ここは日本のとある街、眉難市。眉難高校に通う由布院煙、鬼怒川熱史は、鳴子硫黄、蔵王立とともに「地球防衛部」と称して何もしない部を立ち上げ、高校ライフをダラダラと満喫していた。今日も銭湯「黒玉湯」の一番風呂で煙と熱史がまったりとしていたところ、湯船に突然、謎の物体が落下。桃色の生命体は姿を現すなり、彼らに日本語で声をかけてきた！「この星を守りたい……どうか力を貸していただけませんか」

優雅な調べが響く眉難高校生徒会室。会長の草津錦史郎をはじめ、有馬燻、下呂阿古哉ら生徒会の面々は「地球上生物完全服従計画」に掲げる愚民粛清を遂行するため、地球を征服するためにやってきたらしい謎の生物、ズンダーと結託していた。一方、防衛部の５人はウォンバットと命名した桃色の生命体から、今後も「バトルラヴァーズ」として戦うことを懇願されていた。

恒例の美男子コンテスト開催が迫る眉難高校。大して興味もなくヒマをもてあましていた防衛部の面々だが、やんわりと対立関係にある生徒会に対抗するため、「地球防衛部・最強タラシ蔵王」を勝利に導く作戦会議を始める。その裏で、美男子ナンバーワンの座を狙って奮闘するも空回りまくるバレエ部顧問に目をつけたズンダーたち。コンテスト当日、優勝者が発表されようとしたその瞬間…

かつて共に流れ星へ願いをかけた少年。夜の生徒会室で草津は回想に耽り、世界征服の誓いを新たにする。一方の防衛部は、黒玉湯で相変わらず中身のない会話を繰り広げていた。居合わせたオッさんが高校生だと知り、部室でもフケ顔談義を続ける面々。そこに突如、謎のフィールドが学校を包み、高校生たちが次々に小学生へと姿を変えられてしまう。突然のことに、防衛部も困惑する中、目の前に現れたのは……！

梅雨に入り、各自インドア活動に勤しむ防衛部。ふと見れば、命を共有という名目でウォンバットに操られている俵山先生がカビている！ 混乱する部室に、マスコミ研究会の城崎と田沢が突撃取材にやってきた。秘密を探ろうとする城崎に追い回され、ウォンバット、由布院、鳴子、蔵王のストレスも増加。黒玉湯で怒りを発散する防衛部だが、そこに城崎たちも押し入ってくる。そんな中、ラブレスレットにラブアラートが……。

正体不明のバトルラヴァーズを抹殺せんと画策する征服部ことカエルラ・アダマス。ついでに部費支出削減のため、防衛部も始末しようと「期末テストで成績が平均に満たない場合は廃部」という通知を突きつける。しぶしぶ勉強する防衛部の面々。生徒会は金融事情に精通した鳴子を経理担当にスカウトする。交渉に出向いた下呂から給与額を提示され、あっさりと防衛部を去る鳴子。４人となったバトルラヴァーズは、出現した怪人によって苦戦を強いられる。

由布院の思いつきで、海合宿へと赴くことになった防衛部一行。同じ頃、生徒会の３人もリムジンで海辺のリゾートに向かっていた。眩しい太陽に白い砂浜だが、そのビーチは何か普通では無かった。 何だか妙な気分を味わうメンバーたち……。 とりあえず宿に戻り風呂に入るが、誰かが使用した形跡のある鳴子の歯ブラシが発見される。好きな子の縦笛を吹く的なアレにお互いが疑心暗鬼に陥るなか、犯人探しが始まった。

眉難高校ではいつもの通学路で鬼怒川と由布院が仲良く登校していた。しかしコンビニに立ち寄った後、由布院は突如鬼怒川に怒りを覚えるのだった。鬼怒川に対して怒鳴りだし、理由が分からないまま２人の間に生じた亀裂は、ついに防衛部を抜ける騒ぎにまで発展してしまう。喧嘩に巻き込まれた有基たち。有基は闇雲に２人に仲直りを迫るが、鳴子と蔵王にたしなめられてしまう。果たして、由布院と鬼怒川は仲直りできるのか!?

怪人が次々と倒され、計画の見直しを迫られる草津たちは征服部として打って出ることを誓い、新たな刺客を送り込む。そんな事はつゆ知らず、やっつけ仕事感覚でバトルラヴァーズに変身する防衛部。しかし怪人はその場で戦おうとはせず、「眉難山に来い」と捨て台詞を残して姿を消す。敵からの呼び出しに「バス代も無いし、無理！」と無視を決め込む防衛部の面々。そこへマスコミ研究会の城崎が金になる話を持ち込むが……。

いつも元気な有基の様子がおかしい。クラスメイトで野球部のマネージャーに体温計を借り、微熱があることに気付いた防衛部の面々は実家の黒玉湯まで有基を送る。風邪を引いた弟を献身的に看病する強羅に、過剰な兄弟愛を見せ付けられる一同。しかし翌日、登校してきた有基はいつもと一風違う男子に変貌していた。戸惑う防衛部を尻目に有基は……。

文化祭の準備で賑わう眉難高校。人気投票で優勝したクラスに金一封が出るとあって、防衛部も参加することに。鬼怒川のカレーに加えて、バトルラヴァーズに変身した防衛部の面々は「コスプレヒーローカレー」を売りに勝負をかける。校内に漂うカレーの匂いは生徒会室にも届いていた。カレーを憎悪し、存在を否定する草津。カレーの匂いと共にあの思い出が蘇るのだった。

鬼怒川と草津の激突により、ついにバトルラヴァーズとカエルラ・アダマスの正体が明らかになった。お互いに衝撃を受けながらもヴェスタとサルファーはペルライトと、セルリアンはアージェントと対峙。かたやオーアイトは宿願を果たすため、防戦一方のエピナールに斬りかかる。そこに突如、箱根強羅が乱入。最終局面を前に明らかとなる「地球上生物完全服従計画」の真の目的とは――。