大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんな平和な日々を送る中学二年生、鹿目まどか。 ある日、まどかの通うクラスに一人の転校生がやってくる。 まどかは放課後、親友のさやかと遊びに出かけた先で、助けを呼ぶ声を聞く。 その日も訪れるはずだった、変わらぬ日常――。 しかし、訪れたのは非日常――。

マミの魔女退治体験コースにも慣れつつある、まどかとさやか。 ただし、肝心な願い事は未決のまま。 翌日の放課後、恭介の見舞いに行ったさやかと付き添いのまどかは、 その帰り道、偶然にも病院の駐輪場で孵化しかけたグリーフシードを発見する。 放置すれば、大惨事になりかねない事態に、まどかはマミを助けに呼びに走るのだった。