警視庁人事一課（通称：ジンイチ）に密告文が届いた。捜査二課の捜査情報を管理官が漏洩している、と示唆する内容で、ジンイチに異動して2年がたつ佐良（松岡昌宏）は、上司の能馬（仲村トオル）と須賀（池田鉄洋）に実態解明の指揮を執ることを命じられる。1年前にジンイチに配属された皆口（泉里香）、班長の原西（マキタスポーツ）、新たに異動してきた毛利（浜中文一）とともに、管理官の行動確認（尾行）を開始する。

特殊詐欺の捜査員・峰（宮崎秋人）の行動確認をしている最中に何者かに銃撃された佐良と皆口。佐良は狙撃したとおぼしき黒い人影を追うが、その行方を見失ってしまう。能馬と須賀に呼び出された2人は、そこで衝撃の事実を知らされる。銃撃に使われた銃弾の線条痕が、2年前、佐良の目の前で殉職した後輩刑事・斎藤（戸塚祥太）の殺害で使われたトカレフと一致した、というのだ。

峰が接触していた元警察官の榎本（宇野祥平）の行動確認をするが、何者かによって仕掛けられたトラップにかかってしまう皆口。しかし間一髪、皆口を助けたのは原西だった。皆口の代わりに鉄パイプの下敷きとなった原西は意識不明の重体となり、なぜその場に原西がいたのかは謎に包まれる。捜査は公安部が引き継ぐことになり、峰の行動確認に集中するよう須賀から叱責を受けた皆口は、次第に疑心暗鬼になってゆく……。

連絡が取れなくなった毛利を追って、榎本がすみかとする廃屋にたどり着いた佐良と皆口。中に毛利がいることを察知し、佐良は中に足を踏み入れる……。そこで目にしたのは、榎本に拳銃を突き付けられた毛利の姿だった。毛利を助けるため、初めて榎本と対峙する佐良。YK団幹部の連続殺人について榎本の関与を認めさせようと試みるが、榎本は「互助会」という組織の存在を明かす。そして、事態は思わぬ方向へと進む……。

佐良たちが固唾（かたず）を飲んで見守る中、捜査二課長・長富（猪塚健太）への聴取に臨む能馬。捜査二課における情報漏洩事案に関して、揺さぶりをかける能馬に対して、長富は堂々と張り合う。聴取は失敗かと思われたが、能馬が意外な事実を語り始める。そんな中、原西が意識を取り戻したという連絡が佐良のもとに入る。皆口がトラップにかかった現場に、なぜ原西がいたのか。佐良は原西に問いかけるが……。

警務部長の六角（飯田基祐）が何者かに射殺された……。その知らせを受け、佐良は現場に駆け付けるが、今回も佐良と皆口が銃撃された時と同じトカレフが使用されたことを知り、衝撃を受ける。手慣れた犯行の手口からも、富樫（村上淳）によるものと確信する佐良。富樫を捜査対象とすべき、と須賀に訴えるが、ジンイチの業務ではないと一蹴される。情報漏洩事案に専念するようにとの命に背き、佐良は再び長富のもとを訪れる。

斎藤を撃ったのは富樫なのか……。富樫と対峙した佐良は、その問いを突き付けるが、富樫は答えず、「君は私と同じだ」という言葉を残し去っていった。須賀には命令違反の嫌疑がかけられ、能馬も監察業務を外されてしまう。富樫の狙いはなんなのか。身動きを封じられた佐良たちは、ひそかに動き始めた。そして、富樫だけでなく、能馬や副総監の波多野(渡辺いっけい)も深く関わっていた、15年前のある未解決事件にたどり着く。

「最後の仕上げにふさわしい場所だからです」。波多野を連れ去った富樫が向かった先は、2年前、斎藤が殉職した、あの工場だった。一方、毛利と須賀の情報により、富樫の目的地を悟った佐良と皆口。2人は富樫の暴走を止めるため、そして斎藤の死に隠された真実にたどり着くため、覚悟を決めて「最後の戦い」に向かうことに。果たして佐良たちジンイチは、「警察の中の警察」として、最後の砦を守ることができるのか……！？