクリーンに機械神の姿があらわれた！

今日は三学期の始業式。６年２組の小学校生活もあとわずか、もう少しで卒業だ。いつものように喧嘩していた拳一としのぶも、公園でしんみり思い出に浸ってしまう。 その時突然、二人の目の前に死んだはずの歯車王が出現！機械化光線を照射し、町を機械化しはじめた。しのぶをかばって機械化光線を浴びてしまう拳一だが、必死に逃げのび、ザウラーズに急を告げる。 ただちに出動したザウラーズの目の前で、歯車王は巨大化。自分が機械神によって一層のパワーをあたえられた「歯車大王」であると告げるのだった。

拳一の様子がいつもと違う。電気大王の攻撃を巧みな操縦でかわし、ゴウザウラー単体で撃退してしまったのだ。しかも、早起きしたり、跳び箱を華麗に跳んだり、数学の難問をスラスラ解いてしまったりと、その変わりように周りはただ唖然。 だが一人、しのぶは不安にかられる。そしてそれは敵中した。車に轢かれそうになった少女を助けようとして、拳一が車を破壊してしまったのだ。かすり傷をおった肘からのぞいたのは、なんと機械！歯車大王の攻撃を受けたことで、拳一の体は機械化しようとしていたのだ。

拳一の体の機械化は進む一方だ。防衛隊が開発した「物質復元装置」の実験でほんのわずかな希望が見えたのだが、まだ人体には使用できないという。拳一はいつもどおりのお調子者で明るく振る舞っているが、その気持ちをくんで、ザウラーズはある作戦を実行する。 社会科見学と偽り、武田長官の目を盗んで物質復元装置を使ってしまおうというのだ。元の体に戻る確率が低いのは承知の上で、復元光線を浴び始める拳一。 その時、エンジン大王が防衛隊基地に飛来した！

待ちに待った物質復元装置が完成した。拳一の体を元に戻すため、装置は秘密裡に春風小学校に運び込まれる。ところが、それを察知した歯車大王、電気大王、エンジン大王、原子大王の四天王が学校を襲来！出動すればザウラーズの基地が春風小だと知られてしまうため、一同には打つ手がない。拳一がオトリとなって四天王を学校から引き離そうとするのだが、ついに捕らえられ、危機に陥ってしまった。 拳一の命には代えられない。覚悟を決めてザウラーズ出動だ！

拳一の体が元に戻り、近づく卒業式の支度もあって沸き立つ６年２組。だが機械化帝国に基地を知られてしまった今、のんびりしてはいられない。防衛隊でザウラーズをかくまおうという武田長官の提案にすったもんだしているところへ、四天王が襲来した。 敵はみるみるうちに学校を機械化、中島先生まで機械にしてしまう。ザウラージェットを発進させることもできず避難したザウラーズは、ゴウザウラーがなければただの小学生でしかないことを思い知る。 しかし、絶望の色濃い中で拳一が立ち上がった。

突然現れた機械神は巨大なコードでキングゴウザウラーを貫いた。コードは操縦席の一同を縛り、キングゴウザウラーを操って町を機械化し始める。町も人も、次々と機械化してゆく。それを笑う機械神は、自分たち機械こそが宇宙を支配するのだと宣言する。 しかし、地球の人々の「心」は機械化されても失わなれることはなかった。 自分たちを励ます人々の声に力を得て、拳一たちは最後の力を振り絞り、巨大コードを引きちぎった！その時、エルドランが現れ、ザウラーズに新しい力を授ける。なんとキングゴウザウラーは春風小学校と合体、究極の超熱血最強ロボット「ガクエンガー」となったのだ！

今日は卒業式。機械化帝国を倒したザウラーズの面々も無事この日を迎えることになった。小学校最後の一年は、ゴウザウラーと共に過ごした日々だった。ゴウザウラーとの出会い、機械化獣、機械王たちとの戦い、自分たちの成長・・・。それぞれの胸に思い出がよみがえる。 そんな中で拳一たちは、自分たちが卒業したあとのことを心配していた。そこで、校長先生にキングゴウザウラーにも卒業式を行いたいと申し出る。 みんなが見守る中、拳一は思いを込めてキングゴウザウラーに卒業証書を手渡すのだった。