有毒物質が蔓延する荒廃した未来。 何千人もの人間が地下深くに広がる巨大なサイロで暮らしている。 保安官が基本的な規則を破り、住民たちが謎の死を遂げる中、機械工のジュリエットはサイロの驚くべき秘密と真実を解き明かしていく。
ベッカー保安官の未来の計画は、サイロの情報を持つハッカーと妻が出会ったことにより、すべて台無しになる。
機械工のジュリエットは、同僚の謎の死につながるパズルのピースを組み立てていく。
新しい保安官を探しているジャンズ市長は、バーナードと衝突する。一方、ジュリエットは発電機を稼働し続けるために、ある取引をする。
ジュリエットは、マーンズ副保安官と連続して起こる悲劇の解明に努めつつ、彼の信頼を得ようとする。
シムズはジュリエットを監視するために、主任副保安官にビリングスを任命する。ジュリエットは殺人事件を2件解決するが、その結果、ある対決が生まれる。
ジュリエットは捜査をする中で、理解し尽くしていると信じていたある人物に関する、気がかりな秘密を知ってしまう。
サイロの治安に対して懸念が高まってきたため、バーナードはジュリエットに協力が求める。ジュリエットは父親にあるお願いをする。
ジュリエットは新たな事実を知り、家族の過去に対する見方が変わる。そしていよいよサイロが抱える最も大きな秘密に一歩近づく。
罪悪感にさいなまれ、ビリングスは1人である任務に向かう。しかしそこでジュリエットが残した衝撃的な手がかりを目にする。
シーズン1最終話。ある真実がとうとう明らかになり、ジュリエットは運命から逃れられなくなる。