星矢と紫龍が黄金聖闘士、蠍座（スコーピオン）のミロとの苦戦を強いられたその時、予想外の救いが現れた…キグナス氷河だ。氷河とミロの一騎打ちとなり、氷河のダイヤモンドダストとミロのスカーレットニードルが激しくぶつかり合う。

教皇の刺客、白銀聖闘士たちが聖域（サンクチュアリ）のふもとに現れ、衰弱し横たわっている沙織の命を狙う。星矢たちがいない今、沙織を守るため邪武率いる青銅聖闘士たちが白銀聖闘士の前に立ちはだかる。

神殺しの矢が心臓を貫くまであと４時間を残しているものの、死の淵をさまよう沙織。一方星矢は謎多き女性クレオと出会い、沙織の危機を知る。星矢は沙織を救うため黄泉比良坂へと向かい、黄金聖闘士蟹座（キャンサー）のデスマスクと対峙する。

星矢たち青銅聖闘士4人は人馬宮で予期せぬ敵、黄金聖闘士射手座（サジタリアス）のアイオロスと遭遇する。4人はそれぞれの修行地へと転送されアイオロスとの決死の闘いに挑み、人馬宮の壁に覆われた真実を目にする。

磨羯宮を通り抜けたその時、ドラゴン紫龍は大地を裂く大きな亀裂を前に星矢たち３人の仲間と切り離されてしまう。星矢たちに先を急ぐよう促し、紫龍はたった一人で黄金聖闘士山羊座（カプリコーン）のシュラに立ち向かう。

宝瓶宮に到着し、キグナス氷河は己の師、黄金聖闘士水瓶座（アクエリアス）のカミュと命を賭した戦いに挑む。師カミュに打ち勝つには、師に教わったすべてをぶつけるしかない。

沙織の命の期限まであと一時間、青銅聖闘士たちにはもう一刻の猶予もない。いよいよ最後の宮、双魚宮でアンドロメダ瞬は師匠を死に追いやった黄金聖闘士魚座（ピスケス）のアフロディーテに復讐の炎を燃やす。

双魚宮で恩師の仇、黄金聖闘士魚座（ピスケス）のアフロディーテと決死の闘いを続けるアンドロメダ瞬。厳しい闘いの中、瞬は自分自身を確立させ聖闘士として覚醒した出来事を思い返す。

教皇の間を目前に魔宮薔薇(デモンローズ)の毒に倒れた星矢は、教皇の間に辿り着くため何としても生き抜かねばならない。

今にも消え入りそうな最後ひとつの火時計の炎。とうとう星矢は教皇と対峙し、その正体を知ることとなる。

星矢のピンチを救うためフェニックス一輝が再び現れ、教皇の前に立ちふさがる。二人の闘いは教皇の更なる秘密を明らかにしていく。だが沙織と星矢は死の淵に倒れている。時間はもうない、すべては遅すぎたのか？！

沙織に残された時間はあとわずか、聖域（サンクチュアリ）の頂上で聖闘士たちの壮絶な闘いは終わりを告げようとしている。世界はまさに滅亡の危機にさらされているのだ。沙織の命を救うため、星矢は最後の死闘を繰り広げる。