忍びであった過去を隠すお凛（木村文乃）は、医師・源三郎（高橋克実）の助手として、血のつながらない娘のトキ（田牧そら）とともに平和に暮らしていた。ある日、トキの病を治す薬をもらうため、お凛と源三郎は遠く離れた岡田村へ。しかしそこで、2人は恐ろしい化け物に襲われてしまう。それは人を喰らう生きた屍・“群凶”だった……。一方、謎の男・士郎（田中樹）は遊郭を訪れ、遊女に自分の出自を打ち明けるが……。

力士群凶に襲われ絶体絶命だったお凛たちを救ったのは、剣術の達人・十兵衛（山本耕史）だった。薬を手に入れたお凛と源三郎は、同行を買って出た十兵衛とともに、トキが待つ多胡宿へと急ぐ。一方、人としての意識を保ちながら群凶になってしまった男・士郎もまた、ある目的をもって多胡宿に向かっていた。その頃、お凛の母親であり、忍びの頭領の氷雨（富田靖子）は、群凶たちの出現を機に何やらたくらんでいた……。

群凶と化した兵藤（高橋光臣）に襲われるトキ。その窮地に現われたのは士郎だった。一方、徳川の命を受けた十兵衛とヒデロウ（西村拓哉）は、源三郎の身柄を拘束する。その後、お凛は士郎と一緒にいたトキと再会するも、捕らわれた源三郎を救い出すため、十兵衛率いる討伐衆と対峙することになる。さらに、忍び集団を引き連れた氷雨が多胡宿に姿を現わして……。それぞれの思惑が交錯する中、思いがけない悲劇がお凛を襲う――。

お凛とトキの絆を引き裂く、残酷な運命。生きる気力を失い、タツ村の牢獄に入れられたお凛は、女囚のひばり（佐藤江梨子）から嫌がらせを受けていた桜（穂志もえか）と出会う。タツ村では学者のセンヤ（室龍太）が群凶にまつわる薬の開発を行なっており、それが元となってお凛たちが惨劇に見舞われる事態に。一方、柳生宗矩（矢島健一）の命によりタツ村に左遷された十兵衛は、ヒデロウから思いも寄らぬ報告を受ける。

士郎の行方を追って、桜の故郷である墓里村を訪れたお凛。しかし既に士郎は去った後で、隠れキリシタンの老婆スエ（濱田マリ）からトキがよみがえった事実を知る。お凛は病にかかった桜の息子・勘太を看病し、墓里村の人々に信頼されるようになるが……。一方、江戸城に連れ去られた士郎は牢獄から抜け出し、血を分けた家光との邂逅を果たす。そして十兵衛と家光は、徳川家の安寧の背後に隠された、恐るべき真実を知ることになる。

士郎の抹殺を十兵衛に命じる家光。一方、お凛はトキとの再会を果たすが、商売のためにトキを利用しようとする氷雨によって彼女をさらわれてしまう。トキとともに異国へ旅立つことを決意した士郎と、家光の命に従い討伐衆を率いる十兵衛。そしてトキを救うべく、氷雨と再び対峙する覚悟を決めたお凛。群凶たちがうごめく中、それぞれが死闘を繰り広げることに……。壮絶な戦いの果てに、お凛と士郎が選んだ、生きる道とは……。