弥生時代、大陸から米作りが伝わってきたので、弥生人（やよいじん）たちはみんなで田んぼを作る事になった。指導者を中心に協力しながら作業を進めていかなくてはならないのだが、まとまりがない上に水が苦手な猫たちは田植えひとつとっても大騒ぎ。ようやく稲が育ちはじめたが、今度は日照りがおそってきてしまう。こうなったら、卑弥呼（ひみこ）にお祈りしてもらうしかないのだが、はたして雨は降るのか！？

戦いの神、毘沙門天（びしゃもんてん）の生まれ変わりと言われた上杉謙信（うえすぎけんしん）が越後の国に誕生した。しかし上杉家にはすでに跡取りがいたため、謙信はお寺に預けられることになる。ある日上杉家を守るため戦に出ることになり、小さくてかわいらしい謙信は見た目と違って圧倒的な強さで勝利をおさめていく。謙信のウワサはまたたく間に広がっていくが、その強さには謙信しか知らない秘密があった！？

平安時代の終わり頃、平清盛（たいらのきよもり）をはじめとした平氏猫と源氏猫の二大勢力が競いあっていた。まだまだ貴族が国の中心であった時代。後白河天皇が誕生したことをきっかけに貴族たちの仲が悪くなってしまった。しかし、貴族たちはケンカが苦手だったので武士猫を集めて、代わりに戦わせることになった。最初は、缶メシが目当てだった武士猫たちだったが、平氏猫と源氏猫の争いはだんだん激しくなっていくのであった。

文化が花ひらいた元禄時代。俳句が得意だった松尾芭蕉（まつおばしょう）は、新しい俳句の世界を開くため、弟子とともに旅に出ることにする。旅の途中カエルを見つけた芭蕉は、一句出来かけたところだったが犬に襲われてしまう。弟子とともに木の上に逃げながらも考える芭蕉だったが、池に落ちてしまった弟子がきっかけで素晴らしい俳句が出来上がる。その後も、弟子たちと旅に出まくり、次々に名作を作り出してゆく！

鎌倉時代、おとなりの国の元が攻めてきてかつてない危機を迎えたねこねこ日本。若くして指揮官になってしまった北条時宗（ほうじょうときむね）は元を迎え撃つために覚悟を決めていた。ついに九州に上陸してきた元の猫たちは、見たこともないような武器を使ってきて日本の猫たちは大パニックになってしまう。あわてふためく時宗だったが、天から思わぬ助けが！思った通りだと強がる時宗だったが、敵はあきらめてはいなかった…。

江戸時代の終わり頃、薩摩の篤姫（あつひめ）に徳川将軍の家定（いえさだ）との結婚の話がまいこんできた。ところが夫となった家定はとても体が弱く、篤姫がお嫁に行って間もなく亡くなってしまう。跡取りとなった家茂（いえもち）の面倒を見ることになった篤姫だったが、気まぐれな猫たちによって幕府の中は大混乱。その頃、幕府に不満を持つ者たちによって国内も大混乱。篤姫はその元気さで混乱を治めることができるのか！？

平安時代中期、武士集団のリーダーだった平将門（たいらのまさかど）は、父から都に行って官位をもらってくるように言われる。官位の意味が分からない将門がとりあえず都に行ったところ、缶入（カンイ）りメシをもらえて大喜び。ところが国に戻ると父は既に亡くなり、叔父に国を乗っ取られてしまっていた。将門は土地をめぐる猫同士の争いに勝利し、支配者の印である国印を集めてコンプリートすることを目指す！

奈良時代、日本は唐に遣唐使（けんとうし）を送りさまざまな文化を取り入れていた。その頃、仏教の世界ではお坊さんのルールを正しく理解している猫がおらず、立派なお坊さんを唐から連れてこようということになった。すさまじい説得のすえに鑑真（がんじん）に来てもらえることになったのだが、ただでさえ水嫌いの猫にとっては船に乗るのも一苦労。果たして日本に連れてくることはできるのだろうか？！

