平凡な中学生・ぴょんたろうは、仲良しな同級生のつばめ、ひろしと共にスモール３と呼ばれている。女子にはモテないのに、幼い妹・ふたばに懐かれ、振り回される冴えない日々。そんなある日、ふたばが迷子になってしまい、スモール３は力を合わせて捜し出そうとするが――。

ふたばを攫った巨大な飛行戦艦に飛び移ったぴょんたろうは地面にめり込むほどの高度から振り落とされるも無傷だった。どうやらぴょんたろう達にとって“マルチバース”はあらゆるモノが脆い世界。スーパーヒーローのような力を手に入れたスモール３は攫われたふたばを捜すため、まずは"こっちの世界の自分"達に会いに行く。

異星人に囚われているふたばは、宇宙船の中で熱線銃の攻撃を受ける。だが、身体は無傷で、宇宙船の中を彷徨うことに――。一方、スモール３はふたば捜しのヒントを得るため、“マルチバース”のドクのもとへ。そんな折、街中で異星人に銃を突き付けられた一般人の親子を見つけ――。

空手が得意な大学生・瀬上は、地球が異星人に侵略された実情に諦めのような気持ちを抱いていた。ある日、街中で異星人に反逆した人々が攻撃されるのを目の当たりにする。「死ぬ前に彼女が欲しい。」その一心で、瀬上は怪しげな謎の組織“リベリオン”の集会に参加することに――。

「リベリオン」の集会からの帰り道、瀬上はスモール３と出会う。彼らは自衛隊の戦闘機が宇宙船の母艦に特攻するところを目撃する。その直後、母親から届いた悲しい報せを受け、瀬上は「リベリオン」加入を決意。そして翌日、スモール３を「リベリオン」の基地へと連れていく。