メジャーリーグでも活躍したプロ野球選手を父に持つ主人公・茂野大吾は中学２年生。幼なじみで少年野球時代からのチームメイトである佐倉睦子とともに私立風林中に通う。野球部に所属する大吾と睦子だったが、部員はわずか６名、睦子を含めた４人が女子だ。新１年生を迎える４月、キャプテンの大吾はメンバー不足を補うため、新入生の勧誘に意欲をみせる。そのころ、入学式ではスポーツ推薦の１年生が顔をそろえていて…。

部員わずか６人だった風林中の野球部に、強豪少年野球チーム南陽ライオンズ出身の仁科たち５人の新１年生が加わり、上級生の大吾たちは気を引き締めて朝練習のグラウンドへ向かう。ところが、仁科たち１年生は、南陽時代の恩師であり、風林中野球部の新監督に就任予定の国友監督が着任するまでは練習に参加する気はない、と反発する。そんな大吾たちのところへ、顧問の山口先生が「話がある」とやってきて…！？

新監督の就任が取り消されたことで、１年生男子４人はシニアリーグに進み、風林中野球部の新戦力は、男子でひとり残された仁科に名門横浜リトル出身のアニータ＆千里を加え、結局３人だけとなった。こうしてギリギリ９人がそろった矢先、２週間後に公式戦が控えていることが判明する。キャッチャーのアニータはさっそくの実戦ということで鼻息もあらく、投手陣が仁科と睦子だけでは心もとない、と大吾にくってかかる。

風林中野球部が県大会の初戦を迎える朝、大吾の父・吾郎は、大リーグ時代のチームメイトでもあり、小学生時代の大吾に野球の基礎を教え込んでくれた盟友・佐藤寿也と電話で語り合っていた。お互い近況を伝え合いながらも、風林中の初戦を気にかける寿也。そんな寿也に吾郎は、思わぬ形で１年生にしてキャプテンを担うことになった大吾の半年間の奮闘を思い浮かべ、「大吾ならやるさ」と力強く言い切るのだった。

新生・風林中野球部の大会初戦の相手は五木（いつき）中学校。五木中のエース、横内はグラウンドに出てきた風林中のメンバーがわずか９人で、女子が６人もいることに驚く。「女子ばかりの相手になぜエースの自分が先発しなければいけないのか」と不満を隠せない横内は、トップバッターの千里と対決する。一方、風林中の先発・睦子は初めての公式戦の登板とあって、気持ちを引き締めてマウンドへと向かうのだが…。

地区予選の一回戦、風林中は初回に幸先よく３点を先取したが、五木中の先発・横内が封印していた変化球・スライダーをまじえてきたことで、打線は徐々に抑え込まれていった。風林中の先発・睦子も変化球を丁寧に投げ込み、なんとか五木打線をかわしていく。ロースコアの接戦を覚悟する大吾は、風林守備陣のほころびを懸念するが、その矢先、ファーストの３年生・丹波がなんでもないゴロを取り損ねてしまう。

風林中の次戦の相手は、大吾たちの小学生時代のチームメイトであった卜部（うらべ）とアンディを擁する清和（せいわ）中学校に決まった。初戦で１１もの盗塁を記録し、コールド勝ちした清和中の機動力を目の当たりにした大吾やアニータは、盗塁対策の必要性を痛感する。そこで、初戦を終えたばかりの野球部メンバーをふたたび学校に集め、ピッチャーの睦子が相手ランナーを抑えるための特訓に取りかかるのだった。

盗塁やバントなど脅威の機動力を誇る清和中を封じるため、ピッチャー睦子を中心にランナーへの牽制（けんせい）を入念に準備し、大吾たちは二回戦に臨む。「序盤から清和中が無謀に仕掛けてくることはない」と予測する大吾だったが、清和中のトップバッター森口がいきなり出塁。さっそく風林バッテリーに揺さぶりをかけてくる。動揺する睦子にハッパをかけるキャッチャーのアニータも、いつしか平常心を失って…。

