物語は、後に「人斬り」と恐れられる男、岡田以蔵の悲劇から始まる。純粋に強さを求める心優しい青年だった彼は、師・武市半平太の冷酷な謀略によって心を壊され、復讐の念から最初の刃を振るう。 以来、彼はただ命じられるままに人を斬り続ける、魂のない人斬りへと堕ちていった。 京の闇で、土方歳三は変わり果てた友・以蔵と再会する。壬生浪士組副長としての使命と、断ち切れない友情との間で葛藤する土方。二人の勝負は、互いの命を削る壮絶な死闘へと発展する。 しかし、血と刃が交錯する中で、二人は剣を交える純粋な喜びを思い出し、最後は拳で互いの魂を確かめ合う。それは、血の宿命に引き裂かれる二人の、最初で最後の魂の救済だった。

壬生浪士組に再び悲劇の刃が突き立てられる。近藤派の若き隊士・佐々木愛次郎が無残に殺害されたのだ。師である永倉新八は、静かなる復讐鬼と化し、単身で犯人である芹沢派の間者・佐伯又三郎を壮絶な死闘の末に討ち取る。 しかし、それは副長・新見錦が仕掛けた巧妙な罠だった。仇討ちを果たした永倉は「私闘を禁ず」という【局中法度】を破った罪で切腹の窮地に。仲間を救うため、近藤勇は全てのプライドを捨てて土下座し、 その結果、近藤派は全役職を剥奪され、完全に失脚するという最大の屈辱を味わうこととなる。 絶望の淵に沈む彼らの前に、最大の敵であるはずの筆頭局長・芹沢鴨が突如として現れ、 驚愕の真実を告げる。愛次郎殺し、そしてかつての仲間・阿比留鋭三郎の死も、 すべては隊を内側から乗っ取ろうと画策する新見錦の陰謀であったと。 全ての点と点が線で繋がり、裏切りの全貌が明らかになった時、土方歳三の怒りが爆発する。 壬生浪士組の運命を賭けた、新たな死闘の火蓋が今、切られる――。