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ダークプリンスのエースストライカーであるマッハウインディは、勝つことよりも正々堂々とプレーしたいと思う生粋のサッカーリーガーだった。そのため、ラフプレーを強要するチームの方針についていけず、ついに一方的に退団宣言をしてチームを飛び出してしまう。だがダークプリンスのオーナーで、アイアンリーグ界の実権を握るギロチがそれを許すはずもなくウインディの移籍を妨害するのだった。どのチームにも入団できず、落ちこむウインディ。そんな彼を見かけたヒロシたちシルバーキャッスルのサポーターたちは、ウインディにシルバーキャッスルへの入団を薦める。弱小チームでのプレーに不安を覚えるウインディは最初は戸惑うものの、突然現れた謎の野球リーガーの助言によって決心を固めるのだった。翌日、ダークプリンスと対戦するシルバーキャッスルのメンバーには、なんとウインディの姿があった。ウインディと共に謎のリーガー『マグナムエース』をチームに加え、勢いづくシルバーキャッスル。このまま勝利へ爆進か!? そう思われた瞬間、突然ウインディが苦しみ倒れてしまう。
ギロチの命令でウインディの体内にセットされたショックサーキットが発動した。そのためウインディは試合中に苦しみだして倒れたのだった。しかもダークプリンスのラフプレーは止まることはなく、更にウインディはダメージを与えられていく。ようやくハーフタイムになり、リュウケンによってウインディがメンテナンスルームへ運ばれるものの、ブラックボックスが多くメカニックにも原因は解らない。だがそこへマグナムが現れ、ダークプリンスの秘密回路であるショックサーキットをいとも簡単に切除してしまった。「マグナムは何者か?」と深まる謎をそのままに、ウインディやチームメイトたちはダークプリンスとの後半戦に挑む。戦線に復帰したウインディ。そしてウインディを救ったマグナム。二人は見事なコンビプレーでダークのゴールを攻めると、渾身の一撃を放つ! その瞬間、シルバーキャッスルの初勝利が決まった。念願の一瞬だった。しかしそれを快く思わないギロチはさっそくオーナー会議を召集し、本来サッカーチームであるシルバーキャッスルに野球リーグへの参加を強制。拒否できないシルバーキャッスルの面々はあからさまな仕打ちに憤りながらも野球リーグへの参加を決意した。しかしマグナムの剛速球は、ダークのエリート選手として活躍していたウインディでさえ受けられなかった・・・
何としてでもマグナムの剛速球を捕ろうともう一度挑んだウインディだが、蓄積されたダメージによってついに倒れてしまう。修理をしたいところだが、もともとダークプリンスの特注品を使用していたため大金がかかってしまう。そこでウインディを案じたヒロシたちは、リーグホスピタルで働く友達に相談。幸運にもパーツを分けてもらえるようはたらきかける。その友達こそ10年前に引退した元アメフトリーガー、『ブルアーマー』だったのだ。ブルアーマーは選手時代、プログラムのバグによってフルパワーを発揮すると暴走することがあり、ついにチームメイトたちを再起不能にしてしまったのだ。以来、アイアンリーグへの道をすっぱりと断ち切り、リーグホスピタルで働いていたのである。 この男こそオレの球を捕れる選手だ。そう確信したマグナムは誠心誠意の説得を試みる。惨劇を繰り返したくないブルアーマーと、その時はオレがお前を止めてやると熱心なマグナム。マグナムの誠意はブルアーマーの心に届き、ついにブルアーマーは選手復帰を決意するのだった。
ダークキングスとの試合当日。だが暴走に対する不安は、ブルアーマー自身拭えないでいた。本来ならマグナムの剛速球でも受けられるだろうブルアーマーだが、暴走を恐れてパワーを出せていない。そのためマグナムも本気の投球ができずにいた。そこにつけこむゴールド三兄弟。彼らはいとも簡単にマグナムの速球を打ち返して場外アーチをブチかます。出だしが好調に思えたマグナムだったが、球威に慣れたダークキング打線は次々とマグナムの速球を点数へと変えて行く。気がつけば、一回が終わった時点で11対0という屈辱的な差をつけられていたのだった。自分のふがいなさに落ちこむブルアーマー。その間にも、試合に飽きたダークキングスの面々はシルバーの選手を嘲り、デットボールをはじめラフプレーでボロボロにしていく。その惨澹たる有様は自分が招いたものだと責任を感じたブルアーマーは、ついにフルパワーで戦うことを覚悟。しかしバグに耐えられず暴走してしまう。正気を失ったブルアーマー。その前に敢然と立ちふさがるマグナム。だが次の瞬間、ブルアーマーを信じるマグナムの熱き魂がブルアーマーのバグを制した! 試合には負けたものの、大健闘したシルバーキャッスルは拍手喝采で観客からエールを送られるのだった。
マグナムがダークの選手ではないかとの疑惑がダーク財団に持ちあがり、ギロチの命令で秘密諜報部『セクションX』が行動を開始した。その頃シルバーの練習場には、剣の修行に明け暮れる剣道リーガー・極十郎太が現れ、マグナムらの動向を観察していた。山にこもって修行をしていた十郎太は、たまたまスタジアムで見たマグナムの44ソニックに心を揺り動かされ、それに挑戦したいと思って山を降りてきたのだ。そんな彼の元へ、打ちそんじたブルアーマーの打球が圧倒的なパワーで襲いかかる。それを涼しい顔で一刀両断する十郎太。十郎太の見事なスイングと集中力に、マグナムは感銘を受ける。数日後、十郎太から挑戦状を受け取ったマグナムは、十郎太をチームの戦力に加えるためにも決闘場へと赴いた。しかしそこへダークの刺客が現れ、マグナムと十郎太に攻撃をしかけてくる。応戦するマグナムと十郎太。刺客を撃退すると、マグナムと十郎太は決闘を開始した。十郎太との勝負に勝ち、彼を仲間にしようと考えるマグナムだったが、44ソニックと水月の剣がぶつかる真剣勝負は引き分けに終わってしまう。打倒マグナムのために再び山にこもる十郎太。だがそこには以前にはなかった友情が芽生えつつあった。
ダーク財団は十郎太のスカウトを画策していた。しかしその誘いをあっさりと断る十郎太。修行によって自分を高めようとする十郎太にとって、目の前につまれた大金は、興味がないばかりか、卑劣な行いにしか見えなかったのだ。日々の修行に行き詰まりを感じていた十郎太はそんな時、マグナムのアイアンリーグに対する熱意を思い起こして心を揺り動かされるのだった。一方ダークとの試合に臨んでいたシルバーキャッスルはダークのラフプレーに苦戦を強いられていた。前回の試合でブルアーマーに打ちとられて自信を失っていたゴールドアームが、マグナムつぶしに出ていたからだ。腕をやられ、44ソニックもまともに投げられないマグナム。3対0まで点差は開き、他の選手も疲弊していく。最終回の攻撃で一点を返し、どうにか1、2塁に出塁するもののすでにツーアウト。打者もゴールドアームのジェノサイドスクリューによって満身創痍だ。もうだめか!?そう思った時、代打に立つ者がいた。極十郎太だ。彼はチームメイトの期待をバットにこめ、ホームランを打ち放つ。それはシルバーキャッスルの逆転勝利の瞬間であり、十郎太が仲間になった証でもあった。
突然決まった対ダークプリンスとのサッカー試合。本来なら野球の試合のはずだ。そこへタイミングよく現れたアイアンリーガー、トップジョイ。シルバーキャッスルに入団したいと言うトップジョイは、ダークの謀略に腹を立てていたルリーにうまく取り入って、ちゃっかりシルバーキャッスルに入団してしまうのだった。 そして試合当日。陽気で人見知りをしない性格のトップジョイは、たちまちサポーターの子供たちとも仲良しになる。そんな気のいいトップジョイは新人らしく選手たちにオイルを配ったりなどして、気の利いた仕事ぶりを披露していた。そんな彼に早速フィールドデビューのチャンスが訪れた。シルバーキャッスルのスターティングメンバーのひとりが、オイルで体調を崩したのだ。一方ダーク陣営は、ウインディに代わる新選手スーパーヘッドを試合に投入。彼らの活躍により、シルバーキャッスルは窮地に晒されるのだった。加えて、実はサッカー初心者だったトップジョイは、ハンドやオウンゴールといった観衆も大爆笑の珍プレーを連発。シルバーの選手達が呆然とする中、試合終了のホイッスルだけが鳴り響く。
