不老長寿の秘薬“命のもと”を探す紋者博士は、その手がかりとなるモアという人物を、完成したばかりのタイムトンネルを使い5000年前から呼び寄せようとする。しかし、その情報を知ったアクダマンは、モアを先に呼び寄せてしまう。

命のもとが竜宮城のあるとにらんだ紋者博士は、タイムトンネルを使って浦島太郎に連絡を取ろうとする。そこへ変装したアクダマンが現れ、手がかりを奪われてしまう。

命のもとが創世記に書かれたエデンの園の禁断の木飲の実ではないかと考えた紋者博士だったが、またも手掛かりをアクダマンに奪われてしまった。ゼンダマンに変身した鉄ちゃんたちは、アクダマンを追ってバビロニア平原のアダムとイブの元へとタイムトラベルする。

紋者博士から命のもとの手がかりを奪ったアクダマンは古代日本へとやって来た。彼らは北ヤマタイ国のアクタヒコと手を組んで、南ヤマタイ国を侵略しようとする。

豊臣吉秀が幼い頃に授かった大切なものが命のもとではないかという情報を得たアクダマンは、戦国時代へ。幼き吉秀こと月吉丸は、蜂須賀大六に仕えていた。だが大六の命令を無視した月吉丸は、敵の武将に捕まってしまう。

例によって命のもとの手掛りとなる八字剣を、紋者博士からだまし取ったアクダマン。彼らを追ってゼンダマンは12世紀のイエルサレムへとやってきた。そこで二人は少年八字軍を率いるフランクと出会う。

何百年も生きたという白馬が命のもとの秘密のカギと知ったアクダマンは、1850年ギリリス国ドンロン郊外へとタイムトラベルした。追いかけるゼンダマンが現地に到着したときには、その白馬・ホワイティは馬泥棒に盗まれたあとだった。

ドン万次郎が命のもとの手がかりを知っているという情報を、例によって紋者博士から得たアクダマンは、1841年のマメリカにやってきた。ジャポン国へ航海に出た万次郎だが、嵐にあい船は難破してしまう。

命のもとを求めて、5世紀中国の桃源郷へとやって来たアクダマン。偶然、命のもとの手がかりを知っていると思われる仙人と出会い、一緒にいた若者ともども弟子にしてもらうことにした。だが仙人の修行はなかなか厳しく、たえきれなくなったアクダマンは、力ずくで仙人から秘密を聞き出そうとする。

命のもとの手がかりは、古代日本たこるがの里の超徳太子がもっているとの情報を得たアクダマンは、古代へとタイムトラベルする。そこで太子と敵対する家族・熊子と結婚し、太子の警備隊長を金で抱き込み暗殺させようとする。

アクダマンは1805年のマルゼンチンへやって来た。父を捜して一人で旅を続けているマルク少年が持っている地図を狙っているのだ。情けは人のためならずで、お金に困っているマルクを助けてやったアクダマンではあったが、しっかり者のマルクから地図を手に入れることはできず、結局一緒に旅をすることに。

アクダマンは、命のもとのてがかりを求めて中世フダンスにいる、長靴をはいた猫のところへとやって来た。その猫はちょうど鬼ヶ山へ鬼退治に向かう最中で、力を貸してくれれば命のもとのことを教えてくれるという。

9世紀のバイキングの元へ命のもとを探しにやってきたアクダマンとゼンダマン。ちょうどバイキングの若き王・ロロがノルマンディ攻撃のために船出するところであった。しかし船は嵐で難破してしまい、ロロはノルマンディのヌート王子に捕らえられ、処刑されそうになる。

15世紀ユカタン半島へとやって来たゼンダマンは、神への生け贄の儀式に反対するアステカの王子と知り合った。一方アクダマンは乗ってきたメカが神の使いと誤解され、アステカの民から敬われる。

大陸へ落ち延びた源義経が、命のもとによって若返りジンギスカンとなったのではないかと考えた紋者博士。アクダマンは博士からの手がかりを奪い、12世紀のモンゴルへタイムトラベル。ムージョたちはジンギスカンと敵対するガクゼンと手を組む。

