「ルビーをさがせ！」 7年前のある夜、あいりはジュエルペットのルビーと出会い、魔法を見せて欲しいとお願いをする。…時は流れ、ジュエル城が人間界に落ちてきたのが日常となっている中、あいりの元にラブラ、ラリマー、ルナが突然現れた！ 「魔法の石でマジカルチェンジ！」 あいり達が住むきらら探偵事務所に、あいりの幼なじみのローラがやってきた。なんでも、福王子家の秘宝を盗むという怪盗からの予告状が届いたらしい。探偵の娘たるあいりは解決を約束するが、どうも怪しい…。
「夢だらけのローラ」 福王子ローラ、14歳、フランス留学帰りの美少女、お金持ち。何不自由なく育ってきた彼女だが、どうしても手に入らないモノがあった…。彼女はルーアと共にそれを手に入れる事を決意する。 「ラブラ、おつかいするらぶぅ～」 雲母家の今夜の晩御飯はカツカレー！だが、福神漬けがない！ラブラのはじめてのおつかいが始まってしまった…。
「アイドルにマジカルチェンジ！」 第1回ジュエルモールイメージガールコンテストが開催される事になった。しっかりもののお姉さんとして、すっとこどっこいな面々を支えてきたラリマーは心機一転、アイドルデビューを夢見て、コンテストに出場する事に。 「しっぽなんて大キライ！」 かくれんぼで見つかる率100%のラリマー。その原因は彼女の大きなしっぽだった。しっぽさえ小さければ…！ラリマーは自らのしっぽに魔法をかける…。
「魔法なんていらない！？」 あいりの兄、朔太郎にとって、魔法など科学があれば必要のないもの！ジュエルペットですらも、科学の前では大したものではないと豪語する朔太郎は、ジュエルペットを超える者、メカジュエルペットを開発する。 「パパってどんなひと？」 探偵の仕事で海外出張中のあいりのパパ。一度も会った事のないルビー達は、探偵事務所で次々とどこかで見たような探偵グッズを発見していく…。あいりのパパとは一体…！？
「メロンパンカーニバル」 雲母家の食卓の様子がおかしい。昨日もメロンパン、今日もメロンパン、明日もメロンパン。...そう、遂にあのカーニバルが始まってしまったのだ。 「そしてみんないなくなった」 ラブラが忽然と姿を消した。一体何が起きたのか？あいり達は捜査を始めたが、異変は止まらない。
「おやつドロボーは誰？」 ラブラが楽しみにしていたケーキが誰かに食べられた。食べ物の恨みは恐ろしいもの...。怒りの犯人探しが始まった。 「オバケをやっつけろ！」 ある日、あいりはローラから学校のオバケ退治の依頼を受ける。だが実はあいりはオバケが大の苦手...。ルビーと一緒になんとか調査を進めるが、2人の前にとんでもないモノが現れた...。
「朔太郎養子化計画」 どうすれば朔太郎の妹になれるかと思い悩むローラにいいアドバイスが。そう、朔太郎を養子にすればいいのである。ここは優秀なルーアの魔法で養子化にトライしてみることとなった。 「ガーネットが来た！」 雲母探偵事務所に、かわいくてオシャレな女の子になりたいという依頼が舞い込んだ。オシャレといえばあのジュエルペットに頼るしかない…。ガーネットによるオシャレ講座がスタートした。
「スイーツ大作戦ですわ！」 朔太郎が甘いもの不足中との情報を得たローラ。しかし自力では手作りスイーツが全く完成しない…！そこでルーアはスイーツの専門家、スイーツ大好きサンゴにゃんを呼び寄せることにした。 「サンゴのスイーツ屋さん」 色々あって、人間界でスイーツショップを開店したサンゴ。だがどうもお客さんが少ない…。ルビー達はお店の手伝いをしてあげることに。
ある日、お出かけ中のルビー達は、ジュエルペットのキングにそっくりの犬を見かけた。素敵な飼い主に連れられた姿はまさにかわいいワンコ。キングであるはずはないのだが、やっぱりどう見てもキングにしか見えない…！ルビー達は後をつけてみることにした。