地区予選の二回戦。清和中の機動力を警戒するあまり周りが見えなくなっていたキャッチャーのアニータは、ライトの仁科にいくつかのミスをズバリと指摘され、言葉に詰まる。小学生時代に所属していた名門・横浜リトルでも、キャッチャーのポジションをめぐり苦い思い出を抱えていたアニータ。自らがキャッチャー失格なのではないかと、試合中にもかかわらず意気消沈し、大吾にキャッチャー交代を申し出るのだった。

アニータの一発で同点に追いついた風林中だったが、終盤の６回表、清和中に長打を浴び、勝ち越しを許してしまう。さらにそのクロスプレーでキャッチャーのアニータは手首を負傷。レフトの大吾がマスクをかぶることになる。一・三塁にランナーをかかえ、さらなる失点のピンチで打席に迎えるのは、清和中の四番アンディ。強打を誇るかつてのチームメイトを相手に、大吾と睦子のバッテリーが選んだ作戦とは!?

地区予選二回戦はついに最終回へ！７回表、清和中に追加点を許し、さらにリードを広げられるが、緊急登板した仁科が連続三振を奪い、風林中はなんとかピンチを切り抜ける。そして７回裏、風林中の最後の攻撃は３番の沢から始まる上位打線。だが、４番のアニータは右手首を負傷したばかり…。卜部とアンディの清和バッテリーは、そんなアニータの弱点である内角を厳しく攻め立てるのだった。

大吾の劇的なサヨナラヒットで、旧友の卜部＆アンディを擁する難敵・清和中を破り、地区大会準決勝に駒を進めた風林中。激戦の疲れも引きずったまま、他校の試合を偵察する風林メンバーだったが、太鳳と弥生はそそくさと球場を後にしてしまう…。横浜リトル時代から太鳳と弥生の後輩だったアニータは、憧れていた先輩ふたりの淡白な行動が気になりながらも、足早に自らのケガの治療に向かう-。

前日からの雨が上がりきらないまま、地区大会の準決勝、柳川（やながわ）中学校との対戦をむかえる。連戦のなか、負傷のアニータは６番に下がり、４番大吾、５番仁科とオーダーを組み替えて臨む風林中だが、先発ピッチャーには引き続き睦子が起用される。てっきり千里が先発に抜擢されると予想していた睦子は戸惑いをみせるが、初戦からの成長ぶりを実感する大吾はそんな睦子を力強く励ますのだった。

関鳥の豪快な満塁ホームランで準決勝を制した風林中は、連戦となる午後からの決勝戦に向けて慌ただしく準備を始める。一方の準決勝である、英邦学院（えいほうがくいん）と大尾（おおび）中学校の対戦の偵察を睦子たちに任せ、決勝で先発する仁科の投球練習に付き合う大吾。しかし、英邦と大尾の試合が思わぬ展開になり、急きょスタンドに呼び出された大吾は、大尾中の顔ぶれに衝撃を受ける。

部員９人で勝ち上がってきた風林中と、名門・横浜シニア勢をそろえた大尾中との地区大会決勝がついにプレーボール！ともに左利きの眉村道塁（みちる）がショート、出光がセカンドという布陣を目の当たりにした大吾は、先発世古、キャッチャー魚住とシニア出身者でセンターラインを固める大尾中の意図に気づく。そして、風林中のトップバッター千里の打球がさっそくショートの道塁を襲うが…。

眉村道塁ら強力メンバーを擁する大尾中との決勝戦。風林中先発の仁科は序盤から力投を続けるものの、スタミナ切れと守備の乱れで３回裏に５点を失ってしまう。仁科の続投をあきらめ、４回から急きょ風林マウンドを引き継いだのは、センターの千里。横浜リトル時代に投手経験のある千里だが、中学では初めての実戦登板となる。父・藤井もスタンドから興奮して見守るなか、マイペースの千里はどんな投球を見せるのか…！？

ノーヒットに抑えられていた風林中は、５回表に大尾中の二番手ピッチャー・出光を攻め、千里のタイムリーなどで２点を返す。だが、大尾中はリリーフに眉村道塁を投入、太鳳をショートゴロに打ち取って逃げ切りを図る。４回から登板し、意外な（？）好投をみせた千里だったが、２イニング目に突入した５回裏に早くもスタミナ不足から握力を失ってしまう。連投制限で睦子も登板できないなか、マウンドに立つのはいったい…？

