平凡な中学生・ぴょんたろうは、仲良しな同級生のつばめ、ひろしと共にスモール３と呼ばれている。女子にはモテないのに、幼い妹・ふたばに懐かれ、振り回される冴えない日々。そんなある日、ふたばが迷子になってしまい、スモール３は力を合わせて捜し出そうとするが――。

ふたばを攫った巨大な飛行戦艦に飛び移ったぴょんたろうは地面にめり込むほどの高度から振り落とされるも無傷だった。どうやらぴょんたろう達にとって“マルチバース”はあらゆるモノが脆い世界。スーパーヒーローのような力を手に入れたスモール３は攫われたふたばを捜すため、まずは"こっちの世界の自分"達に会いに行く。

異星人に囚われているふたばは、宇宙船の中で熱線銃の攻撃を受ける。だが、身体は無傷で、宇宙船の中を彷徨うことに――。一方、スモール３はふたば捜しのヒントを得るため、“マルチバース”のドクのもとへ。そんな折、街中で異星人に銃を突き付けられた一般人の親子を見つけ――。

空手が得意な大学生・瀬上は、地球が異星人に侵略された実情に諦めのような気持ちを抱いていた。ある日、街中で異星人に反逆した人々が攻撃されるのを目の当たりにする。「死ぬ前に彼女が欲しい。」その一心で、瀬上は怪しげな謎の組織“リベリオン”の集会に参加することに――。

「リベリオン」の集会からの帰り道、瀬上はスモール３と出会う。彼らは自衛隊の戦闘機が宇宙船の母艦に特攻するところを目撃する。その直後、母親から届いた悲しい報せを受け、瀬上は「リベリオン」加入を決意。そして翌日、スモール３を「リベリオン」の基地へと連れていく。

ふたばは囚われている宇宙船の中で、謎の生命体・キューちゃんと出会い、行動を共にすることに。一方、地上では「リベリオン」による対異星人のゲリラ戦・渋谷ミッションが始まる。瀬上は使い慣れない装備や銃火器を手に緊張しながらも、秘密兵器「ツヨクナール」を元SAT隊員・皇（すめらぎ）から受け取り、戦地へと向かう――。

“リベリオン”による渋谷ミッションが始まった。武器を使用して異星人に対抗する一同だが、戦闘兵器によって多くの仲間が犠牲になる。瀬上はなんとか攻撃を耐え凌ぐが、異星人に追いかけられピンチの田代を目撃する。状況を打開するために、２人は秘密兵器「ツヨクナール」を使用して特殊能力を得ることに――。

武装した異星人の兵士に囲まれたふたばは、キューちゃんと共にエネルギー弾の集中砲火に遭うが、やはり身体に異変はない。覚悟を決めた顔で、ふたばは兵士たちに突進していく――。一方、“リベリオン”による渋谷での戦闘の様子を配信で見たスモール3は、緊急で集まることに――。

敵の歩行戦車を乗っ取った皇（すめらぎ）は、目の前の異星人たちに向けてレーザーを放ち一掃する。一方、異星人も遠方から大量のエネルギー弾を放ち、“リベリオン”のメンバーにも多くの犠牲が。そんな一進一退の攻防を繰り広げる“リベリオン”の前に、新たに2人の異星人が現れる――。

新たに現れた異星人1人を制圧した皇（すめらぎ）と、皇の眼を見て闘争本能を掻き立てられるもう一人の異星人・ガゥードゥウ。そんなガゥードゥウに対して、鮫岾（さめやま）や瀬上は特殊能力を使って立ち向かう。さらに、渋谷に向かったスモール3もようやく到着し――。

瀬上のピンチに間一髪のタイミングで駆け付けたスモール3は、巨大な異星人3人と向かい合う。光線銃を撃たれてもビクともしない3人は、スーパーヒーローのように、強大な力で相手を制圧していき――。