宿命が再びサイボーグ戦士たちを呼んでいる。自らの生活を捨てて、サイボーグ009たちは、ギルモア博士の元に集まった!
ノルウェーの港に、巨大な氷漬けの巨人が流れ着いた。人々の注目の中で、氷から目覚めた巨人は、神のたたりなのか?父を殺された少年の一途な怒りが、009の心を動かした。果たして、巨人の正体は?!
003「神様、私の愛するパリの街が壊されてしまうなんて、とてもたまらないわ!でも、いまさら神に祈っても仕方がないわね……。」アコーディオン引きのジョペット爺さんと、花売り少女の可愛いアンナ。でも巨人が現れると、アンナの慕うジョペット爺さんの目が爛々と怪しく燃える。アンナの身にもしものことが…?!
突然アフリカに現れた巨人に神の奇跡を待ちわびる人々。一人悠然と巨人に立ち向かう、射撃の名主・ジャッカ。雄大なアフリカを舞台に、自由と平和を愛する勇者ジャッカとサイボーグ戦士たちが織り成す、友情のドラマ。
巨石文明の権威・ガルトン博士の協力により、ギルモア博士は遂に巨人の秘密をつかんだ。太平洋の真ん中にぽつんと浮かぶ、「世界のへそ」と呼ばれる謎の島イースター島に、われらサイボーグ戦士は飛んだ。巨人の秘密をとくことが、神の陰謀に迫る第一歩だ……。
世界中の金を奪おうとする神々は、伝説の愛の女神・フレイヤを冷酷な戦いの神に変えた。金鉱の町トランスバルに引き起こされる、戦いと愛のドラマ。僕らサイボーグ戦士は、神々の企みを砕くことができるか?フレイヤは、愛の女神には戻れないのだろうか?
チベット高原に神々が現れ、人々を巨大な神殿造りに駆り出した。子供や老人たちは暗い洞窟の中に閉じ込められ、狼達の餌食にされようとする。囚われたわが子に会おうとする母の前に、オーディンの鋭い剣が!「……許せない、たとえ神でも、母の愛を踏みにじるなんて!」
音楽の都ウィーンに神が現れ、世界音楽祭をぶち壊そうとする。音楽家たちが次々と襲われ、天才バイオリニストのフローラが連れ去られてしまった。チロルの山深く、不気味な神のテーマが鳴り響く。「神なんかに、僕らの音楽が奪われてたまるか!」
僕たちは、今度こそ神と名乗る彼らの謎を解き明かそうと、北海の孤島へと飛んだ。不気味に漂う霧の中から巨大な宇宙樹が現れ、遂に神々がその正体をあらわした。愛と平和を踏みにじり、神の名を語り悪の限りを働くものたち。「たとえ神が許しても、僕らは絶対に許さない!」
壮大な大平原。005久々に休暇をとって、懐かしいアリゾナに帰ってきた。だが、ジェロニモを迎えた故郷の風は意外にも冷たかった。親友コチーズは、悪魔に取り付かれたように殺戮と強奪の限りを尽くしていた。コチーズを悪魔に変え、大西部を魔の戦場にしたのは、何者だろうか?!
サイボーグ用の信号器具を発明したラインハルト博士が何者かに襲われ、ギルモア博士に伝言を残して亡くなった。その真相を解き明かすため、004は故郷ドイツに飛んだ。ラインハルト博士の娘・美しいレイナに、意外な事実が隠されていた!湖上を舞台に繰り広げられる、魔の陰謀!!
009は夜霧の港町で、数年前の自分にそっくりな眼をした少年に出逢った。荒々しく孤独な魂をそのままに、少年の目は愛に餓えてすさんでいた。少年は四角いジャングルにチャンピオンを夢見るボクサーだった。そんな少年の耳元に、悪魔のささやきが……。
タイロン国とズーデシア国はいつ果てるともしれない国境紛争を繰り返していた。しかし平和を願う両国首脳の必死の努力が実を結び、両国は永遠に平和を守るという不戦条約に調印することになった。だが、祝福されるべき調印式に忍び寄る、黒い影……。
幻想的な夜のエーゲ海に、イルカに乗った少年が現れた。少年は捉えられ国立海洋研究所に収容された。009と003はその少年と接しているうちに、不思議なことを聞かされた。海底に水棲人が古代アトランティス文明を栄えさせているというのだ。
未来農業を開発すべく南パルメシアに招かれていた世界的農業科学者の戸板博士が、謎の言葉を残してこの世を去った。地球上に、人類に代わる支配者が現れるというのだ。美しく広がる穀倉地帯に、悪意に満ちた巨大なエネルギーが覆う!