チーム結成当時から在籍しているリュウケンは、自分のプレーが一向に上達しないことに焦りを感じていた。ウインディに頼み込んで特訓を始めるリュウケン。自分を信じてくれるルリーのためにも頑張りたいと思うのだが、気持ちだけが先走って失敗ばかりしてしまう。その様子を心配そうに見守るマグナムに監督は真相を告白する。リュウケンはもともと空手リーガーで、手違いでシルバーに送られてきたのだった。だがリュウケンの、サッカーに対するひたむきさに心打たれた先代オーナー・リカルドは、その情熱を買ってあえて入団させたという。しかしリュウケンはその事実を知らずにいる。だが真相を知ったのはマグナムだけではなかった。二人の会話を立ち聞きしていたトップジョイは、ルリーが次の試合にリュウケンを出さないつもりでいるとのウソ情報をリュウケンにささやいた。ショックを受けたリュウケンをまるめこみ、彼の生まれ故郷であるダウンタウンの工場に誘い出そうというのだ。何とトップジョイはダークのスパイだったのだ。危うくウィルスに感染させられるところを脱するリュウケン。しかし今度はルリーがダークの工作員によって囚われてしまう。廃工場に来て自分が空手リーガーだったことを知ったリュウケンは、ルリー救出のためにフルパワーを発揮。見事ルリーの救助に成功するのだった。
かつてダークのバスケチームに所属していたトップジョイは、ワンマンプレーでチームを追い出され、廃棄処分寸前のところをセクションXに拾われたのだった。そしてスパイとしてシルバーキャッスルに送りこまれたため、彼の中にはラフプレーは卑怯だという概念がない。そのためラフプレーを当たり前のように繰り返すトップジョイは、ついに当分の間出場を止められてしまうのだった。どうしてラフプレーがいけないのかなやむトップジョイに、セクションXから新たな指令が発せられる。自分を囮にして、マグナムとウインディを一気に始末しようというのだ。ダークの暗殺チーム、ダングガンズに囚われたフリをするトップジョイ。マグナムとウインディはトップジョイがスパイと知りつつも、呼び出された場所へと赴く。ストリートバスケの試合を申し込んだダングガンズは、自分たちのヘッドパーツに仕込んだ爆弾でトップジョイもろとも始末しようというのだ。しかしトップジョイは、彼がスパイだと知らずに応援してくれるヒロシたちに心を動かされてしまう。思わずマグナムたちを助けるトップジョイ。計画を潰されたダンクガンズは、制裁のためにトップジョイのショックサーキットを発動。しかしその苦痛でさえ、トップジョイは耐えてマグナムや子供たちに笑顔を向ける。正体がバレてないと思いこんでいるトップジョイにあきれつつも、マグナムたちはトップジョイに違うものを感じていた。
チームの結束も固まり、気がつけばリーグ総合三位まで浮上していたシルバーキャッスルは、優勝さえ夢ではなくなっていた。だがそんな状況を良く思っていないダークは、試合に新型のリーガーS-XXX(エススリーエックス)を投入する一方、失敗続きのトップジョイにはマグナムの暗殺を命じる。チームに居心地の良さを感じていたトップジョイはダークとの狭間で葛藤するが、迷う間もなくマグナムとルリーがトップジョイを呼びにやってきてしまう。破裂する爆弾。トップジョイは瞬間的に我が身を投げ出してルリーをかばう。電子頭脳に致命的なダメージを受けたトップジョイは、このまま放置すれば間違いなく再起不能になる。トップジョイを見捨てることができなかったマグナムは、あいつはスパイなんだと訴えるウインディの制止を振り払って、自分の予備メモリーにトップジョイの回路を直結した。トップジョイの電子頭脳に流れ込む、アイアンソルジャー時代のマグナムの記憶。マグナムの決断でトップジョイは一命をとりとめるものの、マグナムがひた隠しにしてきた彼の記憶は、マグナムの秘密を探っていたセクションXによって持ち去られてしまう。
トップジョイの記憶を預かったマグナムは、この試合からダークが投入した新リーガー・S-XXXが軍事兵器アイアンソルジャーであることを見ぬいていた。マグナム潰しを命令されていたS-XXXは、目的のためならばダークの味方選手でもかまわず排除する新たな刺客だったのだ。驚異的なパワーと恐るべき分析能力に圧倒されるシルバーキャッスル。だがそんな状況でもマグナムとウインディのコンビプレーはS-XXXを凌駕する。その状況は、ダークにとって非常に芳しくないものだった。今回の試合は、今後のリーグ戦へ向けてのシルバーキャッスル潰しであると同時に、S-XXXを始めとするアイアンソルジャーのプロモーションをも兼ねていたのだった。そのため客席にはS-XXXの性能を確認するために招待された武器商人の姿があった。しかし試合はシルバーキャッスルムードに傾きつつあり、焦ったダークはS-XXXから発信されてきたアタックモードの発動要請を、意味もわからず承認してしまう。完全に兵器と化し、辺りかまわず銃弾をブチこむS-XXX。スタジアムは阿鼻叫喚の地獄絵図と化した。マグナムやシルバーの選手たちはS-XXXを止めるべく奮闘。不本意ながらもS-XXXを攻撃し、沈黙させるのだった。その頃セクションXでは、マグナムがかつてダークの選手であったとの判断を下していた。
リーグ優勝へ向けての試合に挑むため、シルバーキャッスルは飛行機でキングスレーへ向かうこととなった。はしゃぐ一同。ここまで幾多の苦難をくぐりぬけ、ようやく見えてきた栄光への道に心も踊る。しかし旅の途中で飛行機が故障し、彼らは大氷原への不時着を余儀なくされる。救助を待つシルバーキャッスルの面々だったが、そこに現れたのはダークのシャトルだけだった。氷原を疾走する新手の刺客、アイスホッケーリーガー。彼らは戦場帰りの隊長GZ(ジーゼット)を筆頭に、爆弾を仕込んだパックで攻撃をしかけてくる。しかもGZとは、かつてマグナムがアイアンソルジャー時代に所属していた部隊にいた男だったのだ。マグナムたちは四時間後のアイスホッケーの試合を条件にGZらの攻撃を一時しのぐことができたものの、極寒の地での活動は予想以上に彼らを苦しめた。足りなくなったヒーターの燃料の代りに、自分たちのオイルを差し出す選手たち。それがたたり、ひとり、またひとりと寒さにやられていく。絶えず動いていないとギアやオイルが凍り付いて動けなくなるという緊迫した状況の中、ついに制限時間が尽きてGZたちが再び現れた。
GZらアイスホッケーリーガーと、シルバーキャッスルの絶望的な試合が始まった。初めて挑戦するアイスホッケーのフィールドや、足りないオイルなどのハンデに加え、敵はアイスホッケーが専門とあり苦戦を余儀なくされる。だがそれでもマグナムたちは何度も立ち上がってGZらに挑むのだった。その様子に戸惑いを隠せないGZ。GZはトップジョイがシルバーキャッスルの秘密を探ろうと潜入したスパイであることをバラし、トップジョイにダークへ戻るよう言い渡す。ショックを隠せないルリーたち。だが、それでもトップジョイを引きとめようとするルリーを置いて、トップジョイはGZらのシャトルへと向かってしまった。トップジョイにはひとつの計画があった。それはGZらの使っているオイルを奪取し、シルバーキャッスルの仲間たちに届けるということだ。そのためにつらい思いをしながらルリーたちの元を離れたのだ。しかしそれに気がついたGZは激怒してトップジョイを痛めつける。仲間たちのことを思って耐えるトップジョイ。そしてついにオイルを奪っての脱走に成功した。トップジョイの捨て身の覚悟に心動かされたシルバーの仲間たちはトップジョイを助けに行き、改めて仲間として迎えるのだった。