「なでなで屋さんパカ～♪」 ふらりとエンジェラが街に現れた。エンジェラは、社会に疲れ切った人々を癒すため“なでなで師1級”という資格を取っていたらしい。ルビーの提案で路上なでなで屋さんを開いたエンジェラは、またたく間に大人気になっていった。 「地球滅亡パカ～♪」 地球が縮んでいる事をラブラとエンジェラが発見した。このままでは地球は滅亡してしまう…。地球を救うための活動が始まった…。
カッパ、それは日本古来より伝わる超メジャー級妖怪である。なんとそのカッパがルビー達の前にあらわれた！…が、どうにも妖怪らしくない。カッパの女の子の名前はミヤ。カッパらしく人を驚かすことが出来ないと悩むミヤに、ラリマーはある提案をする。
「ペットを飼いたいらぶぅ～」 ジュエルペットであるラブラが、ペットを飼いたいとおねだりを始めた。ペットはダンボールの中にいるものという情報を得たラブラは、早速ペットを発見。ラブラの飼い主生活がスタートした。 「思い出のジュエルウォッチ」 きらら探偵事務所に、とき子というおばあちゃんが訪れた。古いジュエルウォッチの持ち主を探して欲しいらしい。持ち主の名はチターナ、60年前から行方不明らしい。
「めざせ！ジュエル城」 だらけた日々を送るルビー達に、オパールから里帰り命令が下された。だがジュエルランドに戻るゲートがどこにあるかわからない！噂では意外と近場にあるらしいが…。 「潜入！ジュエル城」 色々がんばった結果、ジュエル城へたどり着いた一行。あいりは魔法の国に来たことに感動するが、どうも様子がおかしい事に気づく。そうしていると、あいりのペンダントがひとりでに空へ飛んで行ってしまった！
「わたし！ジュエルパッド！」 朔太郎がまた妙なアプリを開発してしまった。気がつくとルビー達はジュエルパッドの中のデータと化していた…。 「およげ！ジュエルペット！」 夏といえばプールである。しかし泳げない人にとっては微妙なイベントであるのもまた事実。そんな泳げない人VS泳げる人&ジュエルペット達の対決が始まった。
「デカイ風呂にゃあ夢がある！」 雲母家のお風呂が故障した。そこでルビーが魔法を使ったところ、スーパー銭湯並の大きなお風呂が出現した。同時刻、ローラもお風呂タイムに入ろうとしていた。そこでローラが見たものとは…！？ 「こんな寿司屋はイヤデース！」 晩御飯に出前寿司を注文したあいり達。届けに来たのはペリドットだった。お寿司屋さんでバイトをしているらしい。だが、届けられたお寿司の数が注文より少ない。これには深い理由があるのだとペリドットは語りだした…。
「ドクターSの島」 夏休みにローラのクルーザーで出かけたルビー達。しかし気が付くとそこは無人島だった…。だがこの無人島、何か怪しい気配が…。そして見た事のあるシルエットがそこにはあった。 「フエルペットでナンバーワン！」 無尽蔵にジュエルペットをコピーする驚異のメカ“フエルペット”が、あの天才ジュエルペットによって発明された。だが、あまりに多くコピーしすぎて本物がどれなのか分からなくなってしまったので、大会を開くことにした。
「アイドルデビューは大騒ぎ！？」 ジュエルカフェのイベントに、アイドル・ラリマーの出演が決定！だけどラリマーは本当のスーパーアイドルになれるかまだ不安！そのため、ルビー達によるアイドル特訓が行われることになった。 「ジュエルカフェでスター誕生！？」 優しくも厳しい特訓の結果、変身できたラリマー。だがイベント当日の運勢は最悪…。運勢をはねのけ、ラリマーはスーパーアイドルへの一歩を踏み出せるのか！？
