電脳都市OEDOの心臓部である電脳摩天楼のメインコンピュータのデータバンクが何者かの手によってハックされた。街は交通網が遮断され、あらゆるシステムが停止してしまった。直ちに捜査を開始したセンゴクら機動刑事たちは、コンピュータ通信の回路網から犯人の手掛かりを探し出す。OEDOの最重要人物の一人である、デイブ･クロカワを人質に、軌道上の衛星レーザー砲で電脳摩天楼の破壊を目論む犯人の狙いは何か…? 決死の覚悟で犯人が潜む63回廊にたどり着いたセンゴクが見たものは、コンピュータのケーブルにガードされた白骨死体であった…。

頻発する怪事件の数々…。見るも無残なバラバラ殺人事件、そして中華街で行われる人体売買行為。それらの事件を追うセンゴクとベンテンは、現場に残された手掛かりから、日本軍特殊部隊の海上基地へ潜入する。コンピュータのデータを解析した2人は、軍が開発した新兵器の実験台にゴーグルが選ばれたことを知る。一方、ゴーグルも又、極秘情報を盗み出して軍に追われる昔の仲間･サラを助けたことによって日本軍を敵に回すことになる。OEDOの治安維持を建前に暗躍する日本軍、そして機動刑事ゴーグルに仕掛けられた罠とは? 遺物と化した東京タワーを舞台に、軍が開発した殺人マシーン“MOLCOS”の魔の手がゴーグルに迫る。

OEDOを震撼させる、まさかの吸血鬼騒動―。人間の生き血を吸い、永遠に生きねばならない運命を背負った伝説の悲しい怪物。現場に残された血文字のパスワード“CSC3624D”を手掛かりに、機動刑事たちが動き出した。被害者は何れも“バイテク”犯罪者リストに載っている闇学者たち。事件を追うベンテンは、闇学者たちに資金提供をしていた老人･西園寺修造の存在と冬眠治療のカプセルの登録ナンバーから、300年前に死んだはずの謎の美少女･レミの存在を突き止める。医学アカデミーセンターを舞台に、不老不死の体を求め人体実験を繰り返す老人とその犠牲となった美しい女性レミ。犯してはならない罪…ベンテンの凍った心に、真紅の炎が燃え上がる。