極寒の地に長く足止めされていたため、ついにルリーが高熱を出して倒れてしまった。一刻を争う状況であるためにダークのシャトル強奪を決意したマグナムたちは、まずブリザード発生装置の破壊に向かうことにした。トップジョイが必死の思いで持ちかえった一本のオイルを分け合い、ダークの基地を目指すマグナムたち。待ち構えていたGZらと戦闘状態に突入した彼らは十郎太にすべてを託し、自分たちはGZらのチームの足止めに全力でぶつかる。しかし一本のオイルを分け合っているため、ひとり、またひとりと力尽きて雪原に沈んでいってしまう。一方チームメイトの必死の足止めで基地の中枢にたどりついた十郎太は、ついにブリザード発生装置の破壊に成功する。そのことを知ってひるむGZ。その隙をついてマグナムはGZにダメージを与えた。しかしとどめを刺さず、GZを仲間にするべく説得を続けるマグナム。生粋の戦士であるGZは自分の負けを認め、シャトルを明け渡す。そして部下たちを引き上げさせるのだった。最初はひとり氷原に残ろうとするGZだったが、決意を固め、彼を仲間として迎えるシルバーキャッスルのメンバーと共にキングスレーへ向かうのだった。
本来の予定から3日遅れでキングスレーに到着したシルバーキャッスル。しかしスタジアムへの迎えもなければ、臨時で調達した車も渋滞にかかって立ち往生。スタジアムまで走ろうにも、氷原での戦闘で蓄積されていたダメージで思うように身体が動かない状態だ。試合時間の迫る中、焦燥感だけが募っていく。そんな時、思わぬ救いの手が彼らに差し伸べられてきた。近くで映画の撮影をしていた、人気俳優のセーガルだ。彼は親切にもシルバーの面々を自家用シャトルでスタジアムへと送り届けてくれたのだ。どうにか試合には間に合うものの、さっそくメンテナンスに入ろうとしたマグナムたちは呆然としてしまう。ダークの妨害で、彼らのメンテナンス用機材が搬入されていなかったのだった。メンテナンスなしでは、とてもではないが試合に出られない。チームのことを第一に考えるルリーは、悔し涙を浮かべながらも棄権を提案する。ルリーの涙を前にしても、今回ばかりはなす術のないマグナムたち。しかしそこへ、再度救いの手が差し伸べられる。セーガルの尽力でメンテナンス機材の搬入を済ませたマグナムたちは、ダークの選手が待つスタジアムへと乗りこんだ。
比較的ダメージの軽い選手を投入しての優勝決定戦。主力選手がメンテナンス中であるばかりか、キングスレーの強風でボールのコントロールすらままならない。加えてダークのラフプレーで選手は疲弊していくばかり。ダメージを負っても交代できないギリギリの状況下、どうにかゴールを守ろうとするシルバーキャッスルの選手達。中でもサッカーリーグ時の要となるウインディのメンテナンスが遅々として進まないのが痛かった。マグナムのふんばりや、GZの身を盾にしてシルバーの選手を守りぬこうとする闘志さえ、ダークのラフプレーの前には消耗していくばかり。だが、その不屈の闘志が奇跡を呼んだ。メッケルに電源を落とされたはずのウインディだったが、メンテナンスルームのモニターに映る仲間たちの奮闘ぶりに自力で活動を再開させる。頑固者のメッケルも、さすがにこの奇跡には脱帽。ウインディに復帰を許可した。ウインディの参戦に活気づくシルバーキャッスル。その頃、風の流れを読んでいた十郎太がついに風の道を開眼させ、次々に的確な指示を出していく。勢いに乗ったシルバーキャッスルはダメージも忘れて猛攻撃を開始。十郎太の指示のもと、マグナム、ウインディ、トップジョイの合体技がダークのゴールに突き刺さる!それがシルバーキャッスルの初優勝の瞬間だった。 一方、ギロチに呼び出されたセーガルは、シルバーキャッスルを助けたことを責められていた。何とセーガルはギロチの息子だったのだ。
優勝に沸くシルバーキャッスル。テレビ出演も決まり、ルリーは上機嫌。ジョージィがMCを務める番組で流れる映像を見ながら、マグナムたちは今までの苦難の道を思い返していた。一方、ダークにも新たな動きが現れていた。ギロチの息子、セーガルが正式にベンチに入ったのだ。
次の目標はナショナルチャンピオン戦。スターティングメンバーを決めるために、マグナムら新加入メンバーとシルキーら古参メンバーに別れての紅白戦を行うことになった。一方ゴールド三兄弟は過酷なトレーニングを続けていた。しかし限界の壁がゴールド三兄弟の前に立ちふさがっているばかりか、セーガルが新たに選手として投入したシャーキードーグに立場を奪われ、サポートに下げられたゴールド三兄弟は呆然とするしかなかった。その頃、紅白戦を終えたシルバー陣営では、スターティングメンバーの発表がされていた。しかしその中には、リュウケンを除くシルキーたち結成当時のメンバーの名前はなかった。落ちこむシルキーたち。その頃、ルリーの元に正体不明の挑戦状が届いていた。そのことを知ったシルキーたちは優勝パーティーに参加したマグナムたちには内緒で決闘の場所へと出向く。待ちうけるシャーキードーグ軍団。マグナムたちがそのことを知り、駆けつけたときにはすでにシルキーたちはボロボロに打ちのめされていた。だがそれでもシルキーたちは立ち上がった。自分たちがマグナムらに頼りすぎていたこと、シルバー魂を忘れていたことに気づいたからだ。シルキーたちは初心に立ち返り、失った覇気を取り戻して復活を遂げる。それを観察していたゴールド三兄弟も、彼らに励まされるようにもう一度フィールドに戻ることを心に誓うのだった。
シャーキードーグとの決闘で満身創痍のシルキーたちは、ホスピタルに入院することになった。たった7人での激戦を余儀なくされるシルバー陣営だったが、それでも彼らは試合に臨むことにした。一方ゴールド三兄弟もスーパーヘッドと共に新たな必殺技を開発。共にナショナルリーグへの闘志を新たにする。シルバーキャッスル対、ゴールド三兄弟+シャーキードーグのダーク陣営との試合が幕を上げた。試合は混戦の様相を呈し激闘が繰り広げられる。そんな中、気負いすぎたウインディがチームワークを外れてしまい、それに巻きこまれるかたちでトップジョイがダメージを負ってしまう。気持ちを整え、チームワークを心がけるウインディ。だがセーガルの指示でゴールド三兄弟がディフェンスに降ろされ、シャーキードーグがオフェンスに出ると、拮抗していた試合は一変。シルバーキャッスルはナショナルリーグの第一戦を敗退という形で終わらせてしまっていた。一方辛くも勝利を納めたダーク陣営だったが、ゴールド三兄弟だけはシャーキードーグの活躍に納得のいかない思いを抱いていた。
優勝を目前にしながら、第一戦の敗退によってもう後がないシルバーキャッスル。対して、第一戦の勝利の波に乗って一気にたたみかけようと、ゴールド三兄弟は一丸となってシルバーキャッスルを迎え撃つ。兄弟ならではの連携プレーはシルバーキャッスルにとって脅威であった。しかしゴールド三兄弟に芽生えつつあるスポーツマンシップを怪訝に思うセーガルは、配下のシャーキードーグを前面に押し出してゴールド三兄弟を戦力から除外してしまう。一方、シルバーキャッスルを余裕でもてあそぶシャーキードーグの前に、シルバーの選手たちはすでに疲労困憊。しかし入院していたはずのシルキーたちが応援に駆けつけたことで一気に闘志をみなぎらせる。そんなシルバーキャッスルの闘志に呼応するかのように、ゴールド三兄弟の魂にも炎がともるのだった。激しく激突するシルバーキャッスルとダークプリンス。ゴールド三兄弟が全身全霊をかけて放ったトルネードシュートの威力を利用し、新必殺技『44クラッシュ』を開発。ダークのゴールに叩き込む。そして逆転勝利を収めるのだった。
ダークもシルバーも両者後のない最終戦。シルバーの前に現れたのは、新リーガー・ワルキューレの軍団だった。ベンチでシルバーとダークの試合を見守るしかできないゴールド三兄弟にもどかしさが募る。一方シルバーの選手のすべてのデータをインプットされたワルキューレ軍団は、マグナムやウインディのコピー技を連発してシルバーを圧倒。次々とシルバーの選手たちをフィールドに沈めていく。シルバーのピンチに苛立ちをおぼえるゴールド三兄弟。ベンチで見守っていたゴールド三兄弟は、ライバルであるシルバーのピンチを見過ごせず叫んでしまう。「立て、お前立ちを倒すのはオレたちだ!」と。その一方で再び闘志に火をつけたシルバー選手たちは、満身創痍ながら不屈の闘志で立ちあがり、ついに前半リードで終えるのだった。そして後半、2対1で前半をリードしたシルバー陣営の前に、ついにゴールド三兄弟が立ちふさがる!