002は些細なことからいさかいを起こして、ギルモア研究所を飛び出してしまった。足は自然と生まれ育ったニューヨークのウエストサイドに向かっていた。空にそびえる摩天楼も、幼馴染の仲間たちも、002を暖かく迎えてくれた。故郷は昔と少しも変わりないかに見えた。だが……。
有名人や上流階級の人々の間で、強力な麻薬Xの被害が広がっていた。009たちも麻薬販売ルートを突き止めようと必死の捜索を続けた。有名な実業家の娘であり003の親友の大久保ミナ。彼女の悲哀に満ちた瞳の中に、麻薬Xの影が……。
ヨーロッパのハンガニアに吸血鬼が現れ、人々を恐怖のどん底に突き落とした。人々は姿なき吸血鬼の影におびえ、疑心暗鬼の末に互いに殺しあった。今宵も血を求めて吸血鬼が飛ぶ……。サイボーグ戦士はハンガニアを覆うバンパイアパニックに立ち向かった!
ある日、ギルモア博士に招待状が届けられた。「サイボーグ戦士を伴い、太平洋Xポイントに来られたし。」差出人はなんと懐かしい大学時代の同窓生ではないか。博士は心うきうきとドルフィン号を走らせた。だが、指定海域Xポイントに轟音とともに現れたのは、人工の島・ロボットランドであった。
モナコグランプリの帰りに、ジョーは町で懐かしい人に出会った。その人の名はマユミ。だが、彼女には追われるもの特有の暗い影が付きまとっていた。ジョーは彼女を助け、死の砂漠越えを試みる。謎の美女マユミとジョーにどんな過去があったのか?
かつてブラック・ゴーストでともにサイボーグ研究に従事していたロボット工学のロス博士から、一巻のフィルムが送られてきた。フィルムにはなんと7000万年前に絶滅したと思われていた恐竜ディノニクスがアメリカの原野に蘇っていた!ギルモア博士はサイボーグ戦士とともに恐竜捕獲作戦に参加したが……。
世界最大のカラトリア原子力発電所の上空に、宇宙から謎の物体が異常接近してきた。激突すれば人類史上始まって以来の大惨事は避けられない。サイボーグ戦士は、不気味に輝くその物体に巨大なる悪「ネオ・ブラックゴースト」の出現を予感した!
ネオ・ブラックゴーストはついにギルモア研究所の位置を突き止めた。一方、ギルモア博士はそのことを察知し、研究所を太平洋Xポイントまで移すべく、V2作戦に取り掛かった。迫りくるネオ・ブラックゴースト軍団。果たしてV2作戦は成功するだろうか?
世界エネルギー平和会議で日本の誇る光子力研究の権威・田辺博士は、使用を誤れば大量殺戮兵器となる光子力エネルギーの平和利用について発表することになっていた。だが世界征服を狙うネオ・ブラックゴーストは、その研究を奪い取ろうと企てた。
かつてブラックゴースト島脱出の手助けをしてくれた大恩人・カッセル博士が、ネオ・ブラックゴーストの企みにより抹殺され、孫娘リーズはギルモア暗殺の人間爆弾に改造されてしまった。リーズを愛し、親代わりになろうと堅く心に決めたギルモア博士に、刻一刻と爆殺の時が迫ってきた。
一触即発!険悪な状況のイムカ共和国とアルマン国に戦火を起こさんとする死の商人ネオ・ブラックゴーストは、秘密のルートを使って新型兵器を送り込んでいた。サイボーグ戦士は兵器の密輸ルートを叩くべく、灼熱の砂漠に出撃した。
日本訪問中のモナミ公国のキャサリン王女は、ふとしたことから知り合った009と一時の自由を満喫していた。一方モナミ公国を手にいれんとするネオ・ブラックゴーストは、キャサリン王女の暗殺を計画し、既に行動を開始していた。果たして009は王女を守りぬくことが出来るのだろうか?
