小児科医の牧野（松下洸平）が、「学校医」として東多摩第八小学校に赴任した。仏頂面で「保健室にはなるべく来ないでもらいたい」と言い放つ牧野に、児童たちも、6年2組の担任・篠谷（森川葵）も唖然。牧野は医師を学校に常駐させるという新たな試みで大学病院から送られたのだが、その影にある事情を抱えていた…。 その日、いつものように保健室にやってきた児童・ゆき（増田梨沙）。授業中にもよく居眠りをしてしまうゆきは、保健室で寝る時間が心のオアシスだったが、「勝手に寝るな」と牧野に言われ、その平穏が破られる。 一方、やんちゃな児童・拓真（柊吾）は、裏山の立入禁止エリアにカッコいい秘密基地を発見したと大興奮。興味を持った宏哉（吉田奏佑）と大和（山口暖人）を引き連れて、裏山に行くことに。しかし、体調が良くないことを隠していた拓真は、藪の中で突然倒れてしまう…。篠谷と共に現場に向かった牧野は、拓真の症状を見て即座に病気を絞り込んでいく。 数日後、一向に居眠りが改善しないゆきについて、牧野に相談しに来た篠谷。児童の本心を理解する難しさを吐露する篠谷だが、気持ちを理解してくれない牧野と、言い合いになってしまう。するとそこに、ゆきがグラウンドで倒れたという知らせが届き―――。

東多摩第八小学校の体育館では、6年生を対象に、AED講習が行われていた。真剣に話を聞こうとしない児童たちに、牧野（松下洸平）は命の大切さを訴えるが、理子（中村たんぽぽ）は「牧野が患者を殺した」という啓（岡本望来）の言葉が気になっていた。 啓と理子の話を耳にした児童たちは、「保健室に行ってはいけない」など無責任なウワサを拡散。篠谷（森川葵）は牧野の普段の言動にも一因があると指摘するが、牧野は全く聞く耳を持たない。そんな中、腹痛が我慢できなくなった理子は、誰もいない保健室にこっそり入るが、牧野に見つかってしまう。 お腹以外にも異変が起こっていることに驚いた理子は、啓の忠告を無視して、牧野に助けを求める。 理子の不安を受け止め、改めて児童たちに病気を放置することの危険性を説く牧野。 そんな中、4年生の勇吾（湯田幸希）が突然、気胸で倒れてしまう…！緊急処置を行う牧野だが、勇吾が気胸となったのには、ある隠された原因があった。

かつて病院で担当していた患者・冴島直明（土屋陽翔）の姉が、6年2組の児童・冴島啓（岡本望来）だと知った牧野（松下洸平）。牧野を慕う直明のために、啓は保健室の悪いウワサを流して牧野を小学校から追い出し、病院に戻そうとしていたのだ。 牧野が小学校に赴任した後、直明の主治医となった咲間（吉沢悠）は、春頃には直明の手術ができるのではないかと母・環（ソニン）らに話す。退院することになった直明は喜ぶが、我が子の体調を第一に考える母から、学校に行くことを許してもらえない。 しかし、好奇心旺盛な直明は、環が留守の隙を狙って外出。啓は一緒についていくが、学校に忍び込んだ直明は啓の目を盗んで校内の探険に出かけてしまう。同じ頃、学校で怪談ツアーをしようと隠れていた拓真（柊吾）、宏哉（吉田奏佑）、大和（山口暖人）と出会った直明は、6年生の彼らと「友達」になる。一方、啓は学校で唯一直明のことを知っている牧野に助けを求め、一緒に直明を探すが、直明の体調は学校探険の途中で徐々に悪化していた…。

6年生の野外宿泊学校。2泊3日で共同生活をして、クラスメイトの知らない一面を見つけていく。嫌そうな態度を隠そうともしない牧野（松下洸平）に、篠谷（森川葵）は呆れ顔。 児童たちが非日常の空間でソワソワする中、水本羽菜（小西希帆）は浮かない顔をしていた。羽菜は、ウォークラリーでルートを外れて行動しようとするヤンチャな児童・藤野一希（上田琳斗）とも、同じ班の女子とも上手く馴染めずにいた。 羽菜を悩ませているのは、7月のある事件。クラスみんなで頑張って作った七夕飾りが、放課後、何者かによってめちゃくちゃに壊されたのだ。犯人だと疑われたのは一希だったが、真犯人は羽菜。羽菜は、孤独感から破壊衝動を抱えていた。一希は犯人を知りながら、秘密を守り続けていた。しかし羽菜は一希が誰かに本当のことを話してしまうのではないかと、野外学校中も気になってしまう…。 自分が犯人だとバレたら、クラスに居場所がなくなる。こうして羽菜は、衝動的に一希を川に突き飛ばしてしまう。現場を目撃した牧野は、羽菜と向き合おうとするが、一希と羽菜は2人で救護室から逃げ出してしまう…！

