光緒（こうしょ）帝による戊戌変法の失敗から12年後。都では"龍震離九"と刻まれた謎めいた石碑と瓷器が見つかり、天下急変の兆しと噂が広まっていた。内務府総管･存清（そんせい）は44日後の芒種の日に政変ありと見て、都とその周辺で"九"に関わるあらゆる情報を集めるよう指示。まさにそのころ、天津の客桟で９名が殺される事件が発生する。

天津の県衙捕吏・王家洛（おうからく）は、９名が殺された客桟の事件現場でただ一人生き残った娘・林安静（りんあんせい）に、下手人の棱西人・融天嶺の一団を捕らえることを誓う。一方、元御前侍衛の"門三刀"こと伊爾根覚羅穆青（イルゲンギョロぼくせい）は、収監されていた間に弱体化した清国の状況に怒りをあらわにしながら、浄壇密蔵の地図を盗み出した者を驚くべき速さで特定する。

密蔵の地図を受け取った男は穆青と王家洛の目の前で自死してしまう。その後、家洛は融天嶺が向かったと思われる質店へ。穆青は客桟で殺された９人の遺体を調べ、融天嶺の殺し方であることに気づく。そのころ淇（き）親王こと愛新覚羅載淇（アイシンギョロさいき）は、仕事を依頼した融天嶺の掌門・卓不凡（たくふぼん）が、首尾よく地図を入手したことを喜んでいた。

穆青ら内務府の一団と卓不凡ら融天嶺は、天津からそれぞれ上海に向かう途中で日本人の刺客に狙われる。融天嶺の唐雨（とうう）ら数名は日本人に変装して違う道で上海に向かうが、棱西訛りが仇となって穆青らに追跡されることに。そして夜、穆青らに襲撃されて唐雨は山中へと脱出するが、その行く手に思わぬ人物が立ちふさがる。

上海に到着した穆青と存清の部下・格泰（ゲタイ）は、密蔵の秘密を握る同盟会の男・譚先（たんせん）を融天嶺に先んじて確保しようと繁華街に見張りを配置する。だが譚先が同盟会の同志と落ち合うと思われる珈琲館周辺には、融天嶺に加えて、密蔵を狙う日本人・清伊信風（せいいしんふう）らが率いる武装集団も潜んでいた。そこへ譚先が護衛と共に現れ、状況は一気に緊迫する。

珈琲館に逃げ込んだ譚先とその護衛・柳琳（りゅうりん）は、租界の巡捕房に保護され飯店に護送される。巡捕房の探長は２人が脱出できるように港まで護衛すると申し出るが、譚先にしてみれば危険が伴うことに変わりはない。同盟会の同志と接触する手段がなくなった今、密蔵の情報をどうやって伝えるべきかーー譚先は悩んだ末、ある行動に出る。

柳琳は飯店を脱出するが、そのことは融天嶺と内務府、そして日本人たちの三派に察知されていた。穆青は内務府侍衛たちに柳琳を追跡させて自らは飯店に向かうが、卓不凡に行く手を阻まれる。その間に融天嶺の霍芩（かくきん）が譚先の部屋に侵入して密蔵の情報を聞き出そうとするが、譚先は秘密が記された手紙を燃やしてしまう。

穆青は淇親王の子女でかつての恋人・烏蘭珊（ウランシャン）に招かれ、揃いの珊瑚の数珠を渡される。柳琳は飯店に戻るが、部屋に譚先の姿はなく、手がかりもない。それどころか、その部屋に宿泊していた骨董商・ラッキーこと林浩瀚（りんこうかん）に口説かれる羽目に。柳琳は密蔵の秘密を入手するため、譚先が持っていた手紙に書いてあった山西に向かう決意を固める。

ケガをした王家洛は、融天嶺の追跡を内務府に任せるよう穆青から改めて諭されるが、捕吏の職務を全うする決意に変わりがないことを伝えて断る。穆青はそんな家洛に腹を立てながらも、その抜きん出た洞察力と行動力を認め、泳がせて融天嶺を追跡させることに。そして自らはあることが気になり、譚先が泊まっていたホテルに向かう。

