おいち（葵わかな）は医師を目指し、父松庵（玉木宏）の診療所を手伝っていた。おいちには時々、何かを背負った人の心や、亡くなった人の影が見える能力があった。叔母のおうた（財前直見）から持ち込まれた縁談の相手、生薬屋『鵜野屋』の若旦那・直助（阿部進之介）も女性の霊を背負っていた。直助のために、その霊の無念を晴らそうとしたおいちは、直助の先妻と、女中のお梅（松本妃代）のふたりが不審死していることを知る。

おいち（葵わかな）は、『鵜野屋』の女中・お梅（松本妃代）の霊に頼まれ、毒をあおった直助（阿部進之介）の一命をとりとめる。直助毒殺を、お梅の母・お絹（黒沢あすか）をそそのかしたのは、『鵜野屋』の番頭・佐助（六角慎司）だった。おいちは、仙五朗親分（髙嶋政宏）と共に、お梅と先妻のお加世（中村映里子）が亡くなった時の詳細を問いただすべく、直介の父で『鵜野屋』の大旦那・直右衛門（榎木孝明）の元へ向かう。

おいち（葵わかな）は、幼馴染のおふね（水谷果穂）を訪ねたが、おふねは死産し自らも落命していた。おふねの相手を探しに歓楽街にいったおいちは二人組に絡まれたが、医者の十斗（葉山奨之）に助けられる。十斗は医者の山賀（尾美としのり）の弟子であるが、松庵（玉木宏）にも弟子入りしたいと訪ねてくる。十斗は松庵と二人の折に、松庵がかつて長崎で学び、御殿医にも推挙される腕であった過去を捨てている理由を問いただす。

おいち（葵わかな）の父・松庵（玉木宏）が自分の母を見殺しにしたと十斗（葉山奨之）が言い、おいちは衝撃を受ける。おうた（財前直見）は、はやり病のさなか、荒物屋の夫婦と大名の姫の両方を松庵が治療していたのだが、十斗の母親である荒物屋の妻が急変し亡くなったと説明する。そして、十斗を呼び、松庵が真相を語り始める。十斗の母親は妊娠していた。しかし病の身の上に、早産が重なり、母子ともに亡くなったのだと言った。

おいち（葵わかな）と、父松庵（玉木宏）の診療所に『いさご屋』の若旦那・庄助（平埜生成）が訪ねてくる。幼い日に死んだ姉・お京が、自分の中で生きていると庄助は怯えていた。おいちが謎を解くため移り住んだ『いさご屋』には飾り職人・新吉（工藤阿須加）が働いていた。世間を騒がす夜鷹殺しと、庄助の件にはつながりがあると考えたおいちと仙五朗親分（髙嶋政宏）は、事件の鍵を握るおよし（穂志もえか）の行方を追う。

おいち（葵わかな）が滞在する『いさご屋』の大旦那・吉兵衛（升毅）は亡くなった娘・お京に切り付けられたと証言する。一方、『いさご屋』の女中で姿を消していたおよし（穂志もえか）も何者かに襲われるが、仙五朗（髙嶋政宏）が救い出す。およしに若旦那・庄助（平埜生成）を助けてほしいと頼まれた仙五朗は『いさご屋』の人々を集め、吉兵衛の妻・お富（黒田こらん）と番頭の弐助（脇知弘）を番屋にしょっ引いていくが…

追ってから逃れ、おいち（葵わかな）の元で赤子・十助を生んだ滝代（湯川ひな）が何者かに殺される。滝代の残した短刀から滝代は武士の出であることがわかり、複雑な事情があることが分かる。残された十助は、上方に里子に出したというていで、おきく（銀粉蝶）らが営む『吾妻屋』に引き取られたが、国元から滝代と十助の行方を求め、侍が現れる。杉野小十郎（須賀健太）と名乗るその男は、滝代と十助の驚くべき素性を明かす。

滝代（湯川ひな）と十助を探す杉野小十郎（須賀健太）は、滝代が自分の兄の許嫁だったと話す。だが国元の側用人が滝代を殿の側室として差し出し、出世を図った事を告げた。殿の正室は家老の娘であったため、殿と側用人が急死で、滝代は家老一派に命を狙われる事になったという。今は密かに、『吾妻屋』に引き取られた赤子・十助だが、『吾妻屋』からおいち（葵わかな）に渡された文から追っ手に十助の居場所を掴まれてしまう。