国土安全保障省の職員を殺害した犯人を追い、ブライスが新たに組織したタスクフォースがロサンゼルス中を駆け巡る。ミーチャムとオリベラスは衝突し、そして衝撃の事実が明らかになる。

タスクフォースは港の積荷に関する情報と引き換えに、麻薬カルテルの危険な任務を遂行するべくメキシコへ向かう。

謎の男「ボルチェク」の正体と行方をつかむため、チームは一か八かの脱走劇を仕掛ける。

仲間を失った痛手からまだ立ち直れないチームは、ティムール・ノビコフの叔父ミハイルを追跡し、ボルチェクをおびき出す作戦を立てる。

ボルチェクの正体と最終目的は何か。その答えとなるファイルを捜し求めて、チームはベラルーシ領事館を訪問する。

新たな手がかりを追ってカリフォルニアの砂漠地帯へ向かうチームだが、容疑者逮捕に手こずってしまう。その頃、ボルチェクは計画を次の段階へと進めていた。

チームは手分けして３つの新たな手がかりを追う。一方、アスタポフ総領事の護衛チームがボルチェクに計画を断念するよう、力ずくでの説得を図る。

ロサンゼルス市内に大量破壊兵器を仕掛けたボルチェクを捕えようと、チームの必死の追跡が始まる。

リーダーの命が危ぶまれ、ミーチャムの病状も刻一刻と悪化する中、チームはついに敵の最終計画と対峙する。残された時間はわずか。果たして阻止することができるのか。

タスクフォースは巨大都市を救うため、ボルチェクと激しく衝突。事件が解決し、ミーチャムが治療を受けることを決める一方、シークレット・サービスのライアン・フィッツジェラルドが新たな脅威と対面する。

シェパードは６番キャビンで回収された声明文の解読に取り組み、残りのメンバーは逃走中の容疑者を追跡する。

２人目の犠牲者が出て緊張が高まる中、チームは容疑者に関する驚くべき新事実を突き止める。