「マジカルスタンプラリー」 年に一度のマジカルスタンプラリーの時期がやってきた。ジュエルペット達がスタンプになり、人間の皆さんとの親睦を深めるのだ。だが、次第にルビーはヒマになってきた…。 「インカン帝国の逆襲」 このところ、雲母家では印鑑を使わなくなっていた。ルビーの魔法で意思を持った印鑑達は、必要とされなくなったそれぞれの家から旅立ち、流浪の印鑑となることを決意する。
「リベンジ！ルビーVSルーア」 長年、ライバルであるルビーとの直接対決をうやむやにされ続けてきたルーアの堪忍袋の緒がついに切れた。プライドとマジカルストーンとたこ焼きを賭けた魔法対決が今、始まる。 「クレヨンをくれよンらぶぅ～！」 ラブラはお絵かきが大好き。純粋な子供らしいステキなお絵かきの天才なのだ。一方、あいりは夏休みの美術の宿題に困っていた…。
「押しかけシスター！」 あいりが夏風邪を引いてしまった。雲母家の家事全般を担っているあいりがいないというピンチに、一日代理妹としてローラがやってきた。 「サンゴ・真夏の大逆転」 人間界にスイーツのお店を開いたサンゴだったが、夏シーズンに入り閉店の危機を迎えていた。夏の新商品、フルーツぜんざいが全く売れないのである。そんな困ったサンゴに対して、ラブラがあるアイディアを渡す。
「声を聞かせて」 今日はあいりの誕生日。しばらく会えていないお母さんとの電話を楽しみにしていたあいりだったが、なんとジュエルポッドが壊れてしまった！そこでルビーたちは、“なんかすごいジュエルポッド”を手に入れるため奔走する。 「ルビーとルビー」 “なんかすごいジュエルポッド”を手に、だらけているルビー。そのルビーの元に謎の電話がかかってきた…。電話主はカボチャや石ころ、そしてルビー！？
「マジカルペラッペラでバイリンガル！？」 英語の宿題に困っているあいりに、ルビーが“マジカルペラッペラ”になる魔法をかけようとしたが、その魔法が間違ってルナにヒットしてしまった。それからというもの、ルナの口調が想定外のものに。 「朔太郎、夏祭りの恋！？」 夏祭りにお出かけしたルビー御一行。出店で金魚すくいなどを楽しむ皆から離れて、朔太郎はある人を探していた。
ジュエルランドにつながるゲートを自作していた朔太郎。実験してみたところ、一部おかしい状態でだが、ジュエルランドへの移動に成功する。そこでアレクというダメダメなジュエルペットに出会った朔太郎は、科学の力でお助けする代わりに、アレク家に居候することになった。
「芽がでないらぶぅ～」 季節はもう秋。実りの秋のはずなのに、ラブラの鉢植えの芽が出ない。一方、ガーネットの頭からは芽が出ていた。 「スケルペットでファッションショー」 ファッションショーへの出演が決まったラリマー。ドレスの制作をガーネットに頼むが、彼女が作るドレスは並のアイドルにはとても着こなせない代物らしい…。
近所で行き倒れていたグラナイトを発見したルビー達。グラナイトは熱く、責任感がある、ルビーの永遠のライバル。だったはずなのだが、しばらく見ないうちにすっかりキャラが変わってしまっていた…。
「ジュエル弁当マジカルチェンジ」 はんぺんをくわえながら学校へ走っていたあいりは、ジュエル海岸行きへのバスに乗るローラを見かけて…。 「暴け！マジカル占いのヒミツ！」 ほんのちょっとだけ内容が不思議なマジカル占い。ついにその制作現場が明らかになる。 「朔太郎のマジカルおとぎ話」 福王子家のパーティに行かず留守番をしていた朔太郎の前に、カボチャの妖精が現れた。
「それは乙女の戦いだった」 秋はやきいもがおいしい季節。雲母家もやきいもを楽しんでいたが、朔太郎と買い物に行っていたルナはやきいもによる危機を迎えていた。 「それも乙女の戦いだった」 ローラによる朔太郎の妹になる作戦、今回は嵐の夜の別荘で成功を狙うことに。