後半戦。ついに最期の決着のときが来た。シルバーキャッスルとゴールド三兄弟は互いに必殺技をぶつけあい、いちスポーツマンとしてしのぎをけずる。その最中、マグナムと激突したゴールドアームは、十年前の記憶を呼び覚まし、そして気がつく。マグナムこそかつてのライバル、『シルバーフロンティア』であったことを。再び闘志をみなぎらせる両者。かつてはラフプレーでならしたゴールド三兄弟も、これまでのマグナムたちとの試合を通していつしかフェアプレーに目覚め、スポーツを愛するいち選手として試合に臨んでいた。シルバーキャッスルの仲間を想う心と、ゴールド三兄弟の兄弟を大切にする強い絆がぶつかる中、ゴールド三兄弟はワルキューレのエネルギーを吸収し、爆発ギリギリの状態のまま全身全霊をこめたシュートを放つ! シルバーの選手全員によるディフェンスもむなしく、ボールがゴールに突き刺さった。そしてフィールド上に倒れこむ両者。得点は2対2。それは総合得失点差によるダークの優勝を意味していた。しかしそれだけでは終わらなかった。執念で立ちあがったマグナムがラストシュートを放ったのだ。 ダークのゴールに吸いこまれるボール。その瞬間、シルバーキャッスルの初優勝が決定した。
念願の優勝をはたし、パレードを楽しむシルバーキャッスル。一方敗退を喫したゴールド三兄弟は強制引退を宣告される。強制引退させられれば彼らはアイアンリーガーとしての活動を止めさせられるばかりか全ての記憶を奪われ、兵器に改造されて戦争の道具として戦地へと送られてしまうのだ。そうさせないためにゴールドフットやゴールドアーム、そしてクリーツの助けでどうにか一人脱出するゴールドマスクだが、頼る先もなく途方に暮れるしかなかった。だがそのことを知り、祝勝パーティーを抜け出したマグナムとウインディが合流したことで、ゴールドマスクたちはダーク財団ビルへの侵入を決意する。途中、セクションXの妨害に遭うものの、マグナムから真実を知らされ、さらにマグナムとウインディが命をかけて自分を助けてくれたことをきっかけに、ゴールドマスクは徐々に心を開いていく。友情さえ芽生え始めていたマグナム、ウインディ、ゴールドマスクの三人は、ついに目的の地下秘密工場に到着する。しかしそこで待ち受けていたのは、アイアンソルジャーに改造されたゴールドフットだった。
ゴールドフットやゴールドアームを助けるため、マグナム、ウインディ、ゴールドマスクの三人はダークの地下秘密工場に侵入した。だが時すでに遅くゴールドフットはアイアンソルジャーに改造され、逆に敵としてマグナムたちの前に現れた。もともとウインディと共にダークプリンスで活躍していたゴールドフットは、ダークを退団したウインディへの憎悪を内に抱えていたため、その感情を増幅するように改造されていたのだ。ウインディに対して憎悪を燃やすゴールドフットは、アイアンソルジャーとして装備された兵器でマグナムたちに攻撃を開始する。意を決したウインディはゴールドフットの相手を買ってでると、マグナムとゴールドマスクを逃がして自分だけその場に残るのだった。ゴールドフットに加え、ダンクガンズの攻撃を一身に受けるウインディ。ウインディは激戦の末にダンクガンズを倒し、自分のエネルギーをゴールドフットに注入して封印された記憶を蘇らせる。そしてエネルギー不足で動けない自分のかわりに、マグナムたちの援護に向かわせるのだった。その頃、地下工場のさらに奥へと進んでいたマグナムたちの前に、今度はゴールドアームが立ちふさがる。彼もまた改造を施されていたが、マグナムの剛速球により記憶を蘇らせ、エネルギーを使い果たしながらもセクションXの刺客を消し去った。そしてマグナムたちは地下工場からの脱出を決意する。
マグナムやウインディがゴールドマスクと共にダークの秘密地下工場に潜入したことを知ったブルアーマーたちシルバーキャッスルの仲間達は、マグナムたちを助けるためにダーク財団ビルへと急行した。マグナムの豪速球がきっかけとなり自我をとりもどしたゴールドアームや、ウインディの決死の説得で正気に戻ったゴールドフットを救出したゴールドマスクたちだったが、それを許さないギロチが新たな罠で彼等に苦痛を与える。ゴールド三兄弟にしかけられたショックサーキットのスイッチが入れられたのだ。苦しみもだえるゴールド三兄弟やマグナムらの前に姿を現すギロチ。マグナムは卑劣な手段でアイアンリーグを食い物にするギロチに敢然と言い放つ。「オレはロボットたちをお前の支配から解き放つために戦場から舞い戻ったのだ!」と。そんな彼等のもとに到着したシルバーキャッスルの仲間たちの活躍で脱出に成功するマグナムやウインディ、ゴールド三兄弟。改めてスポーツに対する姿勢を正したいと思うゴールド三兄弟は、シルバーとの再戦を約束しつつ、修行のために世界へと旅立っていった。一方三兄弟との別れも束の間、謎のリーガーがマグナムらの前に突然現れて一枚のCDを託す。
ワールドツアーを目前にして、突然マグナムがシルバーキャッスルの退団を申し出てきた。一同はマグナムに説明を求め、思いとどまるよう説得するが、マグナムの意思は変わることがない。一計を案じたウインディたちはマグナムの退団の日、自分たちもマグナムについていくと宣言。ワールドツアーを放棄するかのような仲間たちの行動にマグナムも困惑する。それほどまでに自分を心配しているのだと納得したマグナムは、ついに重い口を開くのだった。ゴールド三兄弟の強制引退を救ったあの日、謎のリーガーが突然現れ、事切れる寸前に一枚のCDを手渡している。そのCDは、なんと死んだはずのルリーの父・リカルドがマグナムに託したものだったのだ。映っていたのは、互いを潰しあうリーガーたちの壮絶バトルを記録した、『はぐれリーガー』たちの現状を告発する衝撃的な映像だった。アイアンリーガー界から何らかの理由で道を外し、すさんだ彼らの行き着く不法試合の場、『はぐれリーガー』の世界。『はぐれリーガー』と呼ばれる彼等に自信と誇りを取り戻させるのがマグナムの目的だったのだ。仲間を危険な旅に引き込むまいと、ひとりで旅立とうとするマグナム。だがシルバーの仲間たちが納得するはずもなく、ルリー以下シルバーの仲間たちはマグナムと共に旅を始めるのだった。
リカルドのメッセージを頼りにマグナムの愛機ボーシップ号で旅立ったシルバーキャッスルは、ゴーストタウン化が進むジャウの町にたどり着いた。リカルドの行方に関する情報を集めつつ、怪物出現の噂を聞きつけるマグナムたち。ジャウは元々密林開発のために作られた町だったが、今は計画も半ばで放棄されゴーストタウンになりつつある。その密林にいつの頃からか怪物が出現するようになり、町のロボットを破壊するようになったというのだ。お調子者のトップジョイが安請け合いしたために怪物退治をする事となったシルバーキャッスルは、怪物が出現するという密林へと分け入る。そこにいた噂の怪物とは、かつてはバスケリーガーだったゲバラだった。野獣を思わせる荒々しさを備えたゲバラはアイアンリーグから道を外されて密林に打ち捨てられ、野生化したはぐれリーガーだったのだ。そしてセーガルに拾われ、マグナムたちを倒せばリーグに復帰させてやると言いくるめられたのである。そんなゲバラに密林バスケを挑むトップジョイ。お互いバスケリーガー同志、バスケを通じて説得しようというのだ。そしてトップジョイの考え通りゲバラはトップジョイとの試合の中、自分を取り戻すことに成功する。
