パディントンたちがスライム作りに挑戦することに、ブラウン氏は猛反対。でも、ビジネス雑誌の撮影があるため、家を汚さないならと条件付きで許可します。ところが、スライム作りは大失敗！家の中は大変なことに。ブラウン氏が帰る前に必死で掃除したものの、最後に思わぬハプニングが。果たして撮影は無事に終わるのか、そして、ブラウン氏の髪型はどうなったのか…？

カリーさんは公園の池で怪物を見たと大騒ぎしますが、大人たちは誰も信じてくれません。唯一信じてくれたのはパディントンとジョナサン。３人は怪物を捕まえるために協力し、いろいろな方法でおびき寄せようとします。ついにボートに乗って池に乗り出し、怪物を捕まえることに成功！しかし、それは予想外のものだったのです。

本の日のイベントで、ブラウン一家はお気に入りの本のキャラクターに仮装します。パディントンは三銃士に仮装しますが、マテオは好きな本がなく、参加できないと思っていました。そこで、パディントンが自分の『三銃士』を貸してあげると、マテオはすっかりその本に夢中に。すると、ブラウンさんとカリーさんも加わり、四銃士に仮装してイベントに参加することに。

ペルーでは「おばさんの日」がもうすぐ。パディントンはルーシーおばさんにカードを送るため、今日の郵便で出さなければなりません。しかし、大事な鉛筆がなくなってしまい、特別なカードが作れなくなってしまいます。バードさんやトック、ジョナサンもそれぞれ大切な物を家の中でなくしていました。みんなでブラックホールがソファーの下にあると考え、パディントンが飛び込んで物を回収します。

ジュディたちが旅行に行って寂しいパディントンは、ロボットの友だちを作ることにします。空き箱や缶で作った〝パディントロン〟は動きませんが、ブラウンさんが中に入って動かすと、パディントンはロボットが動いていると思い込みます。ブラウンさんはパディントロンになりきって、パディントンと楽しい時間を過ごします。帰宅後、パディントンはブラウンさんの優しさに感謝。さらに、バードさんが本物のパディントロンを作ると…

今日は珍しい日食が見られるとあって、ブラウン一家やトックも楽しみにしていました。しかし、日食用のメガネが全部壊れてしまいます。パディントンは急いでトックと一緒に公会堂へ向かいますが、残っていたメガネは1つだけで、帰り道にはそれも壊れてしまいました。日食を見る方法がなくなってしまったと思いきや、パディントンはもらった説明書を思い出します。そこにはピンホールカメラを使って日食を見る方法が書かれていたのです。

ブラウン家は海のそばのキャンプ場に出かけました。ブラウン氏はキャンプを楽しみにしていたものの、灯台守のシャンティーに大きな音を出さないよう注意されたり、人形劇に間に合わなかったり、食料を忘れてしまったりでうまくいきませんでした。落ち込んでいたブラウン氏でしたが、バードさんに「素敵なキャンプ場で家族がいればそれでじゅうぶん」と言われ、元気を取り戻してギターを弾きます。すると、鳥たちが集まってきて、シャンティーは感激。その後、カリーさんが忘れ物の食料を届けてくれ、みんなでキャンプファイヤーを囲み、楽しいひとときを過ごしました。

キャンプ中のブラウン一家がビーチで楽しく過ごしていると、パディントンとジョナサンはライフガードのテイラーに誘われ、洞窟に閉じ込められたイルカを発見します。満潮時に迷い込み、出られなくなっていたのです。ブラウン一家とテイラー、シャンティーは協力して海水を運び、水位を上げますが、イルカはジャンプして外に出るのが怖い様子。そこでパディントンは、ミセス・ブラウンのバイオリンの音がイルカの鳴き声に似ていることに気付き、音を聞かせる作戦を思いつきます。

パディントンたちはフィッシュ・アンド・チップスを買いに行くと、ポテトフライを狙うカモメに囲まれてしまいました。ジョナサンはあきらめてしまいますが、パディントンはあたたかいうちに家族に届けるため、あらゆる方法を試すことを決心します。包みの中身を砂にすり替えてカモメたちをだます作戦をとりますが、カモメたちはすぐに気づき、追いかけてきます。そこで、ブラウン氏が勇気を出して助けてくれました。