ついに武士として幕府に仕えることになった新選組（しんせんぐみ）だが、大喜びしていたのも束の間、幕府が無くなってしまうことに。ショックを受けた新選組は幕府存続のために戦うことにするが、個性の強いメンバーたちは好き勝手に行動してしまい、戦いは敗北の連続。なんとか勝つために副長の土方歳三（ひじかたとしぞう）は、洋服を来て外国猫に戦い方を教えてもらいに行くが、果たして苦労は報われるのか！？

江戸時代、子供の頃からどんなことにでも興味があった平賀源内（ひらがげんない）は、植物を研究する学者をしていた。源内は調子にのって小説も書いてみたところ、大ベストセラーとなりプロデューサーを名乗り始める。その後もうなぎ屋のキャッチコピーを考えたり、温度計を作ったりと大活躍！そしてついに、静電気をためるエレキテルを完成させてみんなに見てもらうことにするのだが、猫に静電気をためても大丈夫なのか源内！？

室町幕府の流れを組む名家の最盛期を築いた今川義元（いまがわよしもと）は、小さな頃からケマリにあこがれていた。ケマリがやりたくて仕方がなかった義元は、ケマリをやる為に今川家の当主となる。義元は優秀な選手をスカウトし、チーム分けの制度を作って国を治めていく。そして、ケマリの大会を開くのだが、もっと広いところで大会をしたくなった義元は、領地を広げるため隣の尾張に行くことにしたのだった。

幕末、多くの志士を生み出した吉田松陰（よしだしょういん）は、学問の先生をしていた。その頃、ねこねこ日本には外国から船が来て開国を迫っていた。そこで、好奇心おうせいだった松陰は西洋の事を勉強することに。さっそく西洋の船を見に行ってみようと思った松陰は、うっかり当時禁止されていた脱藩をしてしまう。その上勝手に黒船に乗りこんだりするので、幕府からものすごく怒られてしまう。どうなる松陰！？

戦国最強の武将と呼ばれた上杉謙信（うえすぎけんしん）は、武田信玄との川中島でのダジャレ対決を経てますます人気が爆発！そのため、いろんな猫たちから戦の味方を頼まれるようになってしまう。頼まれると断れない「義の男」謙信は、その度に戦に参加しては連戦連勝！すると今度は織田信長がたくさんプレゼントを持って来た。喜ぶ謙信と毘沙門天だったが、本当に信用して大丈夫なのか謙信！？

飛鳥時代、天皇のご飯を勝手に食べたり、適当に次の天皇を決めたりとねこねこ日本は蘇我親子によって好き放題にされていた。このままではいけないと感じた中臣鎌足（なかとみのかまたり）は中大兄皇子（なかのおおえのみこ）と一緒に立ち上がることにした。しかし、いざ蘇我親子を倒す計画をみんなで相談しようとしても、配置を決めるための会議で遊んでしまってまったく話が進まない。一体どうやって倒すのだ！？

戦国時代、毛利元就（もうりもとなり）は父とひっそりと暮らしていたのだが、またたびに夢中になった父を亡くしてしまう。するとすかさず元就は、家臣から城を追い出されてしまった。途方にくれていた元就は父の後妻の杉の方に引き取られ、兵法をスパルタ教育で教え込まれる。立派に育った元就だったが、周りはたくさんの敵だらけ。今こそ兵法を活かす時だが、果たしてどんな戦いを仕掛けるのだ元就！？

江戸時代、ねこねこ日本はペットボトルで周りを囲って外国から船が入れないように鎖国をしていた。ペリーは日本を開国させるための話し合いをしにアメリカからはるばる黒船でやって来た。これまで大きな黒船を見たことがなかった日本猫たちは大パニック！しかし、プレッシャーに弱いペリーは交渉を前に緊張しすぎてお腹を壊してしまう。そうとは知らずビビりまくる日本猫と、ちゃんとコミュニケーション取れるのか！？