旅を続けていたシルバーキャッスルに挑戦状が届いた。「闇の貴公子」と名乗るマスクの人物からだ。はぐれリーガーを支配する闇の貴公子は、マグナムらにはぐれリーガーから手を引くよう脅す一方、シルバーに野球の試合を申し込む。負ければシルバーの選手をダークに差し出すという条件だ。もちろんマグナムらはその挑戦を受けるために勝負の地へと赴く。珊瑚礁をフィールドにしたその野球場では、海上という不慣れな地形がシルバーを苦しめた。相手はかつての名投手ワイルドホークと、半魚人タイプの水中用リーガーらの混成チーム。ワイルドホークの投球は脅威だが、ワイルドホークのチームは寄せ集めであることが災いしてプレーがうまくかみあわない。特にワイルドホークの高すぎるプライドは、自チームとの摩擦に苛立ち、実力を発揮できずにいた。それを見とがめるマグナム。「スポーツマンならどんな試合でも全力を尽くすものだ」とマグナムに言われ、スポーツマンとしてのプライドを取り戻すワイルドホーク。マグナムのホームランでシルバーキャッスルに敗北するものの、アイアンリーガーとしての心意気を取り戻したワイルドホークは清々しい気分でいた。
マグナムらを乗せたボーシップ号が突然攻撃を受け、雷の街に不時着した。セーガル配下のはぐれリーガー・デウスたちによるものだ。元々ダークの選手だったデウスたちは、ダーク初の飛行型リーガーとして開発されたものの、エネルギーの問題で欠陥品の烙印を押され追放された。その後デウスたちははぐれリーガーになりながら、自ら雷のエネルギーを使用することで飛行を可能にしたのだった。今回のシルバー襲撃はそこにセーガルがつけ入り、ダーク復帰を交換条件にしたものだったのだった。一方デウスらの挑戦に対してブルアーマーは、この地でトレーニングをしていたゴールド三兄弟の忠告も聞かずに受けてしまう。場所は気球船の上、種目は空中バレーボール。ダークのプロトタイプ飛行ユニットを武器に、ブルアーマーたちを窮地に追い込むデウスたち。かつてバグを抱えていたブルアーマーは、デウスたちに自分の姿を重ねてしまい本気で試合に挑めない。そんなブルアーマーを救ったのは、ボーシップ号の仲間たちとゴールド三兄弟だった。ゴールド三兄弟が避雷針で雷を吸収したため、エネルギー不足に陥るデウスたち。ブルアーマーはデウスと正々堂々一対一の勝負をし、それに勝利する。その衝撃で気球は破裂してしまうが、シルバーのメンバーはセーガルに見捨てられたデウスたちさえも我が身を顧みずに助け出す。そんなブルアーマーにデウスたちは心を開くのだった。
ザルツ山脈のふもとにあるアルプの町でリカルドの情報を得たルリーたちは、山頂にある無人観測所へと向かった。山頂に着陸できないためふもとに残されたボーシップ号では、子供たちと共にGZが留守番中。しかし生粋の戦士であるGZには、子供たちにどうやって接していいのかがわからない。悪戦苦闘の末、ホッケー教室を開くことでコミュニケーションをとることができたその矢先、謎のアイアンソルジャー軍団が襲撃してくる。リカルドの情報が罠だったことを知るマグナムらだが、間に合うかどうかもわからない。たったひとりでアイアンソルジャーと戦う事となったGZは、子供たちを同時に守らねばならず苦戦する。しかもアイアンソルジャーの過去を持つGZは、アイアンソルジャーたちに同情して本気で戦えずにいた。子供たちが雪球で応戦する中、アイアンソルジャーの放ったミサイルが雪崩を起こす。次々と雪崩に飲み込まれるアイアンソルジャーたち。GZはどうにか子供たちをボーシップ号まで避難させるものの、自らは間に合わずに雪崩に飲み込まれてしまう。だがGZは不死身だった。マグナムらが下山した時、GZは自力で雪の中からはい出してきたのだった。
インディオの町で幽霊の噂を聞いたヒロシたちは、その幽霊が出ると言われる洞窟へ探検に出かけてしまう。そこで行方不明になるマリコ、そしてヒロシ。シルバーの仲間たちが探しに出かけてみると、洞窟の奥でさらわれたヒロシとマリコ、そして幽霊の正体であり犯人のはぐれリーガーを発見する。ダイクダイソンと名乗るそのはぐれリーガーは、プロトタイプのボクシングリーガーだったが、20年前にジムから逃げ出して以来スクラップにされることに怯えながら隠遁生活を続けていたのだった。エドモンドはリュウケンとの試合に勝てばシルバーと契約を結ぶことを条件に、ヒロシとマリコを救い出す。リュウケンはダイクダイソンとのボクシングの試合に臨むものの、旧式のリーガーであるダイクダイソン相手にまともに殴ることができない。しかしエドモンドに「全力でぶつからないのは相手を侮辱すると同じことだ」と諭され、本気でボクシングをすることを決心する。一方のダイクダイソンにもその心意気は伝わっていた。本気で拳をぶつけるリュウケン。倒れても立ち上がるダイクダイソン。ダイソンはついに、ダブルノックダウンにまで持ち込むことに成功する。しかしダイソンは契約を結ばなかった。自分を知り、新たな出発を決意したからだった。
砂漠を進んでいたシルバーキャッスルのボーシップ号が砂嵐に巻き込まれてしまった。極十郎太はその混乱から仲間たちとはぐれてしまい、砂漠に取り残されてしまう。そんな十郎太を拾い上げたのは、砂漠をナワバリにする盗賊団の船だった。盗賊団を指揮するのは青竜刀の使い手シスレーと、シスレーと行動を共にしていた人物、リカルド銀城だった。死んだと思わせておきながら突然マグナムにはぐれリーガーのことを伝え、自分が生きていることを明かしてしまったリカルド。ルリーたちが必死になって探しているにも関わらず、まだシルバーに戻る気はないと言う。リカルドに疑問を抱いた十郎太は、しばらくリカルドを観察してみることにした。そこではぐれリーガーの心を解き放つ、自分の本当の使命に気がつく十郎太。十郎太は悩みを抱えたシスレーに道を示すために剣の勝負を挑み、シスレーの苦悩をうち払うのだった。互いにアイアンリーガーとして自分のなすべきことを掴んだシスレーと十郎太は、再会を約束して笑顔で別れるのだった。