イトランド。それは「20世紀の悪魔の国」と呼ばれていた。残忍な独裁者が君臨し、人々は世に名高い悪法「サイボーグ法案」に縛られていた。若者は皆20歳になると戦闘用サイボーグ手術を受け、戦場に送られていく。愛の戦士の名に懸けて、独裁者を倒せ!
アルゼンとブルラジは、300年の友好を誇っていた。今年もまた、国境にある聖なる泉では、平和を願う両国の協調の証・カーニバルが盛大に開催されていたが、突如機銃が鳴り響き、会場は血の地獄に変わった。300年来の平和が揺らぐ。戦いを防ぐは、神か、愛の戦士か?!
009は父さんの夢を見た。「……父さんに会いたい……。もしや、父さんに会えるかも……?」その予感に支えられて、いつか育った少年院を尋ねていた。そこでわが子を探している男の噂を聞いた。「……父さんかもしれない!」そのとき、基地から緊急連絡が入った!ジョーの心は揺れる……。
大観衆の歓声が湧き上がる中、世界サッカーファン待望のピーサランドカップは主催国大統領カリオスを迎えて、いよいよ決勝線の幕が切って落とされた。中でも「黒い稲妻」サンダーと「フィールドの魔術師」ベッカムの戦いは火を噴くような激しさだった。が、そこに待ち受けていたものは?
豪華客船フェアリー号が処女航海の途中、消息を立った。船には世界各国から政治家、科学者などが招待されていた。謎の海域にドルフィン号は飛んだ。霧の中から現れたフェアリー号には人影はない。甲板に降り立ったサイボーグ戦士に、魔の乗船券が渡された!
009はとあるひなびた海辺の村で、不思議な少年と可愛い少女にであった。寂しげな少年の瞳と、孤独な少女の後姿に心惹かれるものを感じた。009にとってひと時の安らぎ。だがその3人に突然襲い掛かる恐ろしい刺客。狙われているのは少年か少女か、009か?!
フランスを中心に続発するコンピューター技師誘拐の調査に当たっていた003は、かつてのバレエ学校時代の旧友にめぐり合った。数年の歳月は二人の運命をそれぞれに大きく変えていた。ネオ・ブラックゴーストとの戦いの中に、悲しく激しい青春の火花を散らすフランソワーズ……。
007は毎年決まった日にアルプスを訪れていた。白く輝く頂には、あまりに悲しい過去の思い出が秘められていたのだ。山頂に立ててある古いケルン。今は亡き友の形見に、再会を喜ぶブリテンだが……。谷を吹き上げる風の音に乗って、岩を噛み、氷を砕きながら近づく巨大な影が!
ヨーロッパの避暑地、カジノで有名なリトラック公国。その歓楽の都に、今宵も暇と金をもてあました人々が集まっていた。006と007はたまの休暇に命の洗濯をと立寄った。タバコの煙、酒、人いきれ……。地上の楽園の影で、巨大な闇の組織がうごめいていた。
003と009はネオ・ブラックゴーストの策略にのせられ、果てしない大樹海に誘い込まれてしまった。そこは局地専用兵器の実験場だった。いたるところに仕掛けられた恐ろしい武器の数々……。二人の決死の脱出行は続く。だが、邪悪なネオ・ブラックゴーストの巧妙な心理戦の罠に落ちてゆく二人。
ネオ・ブラックゴーストは動物に人工頭脳を取り付け、アニマル軍団を作り上げようと企んでいた。手術台に横たわるライオン。だが、手術されたライオンは自分の意思を持ち、動物の自由を取り戻そうと人間に向かってきた。土煙を上げて迫りくる動物の大群に、サイボーグ戦士達は果たして……?!
ウェールズの世論を真っ二つに割って、武器としてのミニブラックホール開発プロジェクトが進められていた。ネオ・ブラックゴーストは密かにその計画に力を貸し、国際間の緊張を深めようと、反対論者の首相を誘拐し、偽者を議会に送り込む「マリオネット作戦」を立てた。サイボーグ戦士は計画の粉砕に立ち上がった!