存清は捕らえた反乱分子から、政変を起こす日が芒種の日ではないことを聞き出す。だがそれは、まさにその反乱をもくろむ淇親王が内務府を攪乱するために掴ませた偽の情報だった。穆青と話し合って卓不凡ら融天嶺の背後にいるのが淇親王であるという確信を得た存清は、卓不凡よりも早く密蔵を入手するよう穆青に厳命する。

林浩瀚と柳琳は上海から列車で汾州府に到着するが、柳琳は下心が見え見えの林浩瀚に心を許さず、翌日さっさと姿を消す。一方、林浩瀚は内務府侍衛に捕らえられ、穆青らの行く先々に現れるその行動を怪しまれて厳しく尋問される羽目に。だがその鑑識眼を買われ、平遥まで穆青らに同行し、必要な時に協力することになる。

汾州府の元捕吏・秦（しん）老人を訪ねた穆青と格泰は、44年前に内務府が追った墓泥棒・鏟子（さんし）とその家族を守った塞外の手練れこそ、浄壇密蔵の秘密を知る南少林寺菩提院の継承者ではないかと考える。王家洛は汾州府にたどり着き、ある人物の紹介状を携えて陸軍第四十三協を訪ねるが、みすぼらしい格好だったために追い払われてしまう。

汾州府に潜伏する卓不凡らは、菩提院継承者の墓の場所を知る柳琳を発見して尾行するが、その動きは融天嶺の大師兄・于煥潔（うかんけつ）によって清伊信風ら日本人に漏れていた。穆青らは汾州府の村で話を聞き、郊外の無縁墓地に鏟子の墓があるという情報を得る。そして密蔵を追う者たちは、奇しくも時を同じくしてその墓地にたどり着く。

林浩瀚と柳琳は汾州府の街に逃げ戻るが、内務府侍衛にあっけなく捕らえられてしまう。穆青は密蔵の手がかりを得るため、かき集めた欠片から骨壺を復元するよう林浩瀚に指示。更に汾州府陸軍協の協軍校となった王家洛と会って酒を酌み交わすうちに、謎の和尚が家洛と自分を助け、融天嶺のいる所へと導いていたことに気づく。

王家洛は、汾州府の妓館から逃げ出して連れ戻されそうになっている娘が林安静であることに気づいて救い出す。行く先々に安静が現れることに家洛は再び疑念を抱くが、しまいには安静の申し開きを受け入れて行動を共にすることに。一方、卓不凡はある決意を固め、融天嶺師伯の莫堃（ばくこん）と弟子たちに山西を脱出する計画を打ち明ける。

二手に分かれた融天嶺を、穆青ら内務府と王家洛率いる陸軍の兵が追う。穆青は北に向かった卓不凡らは追っ手を引き寄せるための餌と見て、東に向かった于煥潔と秦沱（しんだ）、そして莫堃らの集団を追跡。莫堃は于煥潔らに卓不凡の計画を明かして先に行かせ、自らは盾としてその場に留まる。だが逃げた于煥潔と秦沱らにも追っ手が迫っていた。

密蔵の手がかりを求めて、穆青らは列車で福建に向かう。一行には王家洛と林安静が加わり、林浩瀚と、まだ秘密を知っていると思われる柳琳も同行させられていた。道中、家洛は安静に身の上話をし、法を守り清国の繁栄を取り戻す夢を熱く語る。だが一行が下車した江蘇では、腐りきった地方官員のせいで大勢の民が飢えに苦しんでいた。

烏蘭珊の夫で北洋の将軍・鐘海潮（しょうかいちょう）は、北洋の要人・謝（しゃ）先生に淇親王の動きを報告する。卓不凡ら融天嶺は穆青より先に福建に到着して街の住民に安慧寺の場所を聞いて回るが、なぜかその名を知る者がいない。手詰まりになったかに見えた時、道ばたにいた僧が口を開く。その僧は、これまで穆青や王家洛を導いてきた謎の男・姜恨（きょうこん）だった。

