ある夏の夜、新庄政宗（斎藤工）は逡巡しながら高級住宅街へと車を走らせていた。彼は、これから裕福な病院長の娘である七瀬凛（永尾柚乃）を誘拐しようとしていた――。 実は、新庄の娘・芽生（日下莉帆）は重い心臓病を患っており、莫大な手術費用を確保するため、妻の汐里（安達祐実）が誘拐を計画したのだ。だが、元来お人よしな性格の新庄は実行日になっても踏ん切りがつかず、電話で逐一指示してくる汐里に押し切られる形で、ついに目的の院長宅近くまでやって来る。 ところが、新庄の車の前に、ひとりの女の子が飛び出してきた。間一髪、急ブレーキで事故を免れた次の瞬間、その少女は気を失って倒れてしまう。あわてて駆け寄った新庄は、少女の顔を見てビックリ。気絶した女の子こそ、誘拐のターゲットである凛だったのだ。 あっさり誘拐が成功して拍子抜けする新庄だったが、目を覚ました凛が発したのは「私は誰なの？」という思いもよらない言葉だった。どうやら凛は記憶喪失になっているらしく、新庄はとっさに自分がパパで凛は娘の芽生だとウソをついてしまい、以来、"父親役"を演じるハメに…。 その後、新庄は凛の父親・七瀬守（半田周平）に身代金要求の電話をかけるが、なぜかつながらない。不審に思って院長宅まで様子を見に行くと…門の前にはパトカーが並び、マスコミと野次馬が入り乱れていた。なんと、凛の両親である院長夫妻が何者かに殺害されていたのだ。 こうして、誘拐はともかく、一気に殺人容疑者となってしまった新庄。しかも、誘拐した凛は多言語を操り、博識で発想も鋭い天才児であることが判明する。さらには正体不明の男が凛を連れ去ろうと襲いかかってきて――!?

「あなたは誰？　私は誰？」――。“８歳の天才少女”七瀬凛（永尾柚乃）に問い詰められた新庄政宗（斎藤工）はついに観念し、心臓病の娘・芽生（日下莉帆）の治療費を工面するために、裕福な病院長の娘である凛を誘拐したこと、そして凛の両親が何者かに殺害されたことを白状する。 真実を知った凛はショックを受けながらも、新庄と別れ、家に帰るためひとり警察署に向かう。しかし署に到着する直前、パトカーを見た凛は誘拐された日の記憶を一瞬、取り戻してがく然とする。あの日、凛は“何か”から必死に逃げていたが、自宅の前で目にしたのはパトカーの灯だった…。ということは、犯人は警察の人間なのか!?　あわてて戻ってきた凛は、再び新庄とともに逃亡する道を選ぶ。 一方、所轄の刑事・須之内司（江口洋介）は、防犯カメラに映っていた新庄と凛の姿に違和感を覚えていた。新庄の手を引いて逃げていたのは、ほかならぬ凛だったからだ。刑事たちは一様に殺人の前科のある新庄が凛を誘拐および彼女の両親を殺害したものと考えていたが、須之内だけは新庄が単なる誘拐犯だとは思えずにいた…。 須之内たちは新庄の妻・汐里（安達祐実）の居場所を突き止め事情を聴くが、汐里は新庄が今、どこにいるかもわからないと話し、３年前に家族を捨てて出て行った自分は母親失格だ、と涙する。また、芽生の入院先が、凛の父が院長を務める病院であることを知った須之内たちは、凛の大叔父であり病院の副理事長である七瀬富雄（長谷川初範）のもとも訪ねるが、彼のかたわらには弁護士・山崎忠（深澤辰哉）がかしずいていて…。 そのころ、誘拐を計画したのが汐里であることを知った凛は、彼女に会うため新庄とともに芽生の病室に向かう。しかし、病院には警察が張り込んでいて…。しかも、謎の男が引き続き凛の行方を追っていて…!?

謎の男に襲われた新庄政宗（斎藤工）と七瀬凛（永尾柚乃）の窮地を救ってくれたのは、新庄の妻・汐里（安達祐実）だった。すでに指名手配されている新庄は街を歩くことも難しく、凛とともに汐里のマンションにかくまってもらうことに。 凛は誘拐を企てた汐里が自分の両親を殺した犯人ではないかと疑うが、汐里は凛が虐待されているという噂を聞いて誘拐を計画したと打ち明け、両親を殺してしまったら身代金も手に入らず元も子もないと、疑惑を否定する。 それでも汐里をあやしむ凛は、新庄を引き連れてこっそり尾行。すると、仕事を終えた汐里は、思いもよらぬ場所に足を運んでいて…!?やがて、汐里が３年前、新庄と芽生（日下莉帆）のもとから姿を消した衝撃の理由が明らかに…！汐里が抱えてきた壮絶な秘密とは…!? 一方、所轄の刑事・須之内司（江口洋介）たちは、七瀬家の監視カメラが事件の数日前に撤去されていた事実を知る。警備会社の担当・松田真明（春海四方）によると、撤去を命じたのは凛の父・守（半田周平）で、それにともない、過去のデータも削除したという。犯人にとってかなり都合のよい状況に須之内は疑問を抱くが、松田にはアリバイもあって…。 その後、汐里のマンションを出た新庄と凛は警察、そして謎の男に追われ、またしても絶体絶命の危機に見舞われて――!?

