ある日、真似木ヶ丘学園に転校生がやってきた。彼女は夏目温子。あだ名はヌクヌク。実は彼女には秘密があった。彼女は最新科学技術の粋をこらした万能猫脳アンドロボットだったのだ。見た目はかわいい女子高生。でも身体は機会。しかも頭脳は猫…。ヌクヌクが真なる人間の仲間入りをするための課題が、学校でフツーに暮らすことなのだが。しかし、入ったクラスの生徒たちは、なんだかあやしい人ばかり。「…なんだかなぁ…」（ヌクヌク）。学内でミシマインダストリィ新商品開発実験が行われたり、なんだか変な学校である。今日も今日とて実験のおかげで授業が中止に。そんなとき、実験商品が暴走をはじめてしまう。友達の二葉ちゃんがあぶない！でも人前で能力を使うことは禁止されている。どうするヌクヌク!?

転向初日で、驚くべき運動能力をクラスのみんなに知らしめたヌクヌク。クラブの勧誘攻撃にあう。真似木ヶ丘学園では、目立つクラブほど部費が高くなるため、ヌクヌクは目をつけられたのだ。ヌクヌク争奪をめぐって、オカルトマニアのリエの超常現象クラブと、研究好きの大泉の超科学研究同好会が火花を散らしはじめた。非科学的なリエの発想を否定する大泉。あげく、部員がひとりしかいないリエのクラブは廃部だと責める。傷ついたリエが駆け出し、そのあとを追うヌクヌク。理恵は町はずれの丘に来ていた。理恵が持つ古文書によるとこの場所には秘密が隠されているらしい。古文書に残された押してはならない赤いボタンに、ヌクヌクがふれたしまった。そして現れた恐るべき物体とは!?

石上母子は夏目家のお隣さん。娘の紀子は龍之介に夢中。いつか花嫁になる日を夢見て、今日も健気にアタック（死語）し続けている。それを涙ながらに見守る母・桃子。ある日、紀子に夏目家とのコミュニケーションを深めるチャンスが訪れた。晶子の留守に夏目家の朝食を作ることになったのだ。というか、半ば強引に申し出たのだが。はりきる紀子。実は全然っ料理なんてできないのだった。材料を使い果たされ、途方にくれる夏目家の人々。一家そろって買い出しへ。しかし。でかけた市場が、ミシマのメカの暴走で紅蓮の炎に包まれてしまった!どうするヌクヌク。夏目家の食事は!?

ヌクヌクはクラスのみんなと、カラオケ大会に出場することになった。しかし、そのイベントを主催するのは、ミシマ・インダストリィ!陰謀の匂いをかぎとった久作は、ヌクヌクを止めるが言うことを聞かない。彼女は賞金１００万円がどうしてもほしいわけがあったのだ。なんとしてでも阻止しようとする久作。こっそり会場に潜入。秘密兵器を作動させる。久作の命を受け、ヌクヌクにせまる謎のメカ・ジェットスクランサーを交わし、栄誉を勝ち取れるのか、ヌクヌク!?

いつも、のどかで、かつ騒がしい真似高２年B組。だけど、なんだか最近、二葉ちゃんの元気がない。得意の仕切モードに全然力がないのだ。ミシマの製品が暴走しても、クラス会が滞っても、二葉ちゃんは上の空。ど～したのかな～。心配になったヌクヌクは、二葉ちゃんの後をつける。そこで見たものは、恋する少女の姿だった。本屋さんの店員で、詩の好きな青年にあこがれた二葉ちゃんは、詩に夢中になるが、青年にすすめられた詩集にはミシマのおそるべき罠が仕掛けられていた!ミシマの特殊宣伝員と化してしまった二葉の暴走をとめることができるのか、ヌクヌク!?

夏だ!海だ!と海水浴にやってきたヌクヌク、龍之介、久作。そしてクラスメイトたち。一見平和なビーチだが、その海底にはおそるべしミシマの海底基地が存在することを、久作はひょんなことから知る。基地壊滅のために、泳げないヌクヌクにオプションを装着させ海底へ潜らせようとした久作が、あやまって大波にのまれてしまう。怪我の功名（？）で、基地に侵入することのできた久作だが、中でおそろしいものを目撃。一刻も早く、ヌクヌクを呼び出さなくては!その頃ヌクヌクと龍之介も、波間に消えた久作を救うために奔走していた。３人の強敵も登場する中、久作を敵の基地から無事救出できるのか!?泳げ、ヌクヌク!