千利休（せんのりきゅう）は天下人の秀吉の元で茶の湯を追究するのだが、茶の湯の良さがまったくわからない秀吉（サル）は、お茶にバナナを入れたりと自分流にアレンジをしはじめる。利休は茶の湯を芸術に引き上げたいのだが、秀吉はバナナ色の茶室を作ったりとアレンジがひどくなるばかり。段々と二人の対立はエスカレートするのだが、大丈夫なのか！？

足利尊氏の孫であった足利義満（あしかがよしみつ）は室町幕府の第三代将軍となったのだが、世の中はまだまだ混乱していた。しかし義満は、尊氏に似てすぐに人に飛びかかるクセがあったおかげで、次々と混乱をおさめていき幕府には平安が訪れる。その後義満は、猫あこがれの金閣寺を立てたり野外ライブをやったりと遊びに夢中になるのだが、今度はお金が無くなってしまう。どうする義満！？

幕府が倒され、新政府と戦うことになった新選組。それは鬼の副長と呼ばれた土方歳三（ひじかたとしぞう）にとって苦難の連続であった。これからは、刀の時代では無いと思った土方は、外国猫に戦い方を教えてもらいに行くのだがよく分からず、ひとまず格好だけ洋服に変えて戦いに出る。そこで猫なのに船が大好きな榎本武揚と出会うのだが、船をたくさん欲しがる勝手気ままな榎本に土方は振り回されながら北に向かうのであった！

戦国時代の美濃の国に、のちに下克上の代名詞となる斎藤道三（さいとうどうさん）が現れる。美濃を治める土岐家に仕えることになった道三は、マムシなので周りの猫たちから、かまれるのではないかと恐れられていた。かまないとみんなに言っていた道三だったが、尻尾をふまれた勢いで次々と猫たちをかんでしまい、その結果どんどん出世しついに美濃のトップに立つこととなる。だが運命はそう簡単ではなかった！

江戸時代にオランダから伝わった西洋の学問、蘭学。その発展に大きく貢献した杉田玄白（すぎたげんぱく）は、それまでのねこ草に頼る東洋の医学に疑問を感じ、西洋医学を勉強したいと考えていた。しかし、勉強しようにもオランダ語が読めないので西洋の本を理解できないでいた。そこで玄白たちは西洋の本の翻訳に取り組むことにしたのだが、分からない言葉の連続！飽きっぽい猫たちは翻訳を完成させることができるのか！？

幕末の志士、高杉晋作（たかすぎしんさく）は歌を好む猫であった。先生の吉田松陰に異国から日本を守るよう教えられたのだが、晋作は気にせず下手な歌をうたい続けていた。そんなある日、上海に行くことになった晋作はマタタビに夢中になっている猫たちを目の当たりにし、ようやく松陰の教えの正しさに気づく。帰国した晋作は、新しい軍隊を作ったのだが、ヘビやカエルや虫たちだった。果たしてこのメンバーで大丈夫か晋作！？

後に徳川四天王と呼ばれる井伊直政（いいなおまさ）は、子供の頃からの直虎の厳しい教えにより、「一番」という言葉に反応して落ち着きがなくなる体になっていた。徳川家康に仕えることになった直政は、その落ち着きのなさがなぜか良い結果を生み、出世していくのだった。そして迎える天下分け目の関ヶ原。「一番」最初に誰が突入するか相談していると、体が勝手に「一番」に反応して飛び出してしまった直政！落ち着くんだ直政！

戦国時代、上杉家に仕えていた直江兼続（なおえかねつぐ）は、戦いの神「愛染明王」の「愛」を旗にかかげていたのだが、そのかわいらしい顔のおかげで、まわりの猫たちからは「ラブ」の「愛」と勘違いされてしまう。周囲の敵たちからも気に入られ、さらに秀吉にも気に入られることに。そしてついに天下統一目前の家康に呼び出されてしまうのだが、本当の「愛」の意味を伝えることはできるのか！？