温泉の町にたどりついたシルバーキャッスルは、そこでしばしの休息をとることにした。そこへ訪ねてくる、地元サッカーチーム『ヘルスパーズ』。たった四人のこのチームはリーダーのストレイクはもちろん全員が元鉱山開発用のロボットで、鉱山の閉鎖に伴い地元チームのアイアンリーガーがいなくなった時にその穴埋めとしてサッカー用システムを埋め込まれたのだった。元鉱山開発用ロボットだけのチームだが、サッカーにかける情熱は誰にも負けず、本物のリーガーになりたいと願う余りシルバーに特訓を申し入れに来たのだった。それに応えてコーチを引き受けるウインディ。しかしパワーアップを望むストレイクたちは、セーガルの甘言に乗ってしまい改造・マインドコントロールされてウインディたちにサッカーのデスマッチをしかけてしまう。本気で戦えず、満身創痍のウインディ。だが、そこへ現れたゴールド三兄弟の竜巻フォーメーションで形勢逆転。トルネードスパイラルを使い、ストレイクらのマインドコントロールの解除に成功する。即席の力に頼る自分たちの過ちに気が付いたストレイクたちは、改めて自力での強化を決心する。
アイアンリーガーのエネルギーを吸血鬼のように吸う、吸血リーガーの伝説が伝わるストーカー城。その噂を聞きつけたシルバーキャッスルは、城下町で闇の貴公子と遭遇した。闇の貴公子の目的は、ハンターリーガーを使っての吸血リーガーの掃討。しかしハンターリーガーは逆に吸血鬼にされ、GZが吸血ハンターリーガーに襲われて吸血ウイルスに感染してしまう。エドモンドはGZを助けるために、不本意ながら目的を同じくする闇の貴公子と共同作戦をとることにした。その間にもGZの吸血鬼化は進み、朝日を浴びただけで砂になってしまいそうになる。そこへ現れる吸血リーガーのリーダー、アルカード。彼はGZを連れストーカー城へと姿を消してしまう。ウイルスに支配されているアルカードたちを縛り付けているコンピューターの存在を知ったGZは、コンピュータを破壊すれば自由になれると訴えるが、破壊した瞬間吸血リーガーのエンジンも爆破されてしまう事実にどうすることもできない。夜は吸血鬼になってシルバーの仲間たちを襲うGZだが、メッケルが作ったワクチンで元に戻ることに成功。一方ストーカー城に侵入した闇の貴公子は、コンピュータを破壊してしまう。アルカードたちはエンジンから火を吹かし、朝日を浴びて灰になってしまった。やるせない想いだけが残るGZだった。
ブルアーマーとトップジョイが、はぐれリーガーたちに捕らわれ荒野のドームへと拉致された。ボーシップ号の部品を買い出しに出た時のことだった。ドームで行なわれていたのは、はぐれリーガー同志でのデスバトル。敗者がスクラップになる過酷なルールを見せ物にしていたのだ。ドームを支配するのは、かつてのブルアーマーのチームメイト、ジェットセッター。十年前のブルアーマー暴走事件でチームを失って以来、人間不信になりこの賭けバトル始めたのだ。賭けバトルに参加させられたブルアーマーは戦いに勝利する一方、対戦相手を思いやって処刑の身代わりを申し出る。しかしボーシップ号の部品だけは届けたいブルアーマーは、日没までに帰ることを条件に解放される。ただしトップジョイが人質として残ることになった。部品を届け、ドームに戻るブルアーマー。しかし途中で火事の現場に遭遇してしまい傷を負う。なかなか戻らないブルアーマーにしびれを切らしたジェットセッターが日没前にも関わらずトップジョイを処刑しようとした瞬間、ブルアーマーがようやくドームに到着した。その姿に心うたれたジェットセッターであったが、どうしても素直になれない。しかしトップジョイの「お前のために・・・お前との友情を取り戻すために戻って来たんだ!」との言葉に説得され、ジェットセッターはブルアーマーたちを解放してドームを破壊するのだった。
西部の町にやって来たシルバーキャッスルは、そこでアイアンボウラー・ワットとその配下のはぐれリーガーから挑戦を受けた。もともとワットは双子のアイアンボウラーとして妹のアンプと共に姉妹ボウラーとして活躍していた。しかしはぐれリーガーとの試合でラフプレーの前に破れて以来、はぐれリーガーと共にボウリングでケンカ試合をするようになったのだった。すさんだ姉を止めるためにも、妹のアンプに協力を求めるマグナムたち。しかしアンプもかつて受けたラフプレーで心の傷を負っていたため、その申し出を拒否してしまう。ワットとの試合は壮絶を究めた。ダメージを与えられ、だが立ち上がろうとするマグナムたち。そこへ意を決したアンプが現れた。道を間違えた姉を正すため、シルバーの熱意にうたれたアンプがワットと対決する。そして見事に姉・ワットのすさんだ心を打ち負かすことに成功する。自分の行いが間違っていたと気が付いたワットは、スポーツマンとしてアンプと共に再出発することを誓うのだった。
映画俳優のセーガルから、プレミア試写会の招待状が届いた。浮かれるルリーを先頭に、パーティへ向かうシルバーキャッスル。だがそれは、セーガルこと闇の貴公子の罠だった。例え視認できない困難な場所でも、正確にボールをショットすることができるはぐれゴルフリーガー・サーティーンが刺客として投入されていたのだった。マグナムが、ボーシップ号が姿なき敵の狙撃を受ける。ボーシップ号が攻撃されたことで足留めを余儀なくされたマグナムたちは、逃げ込んだセーガルのセットの中で何度となくサーティーンの狙撃にさられる。その正確なショットに次々と倒されていく仲間たち。しかし仲間たちからサーティーンの球筋を教えられ、マグナムはサーティーンのショットを見切ることに成功した。正体を現すサーティーン。マグナムはサーティーンと一対一の勝負にもちこむと、その勝負に勝利するのだった。
ワイルドホークの復帰戦が行われることとなった。野球リーグのエキジビションマッチだ。その中継を観戦しようと、中継の受信に奮闘するメッケル。一方ギロチはシルバーへの次なる一手としてセクションXにリカルドの捜索を指示。だが息子のセーガルはすでに、リカルドが砂漠地帯にいることをキャッチし、その様子を監視していた。その頃ワイルドホークの復帰戦を中継で観戦していたシルバーキャッスルは、ワイルドホークの勝利を喜んでいた。自分たちが関わったことでワイルドホークが救われた事実に、感慨を新たにするシルバーキャッスル。しかしシルバーキャッスルに救われたのはワイルドホークだけではなかった。ゴールド三兄弟はもちろん、ゲバラやシスレー、ワットとアンプといった数々のアイアンリーガーたちがスポーツマンの本分をとりもどし、いちスポーツマンとしての正しい道を歩んでいた。だが安穏とした状況の裏ではデウスが闇の貴公子の不穏な動きをキャッチし、ストーカー城ではアルカードが復活するなど暗雲もたちこめていたのだった。
闇の貴公子が、はぐれリーガーをめぐる戦いの最期の決戦を挑んできた。ヘクトパスカル島を舞台に、負ければ島にいるすべてのはぐれリーガーが巨大人工台風によって破壊されてしまう。しかしリュウケンは以前リカルドがカスタム化させたブラックボックスによってオーバーヒートしており、メッケルでさえ手を出せない状況にあった。加えて突然姿を見せたリカルドは、闇の貴公子と手を組んだような態度でシルバーキャッスルと接している。その証拠にリュウケンのブラックボックスを修理もせずに立ち去ってしまった。そんなリカルドの態度に不信感を露にするシルバーキャッスル。それが引き金となり、ナッカラーと空手リーガーとの試合に臨んだシルバーキャッスルはチームワークを乱して窮地に陥る。その中でただひとり、砂漠でリカルドと対面した十郎太だけはリカルドを信じ、ナッカラーたちの攻撃を一身に受け捨て身の攻撃で立ち向かうのだった。その時、リュウケンのブラックボックスが突然パワーを開放した。それこそがリルドのもたらしたパワーだったのだ。新たなパワーを得たリュウケンの活躍で勝利を得るシルバーキャッスル。そして次のステージへと駒を進めるのだった。