こぶとり山の鬼が命のもとの秘密を握っていると知ったアクダマンはタイムトラベルして、怠け者で意地悪なおおぶとり爺さんと鬼のもとへ向かう。おおぶとり爺さんは、こぶとり爺さんが鬼の不思議な力で痩せることができたと聞き、自分も痩せたいと考えたのだ。

タイムトンネルから突如出現した物資・・・・・・それは2100年の世界からやって来たものだった。その部質を紋者博士から奪ったアクダマンは、未来へタイムトラベル。不思議なエネルギーを探している貧乏学者のジャンとともに宇宙へ旅立つ。

氷河期へと命のもとを求めてやって来たアクダマンは、原始人を手なずけて、命のもとの手がかりと思われる片牙折れマンモスの捜索を開始する。一方、氷河期へ到着したゼンダマンは、そこで出会った少女・ケペペの願いを聞き迷子になった子マンモスの親を捜すことにする。

16世紀の西部の町・ダッコシティへやってきたアクダマン。そこの保安官からアパッチの宝の話を聞き、それを手に入れたスリー・ザ・キッドの後を追うことにする。その頃ゼンダマンはアパッチの集落を訪れていた。

アクダマンとゼンダマンは18世紀のフランサにタイムトラベル。ホントワネット王女は貧富の差が激しい世情をうれいていたが、従臣のダーマスは王女の名の下に搾取のかぎりをつくしていた。

1625年。ずる賢い王の命を受けた長政は、ジャム国統一のためスコールの象軍団との戦いに臨んでいた。だが象を戦いの武器にしたくないスコールの少年・パグナムは話し合いで解決できないかと考え、長政に単身会いに出かける。

紋者博士の情報によりポンペイへとやってきたゼンダマンは、街から見える活火山のベスビアス山が大噴火寸前だと知る。だが悪徳皇帝クタビレタデスはその話に耳を傾けなかった。一方アクダマンもポンペイに到着。

紋者博士はタイムトンネルでかぐや姫を現代へ呼び寄せるが、アクダマンに横取りされてしまう。かぐや姫とともに現代の京都へ向かったアクダマンを追って、ゼンダマンも出動。その頃京都では、タケトール博士はUFOによる侵略の危機を訴えていたが、誰も相手にしなかった。

中世のボヘミアで悪い魔法使いと強欲な地主の手足となって働くゴーレムだったが、本当は優しい心を持っていた。そこに目をつけたアクダマンは、ゴーレムを手なずけ街に眠る命のもとと思われる宝を探させようと考える。

紋者博士の研究室に忍び込んだアクダマンは、罠によって捕えられてしまうも難なく抜け出し、命のもとと関係があると思われる名探偵エスキュール・ボケロの名刺を奪取。黄金の脳細胞というキーワードを手掛かりに、1908年のアマゾン河にやってきた。

諸国を漫遊して人々に幸せをもたらしたと言われる水戸紅門が印籠の中に珍しい薬を入れて持ち歩いていたことを知った紋者博士は、この薬が命のもとではないかと推察。それを盗み聞きしたアクダマンは、水戸紅門がいる1690年の日本へタイムスリップする。

紋者博士は、イギリスの少女アリスが世にも不思議な国を訪れ、この世で最も価値のあるものを入手したことを資料から発見。アリスのリボンを測定器に掛けた結果、1865年のイギリス・キャロル村に彼女がいることが判明。

糸玉を持ったギリシアの英雄テセウスが、命のもとの謎に迫ったと言う。紋者博士は、この糸玉を見つけるもビーナスに扮したムージョに見とれ、睡眠ガスで眠らされて糸玉を横取りされてしまう。糸玉の情報から紀元前1500年のアテナイの町に向かったアクダマンと、彼らを追うゼンダマン。

命のもとの在り処を示す紙切れを発見した紋者博士は、それを解読機にかけた結果、日本の江戸末期に存在した英雄、坂本リョーマがもっていた辞書の一部であることが判明。博士の行動を先回りして、リョーマに会うため、幕末の京の都へ旅立つアクダマン。

1880年、スペイン領メキシコで活躍した正義の味方・怪傑ソロの手袋の一差し指が十五夜満月を示す時、S字最後が示す方向をたどると命のもとが存在するという。紋者博士からこの情報と割符を入手したアクダマンは、一路ソロのいるメキシコへ。

