悪の組織ヒドラを壊滅せよ！囚われた少年戦士たちを救うべく、強大なヒドラ軍が待ち受ける敵基地へと向かうアベンジャーズ。ヒーロー対ヴィランの激しい戦いが今、始まる！

襲い掛かるヒドラ軍を圧倒的な力で倒していくアベンジャーズ。だが、遂に登場した首領のレッド・スカルのアーマーが繰り出す強力な攻撃の前に次々にねじ伏せられていく。

レッド・スカルをラフト刑務所に移送中、アベンジャーズが護衛する車両が何者かに狙撃される。アイアンマンは狙撃手の居場所を割り出し、謎の男と遭遇。その正体は・・・。

アベンジャーズに弟子入りしたマコトたち。だが、勉強三昧の毎日や約束されていたヒーローコスチュームをもらえなかったりでヘソを曲げ、ついに三人揃って家出を実行する。

ソーとともに地球最後の秘境都市クン・ルンに向かったマコト達は武術の達人アイアンフィストの特訓を受けるが、平穏な時を壊すようにクン・ルンが強大な敵に襲われる。

トニーの過去とアイアンマン誕生秘話を知ることとなるマコトたち。そんな時、正体不明の敵が突然現れ街を襲撃、名指しでトニーに宣戦布告する！

アベンジャーズがミッションで出撃の中、アベンジャーズ・タワーの留守番を任されたマコトたち。そんな時、タワーにまさかの侵入者が！そいつの名はデッドプール・・・。

マコトたちが離れて廃墟となったヒドラ島の上空に謎の球体が出現。それを迎えるべく待ち構えるヴィランたち。球体が着陸すると、中から姿を現したのはなんと・・・。

ヒドラ島の大爆発で消息不明となったアベンジャーズ。暴れるヴィランたちを追い詰めるべく、ホークアイ、ブラック・ウィドウ、そしてキャプテン・マーベルが立ち上がる！

ワカンダ王国のビブラニウム盗難を阻止するため、トニーは国王ブラックパンサーに協力を申し入れ、アイアンマンアーマーを置いていくという条件で単身現地に向かう。

グリーン・ゴブリンとの戦闘中に暴走するハルク。トニーは被害を食い止めるために、秘密裡に開発していた対ハルク用重装備アーマー「ハルクバスター」を投入するが・・・。

スーパーヒーロー規制法に反対する議員が襲われる事件を調査するスパイダーマンたち。事件との関連性を追究すべく、ハルクを暴走させたグリーン・ゴブリンを追跡するが。

ハルクバスターに乗り込み、街を暴れ回るグリーン・ゴブリン。奪われたアーマーの制御を取り戻すべく、トニーたちはある作戦を実行する。

アーマーの超高速飛行を可能にするブースターユニットのテスト飛行を行うアイアンマン。しかし、そこには爆破カウントダウンの恐ろしい罠が待ち受けていた！

キャプテン・マーベルの偽者が出現！待ちにひんぱんに現れヒーロー活動をしているとのニュースを受け、調査に乗り出すマコトたち。ついにその偽者と遭遇するのだが・・・。

ヒドラの残党に捕えられているウィンター・ソルジャーを救出すべく、単身ロシアに乗り込むキャプテン・アメリカ。だが、突如現れた謎のヒーローチームに襲撃される！

ヒドラの残党に襲撃されるロシアのヒーローチーム「ウィンター・ガード」を助けるため、キャプテン・アメリカが帰還！力を合わせて敵将アーニム・ゾラに立ち向かえ！

金のためならどんな仕事でも引き受けるトンデモ男のデッドプールが、なんとザ・リーダーに雇われた！仕事の依頼はマコトの誘拐！誰かヤツを止めてくれ～！

南極で大量のビブラニウムが発見されたとの報を受け、現地に向かうアベンジャーズ。そこにソーがアスガルドから義弟ロキを連れてきたことでアベンジャーズは騒然とする。

旧ヒドラ基地でマスターズ・オブ・イーブルを迎え撃つアベンジャーズ。ソーとロキは抜群のチームワークを見せ、ヴィランたちを圧倒するが、ザ・リーダーは禁断の技を使う！

エメラルドレイン計画実行の準備を進めるザ・リーダー。立ち向かうアベンジャーズ！だが実行目前でロキが裏切り、ザ・リーダーを倒して強大な力を手中にしようとする！

ついに姿を現したカーン！その圧倒的な戦闘力の前にボロボロにされるアベンジャーズ。マコトよ！カーンの計画を阻止すべく、巨大エメラルドクリスタルを破壊しろ！

カーンの手で6世紀の世界へと飛ばされてしまったアベンジャーズ。残されて途方に暮れるマコトたちにホークアイが引き合わせたのは地球最強の魔術師ドクター・ストレンジ！

空高く浮かぶ時空要塞スローンの中でエメラルドレイン計画の最終準備を進めるカーン。スローンを包むバリアを突破すべく、マコトとブルーノが二人だけの作戦を実行する！

ついにカーンが潜む時空要塞スローンへ突入したアベンジャーズとマコトたち！巨大エメラルドクリスタル完成が迫る中、全人類の運命を決する最終決戦が繰り広げられる！

時空要塞の中でカーンと激闘を繰り広げるアベンジャーズとマコトたち！総攻撃を受け、追いつめられたカーンはついに奥の手を披露する。全人類の未来はどうなる！？