ねずみ男は消息不明となっている鬼太郎と目玉おやじを捜していた。やがて漁村で晴耕雨読の生活を送っている鬼太郎を発見。時を同じくして、その漁村で船が泥まみれになって転覆するという事件が起こる。目玉おやじはそれを泥田坊の仕業と見抜く。泥田坊はもともと田に棲むおとなしい妖怪だったが、人間の土地開発によって住みかを奪われ、ついに怒りを爆発させたのだ。それを知った鬼太郎は…。

妖怪がらみの事件屋に復帰した鬼太郎。そんな彼のもとに、妖怪になった両親を助けてくれと少年が駆け込んで来た。何者かが妖怪を反物に変え、その反物で人間までも妖怪にしているらしい。調査に乗り出した鬼太郎は、山奥に築かれた奇怪な城にたどり着く。その城では、中国から渡って来たチーを長とする妖怪軍団が鬼太郎を待ち構えていた。一連の事件は彼らの仕業だったのだ。

ねずみ男は勝手に鬼太郎の名前を使って映画会社に企画を売りこみ、がっぽりと前金をせしめた。それを知った百々じじいは協力を申し出る。鬼太郎に怨みのある妖怪を集めてパーティーを開き、映画に撮らせようというのだ。妖怪の秘密を人間に知らせるのは大罪である。濡れ衣を着せられた鬼太郎は妖怪裁判にかけられ、百々じじいの計略によって懲役刑を言い渡されてしまう。

天狗岳スカイウェイという道路で、人間が風になって消えるという事件が続発した。調査に向かった鬼太郎は、事件の現場で雨ふり天狗と遭遇する。雨ふり天狗は霞を食料に、古くから天狗岳で暮らしていた。ところが人間が天狗岳にスカイウェイを通し、車の排気ガスをまき散らして霞を汚染するようになった。雨ふり天狗はそのことを怒って、人間に復讐しようとしていたのだ。

山奥に建てられた一流ホテルの客たちが、突然暴れ出して手がつけられなくなった。ねずみ男は事件を解決させて謝礼金をせしめようと、鬼太郎を呼びつける。どうやら植木鉢の妖怪花が騒動の原因らしい。ホテルの建設によって住みかを追われた花の精が、事件を通して苦境を訴えようとしていたのだ。鬼太郎が花の精の願いを聞き入れ、事件は解決したかに思えたが…。

ある夜、ねずみ男は美しい少女から結婚してくれと頼まれた。少女の名は草葉霧子、山奥にある村の村長の娘である。ところが不思議なことに、霧子は３日前に病で亡くなっていた。取り憑いたモウリョウが遺体を操っていたのだ。鬼太郎たちは遺体を近くの妙妙寺に移し、住職である雲水和尚の協力を得て供養しようとするが、モウリョウたちは大挙して現れて棺桶に群がってくる。

南洋のポロゴン島では猫が50年生きると化け猫になると言われ、バンダという男の飼い猫・ジータも50歳を迎えていた。村の男たちはそのせいでバンダの一族を恐れ、娘のエリーメは嫁にも行けずに困り果てていた。バンダは鬼太郎を呼び寄せ、ジータを殺してほしいと依頼する。そこに奇妙な老僧が現れ、エリーメが妖狐に狙われていると告げる。妖狐は本当に現れ、鬼太郎が戦いを挑む。

東京中のゴミが集まる夢の島に、巨大な怪植物・マンモスフラワーが出現した。鉄よりも硬く火にも強いマンモスフラワーには、自衛隊のナパーム弾ですら歯が立たない。しかも種子を飛ばしてゴミ捨て場など汚い場所で増え続け、今や町は壊滅の危機に瀕していた。目玉おやじは種を蒔いたのが妖怪あかなめだと推測。フラワーの増殖を止めようと、鬼太郎があかなめと話し合うのだが…。

一羽のカラスが慌てた様子で鬼太郎の家に飛び込んできた。仲の良い花子という少女が、髪さまという正体不明の妖怪に生け贄として捧げられようとしているらしい。あいにく鬼太郎は留守。ねずみ男が花子を救うのだが、髪さまとそのしもべである毛目玉によって、ヤタの鏡に封じ込められてしまう。怒った髪さまは村の衆の髪の毛を利用して暴れまわる。そこに鬼太郎が駆けつけ、髪さまに立ち向かう！