今日はキャンプ場にマテオが遊びに来て、子どもたちはシャンティーから海賊の話を聞き、近くの海に沈んだという宝物を探しに行くことにしました。パディントンたちとジュディたちの２組に分かれて競うことにしたのですが、パディントンとジョナサンは洞窟で宝物の地図を見つけます。ジョナサンは地図のことをジュディたちに秘密にしようとしますが、ジュディとマテオはそのことを知って、宝箱を見つけます。ジョナサンとパディントンは反省し、みんなで仲良く宝物を分け合うことに。しかし、宝箱の中身は思いがけないものだったのです。

パディントンたちが映画ナイトを楽しんでいると、うみどりのパフィンのヒナが迷子になって現れました。ヒナは海に向かうつもりが、映画のスクリーンの光を月と間違えてしまったのです。みんなで協力して迷子のヒナを探し、夜のビーチへ連れて行くものの、雲に隠れて月が見えません。ヒナたちはどちらへ行けばいいか分からなくなってしまいました。そこでパディントンは、光る藻の輝きを使ってヒナたちを無事に初飛行へと導きました。

パディントンは初めてビーチ・パーティーに招待されましたが、パーティーの朝、ビーチに行くと砂浜はゴミだらけでした。強風でゴミが飛ばされたようです。シャンティーの呼びかけで、パディントン、ジュディ、ジョナサンの3人はゴミ拾いを始めましたが、カモメに邪魔されたり、お掃除ロボットの騒ぎでなかなか進みません。もうパーティーは無理だと思ったその時、パディントンが思いつきます。みんなで早く集まってゴミ拾いをすると、ビーチはあっという間にきれいに。パーティーは予定通り大盛り上がりとなりました。

パディントンたちはスーパーフード入りのケーキを食べて、スーパーパワーがついたと信じて町へ出かけます。すると、公会堂の看板が落ち、人々が中に閉じ込められているのを見つけます。さっそく助けようとするものの、重い看板はびくともせず、バードさんからスーパーパワーがないことを教えられます。落ち込んだ３人は、ふと思いついて「てこの原理」を使い、無事に人々を救い出すことに成功します。そのとき、パディントンは力を尽くして人を助けることが何より大切だと気づくのでした。

ジュディとジョナサンは大好きな漫画『スーパーパパ』のヒーローを真似して、パパにもヒーローになってほしいと思っていました。それを知ったミスター・ブラウンは、ヒーローになるために挑戦を始めますが、何をしても上手くいきません。そんなとき、パディントンが木の枝から落ちそうになり、ミスター・ブラウンはとっさに駆け寄って受け止めます。特別なことをしなくても、パパがパディントンを守ったことで、子どもたちはそのままのパパが大好きだと感じるのでした。

今夜は公園の島でレンジャー・キャンプ。みんなが楽しみにしている中、シェルター作りが苦手なジュディはちょっと不安そう。ところが、雨が降り出して他のレンジャーたちは上手くシェルターを作れません。雨がどんどん強くなり、みんなが困っている中、ジュディは不安を乗り越えて、一人で素晴らしいシェルターを作り上げます。パディントンは、どんな時でも勇気を持って一歩踏み出すことが大切だと感じるのでした。

以前、パディントンとバードさんが作ったロボット、パディントロンがブラウン家の一員になりました。ある日、パディントンと一緒にソフィアへのマーマレードパンを作ることになり、それがきっかけでパディントロンは感情に興味を持ちます。嬉しいことや悲しいこと、怖いことなど、いろいろな感情を学びながら成長していきます。公園で初めて犬のラッキーに会った時、怖くて木に逃げてしまいますが、ラッキーが危険な目に遭うと、勇気を出して助けに行きます。

