会社の新社長から、重大な任務を任せられたボス・ベイビー。ティムの元気なおばあさんがとまりに来たせいで、兄弟は同じ部屋で過ごすルームメイトに。

お年寄りとの戦争が、ついに開始。ボス・ベイビーたちの標的は、フレデリック・エスティス。ティムは、自分の会社、ビッグ・キッズ株式会社を始める。

におい消し薬の作り方が分かったと思ったら、まちがえてくさくなる薬が出来てしまった。ティムと協力して、くさくなった赤ちゃんのにおいを消そう!

赤ちゃんたちが図書館で絵本のお話会を楽しんでいると、フレデリック・エスティスと仲間たちが乗りこんできた。お年寄りから図書館を取りもどせ!

都市伝説のこわいかいぶつと、子ワンコ商事の伝説のスパイ"パグ犬バグ"。あらしの夜に、ティムとボス・ベイビーに2つのきょうふがおそいかかる…。

ボス・ベイビーが、子ワンコ商事に秘密をもらした裏切り者!? にげ出して無実を証明しようとするボス・ベイビーの前に、あのライバルが立ちはだかる。

マリソルはベビーシッターだったのに、お年寄りたちの世話に大いそがし。マリソルを取りもどすため、ボス・ベイビーとティムは協力して作戦を始める。

長老たちの連合が発売したフワフワのぬいぐるみが、赤ちゃんたちに大人気。みんなはぬいぐるみに夢中になるけれど、ちょっと夢中になりすぎかも。

ジジにトイレトレーニングをしてもらうボス・ベイビーが丸はだかで歩き回り、ティムはうんざり。ボス・ベイビーにオムツをはかせる方法を考えよう。

テンプルトン家の男たちは、"男の週末"でキャンプヘ出発。その間ボスになったジンボはステイシーと協力し、行方不明の毛布を持ち主に返す任務へ。

もうすぐ夏休みが終わるのに、ティムはパパとママに言われてピアノを習うことに。何かがおかしいけれど、もしかしてフレデリック・エスティスの仕業?

におい消し薬がぬすまれ、ベイビー株式会社は大ピンチ。タートルネック・スーパースター社長ベイビーは、5時までに薬を作るよう全社員に命令する。

ティムが見つけたトラブルを大チャンスだと喜ぶ、社長になったボス・ベイビー。リーダーシップを見せて社員の忠誠心を手に入れると張り切るけれど…。