トボッケーがゼンダライオン攻略のために究極メカを開発。それはゼンダライオン同様に歌を歌うライオン型メカ・アクダライオンだった。南太平洋で様々な島を発見し、最後にこの世で一番大切なものを手に入れたとされるキャプテン・クックンに会うため、アクダマンは1772年に出発。

12世紀頃、弁慶は貴重な宝を求め、五条の大陸の上で毎夜侍に戦いを挑んでいた。その弁慶が持つ勧進張に命のもとの秘密が隠されていると睨んだ博士は、彼を現代に呼び寄せようとタイムトンネルを始動。だが、トンネル内のポイント切り替えによって、弁慶はアクダマンの屋敷に連れてこられてしまう。

有能忠敬は幕府の命で蝦夷地の地図を作るために出発し、すごい場所を発見したという。その地図の半分を持つ博士は、残り半分を忠敬に作ってもらえば命のもとを発見できると思いつくもアクダマンに地図を奪われてしまう。病弱な母を心配するあまり、一刻も早く地図を完成させて帰りたかった忠敬は、アクダマンと手を組むことに。

病気の父親が、ヨーローの滝の水が変化したお酒を飲んで元気になったという言い伝えから、紋者博士はそれこそが命のもとと考えた。博士は、そのお酒を入れたひょうたんの栓を見つけるも、バニーガール姿で現れたムージヨにまんまと酔わされてしまい、栓を奪われてしまう。

高麗の国に出兵した勝動清孝は、トラの穴で大切なものを発見したという。1592年の高麗では、豊臣秀吉の命令で遠征した日本軍が手始めに裏山城を攻め落としていた。だが、高麗には虎が多く生息しており、それが日本軍の行く手を阻んでいた。未だ手柄を立てていない清孝は、この忌まわしい虎を退治すれば凱旋できると考える。

ゴールドラッシュ華やかな頃、西部に初めて油田で栄えた町・オイルズタウンを作ったオイルズ1世が命のもとを知っているのではないかと睨む紋者博士。その情報を頼りに1860年にタイムスリップしたアクダマンだったが、その頃のオイルズタウンは石油が底を付き始め、かつての栄華が忘れ去られつつ有る様だった。

グリム少年が手に入れた金色に輝く鳥に注目した紋者博士は、その金色の羽を測定器にセット。1785年、ドイツのヘッセン地方に金の鳥がいると判明するが、羽と共にその情報はアクダマンの手に。その時代では、笑えない女王を笑わせて褒美をもらおうとグリムとその兄が王様のところへ向かっていた。

1640年のフランスのガスコン青年隊の中に命のもとのことを知る兵士がいるらしい。その兵士の書き残した恋文を博士から奪ったアクダマンは、この持ち主に会いに行くためすぐに出発した。青年隊のクリスチャンとその親友シランは、お互いに一人の女性・ロクサーヌを愛していた。

歴史の名を残すほど凄い豪傑のエネルギー源は一体何だったのか？その辺りに命のもとの秘密が隠されていると踏んだ紋者博士は、桃太郎のきびだんごに目を付ける。桃太郎が使ったとされる幟から、時は昔々の大昔、現在の岡山県である吉備の国に桃太郎がいることが判明。しかし、団子屋に化けたアクダマンにその割符を盗まれてしまう。

ギリシアにいた天馬ペガサスは、すごいパワーによって人々に恵をもたらしたという。その言い伝えからペガサスが命のもとと関係があるのではないかと推測する紋者博士だが、カウボーイに扮したアクダマンに手掛かりとなるペガサスの靴輪をまんまと奪われてしまう。ギリシアの神話時代に向かったムージョ達は、幸せを呼ぶペガサスを追って旅をする若者ベロロフォンと出会う。

紋者博士は、花咲じいさんが枯れ木に花を咲かせた不思議な灰こそ命のもとだと睨む。花咲かじいさんが使っていた柄杓を見つけるも、植木屋に扮したアクダマンに奪われてしまう。昔々の在所村では、花咲かじいさんが病気の木に灰を振り掛け、花を咲かす治療をしていた。その一部始終を見ていたアクダマンは、灰を分けてもらおうとする。