シルバーキャッスルに負けたナッカラーをセーガルは許しておかなかった。放置されるナッカラーを回収するリカルド。一方ボーシップ号のモニターで父・リカルドの姿を見つけたルリーは、居ても立ってもいられなくなり単身飛び出してしまう。その頃はぐれリーガーたちの度重なる襲撃を、シルバーの選手たちは次々と突破していた。沼地で対戦した水球リーガー・ウイッシュボーン。岩山で遭遇したグレイリンクとバスケリーガー軍団。そして洞窟ではマドチェンらアメフトリーガーと激戦を展開する。しかしマグナムたちは、そこでナッカラーを回収したリカルドと、リカルドを追ってボーシップ号を飛び出したルリーと鉢会わせてしまう。マドチェンの猛攻に巻き込まれるルリー。瓦礫の下敷きになったルリーをブルアーマーが救い出す。ブルアーマーはルリーをリカルドに預けると、捨て身の攻撃でどうにか勝利する。しかしシルバーのダメージも大きく、かれらはマグナム、ウインディ、リュウケンの三人だけで最終ステージに挑むことになるのだった。
いよいよたどり着いた最終ステージ。しかし戦力はマグナム、ウインディ、リュウケンの三人のみ。加えてメッケルが腕を負傷したため、彼ら三人の修理をヒロシら子供たちが担当していた。そして彼らの前に現れる最後の刺客。デステニーと、はぐれテニスリーガー軍団だ。デステニーらのバリアに捕われ、身動きのできないマグナムたちをデステニーの爆弾スマッシュが容赦なく襲う。力尽きるウインディ。そしてリュウケンがバリアもろともテニスリーガーたちを吹っ飛ばすものの、残ったマグナムもろともコートに倒れこんでしまう。もはやとどめを刺されるだけに見えたマグナムたちだったが、そこへ思わぬ援軍が参上した。ゴールド三兄弟率いるはぐれリーガーたちだった。シルバーキャッスルのプレーで自分を取り戻したはぐれリーガーたちは一丸となり、マグナムから託されたボールで勝利を収め、台風発生装置さえも破壊する。はぐれリーガーの世界にようやく平和が戻った。しかし次にひかえるワールドツアーには、すでにギロチの魔手がのびているのだった。
ついにワールドツアーが開幕した。しかし大会そのものはギロチの罠で大幅なルール変更がされており、第一ステージのアイスホッケー、第二ステージの野球を勝ち抜いたチームが第三ステージのサッカーで優勝を争うというものになっていた。しかし本当の意味で注目すべきは世界各地から集められた、数々の強豪チームだった。特に注意が必要なのは『ダークスワン』と『ブルーホース』の二チーム。もちろんダークスワンはギロチのチームだ。ダークスワンもブルーホースもラフプレーで有名なチームで、第一ステージのアイスホッケーからその本性をむきだしにしてラフプレーを連発する。しかしダークのチームにはラフプレーに走らずに活躍する選手もいた。ファイタースピリッツとファイターアローの兄弟リーガーだ。ブルーホースの選手、サンダーボルトのラフプレーをものともせず、正々堂々と試合を進めるファイター兄弟は、そのままダークスワンを勝利に導くのだった。そんな激しいファイトをまのあたりにして驚愕するシルバーの中で、マグナムだけはファイター兄弟にただならぬものを感じていた。
シルバーキャッスルのワールドツアーが幕を上げた。三勝すれば第二ステージにステップアップできるのだが、ブルーホースのラフプレーの嵐の前に敗退したシルバーの成績は二勝一敗。第二ステージ進出をかけて戦う次の相手は、ファイター兄弟のいるダークスワンだ。一方シルバーキャッスルを負けさせ、ブルーホースを第二ステージに進ませたいサンダーボルトは妨害工作に出る。第一ステージで行われるアイスホッケーの要、GZをさそい出して抹殺しようというのだ。だがその現場にファイター兄弟が現れ、シルバーを救う。そんなファイター兄弟でも試合となれば容赦はない。ホッケーの専門家であるGZを徹底マークし、動きを封じると共に圧倒的なスピードとパワーでシルバーキャッスルを追い詰める。そんな中、マグナムはファイター兄弟の見事な連携プレーに奇妙な懐かしさを感じとっていた。だがその正体がわからぬまま試合は終了。引き分けに終わったシルバーとダークの試合は再戦に持ち越された。
シルバーキャッスルとダークスワンの再試合を翌日にひかえ、マグナムとファイター兄弟は互いに相手に対する違和感に頭を悩ませていた。真実を知るのはダークスワンのオーナーであるギロチだけだが、その事を知る者はいなかった。ダークスワンとの試合は一進一退の攻防戦となった。シルバーキャッスルが得点をゲットすれば、ダークスワンが取り返して逆転する。拮抗する試合の中、マグナムは奇妙な感覚に襲われていた。マグナムの動きが、まるでファイター兄弟に見透かされているかのように先回りされてしまうのだ。はじめてファイター兄弟を見たときの感覚といい、釈然としない思いが試合での焦燥感と共にマグナムを追い詰める。そんなマグナムにもある異変が起こっていた。ファイター兄弟の動きが手にとるようにわかるのだ。そればかりかかれらの動きの、次の動作が明確な映像として見えるようになるマグナム。それによって勝利を収めるマグナムだが、謎は深まるばかりだった。
第二ステージにステップアップしたシルバーキャッスルは連勝を続けるものの、44ソニックを投げ続けるマグナムにはダメージが蓄積されていた。マグナムはラフプレーに走ることなく、なおかつ強いファイター兄弟を意識するあまり、44ソニックでの続投に固執する。その頃ダークスワンの入団テストをゴールド三兄弟が受けるとの情報を得た十郎太は、マグナムの助けになればとゴールド三兄弟への接触を試みる。しかしゴールド三兄弟は思いの外パワーアップを遂げており、勝負を挑んだ十郎太は逆に返り討ちにされてしまう。しかも自分に勝ったゴールド三兄弟のひとり、ゴールドアームの繰り出す44ソニックがファイタースピリッツに討ち取られる様をまのあたりにして愕然とする。そんな十郎太の気持ちを知らないマグナムは、勝利を収めた三試合目で44ソニックが打たれた事実を認めようとしなかった。44ソニックを忘れろと忠告する十郎太に耳を貸さないマグナムに対し、勝負を挑む十郎太。十郎太は他のリーガーも実力をつけている事実を、44ソニックを打ちとることで証明すると、静かにマグナムの前から姿を消してしまうのだった。