マーマレード・サンドが届いたり、壊れたおもちゃが知らないうちに直っていたり、嬉しいことが続いて驚くパディントンたち。こっそり親切をしてくれる謎のヒーローを突き止めようと決め、調べ始めます。しかし、調査をやめさせようとする謎のヒーローに水風船を投げられてしまいます。追いかけると、現れたのはなんとトック。彼は、母親のネックレスを直して喜ばれたことが嬉しくて、町のみんなにも親切にしたかったと言います。

ウィンザーガーデンの人たちが公園に「ヒーローの壁」を作り、町のみんなが自分の好きなヒーローの絵や写真を飾ることになりました。パディントンは大好きなクマのヒーローが３頭もいるので、なかなか１頭に決められません。ジュディはヒーロー・テストを提案し、いくつか質問をしますが、決まりません。町を回りながらパディントンが思いついた質問は、「あなたのヒーローはあなたの世界をもっと良くしてくれますか？」というものでした。

パディントンたちが公会堂でハロウィーンの劇の練習をしていると、舞台装置に奇妙なトラブルが続きます。すると、ハロウィーンの劇が呪われているという噂を耳にします。その呪いは、かつて主役を演じられなかったフリーマンさんがかけたものだと言います。すると、主役のカリーさんが帰ってしまい、中止になるかと思われましたが、ミセス・ブラウンが代役を務め、劇は大成功に終わります。帰り際、フリーマンさんが実はミセス・ブラウンの祖母だと判明し、驚きの事実が明かされるのでした。

今日はテイラーの誕生日だと知ったパディントンたち。でも、プレゼントは何も用意していません。テイラーはプレゼントがなくても平気だと言いますが、少し寂しそうです。それを見たトックは急いでプレゼントを用意すると言い、パディントンと一緒に音楽好きなテイラーにぴったりのプレゼントを探し始めます。レモネード屋さんを開いてお金を集めますが、ウクレレを買えるほどは集まりません。そこで、みんなで考えた素敵なプレゼントがテイラーを感動させます。

今日はアースデー、地球を守るために行動する日です。バーズさんに代わって、パディントンが苗木を植えることになり、テレサという名前をつけたナラの苗木を植える場所を探し始めます。しかし、なかなかぴったりの場所が見つかりません。あきらめかけたその時、ミセス・ブラウンに見せてもらった古い写真を思い出します。そこには、大きなナラの木があった頃の公園の丘が写っていました。パディントンは、その丘にテレサを植えることに決めます。

ペルーからルーシーおばさんがウィンザーガーデンにやってきました。ジュディたちはパディントンを驚かそうと、ルーシーが到着するまで内緒にしていましたが、ジョナサンがうっかり話してしまい、パディントンにはバレてしまいます。一方、ルーシーは道案内をしてくれたハトントンと一緒にブラウン家を目指しますが、カリーに勘違いされて歓迎会を開かれ、なかなか家にたどり着けません。心配したパディントンがカリーにルーシーを見かけなかったか聞くと、思いがけずルーシーに出会います。二人は抱き合って喜びました。

パディントンたちの冒険クラブにルーシーおばさんが加入し、さっそく冒険に出発しました。公会堂に展示されていたルビーが盗まれたことを知り、ルーシーおばさんに引っ張られて宝石泥棒を追跡することに。おばさんは現場に残された鳥の羽根や接着剤を手がかりに調査を進め、ウェルズ巡査の帽子の中にルビーが隠されていることを突き止めます。接着剤が強力すぎて、バッジと一緒にルビーまでくっついてしまったのです。事件を見事に解決し、ルーシーおばさんは楽しい思い出ができたと喜びました。

今夜はイングランド対ペルーのサッカーの試合があり、ブラウン一家もルーシーおばさんも朝からその話題で盛り上がっていました。みんなそれぞれ自分の地元のチームを応援していましたが、ペルーで生まれイギリスに住むパディントンは、どっちを応援するか決められませんでした。結局、両方のチームを応援することに。ところが、テレビのリモコンを奪い合ったせいで、テレビで試合を見られなくなってしまいました。代わりにラジオで試合を聴き、引き分けの結果に大満足。その後、みんなで庭に出て、カリーさんのノームを使ってサッカーを楽しみました。