地球外からの侵略者が日常に溶け込んだ世界で青春を謳歌する少女たちを描いた浅野いにおさん原作の同名コミックをアニメーション映画化した2部作の後編は、不確かで不安な日々を送る私たちに、「絶対」なものを瑞々しい感性で示してくれる。
入試に合格して亜衣や凛と同じ大学に通い始めた門出と凰蘭は、竹本ふたばや田井沼マコトという新しい友だちも出来て、尾城先輩が会長を務めるオカルト研究会に入ることにする。
一方、宇宙からの侵略者は東京各地で目撃され、自衛隊が駆除活動を繰り広げていた。
上空の母艦は傾いて煙が立ち上り、政府転覆を狙って侵略者狩りを続ける過激派グループ「青共闘」も暗躍し始める。
世界の終わりに向かってカウントダウンが始まるなか、凰蘭は不思議な少年・大葉に再び遭遇する。
この後章には、として、竹中直人さんが友情出演、その他、沢城千春さん、大西沙織さん、松田健一郎さん、河西健吾さん、こばたけまさふみさんが参加している。
果たして人類は滅亡してしまうのか？
後章は、滅亡の危機をスリリングに展開させながら、前章での“謎”が紐解かれていく。
