冤罪被害者の救済に取り組む団体「チーム・ゼロ」に所属する弁護士・藤嶋翔太（中島裕翔）のもとに、1通の手紙が届く。「信じてくれ、俺はやってない」。それは、25年前、岐阜県郡上八幡で起きた一家惨殺事件の犯人として死刑判決を受けた宮原信夫（五頭岳夫）からのものだった。藤嶋は、「チーム・ゼロ」のリーダーである東山佐奈（仁村紗和）、親友の安野草介（金子大地）たちとともに事件当時の資料を調査していくが……。

藤嶋たちは、宮原の担当弁護士・大坪志郎（綾田俊樹）の資料から、冤罪の可能性を示す証拠を見いだす。しかし宮原の指紋が凶器に付着していたという難題を打ち崩せず、チーム・ゼロは行き詰まる。一方で、宮原に死刑を求刑した検事で、現在岐阜地検のトップに君臨する稗田一成（緒形直人）は、チーム・ゼロの動きを察知して秘密裏に動き出す。藤嶋は安野とともに宮原のひとり息子・塚田信也（吉村界人）に話を聞こうとするが……。

藤嶋は郡上で出会った喫茶店の娘が、吉田川事件でただひとり生き残った棚瀬梨沙子（川島鈴遥）であったことを知り、衝撃を受ける。梨沙子に自分が宮原を冤罪から救済しようとしていることを言い出せず、葛藤する藤嶋。一方で、単独で調査を進める佐奈は、再審請求の突破口をつかみかけていた。事件の指紋鑑定を担当した志村寛文（近藤芳正）の新証言を元に再審請求に挑む藤嶋。しかし、三者協議当日、予期せぬことが起こり……。

佐奈を失ったチーム・ゼロは、週刊誌記事により加熱した批判的な世論にさらされ、宮原の冤罪救済を断念せざるを得ない状況に追い込まれる。それでも、宮原は絶対に無実、と言い切った佐奈の想いを受け継ぎ、単独で支援を継続しようともがく藤嶋。しかし、失意の安野とも関係が悪化し、再審請求の糸口を完全に見失ってしまう。そんな中、信也が藤嶋たちのもとを訪れ、佐奈に関する意外な事実を口にする。

橋の下で見つかった手提げ金庫に付いていた指紋に重要な鍵が隠されているとにらんだ藤嶋と安野。再審請求の突破口を見つけるため、事件の主任鑑定官を務めた廣川光昭（渡辺いっけい）の元を訪ねる。一方、稗田は法務大臣の鈴木良蔵（益岡徹）から宮原の死刑執行が内定したことを聞かされ、動き出す。25年を経て明らかになる吉田川事件の真実とは。宮原の死刑執行が近づく中、藤嶋たちは最後の望みを懸けて再審請求審へと挑む。