歴代当主との戦いで夜桜つぼみの猛毒に冒された凶一郎は、 兄妹への感染を恐れ六美たちの前から姿を消そうとする。 だが「万花繚乱」を習得した太陽によって助けられ、家族の元へ帰還するのだった。 日常が訪れたのも束の間、再び六美たちの父・夜桜 百が姿を現す。 これまでの騒動の全ては、亡き妻・零を蘇らせるための策略だったと語る百。 一方、かつての夜桜家の日常の再生を夢見る父の、独善的かつ狂気に満ちあふれた衝撃的な言動の数々に言葉を失う六美たち。 さらに、一般人を巻きこんだ大量殺戮という百の凶行に、ついに金級スパイをはじめとしたスパイ協会も動き出す！ 家族を脅かす父の歪んだ愛情！ 家族を守るために、夜桜家の当主として六美が下す決断とは!? それぞれの家族の理想を求めて、父と子供たちがぶつかり合う熾烈を極めた親子対決の行方は――。
夜桜歴代当主に関わる一連の騒動が、愛する妻・零の復活を企む百の策略だったことが判明。 歪んだ家族愛をささやきながら、百は六美たちの前から姿を消した。 一方、太陽の「万花繚乱」によって救われた凶一郎は、兄妹たちの元へ帰宅。 感動の再会はつかの間、家族を守るために自らを犠牲にしようとした凶一郎を反省させるべく、凶一郎の家 族サービスデーが幕を開ける！ 長男を待ち受けるのは、弟妹たちからの容赦ないリクエスト…!? そんな折、六美に一通のメッセージ届く。
六美の指示で逃走する百を追う凶一郎と太陽。一度は太陽の拳が百を捉えるも、凶一郎と互角にやり合う百との実力差は歴然で防戦一方。さらに、つぼみの体を利用して生み出した人間を養分とする生物・桜坊が複数体出現し、太陽たちの行く手を阻む。太陽は再び攻撃を仕掛けるも、一歩届かず百を取り逃してしまう。 桜坊を破壊し太陽を連れて六美のもとに引き返そうとする凶一郎に、突如スパイ協会会長・出雲 灰からの呼び出しが…。
スパイ協会内に爆弾が仕掛けられていることを知った太陽たち。爆発まで１時間弱！止められなければ、表社会まで巻き込む大事故になってしまう。さらに侵入者は職員やスパイに擬態する能力を持っており、灰を中心に金級スパイたちは協会内を手分けして探すことに。 龍と辛三と一緒に太陽が訪れたのは、協会で生活する子供たちがトレーニングに励む訓練棟。龍の姿を見つけ駆け寄ってくる子供たちと会話を弾ませる龍だったが…!?
百と共に二刃と辛三が太陽たちの前から姿を消した。 奪われた家族を取り戻すため体制を整える六美たちだったが、二刃と辛三の信じがたい行動に兄妹たちは動揺を隠しきれずにいた。 そんなある日、四怨からお遣いを頼まれ、ガオンモールを訪れる嫌五と太陽。 だが百のせいでさらに夜桜への恨みを募らせるスパイたちに囲まれてしまう。 一触即発の状況で、たった一言でケンカを収める女性が現れ…!?
ⓒ権平ひつじ／集英社・夜桜さんちの大作戦製作委員会・MBS