十郎太を失ってもシルバーキャッスルは試合に臨まなければならなかった。しかも次の相手はワイルドホーク率いるレッドフライヤーズ。44ソニックを過信するマグナムとは対照的に、マグナムとの対決のために特訓を積んできたワイルドホークは魔球ファイヤーコメットで44ソニックと対等に渡り合う。だがダメージを引きずったままのマグナムにはすでに限界が来ていた。全身をオーバーヒートさせ、球威を落としてしまうマグナム。そのすきをついてワイルドホークはマグナムからホームランをもぎとるのだった。マウンドで倒れ、ホスピタルに運ばれるマグナム。その時にはもうマグナムは44ソニックを投げられない体になってしまっていた。だが絶望のマグナムを救ったのは、十郎太からの一通の手紙だった。手紙から初心に戻ることを学んだマグナムは、グリーンフォックスとの対戦で苦戦するシルバーキャッスルに合流すると、再びマウンドに上がる。そして取り戻したチームプレーで、ついに新たな魔球『44スクウェア』を生み出すのだった。
第二ステージの最終戦。ダークスワンとの対戦に挑むシルバーキャッスルはピンチに陥っていた。まだ完全にダメージが抜けていないマグナム。ダークスワンに入団したゴールドアームの放つ44ソニックがシルバーを苦しめる。突破口が見いだせないまま、苦戦を強いられていた。激戦のさなか、ファイター兄弟の考えが手に取るように感じ取れるマグナムは、戸惑うあまりファイター兄弟から連続ホームランを、ゴールドフットたちからは連続ヒットを浴びて窮地に陥ってしまう。しかし互いの心を読めることを逆手にとったマグナムは、どうにかファイター兄弟を攻略しようと奮闘する。そんなマグナムの脳裏に蘇る、十郎太からのメッセージ。白紙の手紙が現す『初心を忘れるな』のメッセージを謙虚に受け止めたマグナムは、ついにファイター兄弟攻略の糸口を見いだすのだった。その頃、単身修行に明け暮れていた十郎太は、マグナムに呼応するかのようにひとつの決心を固めていた。
ファイタースピリッツを三振にうちとったマグナムだったが、まだ希望的な状況になるにはほど遠かった。対するゴールドアームもすでに満身創痍。ダークスワンの監督がゴールドアームをベンチに下げようとするがゴールドアームはそれを拒否。だがゴールドアームの続投を決定づけたのは、「リーガーのことはリーガーに任せろ」というギロチの意外な言葉だった。続く激戦のさなか、ファイタースピリッツの魔球Xサンシャインを打とうとしたマグナムが倒れてしまう。どうにか立ち上り、朦朧とした意識の中で投球を続けるマグナムは、リカルドの「自分を見失うな。お前はお前だ」という言葉を思い出してすべての迷いを払拭する。そして新たな魔球『アステロイドキャノン』を見出だし、ファイタースピリッツを討ち取るのだった。波に乗るシルバーに、さらに頼もしい仲間が合流する。十郎太の登場だ。マグナムのアステロイドキャノンと、十郎太のXサンシャインをも切り捨てるバッティングでシルバーはどうにか同点に追いつく。
拮抗した試合はとうとう延長戦に持ち込まれた。だがマグナムのシステムは一向に復旧しない。しかしそれはマグナムの隠された第二の心臓部・ココロキットが発動したためと、突然現れたリカルドは説明する。そしてそれは試作システムであるため、どのような動作障害を隠しているか不明であること、マグナムの実の兄弟であるファイター兄弟にも同じシステムが組み込まれていることもリカルドは加える。次々の衝撃発言に騒然となるシルバーキャッスル。だが戸惑っている暇もなく、ダークスワンとの決戦は進んでいく。ココロキットがもたらす激痛や、兄弟への複雑な想いを抱えたまま投球を続けるマグナム。試合は両者点の入らないまま膠着状態に突入するが、シルバーキャッスルの友情がマグナムのココロキットを発動させ勝利を手にするのだった。そして、なぜ兄たちがダークにいるのか、その真意がわからないマグナムはファイター兄弟に問う。しかし彼らから返ってきた答えは「シルバーキャッスルを倒すのが自分たちの使命だ」という衝撃的なものだけだった。
ココロキットを発動させたマグナムとは反対に、同じシステムを搭載したファイター兄弟は未だ発動の様子がなかった。発動のきっかけがリカルドにあると睨んだギロチはリカルドに接触する。一方兄弟対決を受け入れられないマグナムは全力を出せずに悪戦苦闘していた。その想いはウインディも同じで、ファイター兄弟とどのように戦うべきか悩んでしまう。答えが出ないまま迎えた最終戦。そこではなんとダークスワンに合流するリカルドの姿があった。もちろんファイター兄弟のココロキットを発動させるためだ。戸惑いを隠せないシルバーキャッスルはダークスワンに得点を上げられ、流れさえダークスワンの一方的なものとなってしまう。しかしそんな状況でもトップジョイだけは単純にサッカーを楽しんでいた。それこそがアイアンリーガーの本来の姿であることに気が付いたウインディは、すべての迷いを払拭して試合に臨む。そしてその想いが伝播したのか、友を失いたくないマグナムが自身を取り戻し開眼。一気に同点へと持ち込んだ。
最終ステージはシルバーキャッスルのリードで前半戦を終えた。ゴールド三兄弟はハーフタイム中にファイター兄弟にチームワークでの協力を相談するものの、実力の差を理由に冷たく断られてしまう。そして後半戦が始るが、絶好調のシルバーキャッスルに対してダークスワンはチームワークプレーができないばかりか、ファイター兄弟の謎の不調が原因で苦戦を強いられる。しかしリカルドだけはファイター兄弟の不調が、第二動力路の発動によるものだと知っていた。そしてファイター兄弟に限界が迫った時、事態は急変する。フィールドに倒れたファイターアローの駆動炉が停止したのをきっかけに、ひとりで奮戦しようとするファイタースピリッツにゴールド三兄弟が救いの手を差し延べたのだ。ダークスワンにチームワークが芽生えた瞬間である。しかもゴールド三兄弟のアシストで戦い続けるファイター兄弟が、ついに第二動力路を発動。同点に持ち込む。その白熱した試合展開は、ギロチさえもとりこにしようとしていた。
一進一退の戦いは、必殺技の応酬の末、ついにシルバーキャッスルの勝利という形で収束する。シルバーキャッスルが世界チャンピオンに輝いたのだ。もはや敵も味方もなく、シルバーキャッスルもダークスワンもチームを越えてお互いを称えあっている。しかしスタジアムの外ではダーク財団の警備ロボットが取り囲み、ファイター兄弟をはじめ、ダークの選手を強制引退させようと機会を狙っていた。それを阻止するために、シルバーと共にパレードに参加するダークの選手たち。しかしボーシップ号を目の前にして、ついに警備ロボットに包囲されてしまう。一瞬緊張が走る一同。そこへ姿を現すギロチ。しかしギロチは意外にも強制引退命令をとりさげ、ダークの選手に埋め込まれたショックサーキットの廃止をマグナムらに伝える。もはやギロチは、熱狂的なアイアンリーガーのファンとなっていた。シルバーキャッスルの根強い活動が実を結んだのだった。再開されるパレード。それはアイアンリーグの新たな歴史の始まりであった。
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