新庄政宗（斎藤工）が目を覚ましたのは、医学博士・水原由紀子（内田有紀）が研究のために使っている別荘だった。頭部に装置を取りつけられたまま眠る七瀬凛（永尾柚乃）を見て、新庄は「凛を返せ」と食ってかかるが、水原は「あの子は人類の希望」だと告げ、「ここはあの子にとって最も安全な場所です」と冷静に制止する。 その後、水原は自分が凛を追っていた驚くべき理由を説明する。それは天才少女・凛の頭脳に潜む壮大な秘密で――!? 水原は凛の身を守るためにもこの別荘で彼女をかくまうと告げ、新庄には凜と決別し、しばらくの間、どこかで身を隠してほしいと頼む。その代わり、新庄の娘・芽生（日下莉帆）の心臓手術を手配し、退院後の面倒も全面的に見ると持ちかける。 凛にとっては、無一文の指名手配犯である自分と逃亡するより、ここにいるほうが幸せなのではないか…。そう考えた新庄は、ついに凛との別れを決意するが…!? そのころ、県警の刑事部長・辰岡泰明（徳重聡）が部下を引き連れ、須之内司（江口洋介）ら所轄の刑事チームのもとに乗りこんでいた。辰岡は、今後は自分の指揮下で県警の捜査一課チームが捜査を行うと宣告。須之内ら所轄刑事は捜査から排除されてしまう…！

医学博士・水原由紀子（内田有紀）の別荘から逃げ出した七瀬凛（永尾柚乃）は、シンガポールの投資会社“Zキャピタルズ”の日本支部長・ケビン福住（鈴木浩介）につかまってしまい、再び別荘へ。Zキャピタルズは天才少女・凛を生み出した“次世代知能開発プロジェクト”に多額の出資をしており、福住は計画の統括責任者のような役割を担っているらしい。凛は、新庄政宗（斎藤工）が死ぬようなことがあったら自分も死ぬ、彼をここへ連れてきて、と福住に要求する。 そのころ、新庄は刑事・須之内司（江口洋介）に逮捕され連行される寸前だったが、福住から指令を受けた部下・鮫洲豪紀（栄信）が須之内を襲い、また水原の別荘に連れ戻され、凛と再会をはたす。 凛の父・守（半田周平）が開発した“天才を作りだす薬”の組成表を探している福住は、七瀬家を捜索すべく、凛の大叔父・七瀬富雄（長谷川初範）に“ある取引”を持ちかける。その結果、新庄と凛は思いもよらぬ状況に追い込まれ…!? もし組成表が見つかったら自分の存在意義は消失し、新庄もろとも殺されるかもしれない…。そうにらんだ凛は外部に助けを求めようと考える。新庄と凛は見張りの目を盗みながら、別荘のどこかにある非常用の電話回線を探すが、その矢先、凛は事件当日の記憶を取り戻して…!?はたして凛の両親を殺した犯人は誰なのか…!?

医学博士・水原由紀子（内田有紀）の別荘に軟禁されている新庄政宗（斎藤工）と七瀬凛（永尾柚乃）が非常用の電話回線を使って電話をかけたのは――かつて凛の家庭教師を務めていた弁護士・山崎忠（深澤辰哉）だった。凛は自分たちの逃亡に手を貸してほしいと協力を要請するが、山崎は「残念でした。あなたは何も知らないんですね」とすげなく拒絶!?天才少女・凛ですら思いもよらなかった“秘密”を明かして…!? その後――山崎のもとに誘拐犯を名乗る謎の人物から脅迫電話が入る。「凛が生きていることを公表されたくなければ30億円を用意しろ」という内容だったが、それは“意外な味方”を引き入れた新庄と凛による“反撃ののろし”にほかならず…。 この電話を皮切りに２人は大胆不敵な逃亡計画をスタートするが…はたして２人に手を貸してくれたのは誰なのか!?脅迫電話の件を知ったケビン福住（鈴木浩介）は激怒するが、新庄と凛は無事、彼らのもとから逃げ出すことができるのか!?そして、この計画の遂行中、新庄は水原博士が次世代知能開発プロジェクトに入れ込んだ、衝撃の“理由”を知ることになるが…!? そのころ、刑事部長・辰岡泰明（徳重聡）率いる県警の捜査一課は、元警備会社社員・松田真明（春海四方）の自供に基づき、凛の父・七瀬守（半田周平）を殺害したのは松田と断定、誘拐犯の新庄と人質の凛は死亡したものとして一連の捜査を終了する。しかし、納得できず独自に事件を調べる須之内司（江口洋介）は、30年前の事件には“続き”があることを知り…。

ついに最終章突入――。 弁護士・山崎忠（深澤辰哉）、医学博士・水原由紀子（内田有紀）の２人を味方に引き入れ、逃亡計画を実行した、新庄政宗（斎藤工）と七瀬凛（永尾柚乃）。新庄は、凛を手に入れようとする投資会社“Zキャピタルズ”の日本支部長・ケビン福住（鈴木浩介）を取り押さえることに成功する。 一方、身代金の受け渡し場所に現れたのは、刑事・須之内司（江口洋介）だった。実は、新庄は須之内に電話をかけ、ひそかに協力を依頼していたのだ。娘・芽生（日下莉帆）の手術を見届けたら自首をしてすべてを話す、という新庄の言葉を信じた須之内は捜査本部には黙って現場に乗りこみ、鮫洲豪紀（栄信）を逮捕する。 福住も確保し、鮫洲も捕まり、新庄と凛はついに芽生の手術に向かう。須之内に語ったとおり、新庄は芽生の手術が終わったら凛を山崎に託して自首し、それで事件をすべて終わりにするはずだった。 ところが、警察上層部にZキャピタルズからの圧力がかかったのか、鮫洲たちが釈放されてしまう。そして病院に到着する寸前、凛は再び福住、鮫洲らにさらわれ、山崎にも絶体絶命の危機が襲いかかり…!?　そんな中、須之内の捜査により、新庄の過去にまつわる“衝撃の秘密”が浮かび上がって…!?