鬼太郎は森本という男に頼まれて、アンコールワット遺跡に向かった。落ち武者の亡霊にさらわれた女性を助けてほしいというのだ。鬼太郎は亡霊たちと会見をもち、彼らが長であるオインの娘を捜していることを知る。オインの娘は何者かによって殺害された後、長い間見つからずにいたのだ。鬼太郎は亡霊たちにオインの娘の居所を教えるが、彼女を殺害した犯人が思いもよらぬ場所に潜んでいた。

鬼太郎の元にねずみ男から、温泉旅館に招待するという手紙が届いた。ねずみ男にしては珍しい計らいだ。目玉おやじは裏があると疑うが、鬼太郎はせっかくの好意だからと招待を受けることにした。旅館の付近では土ころびという妖怪が出没して、訪れる人々を困らせていた。退治しようと決意した鬼太郎を見て、ねずみ男はほくそ笑む。知らぬ間に巧妙な罠を仕掛けていたのだ。

ねずみ男は金もうけの道具にしようと、伝説のやまたのおろちを捜しに出かけた。そうして迷い込んだ山中で、彼は呼子という妖怪と出会う。呼子の持つ解放石という石に触れた途端、石の中に飲み込まれてしまったねずみ男。助かりたい一心で呼子と体を交換するが、呼子の体は足がなく自由に歩き回ることが出来ない。そこで彼は鬼太郎を呼び寄せて、罠にかけて体を取り替えることにするが…。

鬼太郎は半魚人を怒らせたため、大イカにされてしまった。半魚人は元に戻せと迫る鬼太郎イカを騙して魚を集めさせ、とうとう鬼太郎イカまで爆弾で吹き飛ばし、かまぼこに加工してしまう。それを知った目玉おやじたちはかまぼこを買い集め、鬼太郎を再生させることに成功する。鬼太郎は半魚人を退治するために、「人間になればいい暮らしができる」と持ちかける。それを信じた半魚人は…。

ひと組の夫婦が壊れた車を売るオンボロ車ショーを訪れ、ねずみ男に一台の車を見せられた。夫婦は展示品の中で唯一動くその車を購入したが、車は勝手に走り出し、山奥の湖に突っ込んでしまった。湖の中で聞こえてきたのは、「車を持とうとするなら人喰い藻屑に食わせるぞ」という何者かの声。車はいらないと言うと夫婦は解放されるが、鬼太郎は気になって仕方がない。どうやら妖怪が背後にいるらしいのだ。

牛鬼岩に近づけば妖怪・牛鬼の祟りがあると言われている。恐れ知らずのねずみ男はそこで釣りを始め、なんと牛鬼を釣り上げてしまった。暴れ出した牛鬼を鬼太郎が倒すものの、彼自身がおぞましい魔物の姿へと変貌してゆく！　牛鬼の本体はガス状の妖怪で、取り憑いた相手の細胞を変化させて宿主にしてしまうのだ。絶体絶命の危機に陥った我が子を救おうと、目玉おやじが立ち上がる。

ニューギニアでテレパシー能力を持つ怪物が発見され、調査団が派遣されることになった。その一員である疋田は、毎晩のようにニューギニアを歩く不思議な夢を見ていた。彼の相談を受けた鬼太郎も、調査団に加わりニューギニアへ。そこで鬼太郎はガマ人と化した日本人たちと出会う。彼らの中には戦時中に行方不明になった疋田の父親もいた。息子に会いたい一心で、遠く海を越えた故郷までテレパシーを送っていたのだ…。

縁切り虫はその名の通り、人と人との縁を断ち切ってしまう虫だ。ねずみ男はこの虫を使って金儲けを企んだ。障害になるであろう鬼太郎をまず縁切り虫に噛ませ、その後濃沼という男と手を組んで兵器会社の株を買う。縁切り虫を国際平和会議に忍ばせ、各国代表に噛みつかせて怒らせることで戦争を起こし、兵器会社の株が急騰したところで一気に売却しようという魂胆だったのだ！

猫娘が拾った綺麗な玉、それは地獄にしかないはずの“地獄玉”だった。人間の欲望を叶える代わりに大きくなり、やがて爆発してしまうという危険な宝物だ。目玉おやじに捨てるように言われた猫娘だが、ねずみ男の策略にかかって好物の魚と交換してしまう。ねずみ男が玉を売りつけたのは、中村という冴えない貧乏人である。ほどなく中村一家は幸福の絶頂へと上ってゆくのだが…。

