トゥエンティ・チームはオークランドのS.W.A.T.から移ってきた女性新メンバーのギャンブルを迎え、ビーチで窃盗犯の少年たちを追っていた。その件が解決した頃、グラナダ・ヒルズでスクールバスが無人で見つかり、生徒たちと運転手が行方不明だという一報が入る。

ギャングのアジトが襲われ、中にいたギャングと目撃した隣人女性が殺される。ロサンゼルス郡保安局のギャング制圧部隊の一人、ヴィグニソン警部補によると、これまでに4件アジト襲撃事件があったという。そこで郡保安局が主導し、S.W.A.T.が協力する形で捜査を進めることになる。

ベルウッド刑務所で、食事のいざこざから囚人が暴れ出し、囚人仲間と看守を人質に立てこもる。S.W.A.T.が出動し事態収拾に当たるが、一件落着と思った瞬間に爆発が起き、次々と監房の扉が開き囚人達が野放しになる。

うだるような猛暑日に、市内全域で停電が発生。混乱に対応すべく、ヒックスが「セプルベダ・プロトコル」の開始を発令し、S.W.A.T.隊員全員がペアを組んで市内のパトロールに当たる。

暴動があった刑務所のベネット所長の妻、ベネット本部長補佐がS.W.A.T.を訪問する。表向きは恒例の視察だが、ヒックス警視が暴動の件の審問会で証言するため、プレッシャーをかけに来たと思われた。

ある日、中絶手術を扱うクリニックで医療関係者2人が銃殺され、招集されたS.W.A.T.。クリニックの前で盗撮していたジョン・クレイトンという男が容疑者として浮上し、トゥエンティ・チームは事情聴取のためジョンの自宅へ向かうが、ジョンにはアリバイがあった。

インド系の学生カップル、アヌとヴァスは運転中にいきなり銃を持った3人組の男に銃撃される。2人はなんとか逃げることに成功するが、ヴァスは胸を撃たれて重体。そのまま病院に駆け込んだアヌは助けを求め、偶然その場にいたディーコンが対応する。

交通局のセンサーが、走行中のトラックから放射線反応を検知。数日前にラボから盗まれた放射性物質と反応が一致したため、道路が封鎖されS.W.A.T.が対応のため出動する。

ギャンブルの父からの情報で、トゥエンティ・チームの誰かの首に賞金が懸けられているという噂が耳に入る。その噂は本当だった。100万ドルの賞金欲しさに、貧しい少年トレイが銃でホンドーを襲おうとしたのだ。

ある日、運送トラック会社のドライバー2人が射殺される事件が発生。現場にいた犯人2人のうち1人は逃走し、もう1人は売春婦マーサを人質に取ってパトカーに立てこもる。そこへトゥエンティ・チームが駆けつけ……。

6歳の少女グレイシーが家の前で誘拐される。S.W.A.T.は市民の通報を受けモーテルにいた容疑者ウィットロックを捕まえるが、通報者の思い込みによる誤報だったことが判明する。

捜査でカジノに潜入していたアルファロは、ロングビーチ警察時代にアルバニア人マフィアに潜入した時に知り合ったステファンから「ゼフ」と呼び止められる。ステファンはマフィアのドンの息子だったが、組織の半数は逮捕されてドンは死に、今は叔父のオマールが組織を引き継いでいた。

ギャンブルの内務調査が始まり、彼女は現場から外される。パウエルは気晴らしにギャンブルを誘って山歩きに出かける。だがそこで中国系の女性たちが強制労働をさせられている違法な大麻農場を発見する。

訓練中の事故でドーブズに訴えられたタンは、裁判を取り下げさせるよう説得してほしいとディーコンに頼み込む。しかしドーブズの意志は揺るがず、さらにはディーコンも証人として召喚予定だと言う。

トゥエンティ・チームは民間人のフリをしてバスターミナルで張り込みをする。ゴリアテと名乗る正体不明のテロリストがバスターミナル内のロッカーにハードドライブを取りに来るはずなので、その場を押さえ、ドライブを回収して次のテロに関する情報を得るのが任務だ。

スポーツ・フェスでスター選手たちの警備に当たっていたディーコンの目の前で、将来有望な学生アスリート2人が覆面の男たちに拉致される事件が発生。拉致されたアイスとケイレブの「お目付け役」 として大学から雇われているヘザーは、2人が狙われた理由に心当たりがないと言うが……。

立て続けに3人の警官が撃ち殺される事件が起きる。何者かからのロス市警への宣戦布告なのか? S.W.A.T.は事件の目撃証言を元に捜査を進める。3人の被害者の共通点は、1年ほど前の高校乱射事件に関わっていたことと、事件後に医者のカウンセリングを受けていたことだ。

ナイトクラブをバイカー集団が襲う。そこで働いているケイトという女性を捜していたようだが、ケイトはもう店を辞めた後だった。彼女はスターになるのを夢見ており、最近知り合ったプロデューサーのところへ行ったらしい。

ベネット本部長補佐の夫が元所長だったベルウッド刑務所から、囚人6名が事故に乗じて脱走したと思われたが、実は計画的に仕組まれていたことが判明する。

ホンドーのいとこのアンドレが海兵隊の基地から脱走したと連絡が入り、ホンドーはダニエルと一緒に基地に向かう。軍警察のピーターズ大尉に話を聞くと、アンドレと同じ隊のランドールの遺体が発見され、アンドレに殺人の容疑がかかっているとのことだった。アンドレを見つけて真相を探るため、ホンドーは手掛かりを追う。一方、アルファロは、母親がコリンズから再び暴力を受けたことを知り、復讐しようとコリンズの居場所を捜す。

トラックの運転手が射殺され、運んでいた高級車が盗まれる事件が発生。犯人の顔写真を見たホンドーとディーコンは、10年前に死んだはずのトルク･ヴォーンが再びロスの街に現れたと知り、ショックを受ける。一方ヘザーのストーカー行為に辟易していたディーコンは、アニーの知り合いの弁護士に頼んで接近禁止命令の申し立てをすることに。

ドラッグ製造所から逃げ出した化学者たちをホンドーやアルファロたちが追っていると、走って逃げる化学者の足元で地雷が爆発する。ＬＡの他の場所でも地雷が爆発し、チームが調査を進めると、地雷はドローンで落として埋めたものだと判明する。そして“赤い剣”というグループから「ドミトリ･リコフを解放すれば地雷を埋めた場所を教える」という声明が届き…。危険にさらされたＬＡを守るため、チームが奔走するシリーズ最終話。