夏―なだらかな丘、遠くの地平線と接する空。北海道・美瑛に住む16歳の少女―鈴木ソラは、国家公務員である魔法遣い＝魔法士になるための研修通知を受ける。亡き父に報告を済ませ、母と愛犬のジョーを美瑛に残し、研修先の東京へ行く……期待と不安に。そんな折、ソラは親友のみちるにある相談を受ける。恋に悩む親友のために、ソラは魔法で親友のみちるに、あるプレゼントをする――。

上京したソラは霞ヶ関にある魔法局へ向かう途中で、交通事故に遭遇。咄嗟の魔法行動で事故を回避したソラは周囲の人々から賛辞を贈られるが、その中で一人素っ気ない態度をとる少年が気になって…。 ようやく到着した魔法局で、同じ研修生である、ほのみ、ひより、浩二と出会うソラ。そこでもう一人紹介された少年は、さっきの事故現場で会った……。

研修生たちはいよいよ魔法研修での初の依頼を受けることになる。 自信満々のほのみと黒田、心配で眠れなかったひより、実習で魔法をうまく使えないまま依頼を受ける豪太、そして…ソラが担当する依頼人は本橋真美。旧家のお屋敷に住む彼女から、ちょっとワケありな依頼を受けることになり…

原魔法事務所での生活にも慣れてきたソラ。ソラはひよりと仲良く出かけたりと、充実した研修生活を送っていた。 一方、なかなかうまく魔法を使えない豪太。家族のこと、友人のこと―思い出される在りし日の自分、受け入れられない魔法遣いの自分……そんな中で受けた次の依頼に、豪太はついに―

実習を通じて、ソラがもつ潜在的な魔法能力のレベルの高さを目の当たりにした誠一郎。しかし当のソラ自身は、依頼に対する自らの魔法行動の結果に少なからず戸惑っていた。そんな中、新たな依頼人の元で行った魔法行動の結果が、ソラに大きな衝撃を与える…。

何か元気のないソラを心配していたひよりは、研修の半休を使ってみんなで遊ぼうと提案する。こうして下北沢に遊びに来ることになった、ほのみ、ひよりは、ソラとともに原魔法事務所へ…と、入り口には幼い女の子。ソラたちにある依頼をしたいという。女の子がどうしても欲しいという、そのものとは――？

魔法行動に自信があった浩二だったが、実際の研修では依頼人とうまくコミュニケーションがとれず失敗の連続。そして、その失敗を素直に受け入れられずにいた。自らの中に大きく膨らんでしまった大きな選択……。ほのみを誘い、束の間中野散策に興じるが、その真意に気づいたほのみから、厳しい一言を浴びせられた浩二は終に……。

研修講義中に突然、座礁した大量のイルカ救助要請の連絡が入る。災害時の魔法を経験するいいチャンスと、ソラをはじめ研修生全員が参加することになった。たくさんの魔法士が集団で魔法を遣う稀有な機会に、まだ魔法を使えない豪太は果たして――。

研修最後の休日。豪太は「魔法が使えたお礼に」とソラを自分が育った街、江ノ島に誘う。楽しく海で過ごした二人は、お互いの気持ちを確かめ合った。そんな中、豪太がふと目にした光景は、ソラと――。

卒業も近づく頃、卒業試験の話題でもちきりなクラスの中に、ソラの姿がない。何かを隠すかのように振舞う誠一郎と沙織に、豪太は本当のことを話してほしいと頼む。一方、渦中のソラは美瑛の母との電話でつい弱音を吐いてしまう。そしてソラが向かった先とは――。

卒業試験は、研修初日と同じ「水を氷に変える魔法」。無事合格したソラ、豪太、ほのみ、浩二、ひより…全員揃って卒業式を迎えることができた。多くの依頼人に出会い、さまざまな魔法を遣いながら成長した5人は、再会を約束する。そして別れの朝、ソラは――。

晴れて公認魔法士となり、故郷・美瑛に帰ったソラ。母との久々の対面は、研修生活の話で持ちきり。そして――ソラが向かったのは『お父さんの樹』。亡き父が書いた『いらいしょ』を手に、ソラが公認魔法士になって初めて遣う魔法は――。