ある夜、山中を歩いていた鬼太郎は不思議な釜に取り憑かれ、髪の毛を呑み込まれてしまった。鬼太郎にとって髪の毛は、妖力の源である大切なもの。目玉おやじとねずみ男が探しに出るが、釜に飲み込まれてしまう。どうやら釜の中には、釜鳴りという妖怪が潜んでいるらしい。目玉おやじは鬼太郎にテレパシーを送り、釜の居所を知らせる。鬼太郎は砂かけ婆たちと連合軍を結成し、釜鳴りと対決する。

ねずみ男は山奥の温泉で、宝探しをしているという二人組と出会った。ねずみ男も加わった一行は、古地図に記された洞窟の奥でついに宝物を見つける。宝物の正体はふくろさげという古代の妖怪で、人間の願いを叶える不思議な力を持っていた。二人組はふくろさげを利用して大金持ちになるだけでは飽きたらず、妖怪エネルギーを吸収させて願いを叶える力を強化しようと、ねずみ男を利用して鬼太郎を誘き寄せる。

凸凹製薬の社長は息子の凡太が平凡過ぎることに悩んでいた。それを聞いたねずみ男は、妖怪バリバリの卵を凡太に飲ませようと社長のもとを訪れた。バリバリは人間の体の中に入ると、その人を非凡な性格にするのだという。卵を飲んだ凡太はたちまち非凡な人間になり、見違えるようにバリバリと働き始めた。ところが凡太は非凡なあまりとてつもないことを言い出して、社長をますます困惑させてゆく。

公園の噴水が意思を持った生物のように動きだし、人間を飲み込むという事件が起きた。犯人は水神使いと名乗る奇怪な男で、水神を持ち去った深谷という男を捜していた。全滅したヒマラヤ遠征隊の生き残りである深谷は、水神が液体生物と見抜き、研究のために持ち帰ったまま行方をくらましていたのだ。鬼太郎は水神使いに立ち向かうが、犠牲者は一人、また一人と増えてゆく…。

開拓村の幸吉が鬼太郎の元に駆け込んで来た。母親の葬式に恐ろしい妖怪が現れ、遺体を強奪されてしまったのだという。妖怪の名は火車といって、あの世でも５本の指に入る強者だ。目玉おやじは息子の身をおもんばかって戦いを止めるが、幸吉を不憫に思う鬼太郎は火車に戦いを挑む。迎え撃つ火車は、地獄の秘術を使って鬼太郎と自分の魂を入れ替えると、駆けつけた目玉おやじまで餅に入れて喰らおうとする！

傘ばけが鬼太郎にちゃんちゃんこを貸せと言ってきた。鬼太郎は断るが、わがままな傘ばけは暴れ出して無理やり奪い取ってゆく。金持ちの人間の生活に憧れていた彼は、ちゃんちゃんこを身に着けると、子供の姿に化けて資産家の屋敷に忍び込む。実は一連の騒動、すべてねずみ男の念の入った作戦だった。またも悪辣な金もうけを企んでいたのだ。鬼太郎は傘ばけにリターンマッチを挑むが…。

山に静養に来ていた鬼太郎ファミリー。そこには西洋の吸血鬼・ピーと妻のモンローも訪れていた。ピーはねずみ男を吸血鬼に変えると、付近の村を襲わせて村人も次々に吸血鬼に変えてゆく。異変に気付いた鬼太郎だが、彼自身もピーの毒牙にかかって吸血鬼にされてしまう。状況は絶望的で、もはや万策尽きたかに見えた。残された手段はただ一つ、時間を自由に往き来できるというまぼろしの汽車を呼び寄せるしかない。

将来を有望視された若者たちが何の前触れもなく死んでしまう奇病が世間を震撼させていた。名付けてポックリ病。誰にも何も期待されていないねずみ男までポックリ病で死んでしまうに及び、鬼太郎は背後に黒幕の妖怪がいるのではと疑念を抱く。案の定、ポックリ病の流行は大首と骨女の仕業だった。大首はいきのいい霊魂、骨女は骨を手に入れようとしていたのだ。それを知った鬼太郎は…。

夏夫と春子という兄妹が道に迷った山奥で仮死状態の男を発見した。その男は200年前に眠りについた妖怪・いやみだった。いやみが人間の「楽しみ」を吸い取ったせいで、人々は無気力になり、町は死んだようになってしまう。鬼太郎はいやみに戦いを挑むが、色気の術に冒されて、まるで役に立たないふぬけになってしまう。鬼太郎は元に戻って人々を救うことが出来るのだろうか？