卓不凡らが浮土寺の僧に行く手を阻まれている間に、穆青らは門内で年若い住職と対面する。住職は穆青のほか、その場で合い言葉を口にした柳琳の２人だけを堂内に通し、ある人物の手紙と密蔵の地図が収められた入れ物を穆青に渡すが、入れ物の中身は既に破棄されていた。住職は更に密蔵の糸口となる紙切れを取り出すが…。

穆青と柳琳は、浮土寺でそれぞれが託されたことを誰にも口外しないよう申し合わせる。穆青の言動に以前から相通ずるものを感じ取っていた柳琳は、都へ戻る列車の中でまたもや革命の理想を説こうとするが、穆青は聞く耳を持たない。一方、卓不凡の報告と要求に立腹した淇親王は、密かに于煥潔を呼び出してあることを命じる。

穆青は菩提院第三代継承者・程昱（ていいく）から受け継いだ三法印剣の鍛錬に励んでいた。淇親王はかつて大内侍衛だった姜恨と欒奕（らんえき）が達磨院継承者を取り逃がしていたことを知る。更に近年、天津近郊で、錯乱した老人が自ら武林の宗師と触れ回っていたという報告が。その老人は達磨院継承者なのか？ 親王の命を受け、卓不凡らが天津に向かう。

穆青は柳琳がさらわれないように、自分の屋敷からある場所に預けることにする。一方、酔った勢いで王家洛と一夜を共にした林安静は、かつてスパイをした相手に本気で恋したことを思い出していた。しまいにその男を、自らの手で殺したことも…。卓不凡らは捜していた老人を見つけるが、その常人離れした強さに手こずっていた。

穆青から封印が収められていた入れ物の鑑定を依頼された林浩瀚は、入れ物が全部で４つあることを報告。王家洛は穆青に達磨院の封印を手に入れたと嘘をつき、継承者が言い残した"５月６日"、"宝和客桟"という言葉を伝える。それは封印の継承者たちが集まる日にちと場所なのでは？ 穆青は客桟の場所を調べるが手がかりは得られない。

穆青と再び剣を交えた卓不凡は、穆青が菩提院の三法印剣を身につけたことに気づき、自らも南少林寺の奥義を入手しようと決意を新たにする。林安静と大沽の家で暮らすようになった王家洛は、意を決して安静に求婚。柳琳は烏蘭珊の部屋で引き出しにしまい込まれていたある物を見つけて言葉を失う。振り向くと、烏蘭珊が銃を構えていた。

都の繁華街に林浩瀚の骨董品店が開業する。開店式に招かれた穆青と王家洛は密蔵の手がかりについて情報を交換。華やかな式典が進行する中、烏蘭珊と再会した穆青は、清国について彼女が口にした本音に動揺する。家洛は林浩瀚に見繕ってもらった美しい指輪を林安静に贈り、正式に結婚の意思を伝えるが、安静の表情は複雑だった。

淇親王に謀られた姜恨は、傷を負いながらも囲みを突破して脱出。穆青の屋敷にたどり着き、驚く穆青に自らが果たしてきた役割と、程昱から託された秘密を伝える。密蔵の場所を知るには、戒律院、達磨院、菩提院、そして般若堂の４つの封印が揃わなくてはならない。そして封印を持つ４人の首座が30年ごとに集う場所とは…。

福建に出発する烏蘭珊からあることを伝えられた穆青は、怒りをあらわにして柳琳を問い詰める。だがその一方で、自らの進むべき道に苦悩していた。悩んだ末に亡き光緒帝の陵墓を訪れ、墓守の老人の家で内務府侍衛の腰牌を見つける。そこには福建の浮土寺で柳琳が口にした合い言葉と、"欒奕（らんえき）"という名が刻まれていた。