命のもとの手掛かりとなる手紙を見つけた紋者博士によって、それがイタリアのベネチュアにいたルネサンスの巨匠レオナルド・ダ・ビンチが旅行中のモナリザに宛てたラブレターだと判明する。目ざといアクダマンはいつもの通り手掛かりの品を奪い、1515年のベネチュアへ向かう。だが、間抜けな彼らが盗んだのは封筒のみで、その中身は博士が持っていた。

古代オリンピック優勝者に与えられた冠は、聖なる森にだけ繁るオリーブの小枝で作られ、最高の値打ち物だった。これが命のもとかもしれないと踏んだ紋者博士は、古代オリンピックと関係のある円盤の半身を手掛かりに調査を開始。ところが怪しい選手宣誓と聖火ランナーが現れ、その円盤を持っていってしまう。

1650年に勇敢なコサック兵隊が持っていた矢尻に命のもとの手掛かりがあるらしい。毎度おなじみアクダマンはコサックダンスを踊りながらその矢尻を奪取、ポーランドとコサックが争う戦場へ赴いた。その銀の矢尻は、謎の財宝の秘密を解く鍵だといわれているが、両国は互いに相手国がその矢尻を持っていると信じ込んでいたのだ。

今回、紋者博士が命のもとの手掛かりに選んだものは、1813年にドイチの国ベロリンの都にいた狼男の金の牙と関係がある黄金のヤットコ。アクダマンとゼンダマンは狼男のいる現地へ急行した。ベロリンの町の人々は、毎夜現れる狼男に恐怖でいつも怯えていた。そんな中、狼男は船を襲っていた。この強襲から船長を助けるため、狼男と戦うゼンダマン。

シャポーネ国の大平大統領がお忍びで紋者研究所にやってきた。紋者博士は大統領に、冒険家ガリバーの剣が命のもとの手掛かりになると説明する。1702年のマダナスカル海峡で冒険家ガリバーが溺れているところを助けたゼンダマンは、彼にある頼みごとをされる。人々に幸せをもたらす謎の美のエキスのある島が、すぐ目の前にあるので連れて行って欲しいというのだ。

果てしなく広がるタイムトンネルの中。そこを走るタイム鉄道赤字線終着駅の車庫の中には、世にも不思議な秘密のものが隠されているという。その車庫の鍵を手にした紋者博士は、その秘められた物こそ命のもとではないかと考える。タイムトンネルの中にはタイムスリップした様々な時代の人達を乗せている幽霊列車が存在する。

紋者博士はプラネタリウムで星を眺めながら、宇宙惑星プラントンの超人パーパーマンの伝説を思い出していた。パーパーマンのマントを手掛かりに命のもとを探そうとするが、アクダマン扮する不気味なパーパーマンに奪われてしまう。1930年のメメリカ国ではパーパーマンが大活躍していた。

1980年の現代に宮本武蔵と佐々木小次郎が試合をした際に、武蔵が披露した二刀流が命のもととなったことを預言書で知った紋者博士は、すぐさま武蔵を現代に呼び寄せようとする。だが、博士の元に着く前にアクダマンに武蔵を横取りされてしまう。ここで命のもとは頂きと思いきや、割符を奪いに屋敷を留守にした隙に、武蔵はいずこかへ姿を消してしまう。

天女の羽衣の切れ端を見つけた紋者博士は、伝説の天女が帰っていった天上界に命のもとがあると推定する。漁夫に羽衣を奪われてしまい、三保の松原にある小さな小屋の中で泣きながら裸でうずくまっていた天女は、アクダマンにその一分始終と、破れている羽衣では空を飛べないことを話す。

大腹庄助さんが命のもとを知っていると考えた紋者博士。いつもの如く割符を奪ったアクダマンは、1860年の会津へ。自分の屋敷を一度潰してしまうくらい朝寝、朝酒が好きな大腹庄助さんだったが、そこから復活し大儲けをしているという。そしてその原因は、若返って元気になる水を発見したことだという。

ついに命のもとを手に入れたアクダマンは大喜び。だが、命のもとを入れたタンクに穴が開いていることに気付かずに、ゼンダマンから逃げるために色々な時代を行ったり来たり。その間にも、どんどんこぼれ落ちてしまい・・・。果たして命のもとの行方は！？