大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんな平和な日々を送る中学二年生、鹿目まどか。 ある日、まどかの通うクラスに一人の転校生がやってくる。 まどかは放課後、親友のさやかと遊びに出かけた先で、助けを呼ぶ声を聞く。 その日も訪れるはずだった、変わらぬ日常――。 しかし、訪れたのは非日常――。

マミの魔女退治体験コースにも慣れつつある、まどかとさやか。 ただし、肝心な願い事は未決のまま。 翌日の放課後、恭介の見舞いに行ったさやかと付き添いのまどかは、 その帰り道、偶然にも病院の駐輪場で孵化しかけたグリーフシードを発見する。 放置すれば、大惨事になりかねない事態に、まどかはマミを助けに呼びに走るのだった。

マミと魔女との壮絶な戦いの翌日、訪れたのはいつもと変わらない平和な日常。 魔法少女の敗北の結果を目の当たりにしたまどかとさやかは、魔法の世界に関わったことの重さを実感し、魔法少女になることを諦める。 その日の夕方、誰もいなくなったマミの部屋を訪れたまどかは、帰り道、マンションのエントランスでほむらと出会う。

魔法少女として、まどかと仁美を救ったさやか。 キュゥべえとの契約により願いを叶えた今、その心は清々しく、魔法少女となったことに後悔はない様子。反対にまどかは魔法少女になることを諦めてしまった自分に悩む。 病院では恭介の快復祝いが開かれ、恭介は父から愛用していたバイオリンを渡される。 始めは躊躇するも、意を決して演奏を披露する恭介。 その光景を見たさやかは、至福の喜びをかみ締める。

さやかと杏子の戦闘現場に突如現れたほむら。 彼女の仲裁により、杏子はその場を離脱、戦闘は終息する。 翌日、杏子の乱入により取り逃してしまった使い魔の痕跡を探すさやかとまどか。 戦闘の痕跡が残るその現場で、杏子との平和的な解決を提案するまどかと、 命を賭けた魔法少女同士の闘いに覚悟を決めたさやか。 二人の意見は擦れ違ってしまう。

魔法少女となった自分の体の真実を知ったさやか。 戦いの運命を受け入れてまで叶えた願いと、その代償の大きさの間で揺れてしまう。 自宅でふさぎこむさやかの元に現れたのは、敵対していたはずの佐倉杏子。 彼女はさやかを外へと連れ出し、とある廃墟の教会へと誘う。 そこで杏子の口から語られたのは、自身が魔法少女となった理由。 果たして彼女の真意とは――

自らの負傷も意に介さず、ただ目の前の魔女を切り刻むさやか。 最終的には魔女に勝利するも、もはや憔悴しきった様子。 帰り道、その様子を見かねたまどかは、さやかの戦い方について口を出してしまう。 まどかの言葉に、さやかは感情を爆発させ、その場を立ち去ってしまう。 雨の中をはしりながら、自己嫌悪に悔し泣きをするさやか―― 彼女のソウルジェムは、黒く黒く濁っていくのであった。

漆黒のグリーフシードと化したさやかのソウルジェム。 そのグリーフシードは孵化し、新たな魔女が現れる。 さやかの身体を抱え、迫りくる魔女の攻撃に防戦一方の杏子。 魔女の結界に割って入ってきたほむらは、杏子を先導し結界から脱出する。 一方まどかは、さやかの捜索途中、重い足取りで歩く杏子とほむらの姿を見つける。

それはとある少女の転校風景。 緊張し、萎縮する気弱そうな少女は、慣れない自己紹介をする。 休み時間、興味津々に質問をしてくる女子たちに、おどおどしている彼女を連れだしてくれたのは、クラスの保健委員を名乗る少女。 優しい笑顔を向ける彼女は、自分を名前負けだと感じる少女に対し、カッコいい名前だと言う。

雨の中、しめやかに行われたさやかの葬儀。 うつろな目をして家に戻ったまどかは、出迎えた詢子への挨拶もそこらに自分の部屋に入ってしまう。 まどかの元に現れたのはキュゥべえ。 さやか達の死について冷たい口調で語るその姿に、怒りを感じるまどか。 そんなまどかの態度が理解できないキュゥべえは、 自分たちと人類がこれまで共に歩んできた歴史を語るのだった。

一人ワルプルギスの夜に挑み、深手を負ったほむら。 何度挑戦しても勝てないくやしさ、自分の行為がかえってまどかを苦しめることになっていたことへの絶望で、自らのソウルジェムを黒く染め上げていく。そんなほむらの前に現れた少女、鹿目まどか。まどかは、決意のまなざしでワルプルギスの夜を見据え、ほむらに言い放つ。 「叶えたい願い事をみつけたの」