両親との関係で心に傷を負った羽菜（小西希帆）が、「自分で自分を壊してしまう状態の一歩手前にいる」と篠谷（森川葵）に言われた牧野（松下洸平）は、羽菜の自宅へ。牧野が「お前を助けたい」と羽菜に語りかける背景には、彼の苦い過去があった。 数か月前、牧野の働く大学病院にシングルファーザーの貴之（塚本高史）が息子の真琴（三浦綺羅）を連れてやってきた。牧野は真琴の症状と検査結果からインフルエンザと診断するが、2週間経っても熱は下がらす、貴之は再び真琴を連れて病院へ。高崎（田辺誠一）から別の細菌に感染していると診断を聞いた貴之は、牧野への不信感を募らせる。高崎は、患者や保護者の気持ちに寄り添うよう、牧野に忠告するが…。 そんな中、真琴のカルテを見て発熱の原因に気付いた牧野は、吉田（加藤千尋）が止めるのも聞かず、真琴の家に電話。しかし、牧野の強い口ぶりに怯えた真琴は、電話を切ってしまう。その後、貴之が来院予約をキャンセルしたと聞いた牧野は、貴之に無断で無理矢理真琴を病院に連れてきてしまい…。

保護者対応や行事の準備などで忙殺され、寝坊が目立つようになってきた篠谷（森川葵）を気に掛ける牧野（松下洸平）。芳野（ホラン千秋）や藤岡（平岡祐太）も初めて6年担任を持った篠谷を心配するが、人に頼るのが苦手な篠谷の「TO DO」を書いた付箋は増えていくばかりだ。 篠谷のクラスでは、れいか（畠中一花）や遥（斉藤百花）、芽依（凉川美春）の女の子グループと、珍しく話す凛（中田煌理）の姿が。しかし、流行りの色つきリップの話や、原宿に遊びに行くというれいかたちの遊び方に凛はついていくことができず、疎外感を覚えていた。 そんな中、篠谷がれいかの色つきリップを没収した件で、れいかの母が学校に乗り込んでくる…！ 不眠と食欲不振が続く中、「篠谷先生としゃべった人、ムシしようね」と書かれたメモ書きを教室で発見してしまい、心身ともに追い詰められる篠谷。ある日、帰宅途中に立ち寄ったコンビニで、色付きリップを見つめる凛を見かけるが…！

その日、意外にも保健室に来ている6年2組のれいか（畠中一花）。健康なのに保健室を出ようとしないれいかに、牧野（松下洸平）は迷惑がるが、何か事情があるのを察した篠谷（森川葵）は、牧野にれいかを託して教室へ。 れいかは率直な物言いをクラスメートのアローラ（コール レクシー）に感じ悪いときがあると指摘され、孤立していた。一方、授業終りに篠谷は、アローラたちにれいかと何があったのか話を聞く。 そんな中、牧野は6年1組担任の藤岡（平岡祐太）に頼まれ、不登校の児童・聡（渡邉斗翔）の家庭訪問に同行。 聡は父親が家を出ていってから部屋にこもるようになり、母の順子ともほとんど顔を合わせていないという。牧野は聡の健康状態を気にかけるが、看護師の順子は急な仕事のため、話もそこそこに出ていってしまう。 牧野と藤岡を無視して家を飛び出した聡は、様子を見に来ていたれいかと遭遇。聡の家出を目撃した藤岡が対応する中、牧野はバスに乗った聡とれいかを自転車で追いかけて…！

音楽会に向けて各クラスで練習が進む第八小学校。芳野（ホラン千秋）が担任する1年2組の真愛（英茉）は教室ではクラスメートと一緒に歌うことも、話すこともできず、母の彩を悩ませていた。 自宅ではコミュニケーションに問題はなく、授業態度や成績にも問題のない真愛は、なぜ学校で話すことができないのか。芳野と彩から相談を受けた牧野（松下洸平）は、真愛が社会的な場面でのみ声が出せなくなる「場面緘黙」だと判断。クラスでのケアについて芳野にアドバイスし、育て方が悪かったのかと自分を責める彩と一緒に真愛の自宅を訪ねる。 席替えで前の席になった未沙（沢田優乃）と仲良くなりたい気持ちはあるものの、真愛は自分の心の中にいるキャラクター・カピ太の後ろ向きな声に惑わされてしまう。牧野が「交換日記」で真愛の心を開こうとしているのを知った篠谷（森川葵）は、まずは牧野が真愛の「友達」になってあげればいいと言うが…。

心疾患を抱える直明（土屋陽翔）は、母の環（ソニン）らが待ち望んだ手術がようやくできることに。牧野（松下洸平）は、弟の手術に不安を隠せない啓（岡本望来）を励ますが、医師としての立場から「絶対大丈夫」と声をかけることができない。 一方、直明は入院中に仲良くなったるか（佐藤恋和）や、以前の学校探険で友だちになった拓真（柊吾）と宏哉（吉田奏佑）、大和（山口暖人）と元気になってからの「約束」を重ねることで、手術へ向けて一歩ずつ進んでいた。 しかしあるとき、直明は手術直後のるかの姿を見て、ショックで閉じこもってしまう。そんな直明のため、啓に頼まれて病院へ向かった牧野だが…。

卒業式が近づく中、保健室の牧野（松下洸平）のもとに、来月産休から復帰する養護教諭・岩見（はいだしょうこ）が引き継ぎの挨拶にやってくる。 そんな中、牧野が学校へ行く理由となった過去の患者・真琴（三浦綺羅）の様子を咲間（吉沢悠）に聞きに行った牧野は、真琴が「胸の痛み」を隠していることを知る。 精神的な原因があるのではと考えた牧野は、その「痛み」を取り除くのが自分の仕事だと、高崎（田辺誠一）に真琴のケアを願い出る。