存清は淇親王の前で跪き、清国と民のため謀反を実行に移さないよう訴えるが、淇親王にはねつけられる。覚悟を固めた存清は、福建に向かう穆青に、自分に不測の事態が起きた場合も密蔵探しを続けるよう厳命。そして子飼いの部下である格泰と杯を交わしたのち、決死の任務に送り出す。格泰が向かった先は劇場。その特等席にいたのは…。

王家洛と福建に向かいながら、林安静は別れた少女と自分の幼い頃を重ね合わせ、複雑な思いに囚われる。福建に到着した烏蘭珊は、鐘海潮が女を囲っている軍営を前触れもなく訪れ、海潮を慌てさせる。更に福建に転属になった理由について尋ねるが、海潮は答えない。穆青らは43年前に欒奕が泊まった福建の客桟を訪れ、手がかりを探る。

妓楼の林（りん）老人は穆青に語る。43年前、欒奕が率いる大内侍衛の一隊は香花僧の呉双宝（ごそうほう）を追って浮土寺にたどり着いた。だが常人離れした武術の達人の呉双宝は、逆に欒奕を拘束。３年後、御仏に感化され欒奕が得度すると、呉双宝は姿を消したという。実は、呉双宝は般若堂の封印の継承者だったのだ。林老人は継承者の思いも穆青に伝える。

30年の約束の日を前に、穆青ら内務府侍衛と柳琳は客桟・仄沢居に到着。続いて到着した王家洛ら四十三協の兵たちと酒盛りを始める。だれもが酔い潰れた頃、林安静は宿を抜け出し、清伊信風に穆青らの様子を報告する。一夜明けて、卓不凡ら融天嶺も仄沢居に到着。于煥潔は鐘海潮に、卓不凡が裏切るかもしれないことを知らせる。

いよいよ30年の約束の日が来た。鐘海潮は福建の北洋駐屯軍に、般若堂の継承者を見つけ次第捕らえるよう指示。清伊信風らは海潮と結託したものの信用はせず、なおも仄沢居の監視を続ける。穆青は柳琳に、宿から脱出して郊外の黄記肉舗に行くよう指示。そして穆青、卓不凡、王家洛の３人の継承者は、宿の中庭で般若堂の継承者を待つ。

穆青は卓不凡と存分に手合わせして、互いに認め合う間柄となる。仄沢居に戻った２人は王家洛と共に再び般若堂の継承者を待つが、夜になり現れたのは封印を狙う清伊信風ら日本人の手勢だった。穆青ら３人は迎え撃とうとするが、体が思うように動かない。実はしばらく前に食べたものの中にしびれ薬が…。封印の継承者たちに危機が迫る。

林安静が清伊信風らの宿に密かに出向いて状況を報告していた頃、王家洛は仄沢居から血痕をたどってその宿屋に辿り着く。家洛はそこで会話を立ち聞きし、安静が日本人の放った密偵であることを確信。安静は宿屋から出たところで家洛に問い詰められ、諜報活動をしていたことを認めるが、その一方で家洛への想いを涙ながらに吐露する。

穆青と林浩瀚、そして卓不凡と霍芩は黄記肉舗の主人らに助けられて危機を切り抜ける。聞けば黄記肉舗の者は皆、南少林寺の武芸の達人で、何代にもわたり封印の継承者が現れるのを待っていたという。卓不凡は剣を捨て、霍芩の気持ちをようやく正面から受け止めることを決意。そして故郷で穏やかに暮らそうと穆青らに別れを告げるが…。

浮土寺に来た王家洛は穆青に斬りかかるが、全く敵わず、あっさり縛り上げられてしまう。その後、船上で目を覚ました家洛は、穆青から封印の真実を聞かされて愕然とする。穆青は改めて家洛を説得しようとするが…。結局、密蔵を手にするのは誰なのか？ 一月半にわたって大陸を駆け巡った激動の物語が、ここに完結する！