ある日、ねずみ男はゴミ集積場で、知力の異常に発達したチエバエのブンタと出会った。ブンタが言うには、今や様々なゴミが大量に集まりすぎたせいで、想像もつかない化学変化が起き始めているという。彼が危惧した通り、間もなく巨大なあかなめが出現。ゴミだけでなく駆けつけた機動隊の戦車までも吸収し、巨大化して暴れ始める。鬼太郎父子が説得に向かうが、彼らまでアカナメの犠牲になってしまう！

福島県に巨大な目玉が出現した。続いて鼻、口、手足と、巨大な人体のパーツが全国各地に次々と出現する。それらは遙かな昔に強大な力を奮った、ダイダラボッチという巨人の肉体を形作るものだった。各地に封印されていたものを、ダイダラ教という宗教の信者が覚醒させてまわっていたのだ。やがて九州の山岳地帯で合体したダイダラボッチは、鹿児島県を喰らい、日本全土を食べ尽くすと宣言する！

ねずみ男の前に、生き別れた兄と名乗る男が現れた。実はこの男、地獄から来た死神だった。ねずみ男を騙して利用し、邪魔者である鬼太郎を抹殺しようと企んでいたのだ。ねずみ男はまんまと口車に乗せられ、死神の陰謀に加担。死神は手始めに目玉おやじを大砲で宇宙に打ち上げ、鬼太郎のもとに彼の亡き母親に化けた魔女を送り込む。すっかり騙された鬼太郎に、魔女は毒入りジュースを飲ませようと試みる。

凶暴な妖怪・赤舌が出現した。赤舌は骨女を配下にすると、自分を地下に封じ込めた人間への復讐を開始する。まずは最大の邪魔者である鬼太郎に挑戦すると、砂かけ婆たちと一緒に呑み込み、水分を吸い尽くして吐き出す。これによって、鬼太郎たちはまるで一個の石のようになってしまう。難を逃れたのは目玉おやじのみ。おやじは孤立無援の苦境を乗り切ることが出来るのだろうか？

山の中で工事に取りかかった作業員たちが、止める声も聞かず、妖怪・目目連が棲むという民家を取り壊した。その夜、工事長が布団の中で謎の死を遂げる。住み処を失った目目連の仕業だ。鬼太郎が事件を知って乗り出してくるが、ねずみ男の裏切りに遭い、目目連によって石のように固められてしまう。目目連の正体は光の粒の集合体。目玉おやじは虫メガネを利用した秘策を提案する。

銀太少年は両親を亡くし、左腕も事故で失ってしまった不幸な少年だった。ある時、古寺の住人に代わりの腕を付けてもらったところ、その腕が自分の意思に反して悪さを始めた。古寺の住人とは、休暇を利用して来日していた悪魔・ブエルだった。人間の腕をすげ替えることによって困らせて遊んでいたのだ。ブエルは悪魔50個軍団を率いる大物。さすがの鬼太郎も歯が立たず…。

永島幸一という男が、鬼太郎を頼って妖怪ハウスを訪ねて来た。ある日突然全身に激痛が走るようになり、医者に診てもらっても原因がわからないのだという。鬼太郎は何とかしてあげようと、予知本能を持つ妖怪・サトリを訪ねて教えを請う。永島の痛みは周囲から受ける妬みの視線によるものと判明するが、実はこのサトリ、死神と手を組んで鬼太郎抹殺の陰謀を企んでいた。

占い師の福島は商売敵を罵倒した挙げ句、殴り殺して逃走した。父の日記を読んだ彼は、イースター島の地獄の使者に会えば魔法の奥義を得られることを知り、商売繁盛を目指して現地へ向かう。到着した福島を出迎えたのは鬼太郎とねずみ男。卑劣極まりない福島に報いを与えようと待ち受けていたのだ。そして福島は、ララク山で地獄の使者・アクアクと出会う…。

ある晩のこと、金太少年は父が買った古い洋館に潜り込んだ。その家は近所でも評判の幽霊屋敷。強情な金太は、幽霊や妖怪など存在しないことを証明してみせると意気込んでいた。だが、その家には妖怪・影女が棲みついていた。影女の姿を見てしまった金太は、つきまとわれた挙げ句、霊石を食べさせられて生きながら幽霊にされてしまう。一方、金太の母親から頼まれて行方を捜していた鬼太郎は…。