明智光秀の娘、細川ガラシャ（ほそかわがらしゃ）は、とても美しいと評判の猫だった。織田信長にかわいがられていたが、父の光秀が信長を裏切ったことによって、ガラシャの運命は一変する。あちこち振り回されて疲れたガラシャは、その頃伝来してきていたキリスト教徒になって心の平穏を手に入れる。しかし関ヶ原の戦いを前に、石田三成の魔の手がのびる。どうするガラシャ！？

奈良時代、遣唐使なのに船が大嫌いな阿倍仲麻呂（あべのなかまろ）は、遣唐使船に乗って日本に帰るのが嫌で仕方がなかった。そのため、なんとか日本に帰らなくてもよいように難しい試験を受けて唐の役人になることにした。見事合格した仲麻呂はどんどん出世したが、皇帝から「日本に帰っていいよ」と軽く言われてしまう。ついに遣唐使船に乗るのか！？どうする仲麻呂！？

裕福な農家に生まれた二宮金次郎（にのみやきんじろう）だが、ある時、川があふれて金次郎の一家は全て失ってしまう。しかし、コツコツ働いて一からやり直すことに。ひたすらコツコツ働いた金次郎はみんなに感謝され、その評判を聞きつけたお侍からムダをなくす手伝いをお願いされる。そこでもコツコツ働いた結果、今度は藩から立て直しを頼まれ、その次はついに幕府まで…。いつまでコツコツ働くんだ！？金次郎！？

町人の文化が花開いた江戸時代、浮世絵の世界で一躍大スターとなった葛飾北斎（かつしかほくさい）は子猫の頃から絵を描くのが大好きだった。寝るのも食べるのも惜しんでいつも絵ばかりを描いていた北斎はとどまる事を知らず、有名作家とのコラボ、北斎漫画、カリカリに絵を描くなど、ひたすら絵を描き続けたのだが、家の片付けをしなかったために家はゴミ屋敷になってしまう。猫は綺麗好きじゃなかったのか北斎！？

江戸時代、二代将軍徳川秀忠に待望の子猫の竹千代が生まれた。そこで乳母を募集することにしたところ、春日局（かすがのつぼね）が乳母として選ばれることとなった。熱血の春日局は全力で竹千代を育てた。しかし、キュートな次男の国松が生まれたことにより跡目争いが起こってしまう。熱血な春日局に対して国松を次の将軍に推す母親の江も負けず嫌いのため、争いはどんどんエスカレートする。どうする春日局！？

秀吉が天下を取る上で、陰の立役者となった軍師竹中半兵衛（たけなかはんべえ）は、影の薄さから他の猫からまったく気づかれないでいた。しかし、その存在感の無さとは裏腹に難攻不落の城を落としたことにより、軍師としてのうわさが広がった。うわさを聞きつけた信長と秀吉はさっそく半兵衛をスカウトしようと探しにいくのだが、影が薄すぎてまったく見つからない。天才軍師として存在感を示せるのか半兵衛！？

戦が絶えなかった戦国時代に振り回された浅井三姉妹。豊臣秀吉に気に入られた長女の淀（よど）は秀吉の子供の秀頼をかわいがり育てていた。一方、次女の初（はつ）は近江の国に嫁に行き、末っ子の江（ごう）は徳川家に嫁に出ていた。しかし、豊臣方と徳川方の間で関ヶ原の戦いが起こったことにより、姉妹は敵と味方に分かれてしまう。この姉妹の危機に初が立ち上がるのだが、果たして無事に仲直りさせられるのか！？

ねこねこ日本が混乱していた幕末、暴走していた長州は幕府から攻められていた。さらに、同じ時に異国の連合艦隊からも攻められピンチを迎えていた。そこで和平交渉を行なう役として高杉晋作（たかすぎしんさく）に白羽の矢が立つこととなった。晋作は、自分が選ばれた理由も気にせず交渉に向かい、異国の猫たちに対して音楽で言葉の壁を越えるべく即席のライブを行なうのだった。そんなので、無事に交渉をまとめられるのか！？