カトリック系の学校に通う15歳の男子生徒３人が、校外学習から抜け出して行方不明になる。ロサンゼルス市警の新副本部長に就任したレオ･メイソンは、重大な失踪事件として捜査に当たるよう重大犯罪課のメンバーたちに指示する。一方、レイダーはフィリップ･ストローが舞い戻ったかもしれないことを示す証拠を手に入れる。

引き続き、男子生徒３人の失踪事件の捜査に当たる重大犯罪課は、信用できない神父や腹を立てている元夫、そしてＦＢＩからの圧力という脅威に直面する。フィリップ･ストローが密かに国内へ戻っていることを知ったラスティは、自衛のために銃が欲しいと言い出し、フリンとレイダーを驚かせる。

重大犯罪課は、引き続き聖ヨゼフ学園の男子生徒３人の失踪事件を捜査する。レイダーは姿をくらました神父の犯行を疑い、ある大胆な行動に出る。そんな中、２人の男子生徒の行方について事態は急展開を迎える。体調に異変を感じていたレイダーは、キャリアを脅かしかねない危機に直面する。

レイダーは、自身の厄介な問題を抱えながらも、聖ヨゼフ学園の男子生徒３人の失踪事件、過剰なほど男子生徒たちを守ろうとする神父と彼らの関係、そして15歳の男子生徒２人が殺人犯である可能性について捜査する。結婚式を間近に控えたレイダーは、フリンにある提案をする。

聖ヨゼフ学園の男子生徒３人の失踪事件は、予想もしない結末を迎える。レイダーは、事件の捜査や家族の帰省、間近に迫る警部補フリンとの結婚式にうまく対処しようとする。だがレイダーの娘と息子は、相変わらず忙しい母親の健康状態を心配していた。

人権派として知られる女性弁護士が遺体で発見される。容疑者には、被害者の息子や元夫、被害者によってキャリアを台なしにされた映画監督、裸同然の女性たちを呼びものにしているチェーンレストラン“タックルズ”のオーナーである元フットボール選手などが次々と浮上する。一方、ラスティとガスは互いの関係について向き合う。

チェーンレストラン“タックルズ”の関係者である女性が殺害され、第２の殺人事件として捜査する重大犯罪課の前に新たな仮説が浮上する。そんな中、レイダーは自身の健康問題と向き合っていた。一方、ラスティは互いの関係について当面の解決策をガスに提案すると、ガスから意外な反応が返ってくる。

接点のありそうな２つの事件を捜査する重大犯罪課のメンバーたちは、チェーンレストラン“タックルズ”の従業員に対して性的暴行があったことを突き止める。やがて殺人犯についての新たな仮説が有力視されるが、事件は予想外の展開を見せ、捜査は横道にそれてしまう。そんな中、レイダーの身に異変が起こる。

重大犯罪課のメンバーたちは、犯人だと思っていた人物が殺害されたことから、別の不審な男に嫌疑をかける。やがて、一連の殺人と性的暴行事件が解決に至るものの、健康に不安を抱えるレイダーは、ある決断を迫られ、重大犯罪課はリーダーシップを失う危機に直面する。

重大犯罪課は指揮官不在のまま、逃亡中の連続殺人犯フィリップ･ストローの仕業と思われる変死事件の捜査に乗り出す。レイダーの息子リッキーは、難航していたベクテル夫妻の捜索で重大犯罪課に協力し、娘のエミリーはラスティに的確なアドバイスをする。

フィリップ･ストローの居場所を特定できずにいた重大犯罪課のメンバーたちは、ストロー自身の過去に答えがあるのではないかと考え、元ベクテル夫人の行方を捜す。一方、プロベンザはレオ･メイソン副本部長を相手に悪戦苦闘していた。ラスティは、やむなくガスに接近せざるを得ず、ストレスを募らせる。

フィリップ･ストローと、その仲間であるイギリス人の青年は、最終目的へと徐々に近づいていく。危機感を募らせたプロベンザ警部補は、引き続きレオ･メイソン副本部長に捜査へのさらなる応援を要請する。そんな中、ラスティが重大な手がかりを見つける。

感動のシリーズ最終話。タオ警部補は爆弾らしき不審物のある部屋で身動きが取れなくなり、絶体絶命の危機に直面する。一方、プロベンザ警部補はついに本物のベクテル夫人を見つける。そして重大犯罪課は、宿敵フィリップ･ストローとの最終決戦の時を迎える。