暑い夏。暑いとイライラしてしまうもの。夏目家の久作、晶子もささいな!?ことからケンカしてしまう。結婚を後悔している発言をふと龍之介にもらす晶子。家庭崩壊の危機に悩む龍之介は、なぜかタイムスリップして父母の高校時代を目撃する。晶子は久作とあの若社長との間で心をゆらし、久作を選んだのだが、龍之介が目にしている過去では、なんだか久作の形勢が不利のよう。過去が変わってしまったら、龍之介は若社長の子供になって、世界征服ごっこにつきあわされてしまう。なんとしてでも回避しなければ!あせる龍之介。運命のイベント納涼盆踊り大会がはじまる-。

月の美しい夜。宇宙の彼方から未確認飛行物体が真似木市にむかってやってきた。ミシマインダストリィでは、いち早くそれをキャッチ、警戒体制に入る。その頃2年B組のみんなは、白樺さん邸に集まって、お花見をしていた。そこへ降り立つ巨大UFO。中から現れた宇宙ネズミの女の子(？)ミチミチ。なんと、山形先生にひとめぼれ、思いを伝えたくてやってきたらしい。かなり積極的に愛の告白をするミチミチにほだされて（？）デートをする山形先生。だが、楽しい時間はあっという間。しょせんは結ばれない異人種同士……。せつない思い出を残して、星に戻っていくミチミチなのでした。

真似高のお昼休み。購買でパンを買うのにみんな必死。白樺さんは初恋の思い出のやきそばパンを、今日も買おうとやってくるが、最後のひとつをヌクヌクに奪われて激怒。ヌクヌクに勝負を挑む。さすがの右子、左子もパンごときで逆上する智恵子様にはついていけない。ひとりっきりでも運動会でヌクヌクと闘うつもりの白樺さんは、そのために久作を買収、秘密のメカをつくらせた。運動会当日、最近の新商品開発の成功率がさがっている原因をさぐるために調査に来ていた今日子とありさも巻き込んで、激しいメカ合戦がはじまってしまう!?

龍之介はゲームに夢中。今日も朝から没頭していたが、ヌクヌクがうっかりゲームの電源をぬいてしまった。セーブしてなかったため、せっかくつみかさねてきた努力をパーにされた龍之介はヌクヌクをなじる。しょげるヌクヌク。ふたりの間にわだかまりが……。そんなおり、なぜか龍之介があやしい薬をのんでワニに変身。実の両親に驚かれ、いろんな人に追いかけられる。誰ぁれも龍之介と気づいてくれない。絶望のふちで、ヌクヌクだけがわかってくれた。心が通い合うふたり。だが、しかし、ワニになったこの体。元に戻るのでしょうか……。

新年がやってきた。２０１４年のお正月。朝目覚めると夏目家にはヌクヌクひとりが残されていた。捨てられちゃったんだ!がっくりするヌクヌク。そこへ初詣のお誘いにB組のみんながやってきた。哀れに思った二葉ちゃんが、貝原家にヌクヌクをご招待する。でも、そこは他人がはいることのできない家族の絆に満ちあふれていて、ヌクヌクはさみしく家を出るのだった。ほかのお友達の家に行ってみても、やっぱり同じ。夏目家の人々が恋しく思われるばかりだ。しょんぼりのヌクヌクの前に新年早々暴走する鏡餅ロボが出現する。久作さんも龍之介さんも指令を出してはくれないけれど、ヌクヌクは町の平和を守るため力をふりしぼる。

2月といえばバレンタイン。男女がそわそわする季節。2年B組の仲間たちも、やっぱり人の子。誰にあげるのか、誰からもらえるのか?と気もそぞろ。バレンタインには好きな人にチョコをあげるのだと知ったヌクヌク、あげたい相手がいるという。まさに猫も杓子もバレンタイン。B組の仲間たちはびっくり。いったい相手は誰なんだ?という話題で持ちきりになり、智恵子さまは運動会の一件と同じくまたも面目をつぶされ激怒する。その頃、ミシマインダストリィでは、ミシマ酵素入りチョコレートを使った世界侵略作戦を進めていたが、怒りの智恵子がヌクヌクにチョコレートを買わせなくするために、せっかくのミシマのチョコを買い占めてしまった。晶子たちはガーナ・メロディ・クランキーロボを駆使して争奪をはかる。果たしてヌクヌクは意中の人に愛の告白ができるのか!?