かつて009の宿命のライバルだった天才ドライバー・マイティ。彼がレース中に事故を起こしたという連絡が入った。「まさか彼が……」ネオ・ブラックゴーストに改造され、サイボーグの身となったマイティは、009に決死のF-1レースを挑んできた。閑散としたコースに、壮絶な二人の男の戦いが……。
ネオ・ブラックゴーストは太陽エネルギーを増幅し恐ろしい破壊力を持つ「ソルジェット」を開発していた。南太平洋の無人島が、無残にも強力なエネルギーで破壊された。近くで漁をしていたチコ少年の両親が、巻き込まれて命を落としてしまった。少年の深い悲しみは恐ろしい復讐念力となって、009に向けられた!
超能力ベビー001も眠っているときはただの赤ん坊に過ぎない。別れた父母を求めて悪夢の中をさまよううちに、ギルモア基地よりテレポートしてしまった。009たちの必死の捜索にもかかわらず、イワンの行方はようとしてわからなかった。万策尽きた一堂の前に、テレビからとんでもないニュースが流れてきた!
遂に、世界を邪悪なる手で握ろうとするネオ・ブラックゴーストの首領の正体を暴くときがきた。怪しい黒雲に包まれた、ヒマラヤのガンビシュ村は、三兄弟の生い立ちを語る。サイボーグ戦士の動きを知った三兄弟は死体改造人間・ゾンビーグを殺し屋として送り込んできた。
巨大にして完璧なる悪の組織のに思えたネオ・ブラックゴーストであったが、1人の裏切り者によって大きく変わりつつあった。死体改造人間ゾンビーグを操るキラードスは、ガモ博士に取り入り三つ子の弱点をつかもうとした。ネオ・ブラックゴースト、キラードス、サイボーグ戦士。三つ巴の戦いは新局面を迎える!
世界が乱れると聖者が現れて人々に救いをもたらすというその言い伝えは真実だったのであろうか?いたるところで紛争や天変地異が起こり、人々は終末観の恐怖に怯えていた。だが「東洋のイエス」と呼ばれる男が現れて、人々を不思議な魅力で勇気付けた。その男の名は、ガンダール……。
ネオ・ブラックゴーストのビックプロジェクト「シャングリラ・オペレーション」とは何か?!チベットの山深く聳え立つ大本堂の中でひっそりと瞑想にふけるガンダールの背には、なにやら恐ろしい秘密のにおいが立ち込める。果たしてサイボーグ戦士はガンダールの正体を暴くことが出来るだろうか?!
「私は一体何者なのだ?」血のように赤いチベットの夕日がガンダールの孤独な横顔を染めて、世界の終わりを暗示するかのように沈んでいく。ガンダールと三つ子の首領の間にはどんな秘密が潜んでいるのか?そしてまた、裏切り者キラードスとガモ博士の運命は?善悪入り乱れ、謎が謎を呼ぶ!
ネオ・ブラックゴーストの首領と瓜二つであるガンダールは、自らの出生の謎を解き明かすべく、ヒマラヤのガンビッシュ村へと旅立った。一方組織の裏切り者キラードスも、ガモ博士から聞き出した三つ子の秘密を胸にガンダールを追った。着々と進むネオ・ブラックゴーストの「シャングリラ計画」を縦糸に、物語はいよいよ核心へ!
宇宙からほんの数秒、正体不明の電磁波が地球に向けて放たれた。ギルモア博士の分析によれば、この怪電波こそネオ・ブラックゴーストの「シャングリラ計画」実行のための最終チェックに違いないという。遂に「シャングリラ計画」の全貌が戦士達の前に暴かれる。だが、そのときガンダールの身に起こった意外な出来事は……?
シャングリラ計画は完成し、地球の運命は九分九厘ネオ・ブラックゴーストの手に握られた。ガンダールは呪われた自らの生命を懸けて、おのれの分身に挑戦する。いよいよサイボーグ戦士にとって宿命の敵、ネオ・ブラックゴーストとの最後の戦いが始まった!