物語は、後に「人斬り」と恐れられる男、岡田以蔵の悲劇から始まる。純粋に強さを求める心優しい青年だった彼は、師・武市半平太の冷酷な謀略によって心を壊され、復讐の念から最初の刃を振るう。 以来、彼はただ命じられるままに人を斬り続ける、魂のない人斬りへと堕ちていった。 京の闇で、土方歳三は変わり果てた友・以蔵と再会する。壬生浪士組副長としての使命と、断ち切れない友情との間で葛藤する土方。二人の勝負は、互いの命を削る壮絶な死闘へと発展する。 しかし、血と刃が交錯する中で、二人は剣を交える純粋な喜びを思い出し、最後は拳で互いの魂を確かめ合う。それは、血の宿命に引き裂かれる二人の、最初で最後の魂の救済だった。

壬生浪士組に再び悲劇の刃が突き立てられる。近藤派の若き隊士・佐々木愛次郎が無残に殺害されたのだ。師である永倉新八は、静かなる復讐鬼と化し、単身で犯人である芹沢派の間者・佐伯又三郎を壮絶な死闘の末に討ち取る。 しかし、それは副長・新見錦が仕掛けた巧妙な罠だった。仇討ちを果たした永倉は「私闘を禁ず」という【局中法度】を破った罪で切腹の窮地に。仲間を救うため、近藤勇は全てのプライドを捨てて土下座し、 その結果、近藤派は全役職を剥奪され、完全に失脚するという最大の屈辱を味わうこととなる。 絶望の淵に沈む彼らの前に、最大の敵であるはずの筆頭局長・芹沢鴨が突如として現れ、 驚愕の真実を告げる。愛次郎殺し、そしてかつての仲間・阿比留鋭三郎の死も、 すべては隊を内側から乗っ取ろうと画策する新見錦の陰謀であったと。 全ての点と点が線で繋がり、裏切りの全貌が明らかになった時、土方歳三の怒りが爆発する。 壬生浪士組の運命を賭けた、新たな死闘の火蓋が今、切られる――。

筆頭局長・芹沢鴨によって、全ての悲劇の黒幕が副長・新見錦であったという驚愕の真実が明かされる。 隊を蝕む裏切りを知った土方歳三ら近藤派は、ついに新見の粛清を決断。 ここに、後の新撰組となる組織の未来を賭けた、血で血を洗う内部抗争の火蓋が切って落とされた。 新見が率いる兵力は150人。対する近藤派は、試衛館時代からの仲間わずか10人。 この絶望的な戦力差を覆すため、策士・山南敬助は知略の罠を仕掛ける。 それは、仲間への絶対的な信頼と、命を賭ける覚悟がなければ成立しない、あまりにも危険な作戦だった。 作戦の要は「死に柱」。たった一人で敵の別働隊を食い止めるという壮絶な役目を引き受けたのは、槍の達人・原田左之助だった。「仲間とまた美味い飯を食う」という近藤との約束を胸に、原田は鬼神と化して敵の大軍を迎え撃つ。 原田が決死の覚悟で稼いだ時間。表門では土方たちが屍の砦を築き、 伏兵の沖田総司と斉藤一が敵の背後を突く。全ての作戦が交錯し、 ついに親友の仇・新見を追い詰めた斉藤が、仲間たちの想いを乗せた復讐の刃を振るう――！

親友の仇である新見錦を、斉藤一は壮絶な死闘の末に討ち取り、ここに一連の陰謀劇は幕を閉じた。 しかし、それは新たなる、そして最後の内部抗争の始まりに過ぎなかった。 筆頭局長・芹沢鴨の狂気は加速する。 彼は味方であるはずの薩摩藩士を襲撃し、新撰組を壊滅の危機へと自ら追い込む。 その目的はただ一つ、自らの破滅をも巻き込む、壮大な「暴力の祭」を引き起こすことだった。 会津藩から「近藤か芹沢、どちらかの首を差し出せ」という非情の最後通告が下り、全面戦争は避けられないものとなる。 決戦を前に、土方歳三は敵である芹沢と二人きりで対峙する。 戦いの中にしか生きる意味を見出せない二人は、互いを「光と影」と認め、魂を共鳴させる。 そして、今宵、島原の角屋で決着をつけることを約束する。 策士・山南敬助の奇襲案を退け、近藤勇たちは武士の誇りを懸け、真正面からの死闘を決意。 夕陽が島原を赤く染める中、芹沢は静かに刀を抜き、その時を待つ。 新撰組の未来を賭けた、最後の戦いの幕が、今、上がろうとしていた――。

奇策を捨て、武士の誇りをかけて正面からの討ち入りを決断した近藤勇たち。 出陣前、近藤は土方歳三に、戦いの中で天才・沖田総司が「鬼」と化すことを恐れ、沖田の無事を託す。 それぞれの覚悟を胸に、彼らは最後の決戦の地・島原へと向かった。 しかし、その道は死闘の連続だった。弓矢衆の奇襲を食い止めるため、山南敬助、永倉新八、井上源三郎が命を懸けた壁となる。次に現れた凶悪な榊兄弟には、藤堂平助と島田魁が道を切り開く。 そして土方の前には、芹沢の右腕・平山五郎が立ちはだかった。 「未来が見える」かのような異次元の剣技に追い詰められた土方は、無意識のうちに最大の敵である芹沢鴨の動きを模倣し、壮絶な死闘の末に勝利する。 だが、土方もまた深手を負い、その場に倒れる。

新撰組の未来を賭けた最後の死闘が始まった。 仲間たちの想いを背負い芹沢鴨に挑んだ沖田総司は、内なる「鬼」を解放するも、その人斬りの剣を芹沢に「つまらない暴力」と一蹴される。絶体絶命の窮地に、瀕死の近藤勇が駆けつけ、命を懸けて弟子を守ろうとする。その師の姿は、かつて「鬼子」と呼ばれた自分を救ってくれた近藤との絆を沖田に思い出させ、ついに彼を真の剣士として覚醒させた。 覚醒した沖田と、彼を「最高の暴力」と認めた芹沢。二人の壮絶な死闘は、沖田の勝利で幕を閉じる。 純粋に己を殺せる強者を求め続けた暴君・芹沢鴨は、満足の笑みを浮かべ、土方歳三に未来を託すかのように散っていった。