「ジュエルランドビリのペットが10分で魔法レベルを40上げてジュエル城を元に戻した話」 ルビー達をチェックしに来たオパールに、日々の修業っぷりを見せることになった。修業の結果、ルビーは人々の魔法を信じる心を背負い、大魔法を発動する。 「ジュエル城、地獄の魔法合宿！」 ルビー達のレベルアップのために、地獄の魔法合宿が開催されることに。そこではマジカルな修行の数々が待ち受けていた。
着実にアイドルとしての階段を上っているラリマー。そんな彼女の肩にぶつかってくるイケメンが…。これは運命の出会いなのか？だがアイドルに恋はご法度である…どうするラリマー！？
「わたしの、お兄さま…」 なんとローラに実の兄がいた事が判明した。しかもイタリア人っぽいらしい。朔太郎お兄様とは違うお兄様が急に現れローラは戸惑う…。 「ルビーVSルーア 地中海風大決戦」 いまだにマジカルストーンを手に入れられないルーアは、一念発起してルビーと対決することを決めた。
「ジュエルランドの秘宝を追え！」 あいりのパパから謎の文字が書かれた石版が送られてきた。サフィーに相談したところ、なんと秘宝の場所が書かれているらしい。砂漠、ピラミッド、洞窟と秘宝を追う冒険が始まった。 「襲来！カボチャ人間」 ハロウィーンになると大量に使われるカボチャ。そのカボチャがついに人間達に牙をむく。
「ジュエルペットだョ！全員集合」 久々にジュエルペットの皆で会おうと、ガーネットが幹事で“ジュエルペット同窓会”が企画された。サフィーが手伝っている中、集合時間になってまずはルビーが訪れた。 「メガネはルナの一部です」 ガーネットからイメチェンを提案されたルナ。メガネなしでもカワイイ事に気づいてしまったが…？
ひょんなことから魔法力をゲットしてまったあいり。これまでのヒロインとしての立ち位置に不満を持っていたあいりは、ヒロインらしいものすごい魔法を使うべく考えを巡らせはじめる。
「オルヴォワール、ローラ」 なんとローラがフランスへ戻ってしまう事になった。だがその事を素直に朔太郎達に話せないローラは…。 「ハロー、夢のハリウッドでーす！」 ペリドットがハリウッド映画のオーディションを受けることに。主演女優の座を射止める事は出来るのか！？
「イケテルウォッチでマジカルチェンジ？」 朔太郎とルナが、何度でも変身できる「イケテルウォッチ」を開発した。これでいつでも完璧な魔法を使い放題！のはずだったが、体にある異変が…。 「将来の夢がほしいらぶぅ～」 将来の夢がない事に気づいたラブラ。夢とはどうすれば見つかるのだろうか？ラブラは夢を探しに出掛ける。
「あいりなんて大嫌い！？」 ルビーが、あいりのたい焼きを食べた疑惑が浮上し案の定ケンカになってしまった。そんなルビーを見たローラ&ルーアは、ルビーとルーアが入れ替わる事を提案する。 「朔太郎、結婚する！？」 朔太郎にまさか過ぎるお見合いの話が。お相手は三田マイコさんという女性らしい。どこかで聞いた名前っぽいが…。
順調にアイドルの階段を上るラリマーに、ついにCDデビューの話が！しかも記念コンサートはジュエルぶどう館で行われるらしい。さらにアイドル活動に気合を入れるラリマーだったが、蒼弥君の事が心のどこかで気になっていた…。夢であるアイドルを取るのか、恋を取るのか、決断の時が迫る。
もうすぐクリスマスの季節。街が楽しい雰囲気に包まれる中、珍しくルビー達はクリスマスに向けて修業に熱が入っていた。そんな中、ジュエル城に最大の危機が訪れる！どうすればジュエルランドは救われるのか？そのカギはジュエリーナ姫！？
ジュエル城が人間界に落ちてきてから早7年。ついにジュエル城が元に戻る時が来た。それは同時に、ジュエルペット達がジュエルランドに帰るということ。みんなの気持ちをのせた最後のジュエルフラッシュが奇跡を起こす。