安井という大金持ちが鬼太郎に相談を持ちかけてきた。彼が財を為したのには、ある理由があった。ふとしたきっかけで魑魅魍魎の世界に迷い込み、そこで地相を知ることができる地相眼という秘宝を手に入れたのだ。時が経ち、地相眼は新しく作り替える必要に迫られていた。安井はそのために息子の安男を犠牲にするか、自らの命と財産を差し出すか、化けミミズから選択を迫られていたのだ。

鬼太郎は少年を連れ去ろうとしている死神を発見し、これを阻止した。死神はかくれ座頭と称する男に頼まれて誘拐を目論んだと告白。鬼太郎は自らを囮にして、かくれ座頭の棲む“隠れ里”に潜り込む。隠れ里は時間の概念がない異世界で、修行を積んだかくれ座頭にしか見えない“時の橋”を渡ることでしか往き来できない。そしてそこには、大昔にさらわれて来た子供たちが帰ることもできずにとどまっていた…。

友吉少年は両親が海で行方不明になったせいで、一人きりの淋しい生活を送っていた。彼の村では、海で死んだまま葬られずにいる死者は猛霊八惨になると言い伝えられている。友吉はその八惨の主の姿を見てしまい、とり殺されそうになってしまう。しかし、八惨となっていた両親に危ういところを救われ、霊界船で逃がされる。鬼太郎は友吉を救うために、八惨の主に戦いを挑む！

立ちこめるスモッグをひと息で吹き飛ばし、巨人・原始さんが現れた。政府や官僚たちが騒いでいる間に、原始さんの力によって都会はみるみる自然を取り戻してゆく。原始さんは人間が真に住みやすい世界を作り出そうとしていたのだ。鬼太郎も原始さんの存在自体が自然の防衛本能の一つだと知って、手出しを止めて静観する。ところが官僚や事業家などは、都会が緑に戻るのを快く思わず…。

どこまでも美しくなりたいと願う月子は、整形手術を際限なく繰り返していた。月子に夢中な三吉は、お世辞にも美男とは言えなかった。月子は三吉の見た目が醜いというだけで、虫けらのように忌み嫌う。そこで三吉は、人間の顔の皮を剥ぐ妖怪・ズンベラの“霊形手術”を受け、全く新しい顔になって月子に求婚する。しかし月子はそれを無視し、自分も霊形手術を受けたいとズンベラのもとに足を運ぶ…。

しばらく姿を消していた死神が、またもや人間の世界に姿を現した。貧乏神と手を組んだ死神は、シンシン工業の軽薄な若社長に取り入って新製品を発売させる。“ゆりかごから墓場まで”という、１台の制作費が８千万円という夢の自動車だ。ところが新作発表の日、試乗した男が記者団の目前で生きながら火に焼かれる事故が発生する。それが死神と貧乏神の仕組んだ陰謀だと見抜いた鬼太郎は…。

とある農村にはタイタン坊という妖怪をまつる守護石があった。科学者の中村と山田はそれを隕石とみて、一部を叩き割って持ち帰る。その日から恐ろしい祟りが起こり始める。鬼太郎はタイタン坊の怒りを鎮めるため、中村たちに石を返すよう説得に向かうが、功名心に憑かれた中村は聞く耳を持たない。そのうちに、祟りは二人の身にも及び始める。山田の肉体が少しずつ崩壊し始めたのだ…。

エリート研究者の菅原と内田は、マヤ文明の遺産が隠されているという雨神ユムチャックの泉を探していた。二人は鬼太郎を騙して協力させて調査に向かう。莫大な財宝と名誉が目当てだ。ところが菅原は現地の美しい娘・カルメンに惚れ込み、ユムチャックの生け贄にされる彼女と運命を共にすることを決意する。神殿の奥深くに進んだ二人を待ち受けていたものは…？

死神はノルマの数だけ魂を集められず、地獄に帰れずにいた。そんな彼の前に、アラビアのエリート死神・パシャが現れる。パシャは無料ツアーを企画して人を集め、事故を起こして一気に大量の魂を獲得しようと提案。しかし、自ら人を殺めるのは死神界のタブーだ。更にパシャは、すべての罪を死神になすりつけ、自分は魂だけ奪って逃れようと企んでいた。