千里のあとを受けて緊急登板した弥生が大尾打線を抑え込むものの、風林中の反撃も封じられ、地区大会決勝は大尾中３点リードのまま最終回に突入する。絶体絶命の７回表、風林中はツーアウトながら、一・三塁の最後のチャンス！トップバッターの千里は粘り強くフォアボールを選び、二死満塁と大尾中の道塁にプレッシャーを与える。そして、前の打席でショートゴロに封じられた２番の太鳳へと打順がまわる。

風林中の起死回生の逆転劇、そして、ヒジの故障を乗り越えて力投する弥生に襲いかかる大尾中の強力打線！大吾率いる風林中と大尾中との決勝戦は劇的な幕切れを迎える-。そんな激闘を終え、自宅に戻った大吾は気力と体力を使い果たし、消耗しきっていた。精魂尽き果てた様子の大吾だったが、机の上に一枚の紙を見つけ、目の色を変える。それは、大尾中との死闘をスタンドから見届けた父・吾郎からの書き置きだった。

季節は秋を迎えた。夏の大会を終えた風林中野球部は、最上級生だった丹波が引退し、新たなチーム作りを迫られる。とはいえ、残る部員はわずか８人だけ。そのため、週末の練習試合には引退した丹波に助っ人を頼み、どうにかこうにか９人での活動を続けていた。部員不足を解消しようと、在校生から野球部の新しい部員を募ることを考える大吾たち。 そうしたなか、1年生の千里には新しいメンバー勧誘のアテがあるという…!?

ふたたび部員不足に見舞われた風林中。大吾は野球経験のある千里の姉・千代に声をかけたものの、あっさりと断られてしまう。推薦入学組のショート・千葉が加わったことで、かろうじて９人目の部員を確保することができたが、アニータや千里は、千代の加入をあきらめてはいなかった。そんなある日、仁科の下駄箱にアニータから意味ありげな手紙が届く。期待しながら（？）放課後の中庭に向かった仁科だったが…。

強豪・辻󠄀堂（つじどう）学園中学校との待望の練習試合が実現した風林中は、入院した千葉に代わり、マネージャー志望の千代をスタメンに組み込み、なんとか試合開始を迎える。ところが、女子が７人ということで、初回から１０点ものハンデが与えられ、大吾も悔しさを隠せない。そんな辻堂中を見返すべく、初回から弥生や太鳳が好守を連発、そして、打席に立った大吾やアニータも相手先発・岡をとらえて打ち崩してゆく。

アニータのホームランや、この日がデビューの千代にもヒットが生まれ、強豪の辻堂中を一気に引き離した風林中。しかし、辻堂の二番手に登板した１年生投手・マリオの豪速球と大きく変化する「マリオボール」に追撃を封じられる。先発の睦子は、このままリードを守ってコールド勝ちに持ち込むことを狙うが、３回裏、辻堂中はマリオのツーベースをきっかけに攻勢に出る。さらにレフトを守る千代の前にも打球が飛んできて…!?

練習試合に臨み、辻堂中を大量リードしていた風林中だったが、本来の主力である辻堂Ａ組メンバーが登場したことで、一気にリードを詰められてしまう。さらに辻堂のキャッチャーとして、大吾や睦子の小学校時代のチームメイトだった坂口光（佐藤光）が姿をあらわし、大吾たちは驚きを隠せない。元メジャーリーガーである父親の寿也と同じキャッチャーをつとめるという光。はたしてその実力はどれほどのものなのか…？

風林中野球部は辻堂中に屈辱的な敗戦を喫した。男子との差を突きつけられ、吹っ切れたような弥生や太鳳。リベンジを誓い、より一層練習に打ち込もうとする仁科やアニータ。ピッチャーとしての自信を打ち砕かれた睦子。そして、再会した光にやりこめられ、意気消沈の大吾。そんな仲間たちを見つめるしかない関鳥や千代に、やっぱりマイペースの千里…。すっかりバラバラになった風林ナインを再びつなぎとめるものとは…？