宿敵ヴァンター・グラードを倒した直後、沙織は神殺しの矢に射られ、死の淵に立たされる。沙織を救うため、聖域で星矢たち青銅聖闘士の決死の闘いが始まる。第一の宮は白羊宮。ここで星矢たちは気高き黄金聖闘士牡羊座（アリエス）のムウと対峙する。

星矢たち青銅聖闘士は第二の宮・金牛宮に到着する。だが突破するには、屈強な黄金聖闘士牡牛座（タウラス）のアルデバランを倒さなければならない。

アンドロメダ島で繰り広げられた死闘。それは第三の宮、双児宮での闘いに因縁を持ち込んだ。双児宮の幻覚に翻弄される青銅聖闘士たち。宮の守護者、黄金聖闘士双子座（ジェミニ）のサガが星矢たちの前に立ちはだかる。

瞬が窮地に追い込まれたそのとき、死んだはずのあいつが甦えり、黄金聖闘士双子座（ジェミニ）のサガに立ち向かう。一方、氷河は、修行を積んだシベリアの地で目を覚ます。そこで待ち受けていたのは、敵と化したかつての恩師であった。

聖域（サンクチュアリ）を駆け上がる星矢と紫龍は、第四の宮・巨蟹宮まで辿り着く。立ちはだかるのは正義の心を捨てた黄金聖闘士蟹座（キャンサ-）のデスマスク。師匠の志をあざ笑うデスマスクに、紫龍がたった一人で挑んでいく。

黄泉比良坂で紫龍と蟹座（キャンサ-）デスマスクの死闘が続く。星矢は第五の宮・獅子宮に到着する。いきなり攻撃をしかけてくる黄金聖闘士獅子座（レオ）のアイオリア。かつて女神(アテナ)への忠誠を誓った正義の黄金聖闘士は、なぜ敵へと寝返ったのか⁉

黄金聖闘士獅子座（レオ）のアイオリアに全く歯が立たない星矢。絶体絶命の危機にさらされた時、かつての仇敵、カシオスが星矢に迫る。

聖域を覆う不穏な影。その正体を暴くためスターヒルに向かうムウ、アルデバラン、魔鈴、ジュネ。時を同じくして、黄金聖闘士乙女座（バルゴ）のシャカに仕える三体の骸骨聖闘士が星矢と紫龍、瞬の行く手に立ちはだかる。

シャカの使者・骸骨聖闘士も残るは一体。最後の試練に立ち向かう星矢。一方、魔鈴、ジュネ、アルデバラン、ムウはスターヒルに足を踏み入れる。しかし直後に全員は離れ離れとなり、行きつく先に予期せぬ敵が待ち受けていた。己の暗黒面が具現化した自分自身が--。

スターヒルで、ジュネは邪悪の化身となった恩師と対決する。聖域では、星矢、紫龍、瞬が処女宮に辿り着く。そこでは「もっとも神に近い男」と称される黄金聖闘士乙女座（バルゴ）のシャカが待ち受ける。青銅聖闘士たちが死に直面したとき、窮地を救ったのは思いもかけない仇敵だった。

一輝は黄金聖闘士乙女座（バルゴ）のシャカに勝ち目のない闘いを挑む。しかし、圧倒的な力の差を目の当たりにし、命を賭して仲間を救うことを決意する。己の深淵を見つめ、死に場所を選んだ一輝に最期のときがくる。

スターヒルではムウ率いる聖闘士たちが衝撃の真実を発見する。一方、瀕死の沙織を急襲する白銀聖闘士番犬星座（ケルベロス）のダンテ。だが女神(アテナ)を守ろうとするのは星矢たちだけではなかった。星矢は第八の宮・天蠍宮に辿り着く。黄金聖闘士蠍座（スコーピオン）ミロとの闘いの幕が切って落とされる。