１９６３年西ベルリン。英陸軍軍曹ハリー・パーマーは軍法違反を犯しロンドンの刑務所に投獄される。その頃、核兵器開発に携わるドーソン教授が誘拐され、捜査に当たる特別諜報機関Ｗ．Ｏ．Ｏ．Ｃ．のドルビーは誘拐に関与している男と写真に写っていたパーマーに情報提供を求める。パーマーは服役免除を条件に捜査協力に同意、ドルビーの下で諜報員となり男に接触するため西ベルリンに戻る…。

パーマーはベルリンで掴んだ証拠を元にドーソン教授はまだ生きているはずだとドルビーに報告する。パーマーと同僚のＷ．Ｏ．Ｏ．Ｃ．の諜報員ジーンとチコはスパイの疑いがあるソ連大使館のストーク大佐とドーソン教授の周辺を調査する。命を狙われる危険に遭いながらも、パーマーとジーンは教授の核兵器開発に関わっていたモリスから教授が前衛的な治療を施す心療内科医を受診していた事実を掴み…。

パーマーとジーンの車を爆発させた元ＭＩ６のランドールがドーソン教授をベイルートに連れ去ったと断定したドルビーは、パーマーとジーンを現地に送る。一方、ドルビーは米軍のキャスカート将軍に面会し第二次対戦時の互いの経験談を共有するが、ドルビーに疑念を抱いた将軍はＣＩＡエージェントのマドックスに彼の調査をさせる。ベイルートに着いたドルビーはある男と密会し…。

ドルビーはドーソン教授の身柄を横取りしたのは米国だと推定、教授が開発していたのと同じ中性子爆弾という核爆弾の実験が行われる太平洋上の米軍の島にパーマーとジーンを送る。一方、ドルビーは単独でヘルシンキに向かう。マドックスはジーンのパーマーに対する不信感を煽り、彼女をＣＩＡに勧誘する。パーマーは米軍の女性心療内科医からある情報を得るが…。

キャスカート将軍はケネディ大統領から中性子爆弾計画を中止するとの通達を受けひどく失望し、マドックスに危険な提案をする。その頃、放心状態のドーソン教授が研究所に帰還する。パーマーは米軍から中国軍に引き渡され得体のしれぬ激しい拷問を受ける。ドーソン教授の聞き取り調査を行なっていたジーンはパーマーが所持していたメモに書かれていた「ＩＰＣＲＥＳＳ」の意味を解明し、ある行動に出る…。

マドックスは大統領訪英に合わせたキャスカート将軍の策略にパーマーを利用するため、中国軍の元から脱出を図った彼を拘束する。パーマーはドーソン教授と同様、記憶を一部失っていた。英国防大臣はドルビーにＷ．Ｏ．Ｏ．Ｃ．の閉鎖を示唆するが、チコら諜報員がある重大な情報を入手する。間もなく、ケネディ大統領と英首相の会談が行われ…。